在食用牛奶有害与否的争辩中，持不同观点的各方都无意或有意地避开了一些关键性的安全问题。营养学家和反对牛奶有害论的人士所持的观点源于“饮用纯粹的天然牛奶”，而未考虑消费者实际能够获得的乳品中，可能含有多种危害成分的问题。不深入分析生产过程对乳品食用安全性的影响，就不可能在“牛奶有害与否”的问题上，给消费者提供正确的导向。真正从维护消费者的健康安全方面考虑，就应该让公众了解乳品中可能存在的健康危害性。从乳品的特性和目前的国情看，不能不说，乳品是含有潜在健康危害因素最多的一类食品。
牛吃什么？
要想确切了解乳品对人的健康有何影响，首先要看奶牛是怎么饲养的。
过去人们常说，牛吃进去的是草，挤出来的是奶。这种情形在现代的奶牛饲养业中已基本不存在了。为了获得最佳的经济效益，饲养者往往用尽各种措施提高奶牛的产奶量，而又要降低养殖成本。人们不仅要让牛吃人工配制的“营养餐”，还要不可避免地让牛摄入大量的激素和各种抗生素。生产中应用的一些复方营养饲料，其实是按照人的意志给牛饲喂的“垃圾食品”。
1.牛的人工营养餐
牛本来是食草动物，而在人工饲养的条件下，却不得不吃些经加工的人工饲料，这些饲料中往往添加许多种添加物。这种现代饲养方式，为养殖业者带来了很高的经济收益，牛奶的供应量上去了，也能使消费者减少支出费用，但同时，这么做却为人类自己的健康埋下了祸根。例如，疯牛病爆发的根源，正是这类现代的养殖生产方式。
将一些富含动物性蛋白的物质，包括血粉、肉骨粉、羽毛粉、鱼粉等用于畜产养殖生产中，已成为常规的生产措施。动物性原料容易被有害微生物污染，从而导致动物性产品带有病菌。更为严重的是，有些病原活性不能被一般的化学方法或常规的高温灭菌法破坏。
20世纪90年代爆发于英国的疯牛病，就是因为将患有瘙痒病的羊的加工残余物用于牛的饲料中，导致牛感染上疯牛病，也就是海绵状脑病。由于疯牛病的潜伏期很长，人们并没有意识到，疯牛病潜伏期的牛产品对人类的健康威胁。很久以后才发现，人患有的“克雅氏病”（海绵状脑病）也是因为食用了患有疯牛病的牛产品。到2001年，“克雅氏病”导致死亡的有120多人，但据权威机构估计，未来可能有10万多人将死于“克雅氏病”。研究发现，牛的脊髓和牛脑是最危险的“病源”组织。
2.牛的“化肥”饲料
有很多人对在蔬菜和粮食生产中使用化肥感到担心，却不知在现代饲养业中，有时也会给牛喂化肥。非蛋白氮（也被称为蛋白精）经常被作为牛的补充饲料而广泛应用。就是因为一些食草动物消化系统中的微生物，能够利用非蛋白氮合成蛋白质，这类蛋白质可以被动物消化吸收利用。因而，使用非蛋白氮可以降低饲料成本。有人估计，按等氮含量计算，蛋白精的价格仅相当于豆粕、玉米的1/6、鱼粉的1/13。
目前测定饲料（包括食品）中的蛋白质含量，主要是通过测定氮含量对其进行估算；很难通过简单的方法，辨别饲料中蛋白氮与非蛋白氮的比例。经常有造假者利用常规蛋白检测方法的局限性，在饲料中恶意掺杂非蛋白氮。很多用于饲料的非蛋白氮与农业生产中使用的化肥的来源与品质都是相似的。但是，将“化肥”用于农作物和用于食用动物，对消费者的健康安全隐患却有很大差别。第一，农作物对肥料成分有很强的选择吸收能力；第二，肥料中的一些有害成分会被土壤吸收或是随水分流失，这些因素会大大减少有害物质向食用产品中的迁移。目前人们尚不了解，将“化肥”用于动物饲养，是否会增加有害成分在这类动物食品中的残留。
前几年，某地区就曾发生过使用含有三聚氰胺的“化肥饲料”导致的安全事件。生产厂家将三聚氰胺掺入饲料中，用来提高饲料蛋白含量的检测值，致使进口国的上千只宠物猫、狗死亡或患病。
一些地方发生的乳品造假事件，也是利用了常规检测方法不能区分蛋白氮??非蛋白氮的弊端，逃过商检监控，致使消费者受到伤害。
