东晋之初，王导比司马睿心里要踏实很多，戏是你演，指挥棒在我手里，不按我的套路走，随时可以更换主角。东晋政权这个先天的隐患，导致君臣之间的互不信任是必然的。好在王导这个人不算太贪，只要他在天子和臣民心目中“大腕”的地位不动摇，他从没想过要撤换主角甚至去改变江山姓氏。
按照王导的设计，皇帝的权力不能太大，天子做个象征就可以了，治理国家更多地要让大臣们来干，应当把更多的权力交给各级官吏；王导认为，平衡好皇室、王氏以及南北方士族的权力分配，人人有份，大家就不会为了权力再去相互争斗，新的政权才能够平稳生存。王导的主观意愿是好的，他希望他执导的这一场戏能顺利演下去，但现实却出现了偏差，所谓“各级官吏”，在人们看来，更多的是王氏家族的成员，特别是朝中宰辅之职与江南军事大权，几乎悉数掌握在王氏族人手里，故此一度坊间传唱着这样的歌谣：“王与马，共天下”。
裂痕便是由此产生的。当江东政权在王导的苦心经营下，呈现一派盎然生机的时候，司马睿曾满怀敬意地称赞王导“卿，吾之萧何也。”你就是我的萧丞相啊！可是渐渐司马睿就不这么想了，他发现他的皇权大受限制，他的皇威难比前朝，而王氏势力遍布朝野，江山随时有易主之危。毕竟这东晋是司马家的，朕何不自导自演呢？司马睿开始产生了逐步削弱王氏家族势力、淡化王导总导演作用的念头。当然，王导对此是早有预见且成竹在胸的，军队掌握在自家兄弟手里，上下星罗棋布都是王氏成员，他自信司马睿掀不起大浪。司马睿确实一时不容易撼动王导，他只能慢慢蚕食。
司马睿把目光投向王氏之外的豪强士族，先掺沙子，后挤掉位子，进而逐步消除王氏势力在政坛的话语权和实际影响力，待自己的新势力培育起来，最终再视情况酌情收拾王氏。司马睿把北方士族的刘隗、刁协和南方士族的戴渊相继提拔到中枢机关，大小事情开始撇开王氏兄弟自行做主，王导慢慢被冷落到一边。——官场上有一种软处理的惯用招，就是级别头衔待遇保留不变，但开会不叫你，决策没你的发言权，有些有自知之明的人会甘愿认栽，遇到个脾气倔的不甘就此认输，非要跟你斗个头破血流、鸡飞蛋打，不惜两败俱伤。王导还没到那一步。司马睿这边得寸进尺，动了真格的，他下令削去王导的许多头衔，只给留了个徒有虚名没有实权的司空。——这就有点逼着对手出手的意思了。接着司马睿以整饬吏治为由，杀了王敦的亲信大将桂阳太守程甫，任命戴渊为征西将军、都督司兖豫并冀雍等六州诸军事，镇守合肥，任命刘隗为将军、都督青徐幽平等四州诸军事，镇守淮阴。晋元帝的所作所为，王导看在眼里，皇帝的用心他心知肚明，对此王导却采取了与常人截然相反的对策。他表现得异乎寻常的镇静，一副泰然自若的样子，他意识到这个主角翅膀硬了，但他似乎很欣赏很愿意放开手脚看一看司马睿自由发挥地表演一下。
一般人判断，王与马终于没法再联手演下去了，剑拔弩张、刺刀见红的时候到了，看你王导笑面虎还能笑得出来吗？在风浪来临之际，王导真地仍在笑，谦恭地不愠不怒地笑看风雨变幻。给人们的感觉是，既然圣上愿意，我王导随时可以放弃眼前拥有的一切。王导的不应战让许多人迷惑，更让许多好看热闹的小人失望。而对于天下黎民百姓，早先齐声传唱“王与马、共天下”，怀揣着对王氏觊觎皇权的猜疑，今天，面对王导针对天子的忘恩负义和步步紧逼所表现出来的忍让、迁就、宽容，想起东晋江山社稷的来龙去脉，不禁油然心生敬意。堂兄王敦没有王导那样的涵养，他坐不住了。晋元帝太兴四年（公元321年），王敦上书，直言司马睿对王家不义，委屈功臣，要求朝廷恢复王导的实权。王导得到了堂兄的这封奏疏，死死扣住不让晋元帝看到。堂兄的上书言辞太过激烈，他不想再给人制造口实，借此在皇帝那里煽风点火。王敦却不依不饶，第二次上奏，话语间的火药味更浓，目无天尊地指责司马睿为政乖张，使有功之人为之寒心。
