小女孩的尸体躺在一楼走廊快到尽头处，左边卧房的走道上。自来水从厨房和洗手间流出，流经走廊，有一部份流进了卧房，浸湿卧房的地毯。小女孩上半身躺在湿淋淋的地毯上，下半身躺在一块床罩上，旁边有一个枕头。床罩上的血迹是干的，形状十分奇怪。一般来说干掉的血渍并不会留下类似水渍的滩印，我站在床边，盯着这些奇怪的血迹，脑子不停地想着，怎么会有这样奇怪的痕迹。想了十几分钟后，我突然想起来，这床罩是电毯，通电使用时，上面的血迹就会被烤干成为一滩印痕。在远离门的床头一旁，我们发现喷溅型的血迹，表示小女孩很有可能是在床上遇害的。小女孩身上共发现14处伤口，大部份都集中在她的脖子上，脚踝上有一个模糊的血手印，可能是凶嫌在杀害李娟后用沾有血迹的手拉住她的小脚，将她从床上拖下来。
但是从床上拖到地毯上所留下的血迹并不是湿的，也就是说，小女孩被割喉后躺在床上一段时间，过了许久凶嫌才将她拖下床的。拖动小女孩的时候，凶嫌一定要站在床边，所以床边的地毯是十分重要的物证来源，因为凶嫌将整个现场用水洗过，床边是唯一可能留下脚印的地方。我们用化学药剂在地毯上化验，现场二十多个警员都不相信地毯上能显示脚印来，当我将药剂喷洒在地毯上，马上就显示出半个鞋印，好像魔术师在表演魔术一样，大家都‘哗’的一声惊奇地叫起来。鞋印并不清楚，不过可以看出是一只42码的球鞋。再经过电脑影像处理，使印纹变得更清晰，花了一个多月的时间，终于发现是Adidas(阿迪达斯)的球鞋。
刑警们在小女孩的睡衣上发现了尿液痕迹，以及大片的血迹，经过化验，尿液和血液都是李娟的，棉被上也有大量血迹，枕头朝地的一面也是如此。张杰研判小女孩被割喉后仍未断气，凶嫌用枕头压住她，直至断气不再动弹为止；后来法医的解剖报告果然证实小女孩是窒息而死的。如果凶嫌是用枕头闷死小女孩的，枕头朝上的一面可能会留下手纹。鉴识人员马上在现场进行化验，枕头上果然发现一个手印，这个手印很不清楚，后来拿回化验室用雷射侦测，发现一个更清晰的手印。这个手印只有15厘米，与浴室墙上的血手印相差很多，从此，张杰推断可能有两个凶嫌，一个手型很大，另一个手型细长而娇小，很可能是一位女性。
在分析这些现场证据与现场重建时，张杰推测小女孩可能听到祖母惨叫躲到卧室，被凶嫌发现后在床上惨遭割喉；后来凶嫌在屋内毁灭证据，搜索贵重物品，要离开时发现她尚未断气，便将她从床上拖下来，再用枕头将她闷死。刑警们花了一天半的时间，终于将屋内的证据收集完毕。下一步就是回到化验室进一步的分析物证，同时，还要利用这些证据来寻找其它相关的线索。
凶器是凶杀案件的重要证据。从伤口的形状，警察可以判断出凶器的属性。举例而言，如果是被钝器打伤时，从伤势中可以推断凶器是榔头，斧头，棍棒，或是石头。如果是刀，可以推断出单刃或是双刃，刀长和刀缘形状等。但是由于人体的肌肉纹路不一，如果是顺著肌理割伤，伤口会显得长一些，而且比实际的刀身长；如果是横向肌理割伤，伤口看起来会比凶器小，国内有许多刑事解剖学家专门研究种种伤口及死因。从刀伤的方向，警方还可以推断出凶嫌行凶时的相对位置及其力道。
