三天后，当讨伐军到达阌乡时，宇文述、卫文升、来护儿、屈突通率领的各路隋军追上。
杨玄感且战且退，一日之内，三次大败。
八月初一，杨玄感在董杜原列阵与隋军决战，大败，仅率十余骑逃走。杨玄感自知大势已去，就在上洛（今陕西洛南）让弟弟杨积善把自己杀死。而杨积善自杀未遂，和李子雄一起被隋军活捉，送往洛阳处死。杨玄感的兄弟们或战死，或被擒杀。李密则在乱军中逃脱，后来成为瓦岗军的领袖。
杨玄感起义虽然失败了，但他代表的却是很大一部分贵族精英分子的立场，这动摇了隋朝的统治基础。
杨广痛恨杨玄感，恨他让唾手可得的胜利再次远去，更恨他让自己颜面尽失。
杨广不甘心，比前一次还要不甘心，大隋并非没有攻灭高句丽的实力，只要高句丽不灭，这场战争就一直会打下去！
叁 强弩之末：三征高句丽
杨玄感死后，反隋势力如烈火燎原，一发而不可收拾，最终毁灭了盛极一时的大隋帝国。可现在，已经被满腔怒火烧昏脑子的杨广，心中只有一个念头，就是不惜一切代价，攻灭高句丽！
杨广没想到的是，经过杨玄感这么一闹腾，天下士民之心已散。杨玄感的起义虽然失败了，但他打出的推翻隋炀帝暴政的旗号却已深入人心。如果说长白山王薄起义只是一个序曲，那么，杨玄感起义就像是一支催化剂，极大地鼓舞了那些不满杨广统治人，尤其是像李渊这样的地方贵族，也纷纷打出平定叛军的幌子扩张势力。
此时的隋朝，就像一个体力将竭的重病之人，家底子差不多都败光了，脸面也差不多丢尽了，老百姓怨声载道，高门贵族人心不稳。比较好的办法，是开几剂温补缓和的药方慢慢调理，一点点化解内部矛盾，可杨广为了天朝的颜面，却打算大下猛药，强令这个重病之人再次向高句丽挥拳出击。
最后的动员
不过，在收拾高句丽之前，杨广决定先做几件事来凝聚人心，提升士气。
第一件，处置杨玄感一家，确切地说，是一族。
杨广恨死了杨玄感，这个大逆不道的贼子坏了国家大事，居然还敢跟我同姓！于是，杨广下令，把杨玄感的尸体挖出来，乱刀分尸，在广场上暴晒示众三天，最后当众烧毁，然后把跟着杨玄感造反但还没死绝的杨家兄弟全都杀了，算是狠狠出了一口恶气。他觉得还不过瘾，觉得乱臣贼子不配和皇家同姓，就把杨玄感一家在所有史籍公文上的姓氏改为“枭”——不但要搞臭你的人，还要搞臭你的姓。
第二件，拉拢西突厥，和亲。
为什么要拉拢西突厥呢？在杨坚和裴矩分化瓦解的外交政策下，西突厥原本已经臣服于隋朝，但实力仍在，确切地说，依旧在与隋朝争夺西域各国和丝绸之路的控制权。但两次远征高句丽，一次大败，一次功亏一篑，在国际上的影响实在太大了，丢了面子事小，让强邻看到隋朝的虚弱和不稳事大。
杨广担心处罗可汗会因此轻视隋朝，继而产生不臣之心，在西域一带起兵作乱，就把宗女信义公主嫁给了他，打算学习汉朝，以和亲的方式来安抚和笼络西突厥。不仅如此，杨广还盛情邀请处罗可汗再次随他出征，又借百济遣使来朝之机，邀百济在隋军出征时夹击高句丽。
第三件，超度亡魂。
614年，杨广在高阳（今河北定县）的行宫里度过了在位第10个年头的元旦。新年一过，他就发布了一道诏书，沉痛悼念在两次远征中战死的数十万将士，然后派人前往辽东边境，收拢遗骸，掩埋尸骨，同时广邀高僧和道士，大摆水陆道场，为死去的人超度。
杨广真的痛心那些战死的亡魂吗？事实上，每一个政治举措背后，都有一定的政治目的。第一次出征前，杨广也招集过一次高僧道士，那时的主要目的是炫耀和震慑；这一次，他玩的则是欲擒故纵，想借此激起天下士民悲愤之心，同仇敌忾，去跟高句丽死磕。