王敦的这封奏疏打乱了王导的计划，司马睿看了王敦的上书，大为恼怒，随即命戴渊、刘隗率部向建康靠拢，戒备王敦铤而走险。这样一来误会就越来越大了，王敦得知晋元帝调兵回防京师的消息，认准了司马睿就是要对王氏动手，既然你不仁也别怪我不义，与其坐以待毙不如玉石俱焚。322年春节期间，王敦打着“清君侧”的旗号，突然起兵沿江东下，杀气腾腾直逼建康而来。
被堂兄搅乱了棋局，王导只好暂时疲于应付了。得到王敦发兵威逼朝廷的消息，王导坐卧不安，他知道这不是解决问题的办法。在王导看来，一切尚在掌控之中，决不至于这么明火执仗地撕破脸蛮干；皇帝的心情可以理解，安插几个亲信掌兵也情有可原，遭受一点排挤也不是大不了的事情。王敦这一闹，把双方弄成了势如水火，局面可就难收拾了。王导不想使自己一手苦心经营的东晋再度陷入战火之中，一则让天下人耻笑，二则更可怕的是，会使刚刚登上历史舞台的东晋就此葬送。为了自己心中的梦想，王导选择了司马睿。担心皇帝怀疑他与堂兄王敦勾结谋叛，王导在司马睿惊慌调兵防御王敦来袭的日子里，“率群从昆弟子侄二十余人，每旦诣台待罪”，他带着王氏二十几位家族成员天天在朝门外跪请皇帝处置。
王敦的大军攻入建康，杀了戴渊、周顗、刁协等，刘隗北逃投奔了石勒，帝室势力被一时荡尽，朝中大权重回王氏手中。王敦这时的野心膨胀了，事已至此，不如就手赶司马睿下台，咱们王家取而代之，给他来个改朝换代。王导听了大惊失色，坚决不同意；王敦转而提议那就废了这个不听话的司马睿，另立一个听话的皇帝，王导仍是不答应。王敦面对他这个心慈手软的糊涂弟弟无计可施，声嘶力竭地警告道：“不从吾言，几致覆族！”你不听我的劝告，迟早会被人家诛灭家族。王导只是不吱声，王敦无奈，暂时退兵回到武昌。——事实胜于雄辩，王导让人们真切看到了他对晋王室的忠诚，即使肉到嘴边他也不流馋涎。
第二年，晋元帝司马睿病死，太子司马绍继位作晋明帝，王导辅政。王敦的改朝换代梦并未醒来，他认为这是个绝佳的机会，再不理会王导的意见，兴兵前来，图谋窃国。王导自堂兄上次叛乱即已认识到，他与王敦虽都心系王氏家族的兴旺发达，但政治理念却大相径庭，堂兄是执意要谋取皇权，而他则坚定地认为，维护好皇权就是对王氏家族利益的最好保护。听闻王敦二次兴兵作乱，王导无奈之下组织人马反击，并假传王敦已病死，鼓舞建康军民英勇杀敌；同时给王敦的部将、另一位堂兄王含写信，申明大义，要其不要执迷不悟。王导的几步妙招便瓦解了王敦集团，不久王敦真的病死，王含大败，王敦二次叛乱在王导的亲自指挥下被迅速平定。王导因保卫帝室有功，进位太保（帝王之首辅），晋明帝诏命王导可以“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”。从弟王彬为度支尚书（财政民政部长），王彬之子王彪官至尚书令（宰相）。
王导的特殊之处就在这里，以他在朝中的威望和晋明帝刚刚登基不谙朝政的现实弱点，假如与堂兄王敦里应外合，完全彻底颠覆司马氏政权易如反掌，从情感上讲他也刚刚在司马睿那里蒙受了很大的委屈，有理由这样去做。但王导就是王导，他偏偏选择了正统的道义，选择了宁与手足同胞对抗，也要坚定维护东晋皇权，最终以牺牲自家兄弟来保全自己的精神纯洁。实则从家族利益的角度看，王敦与王导兄弟俩在目标上并无二致，只是一个更看重名分，而另一个更热衷于实惠；王敦梦想一举使江山改姓为王，王导则更乐于在不被世人唾骂的前提下，享受王氏家族左右皇权的实际荣耀。——王导的实用主义哲学当使身居高位尚不安分而野心勃勃的林秃子之流汗颜。