刀伤的部位也可以作为剖绘凶嫌的根据。如果伤口分散在不同的部位，很可能被害者曾与凶手打斗过；如果伤口的方向转移，很可能是死者曾经企图躲避或抵抗凶嫌的攻击；如果伤口都是顺著同一方向，则有可能凶手出手密集，刀刀见血。本案中，经过对比三位死者的伤口，张杰认为他们都是被同一把刀刺死的。凶器大概是八寸长的单刃长刀。但是，刑警在屋内现场及附近多次搜寻，都找不到这把刀。追寻凶刀时，刑警都会先从厨房开始，因为凶嫌往往顺手拿厨房的菜刀行凶。而现在的家庭在购买刀具时往往购买一套，如果发现一套刀具中其中的一把不见了，即可推定失踪的这把刀与案件有关；侦查人员就可以与刀商联络，确定这把刀的具体规格。刑警在杨慧家的厨房清点刀具时，果然发现其中有一把较大的刀不见了。
在房屋内外现场都没有找到任何刀具证据。张杰推测凶嫌可能在离开杨慧家后将凶刀丢在附近的路上，便决定展开大规模的户外搜索。户外搜索有许多方法。有双格法，列队法，双重列队法，格状法，区域法等等，通常要视现场大小而定。大家商量后决定采用列队法搜索，将搜索人员排成一条长队，几十位警员一起朝着同一个方向搜查，除了警犬外，搜索队伍还用金属探测器与搜索棍来探路寻找。搜索了好几天，都没有找到20厘米长的刀，倒是找到几百个啤酒罐，一百多个保险套，还有几把与案情无关的短刀。西南地区有许多毒藤，生命力强，生长迅速，如果不小心接触到这些毒藤，皮肤会十分痒痛，而且要肿上好几个星期。张杰刚开始查案时，毫不知情，结果碰上了几次，几年后他变成毒藤的专家，一看就能辨别出是哪一种毒藤。搜索时，有些新人求功心切，就不顾一切地往树丛里冲；吃过几次苦头后，他们学乖了，遇到树丛就差遣资历更浅的新菜鸟或在校的实习警员打前锋。后来大家都学乖了，要进行户外搜索时都穿带上厚手套和长靴。
经过屋内和屋外的搜索，刑警们都没有找到其他直接的线索。通常来说，案发的头三天，案件是一总‘热案’，也是最容易破案的阶段；三天后就变成为‘温案’；若一个月仍未破案，这宗案件就会变成‘冷案’，所以在处理凶杀案时，头三天要全力以赴，尽可能投入最多的人力和资源。但是三天后若有其他新案件，再加上未破旧案，都会分散人力和资源；因此在案件‘降温’时，就必须调派人力和资源去处理其他案件，办案人员就会减少，破案压力却越来越大。过了一个月后，案件转为‘冷案’，负责人员将会更少，届时上级就必须重新评估破案的几率了。通常警方将破案几率分为10种等级。假如警方现场逮获现行犯，这种破案几率为100%，称为第1等几率。假如警方没有在现场逮捕凶嫌，但是有直接证人可以提供凶嫌的姓名和地址，警员可以轻而易举逮捕之，此为第2等几率。
假如现场的证人不能提供凶嫌的姓名，但是证人提供凶嫌及汽车特征，车牌号码，或是银行，商店，加油站等机构的录影机录下了凶嫌汽机车牌照，此为第3等几率。如果在现场采集到指纹，DNA等重要证据线索，此为第4等几率；如果在现场找到其他证据，如脚印，香烟头，汽车轮胎印或其他能提供侦查方向的重要证据，此为第5等几率；如果在现场只找到微物证据如，纤维，毛发等，这些证据无法直接指出凶嫌，此为第6等几率。如果现场只找到间接证据，如某些人作证嫌犯当天在案发现场附近等，此为第7等几率；如果警方只能从线民处获取到间接证据，大部分资料都是道听途说而来，此为第8等几率；警方手上只有很少的资料，如死因，或者只看到一个黑影子等，此为第9等几率；如果在现场找不到任何科学证据，又无人证，整个案件毫无头绪，此为第10等几率。假设案件几率在第1到第10等级，警方应该可以预期破案。如果是第十等几率的案件，往往很难破，除非凶嫌自白，主动认罪。在到达现场时，经过对现场和案件的整体了解后，我们首先会确定案件的破案几率，再来安排行动。这个案件从目前掌握的证据来看，应属于第4、第5等的几率，有一些间接证据，但是仍缺乏直接的证据。