干完这三件事以后，杨广就招集百官，向他们征求三征高句丽的意见。结果，满朝文武，竟无一人响应，就连最懂皇帝心思的裴矩也选择了沉默。人人都明白，现在，国家的当务之急不是对外征战，而是要全力平定风起云涌的农民起义——江山都要保不住了，就算打下高句丽，挣回了面子，又有什么用？
但是，没有一个人敢站出来说一句实话——站在他们面前的，已经是一个被仇恨冲昏了头脑的暴君，触怒暴君的下场，他们比任何人都清楚。他们可以看着将士们去送死，但绝对不会自己主动去送死。
好了，既然没有人反对，那就等于大家都默许了。
大家默许了，这事儿也就定下了。
接下来就是走流程。
和前面两次一样，杨广又写了一篇声讨高句丽的檄文（反正他文采好），在诏书中把高句丽王说成是一个十恶不赦之人，自己是为了救高句丽百姓于水火，为战死的将士们报仇，才不得不兴兵讨伐，目的就是要让高句丽王归服改过，显示天朝恩德。
就这样，数十万隋军和数十万民夫再次浩浩荡荡地踏上了征辽之旅。与此同时，各地叛乱的消息也像雪片一样飞来，但杨广顾不了那么多。在他看来，讨伐高句丽才是眼下最重要的事。他一边命令各地官员镇压叛乱，一面继续强行进军，再次向辽东进发。
隋炀帝三次远征，每一次的情况都不相同：第一次，百万隋军衣甲鲜明阵容齐整一丝不苟，像是盛大的阅兵仪式，吃败仗不足为奇；第二次，隋军和天下壮士同仇敌忾，是为雪耻而来，仗打得异常惨烈悲壮，让高句丽人见识了隋军的真正实力，只是功亏一篑，最为可惜；第三次，几乎所有的军队和民夫都是强征而来，大军每前进一步，路旁就会留下几具尸体，逃亡之人更是不计其数，很多官员士民甚至不惜故意犯法，用坐牢来逃避远征。
由于士气低落、逃亡不断，远征军足足走了三个月才进抵辽水。实际上，这一仗，不论是隋朝还是高句丽，都是强撑气力，勉强一战：隋朝自不必多说，里里外外乱成一锅粥，就算打了胜仗也未必能把国内大大小小多如牛毛的叛军给平定下去。
高句丽也很虚弱，别看高句丽一胜一平，看起来保持不败，实际上他们付出的代价一点都不比隋朝小。为了应付战争，高句丽几乎是举国为兵，只要是男的，只要能拿得动武器的，统统被赶上了战场。男人可是一家一国的主要劳动力，没有男人，大部分田地就荒芜了，田地荒芜，国家就收不上粮食，没有粮食，军粮供给就会发生困难。坚壁清野的策略虽然让隋军无法以战养战，占不到半点便宜，可连续三年的战争，也让高句丽百姓流离失所、壮丁损耗殆尽，从辽河流域到平壤之间的广大区域成了不毛之地，整个高句丽陷入了严重的饥荒之中，再也折腾不起了。
打仗，拼的就是家底。隋朝再乱，瘦死的骆驼也要比马大。因此，从战术上看，只要隋军咬牙死战，并非没有一举攻灭高句丽的可能。可战争是政治的延续，政治的最终目的，就是利益。现在的高句丽，赤地千里，满目疮痍，隋军即使获胜，也只是接管了一个大大的烂摊子，非但不能获得半点实质性的好处（跟表面上的好处是不同的，杨广的西域政策，就是典型的打肿脸充胖子），还要分兵留守，这又会成为国家的巨大负担。因此，从战略角度看，这场战争已经失去了攻城略地、抢夺人口的直接意义，双方都只是在争一口气，最后一口气。
梦断辽东
为了争这口气，杨广就像一个杀红了眼的赌徒，押上了全部家底。就在陆上隋军主力慢吞吞向辽东推进的时候，大将来护儿统领的水军已经先行一步渡海在辽东半岛登陆，攻占了高句丽在辽东半岛的重要战略据点卑沙城（又名毕奢城，位于今大连金州区大黑山上）。
卑沙城是高句丽在辽东半岛南部的政治、军事中心。看到这里，就会有一个问题：为什么前两次出兵，来护儿都是从登莱沿海出发，直接在朝鲜半岛西部登陆；这次却要绕个弯，先在辽东半岛登陆呢？