校址和资金的解决，为燕京大学的起步奠定了基础，而真正让燕京大学从一所名不见经传的大学跻身一流大学的，还是学术水平的迅速提高以及为此付出了努力的学者们。就如前面所叙述的，在司徒雷登接手燕京大学之初，不仅在物资上极度缺乏，高水平教师的匮乏更是他亟须面对的难题。
在中国创办的教会大学，早期大多由外籍教师任教，中国教师处于从属地位。造成这种状况的原因，其一是西方人对中国人的轻慢，其二是宗教信仰。当时中国信教的人数不足1%，许多具备大学教学资格的学者因为信仰问题被教会大学拒之门外，而一些进入教会大学的中国教授也被完全由西方人把持的校方视为另类，不仅被排斥在学校的管理层之外，薪酬待遇和西籍教师相比也很悬殊。甚至连一些非宗教团体成员而具备教学资格的西方学者，也只能望校兴叹。
燕京大学最初也是如此。
燕大的前身是两所小学院，经过筛选后留下的教师在数量和质量上都明显不足。当时，连司徒雷登在内，全校只有29名教师，除司徒雷登拥有博士学位外，大多数教师不仅没有接受过正式的专业培训，知识水平和知识结构也都远达不到一所综合性大学的任课要求。在燕大，司徒雷登看到的事实和其他教会大学的状况一样：不信仰基督的优秀教师进不来；在校的仅有的几名能胜任教学的中国教师和西籍教师的待遇差别很大；学校中层以上的专职管理人员全由西方人士担任。如果不能在短期内改变这一状况，要把燕大办成一流大学便无从谈起。司徒雷登决定从三个方面着手，为燕大招才纳士。
首先，针对过去教会学校的所有教师都由各教会组织委派的惯例，司徒雷登向纽约托事部提出申请，要求给燕大聘任教师的自主权。第二，为了吸引更多的人才到燕大任教，司徒雷登决定不过问教师的政治倾向、宗教信仰和学术观点，只要有真才实学，具备任教资格，燕大都可聘用。第三，司徒雷登决定从燕大自筹的经费中拿出一笔钱，大幅度提高中国教师的待遇，使他们与外籍教师同工同酬。
不过，这些措施实施起来并非一帆风顺。在燕大筹办之初，托事部对学校起着主导作用，其权力凌驾于学校董事会、行政委员会和校长之上，不仅有人事任用权，而且有经费使用权。甚至于有些时候，校长这一职位形同虚设。这种权力架构一直延续到1926年，新的燕大校董会成立，才取代了纽约托事部的权力，结束了托事部从建校以来就对学校控制的历史，校董会开始成为“负有经营学校之重责”的最高权力机关，拥有校产管理、经济分配、人事任免等权力。
在当时，司徒雷登的申请遭到了理事会的断然拒绝。但“将在外，君命有所不受”，司徒雷登相信自己有权对选聘什么样的人来燕大任教作出选择。刘廷芳和洪业就是在托事部没有批准的情况下被司徒雷登邀请到燕大的。在此之后，司徒雷登依然坚持要求大学具有自己的人事任用权。
不过在当时，有两个层面的问题影响中国学者供职教会大学：一是信仰问题，二是待遇问题。一般教会学校对于非基督徒的中国教师存在政策歧视，令中国学者对此类教育机构极为反感。不过，燕大在聘任教师时，并不把个人的种族、国籍、政治观点、宗教信仰当作衡量标准，而是把学识放在首位。为了宣传自己与其他传教士不同的教育理念，1919年10月18日，刚命名的燕京大学在新学年开学后不久，司徒雷登就邀请《密勒氏评论报》《北京日报》《京津时报》等中外报界人士到校参加茶会，并且亲自主持，令各部门分别介绍新学校的办学构想。在那次茶会上，王化卿教授表示，“本校虽由教会所设，然不分畛域，对于学生一律待遇”。算学部主任陈化民则表示，“本校宗旨，不专在养成教会之人才，并注意养成具有基督教精神、为社会服务之人才”。国文部主任陈哲甫除了介绍国文教学计划，还向报界着重介绍了司徒雷登的情况，称其“精通汉学，承招担任此席，自当努力进行，以期学生毕业后，于中西学业均有根底”。司徒雷登用这样的方式，通过各种渠道，使教会学校与世俗学者之间建立起联系。