因此，还必须利用这些已经掌握的资料来进行侦查。
物证除了经过化验对比可以确定涉案凶嫌外，还可以作为破案的线索，刑事侦查人员常常以剖绘推理方法来缩小凶嫌范围。剖绘推理的前身叫做现场重演法，在古时候，刑事侦查人员十分注重研究犯罪的行凶手法，认为每一个犯人在作案时都有一定的习惯行为，破案后将嫌犯带回现场，重演犯罪过程。这样，侦查可以学习到更多有关犯罪手法的知识。这种注重犯案手法的侦查方法在农业社会很有用，但是随著工业社会的发展，人口流动性的增高，作案手法也层出不穷，手法不同的犯罪活动也日益增加。此外，人权意识提高，越来越多的律师都建议被告拒绝现场重演，因为现场重演就是无形中认罪。
因此，现场重演的侦查方法不再使用，从60年代末70年代初开始，取而代之的是犯罪剖绘方法。犯罪剖绘的方法是利用统计资料和心理学来协助确定侦查方向。以侵犯案为例，根据犯罪统计的资料，侵犯犯一般为16岁到39岁之间的男性，通常住在被害者住宅25里之内的地区；从侵犯的方法和言语还可以推断出犯人的个人资料。但是法庭并不将犯罪剖绘的资料视为法庭上的证据，因为这种方法不算正式的科学，其中涉及了太多主观的猜测和推断。
80年代出现一种新式的侦查推理方法称为现场分析，主要著重现场的痕迹证据，譬如，如何进入现场，又如何离开，并推测其作案手法。从脚印的长度及深度，我们可以判断嫌犯走路的速度，是否残障，有没有背负重物，以及身高体重比例等；此外，我们也可以从手印推断案犯的工作性质和习性癖好。到了90年代，现场分析法进一步地改良为现场重建法。利用现场采集的科学证据，犯罪心理剖绘以及痕迹证据，综合推断整个案法过程以及凶嫌的犯案特征。同时还利用反物证方法来举证可疑对象不涉案的可能性，从而排除涉案对象；理清各项假设成立的或然率，从而找出侦查的方向。
张杰分析现场物证以剖绘可能的嫌犯。在查看死者伤口时，他发现嫌犯杀人手法非常残忍，例如，程光身上被刺了30多刀，都在同一个部位。这种杀人方法可称为疯狂杀人法。从犯罪手法的剖绘来推断，如果30多刀都在相同的部位，通常有3种可能，第1种是出于报复心理，凶手急于泄愤报复，因而加重出手；第2种是情杀；第3种是吸毒者杀人，由于吸毒后行凶，神志不清，出手也很残忍。程光是一位弱智残障，素来与世无争，不可能与人结仇，可以排除第一种可能性；他失明失聪，没有同志恋人，第二种可能性也不存在；所以我们推测凶手很可能是吸毒后行凶。
杨慧被刺了27刀，李娟被杀了14刀，从这些杀人手法来判断，凶手一定是个心恨手辣，年轻力壮的人，行凶时可能有共犯协助。现场有冲洗过的痕迹，此外嫌犯还打开厨房和浴室的水龙头，试图湮没证据，显示出嫌犯很可能是智商不低，稍有教育及前科的罪犯。再从受害者贵重物品被拿走来研判，本案很可能是一宗入屋抢劫，然后杀人灭口的命案。从洗手间墙上的巨型血手印推断，普通人不可能有这么大的手掌，一般来说，只有打篮球或者排球的运动员才可能有25厘米长的手掌，因而凶嫌很可能参加过篮球队或者排球队。警方也可以从现场的证据中举出许多反证，证实武丽萍夫妇并没有涉案。例如：手表上并没有武丽萍夫妇的毛发和血迹，洗手间和卧房发现的手印与他们的手印大小都不一样等，所以说他们涉案的可能性很低。