凶案现场重建时，其中一个问题是，这三位被害者是否被同一把凶器杀死，刺杀时间的先后顺序如何，以及每个被害者确切的死亡时间为何时。
要确定案发时间，首先要掌握见到被害者生前最后一面的人证，以及最先发现尸体的人及其时间。经过调查，武丽萍夫妇是最后见到受害者的人证，他们在星期五下午5点左右将小孩放到杨慧家；而最先发现尸体的人也是他们夫妇俩，星期天下午2点左右，他们来接周小惠时发现杨慧全家遇害。
因此，案发时间大概在星期五下午5点到星期天下午2点这段时间内。由现场的证据，如开着的电灯和电视，手表停摆的时间，小女孩的睡衣，以及程光准备洗澡等，可以推定凶案发生于深夜22点左右，但是究竟是星期五晚上还是星期六晚上的22点成为刑事鉴识、化验室和法医办公室各执一端的争执。
法医人员也是刑事科学的一部分，他们一般接受过正规的医学教育，利用解剖等医学方法来确定死因并提供线索，这点张杰心里比谁都清楚。
法医必须先判定他杀还是自杀，如果是前者，死因又是什么。在这椿案件里，3位被害者都是死于刀伤，一到现场我们就知道这是一椿他杀案。因此在这方面我们同意法医的判断。
接着法医必须确定死亡的时间。这3位被害者是连续被杀，还是被杀时间有所间隔。鉴识人员通常可以观察尸斑，强硬程度，眼液里的钾离子浓度，胃内残余的食物，以及体温变化等等，来确定死亡时间。但是这也只是一种估计，常常也会出现误差。例如，如果尸体倒在冷气机旁，其推断死亡的时间和尸体倒在暖气机旁又有不同。
当时法医判定死亡时间是在星期六晚上，但是现场获取的线索显示这个死亡时间不太合理。因为张杰发现从厨房和浴室流到地下室的水量很大，如果以地下室的面积乘上积水的深度，地下室积水量至少有6300多升，再除以厨房和浴室两处水流的速度，发现至少要流上40多个小时才能累积如此大量的积水；也就是说嫌犯很可能在星期五晚上作案同事放水毁灭证据的。这个推算虽然不一定是确切的时间，但是可以肯定案发时间不会是星期六晚上。
法医的判断较刑事鉴识结果晚了一天，如果无法达成共同结论，将很难起诉嫌犯。法医如果与刑事鉴识人员意见分歧，彼此可能会争执不下，但是只要提出充分的证据与推理，法医也会被刑事人员说服。经过解释，法医接受了张杰的推理，同意重新验尸后，更改了他们的判断，将死亡时间改为星期五晚上。
这个三代灭门残酷的惨案震惊了全国，群众都希望马上破案，焦急的心情溢于言表，公安部受社会舆论的压力，迫不得已向N市公安局下达了限期1个月破案的命令。
张杰十分理解大家期望早日破案的心情，但是身为公安人员，他也深知这种期望是不切实际的。社会大众要求马上破案，上级领导要求马上破案，这种限期破案在现代科学侦查上是不可能的；虽然已经在一宗案件上投注大量的人力，物力，但是时机如果仍未成熟，或者尚未发现充分的证据，就不能宣布破案。有些案件只要侦查人员到现场5分钟就能找出嫌犯，并且循线逮捕，宣布破案。每一椿案件都不一样，不能千篇一律地限期破案。
除了社会的舆论压力外，警方还必须安抚家属，应付整天如影随形、有闻必录的新闻记者，更重要的是，鉴识人员还必须集中心力从物证中找出线索。
不论发生什么冲突，或是承受那些压力，鉴识人员都必须坚守原则，找到所有与案件有关的证据，不管是证明侦查对象有罪的正证据，或是证明侦查对象无罪的反证据，都要一视同仁。以证据引导侦查方向，就不致出现太大的偏差，假如以个人直觉引导侦查，出差错的可能就相当大了，有时还会出现冤狱。
为了化解这些冲突，以集中精力破案，市局领导决定将侦查人员和鉴识人员编组为专案小组，达成共识，确定方向，分工合作。
资讯管理是专案小组的重要任务。近年来，资讯管理在刑事侦查中越来越重要。农业社会时期，任何管区警员对区内居民都了如指掌，一旦发生命案，只消询问辖区捕快就可以知无不言，言无不尽。但是随著社会变迁，人口异动频繁，辖区警务人员沦为体制的一部分，对居民隔阂甚深。资讯管理弥补了这些空缺，综合了指纹档案，学校记录，以及政府的各种资料库，侦查人员得以更详尽的了解嫌犯的背景资料。
就本案而言，万全镇共有23万多居民，我们可以先将99。5%的居民排除在嫌疑名单外，再以嫌犯剖绘过滤剩下的0。5%的人口，以及凶嫌可能有毒瘾，擅打篮球或者排球，并且有盗窃前科，档案室的同事立刻将符合剖绘条件的名单印出来，提供侦查人员按图索骥，调查其涉案可能性。