3.陈化粮用于饲料的潜在危害
过去家庭饲养畜禽时，常常将变质程度不太严重的食物用于喂养畜禽。人们一般会认为，畜禽的生命没有受到明显的影响，畜禽产品也不会有什么问题。人们也常会听到这样的说法：“一些粮食不符合食品卫生要求，只能用做饲料。”这些观念的存在，主要是对危害成分在畜禽体内的迁移与残留问题缺乏了解。
粮食是一种重要的战略储备物质。但粮食在贮存过程中食用品质会不断下降，一般贮存1～2年就会成为陈化粮。国家每年都会有大量的陈化粮需要
处理。按有关部门规定，陈化粮只能用做生产酒精、饲料的原料。将陈化粮加工后售往口粮市场，或回流到国有粮食购销企业的违法行为时有发生，必须严格管理。
由于陈化粮的质量参差不齐，有一些已经产生了霉变的成分。这类变质的陈化粮用做饲料难免会对畜禽进而对人体构成危害。某些霉菌在生长繁殖过程中，分泌有害的霉菌毒素。这类霉变饲料中的有害成分被牛摄入体内，不仅会在牛体组织中有一定程度的残留，也会进入乳汁中。
变质的饲料中含有的很多有害成分，短期内对动物本身的生长可能没有明显影响，但会对这类动物产品的消费者的健康构成危害。将变质、受污染的饲料或是变质粮食、变质的农副产品用于饲料的行为并不容易控制。很多饲料原料如牧草、青贮饲料也容易发生霉变问题。
4.农药及其他有害化学物质残留
与其他各类农产品一样，奶牛的饲用原料中也可能含有大量的杀虫剂、除草剂及有害元素等，这也会导致牛奶中的农药残留量超标。人们对农作物产品的农药残留进行检测时，一般只是检测人可食用的部分。用做饲料的副产品如麦麸、豆荚、谷草往往比人食用的产品的农药残留量高很多。对饲料的质量与安全检测，远不及对人的食品的检测那样严格，而对散户养殖者使用的饲料的检测难度更大。
防牛患病却使人致病
1.抗生素类物质的使用
细菌性疾病是导致动物患病并威胁到动物生命的一类主要病因。因此在畜禽养殖生产中，抗生素和其他抗菌药物的应用是必不可少的。但有时候，兽用抗生素用量远远超过了治疗动物疾病的需要量。用药不当或不按规定适时停药，动物产品中的兽药残留量很可能过高，而使食品受到污染。
最初，人们在饲料中加入一些抗菌药物，只是为了预防某些动物疫病。后来发现，将生产抗生素的废渣用做饲料喂猪，猪会长得更快。很快人们发现，这种现象在其他动物上也同样存在。所以20世纪60年代以后，西方国家的抗生素发酵残渣都被用做家禽、家畜的饲料添加剂。这样，在动物源性食品中，高抗生素残留的发生概率就大大增加了。
奶牛在每年换季时易患乳腺炎。而现代的养殖方式，包括大量使用牛生长素、采用机械采乳等措施，也使牛更易患乳腺炎。治疗牛乳腺炎的常规措施，一般是向牛乳房部位直接注射抗生素。饲料中残留的或受污染饲料中的抗生素类物质，特别是脂溶性较高的和分子量较小的药物也容易穿透生物膜进入乳汁。
除用于治疗乳腺疾病，奶牛所患的其他类细菌性疾病如痢疾、沙门氏菌感染等，也同样需要使用抗生素治疗。各种技术资料中，推荐奶牛养殖过程使用的抗生素类物质多达数十种，其中一些是禁止在人体上应用的。法定允许使用的抗生素种类达数十种，而实际养殖生产中，非法使用的抗生素和杀菌剂类的药物种类更多。任何监管检测机构不可能针对所有种类的药剂逐一检测，这不仅有技术方面的限制，还受检测成本的制约。
多数研究结果表明：食用抗生素含量高的乳品和滥用抗生素一样，会提高人体内病菌的耐药性，从而埋下健康危害隐患。实际上，畜禽养殖中滥用抗生素的危害远不止于此。