同时，他也开始着手改变教会学校中中西籍教师不平等的问题。在刘廷芳和洪业相继来到燕大的第二年，燕大宣布正式实行中西籍教职员待遇均等。教授月薪360元，校长亦是如此。20年代之后燕大校长改由中国人担任，月薪增加到500元，担任校务长的司徒雷登还是和其他西籍教授一样领着360元的月薪。当时的中国，各方政治势力混战正酣，政局震荡，国家财政出现严重危机，北京各大国立大学欠薪严重。司徒雷登的举措，便吸引了一批在学术界深有影响的大师来到燕园。到20世纪30年代，燕园内已经是大师云集，其中既有国外归来的博士、硕士如洪业、赵紫宸、冯友兰、吴文藻、雷洁琼等，也有国内享有盛名的学者如陈垣、周作人、郭绍虞、容庚、顾颉刚、钱穆、朱自清等，还有燕大自己培养并选送出国深造后学成归来的学者，如冰心、许地山、齐思和、严景耀、侯仁之等。燕大的教师队伍，一下子变得人才济济，星光璀璨。名教授的到来不仅使燕大比较薄弱的文史教学研究得到了提升，也大大提高了它在中国学界和社会上的地位。有学者认为，燕大之所以能够成为国际上中国研究的重要基地，这批学者的贡献是不可忽视的原因。
燕大对于教师学术水平、任教资格的要求和检查尤其严格。1922年，燕大制定新的教职员等级资格标准，分正教授、副教授、襄教授、讲师、助教、助理六个级别，“标准谨严，开全国基督教大学之先声”。由于条件要求严谨，当时燕大仅仅认定了4名教授。但也正是因为合格教授太少，恰恰为司徒雷登打破教会聘用教师的限制扫除了一些阻力。
尽管在后来的回忆录中，司徒雷登谦虚地写道：“燕京的教学研究都是高标准、高质量的，至于我本人在教学研究上则几乎什么都没干，我的职责就是尽量给教师以自由空间，让他们尽情发挥。”但是在燕大的教师们看来，则是“在人才和学术研究方面，司徒先生有值得大书特书的地方”，“他所聘任的教职员，除中美人士以外，英、法、德、丹、意、日等国籍的人才也一样地重用”。在司徒雷登心中，“经世之学与纯粹学理并重。前者是指新闻和社会服务，后者是指考古、历史及纯粹社会科学理论的探讨。这些工作已经得到美国著名大学，如哈佛、普林斯顿等大学的承认与合作”。
为了保持学校较高的学术水准和师生之间的密切关系，司徒雷登一直注意保持比较低的师生比例，在燕大历史上，最高也没有超过1:3的师生比例，以至于不少人把这一点作为批评燕大贵族化和低效率的理由。
值得一提的是，在燕大搬离盔甲厂之后，燕大教师之间形成了一种定期的交流会。据吴其玉回忆：
这种工作交流会始于何时我已不能确记，大约是三十年代开始的。目的在于使教员们彼此互相了解当前各自进行的科研工作，既可勉励有关人员在教学以外进行若干有创造性的研究，也可使教师了解本行以外的若干新发展和其他同事的研究情况，以便相互砥砺。这种对促进学术的进展是起过不少作用的。办法是把校内的教职员分为若干组，用希腊文字母Alpha、Beta、Gamma……来命名，每组八人左右，即一桌能坐下的人数。每月聚餐一次，轮流备餐。餐后由一位教师用半小时到一小时的时间报告他或她最近研究的题材及其进度等。一般用英语作报告，但加入与否听便。我记得我所加入的那一组有洪煨莲先生（历史）、博爱理女士（生物）、窦威廉先生（化学）、侯树彤先生（经济）等。这种办法听说在美国若干大学曾推行过，如哈佛大学。在中国除燕京外，我却未曾听到过他校也曾推行过。这种做法对提高燕京的学术水平，是起过一定作用的。
这种交流会的形式，很有可能在盔甲厂时代就已经孕育并形成雏形。