从证据研判，杨慧家厨房地板上的手表很可能是嫌犯所遗落。因此，追查手表主人成为首要侦查任务。一方面警方立刻联络日本“精工爱普生有限公司”控股子公司，查询该款手表年分，生产数量，销售和购买者的状况，生产数量越少，越容易找出购买者。
另外，许多公司和家庭在职员退休或亲友从学校毕业时也都会赠送手表，并在表背上刻上姓名缩写或全名。但是手表公司回复道，该公司生产了1000多万只该款手表；而表背上没有任何印刻与标记。这个侦查方向很难有任何结果。
警方侦查手表的第二步是印了400多份手表照片的传单，分发所有的外勤警员在整个万全镇挨家挨户地查问。这个方法果然奏效，有位警员在案发现场10公里附近的一个村子查问时，一个18、9岁的少女表示，她的表哥王灿有一只和照片上一样的手表。
可是，这款手表共生产了1000多万只，这并不表示他就是嫌犯；此外民警还发现镇上的10几位居民都有相同款式的手表。尽管如此，民警还是可以大幅缩小可疑目标。
侦查的第三步是在化验室仔细研究这只手表。因为人们戴表时，一定会接触到身体，转移很多微物证据到表身上。经过高倍显微镜化验与比对，发现体毛与皮肤碎屑为年轻人的；再加上血液分析发现，表上的血迹是A型血，即杨慧的血型，但是皮肤碎屑里的血是B型的，很可能是嫌犯的血。手表是经由用力拉扯而脱落的，很可能在抵抗时，杨慧奋力将手表扯下，嫌犯未曾留意而遗落现场。
侦查人员据而将目标锁定在青年王灿身上，背景调查显示他曾是县篮球队的运动员，后来还获得了全国运动会的奖牌，后被保送上了大学。但是在大学期间，因为吸毒而被校方开除。王灿只有回到万全镇，在母校（中学）做篮球教练；曾为了筹钱购买毒品而有盗窃前科。
警方主动接触侦讯时，他否认曾到过杨慧家附近，并声称当天晚上他在女朋友的公寓里，虽然王灿符合张杰剖绘的特征，嫌疑很大，但是缺乏直接证据，警方也不能采取任何行动。
案发后，侦查人员曾经彻底搜索附近道路旁的垃圾筒，当时搜查人员没有找到任何可疑的证据。后来，刑警在一条偏僻的马路旁发现一个塑胶袋，里面有一双鞋子与一件皮夹克，鞋子一看就是Adidas（阿迪达斯）的球鞋，四周还有血迹，皮夹克上则发现了毛发。
综合这些证据后，王灿的涉案嫌疑急速升高，刑警便开始二十四小时地跟踪监视王灿，可百密一疏，竟然被他发现后逃匿了。
几天后，H市公安局接到一个110求救电话，报案女子声称自己和朋友被一名男子挟持到一间房子里，警方赶到现场，发现这栋房屋系一位教授所有，教授和家人外出度假，男子发现屋内没有人，便破窗而入，强迫两位女性进屋，并加以连续欺负，一女趁夜逃出，便赶紧打电话向警察求救。
这两名女性中有一个就是这个青年的女朋友。报案女性称，这名男子仍挟持着她的女朋友。警方将这座房屋团团包围起来，过了不久，另一名女性从屋内逃出来，向警方表示屋内的男子就是万全镇灭门案的凶手，他已经无路可走，正在洗手间内割腕自杀。
特警立刻冲进屋内，果然在三楼的浴室里发现一个男子，倒在地上，鲜血染红了四周的地板。跟踪王灿的刑警随即赶到证实他就是王灿。
当时，刑警觉得人之将尽，其言也善，看到他快要断气，便赶紧问话，王灿低声道：“万全命案是我做的，那三个人是我杀的……”后来王灿被送到医院，经过急救，居然奇迹似的活了过来。
另一方面，王灿的女朋友也坦承灭门案中她也在场。当时王灿缺钱买毒品，便决定抢劫附近民家。他们到杨慧家时先在前门敲门，老太太应声开门后，便谎称摩托车抛锚了，想借用电话，进屋后他们先假装使用电话，顺手便拿起厨房的菜刀袭击老太太。
她的手印与枕头上的15厘米手印比对结果，果然是相同的。后来刑警在王灿的摩托车上也搜查到血迹，经过DNA化验，发现这就是杨慧老人的血迹。有了这些口供和新证据，检察官认为已经足够起诉王灿和他的女友。
几天后，N市中级人民法院公开审理了此案，审判结果：王灿的谋杀罪的罪名成立，其女友的共谋杀人罪的罪名成立！因情节特别严重，故判处王灿死刑，剥夺政治权利终生；其女友判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。