第一，虽然某些抗生素是法定允许使用的种类，但因为不同纯度的制剂价格差异极大，如果缺乏严格的监管，饲养者会趋向购买价格实惠的药剂。价格低廉的药品中，有害的杂质成分含量可能会很高。这也是兽药与人用药的关键区别之一。有过敏史的人，使用抗生素前需要做过敏测试，就是因为不同批次产品中的有害杂质成分含量常有变化。而兽用抗生素的管理制度不可能像人用药那样严格。使用伪劣的兽药，特别是有害杂质含量较高的兽药，也许暂时不会对牛产生致命性伤害。但是进入到乳汁中的伪劣兽药成分，可能引发人体出现不适反应、过敏反应等。
第二，有些抗生素，如磺胺类成分能在人体内蓄积，并破坏人的造血系统，导致溶血性贫血症、粒细胞缺乏症、血小板减少等疾病发生；氯霉素也有类似的毒害作用。
在畜禽养殖中，使用伪劣兽药的现象还难以杜绝，由此引发的健康危害更加复杂难断。有报道称，个别兽药生产企业通过伪造文号、套用文号、使用过期文号或用同一个批准文号等方式生产伪劣兽药，甚至将未取得批准文号的产品，不按规程进行毒性试验和残留试验，通过非法途径进行销售。由于这类药物成分没有列入质检监控的名录中，甚至还没有建立对应的检测方法，即使乳品中的残留量很高也很难被发现。
消费者在市场购买的乳品中，兽药残留量一般不会很高。即使某个养殖场、某几头牛的用药量很大，采集的乳汁中药含量很高，也会因为采集、生产过程中原料奶的混合，而使药量稀释到很低的浓度，因而最终产品不会引发严重的人体反应。
2.“无抗奶”的是与非
有些人提出要生产“无抗奶”产品，但广泛推行“无抗奶”产品的市场准入政策，将会遇到很多困难。
高产奶牛专用品种抗病性差，是普遍存在的问题。特别是在现代大规模的饲养方式下，奶牛更容易染病。无论如何，在牛的疾病控制与治疗措施中，化学药物特别是抗生素的应用是无法替代的。所谓“无抗奶”生产只能是通过实施精心设计的管理操作办法，使乳汁中含有“必检的抗生素种类”的残留量，控制在有关部门规定的检测指标以下。同时，这种牛奶的生产成本也会提高很多。
目前的养殖技术还无法做到让牛不得病，也不可能对病牛不予治疗。如果严格按照管理规程操作，生产“无抗奶”所面临的一个问题是如何处理患病牛的“高抗奶”（病牛奶）？
在中国目前的经济发展水平有限、监管措施也不完备的状况下，谁能担保“高抗奶”最终不会变相进入市场而成为百姓的消费品？有报道指出，某些企业根据抗生素残留检测，对原料奶“分类使用”。抗生素残留低的原奶被用来做酸奶和学生奶，抗生素残留超标的则被用来做常温奶（抗生素超标恰恰可以减少细菌滋生）和奶粉。尚不知这种行为有多大的普遍性。
另外，一旦“无抗奶”成为热销产品，就难免会有一些“伪无抗奶”产品进入市场。也就是通过“避检技术”，违规使用“非必检的药物”进行疾病预防或对患病奶牛进行治疗，而其产品却能够堂而皇之地披上“无抗”的外衣。通过五花八门的“避检技术”生产出的产品，对消费者的健康危害可能更大。
目前牛奶生产商因为没有刻意追求“无抗”，在采收乳液过程中将“有抗”牛奶与“无抗”牛奶混在一起，使原奶中的抗生素含量处于被稀释的水平上。但是，如果“无抗奶”的消费成为时尚的选择，一种令人担忧的状况就难免会发生：“无抗奶”的副产品--“高抗奶”也会进入市场，这就可能会使那些低收入消费者或是“非时尚”的消费者，比以往摄入更多的抗生素而受到更大的健康危害。
更加严重的社会危害问题是：一个较大的群体长期摄入“高抗奶”，将会为一些致病菌提供一个持续的进化环境，可能进化产生一些对各种抗生素均不敏感的“超级致病菌群”。这类超级致病菌可能对经常食用“高抗奶”的宿主人群是无害的，却会对经常食用“无抗奶”的非宿主人群，造成严重的健康危害。
现代养殖增产技术的安全隐患
在现代商业化的奶牛养殖中，使用生长激素（BST）和性激素类的饲料添加剂，已是十分普遍的现象。性激素类药剂的商品名称叫做增重剂，能促进牛的繁殖和生长。目前奶牛养殖中，经常使用雌二醇、催产素、黄体酮等激素类药剂促进奶牛的繁殖，这些激素类物质均可能在原奶中有一定的残留。