虽然在过去的研究中，对于燕京大学“教会大学之首”、“世界一流大学”的地位都作出了肯定，但是到底从哪一年起，燕京大学才可以称得上是一流大学？这样的探讨有割断历史的危险，因为在燕大的发展史上，向一流大学迈进是一个持续不断的过程，而非突变。尽管如此，笔者依然谨慎地认为，1928年，可以说是燕京大学确立起世界一流大学地位的一年。其一，是因为之前叙述到的燕大在国民政府教育部所举行的考试中的表现。其二，是因为在同一年，美国加州大学对亚洲高等院校的学术水平进行调查，结果燕大被列为全亚洲最好的两所基督教大学之一，并认定燕大的毕业生可以直接进入美国的研究生院攻读学位。
而最为标志性的事件，则是至今仍在运行的哈佛燕京学社的建立。哈佛与燕京的结缘，出于偶然，始于竞争。燕大组建不久之后，司徒雷登在为学校募捐的过程中得知美国铝业大王霍尔（Charles M. Hall）去世前留下遗嘱，其遗产除了留一部分给亲属外，其余部分一分为三：三分之一捐赠给铝的发现者所在的奥柏林学院；三分之一捐赠给南部各州的中学；其余三分之一捐赠给美国人在亚洲和巴尔干地区创办的高等学校。当时凡是有资格获得遗产的学校都提出了申请，甚至连一些不够资格的学校也在想方设法地试图碰碰运气。而该遗嘱的执行人之一阿瑟·戴维斯（Arthur V. Davis）恰巧是燕大副校长亨利·卢斯的朋友。燕京大学当然不肯错过这样的机会，亨利·卢斯安排司徒雷登和阿瑟·戴维斯在纽约共进午餐。关于那次经历，司徒雷登在其回忆录中有极为生动的叙述：
戴维斯先生毫不留情地考问我，我也完全知道他这样做是为了衡量我。那是一次可怕的经历，弄得我十分紧张，心里为自己事业的前途担忧，连吃的东西也顾不上看一眼。一席话下来，出了一身冷汗。随后，戴维斯先生说：“今天下午我就动身去巴黎，但是我会同意我同事的意见（约翰逊先生已经答应给五十万，如果他能使戴维斯先生信服的话）。不过，不要让你的代理人来打扰我们。你回去，办一所值得支持的大学，到时候我们会尽我们的责任。再见。”过了一年左右，当我再次见到约翰逊先生时，他说：“我们已经决定给你一百万-是的，我们一直在观察你，我们打算把数目增加一倍。”后来，我提出切实理由，要求他们把数目增加到一百五十万，他们同意了，然而，我却又因此经历了一次难堪。
做完亚洲的分配之后，霍尔基金的账面上还存有大约450万。哈佛在此次申请中虽然也极力想分到一杯羹，但是却因为不符合条件始终没有成功。关系千万重，哈佛企业经营管理学院的院长，恰巧是约翰逊律师的大学同班同学，于是约翰逊便打电报给司徒雷登，商量如何处理那些还没有分配的余款，并且要求司徒雷登去哈佛，同那里的人一起商量如何在不违背遗嘱意愿的情况下制订出一个也可以让哈佛参与的方案。
此时，燕京大学与北京大学再一次在历史的闸口狭路相逢。当时霍尔遗产在中国受益最大的大学并非燕京，而是北大。北大用其获得的捐赠与哈佛合作开展汉学研究，但后来因为参与研究敦煌石窟的美国人华尔纳偷盗千佛洞壁画而中止。霍尔基金会和哈佛大学在迁怒于华尔纳的同时，对于和北大的合作也开始意兴阑珊。司徒雷登在了解这一情况之后，1925年秋专程赶往美国做工作，向哈佛提出由燕京与其合作，继续开展汉学研究。
当时的哈佛是美国第一流的大学，尽管在汉学研究方面并不突出，学术名声却极为响亮，有良好的教学、研究条件，是西方教育模式的典型代表；燕京大学虽然还名不见经传，但是其学术潜力也已经开始展现出来。经过讨论协商，两校于1925年达成建立“哈佛燕京学社”的协议。第二年初，霍尔基金会拨款640万美元作为该学社的研究和活动基金。经过一段时间的筹备，哈佛燕京学社于1928年1月4日正式成立，其目的为“通过哈佛大学与燕京大学以及中国其他研究机构的合作，保证为其学术研究提供便利，资助出版那些经学社董事会赞同的有关中国学方面的研究成果。它期望学社保证在中国的研究中心里对从事研究的学生在各方面有所帮助，并将与中美两国其他学校的研究所协作”。学社本部设立在哈佛大学。
成立当天，合作双方选出了一个由9位代表组成的决策委员会。这9个代表分别来自哈佛大学托事部、燕京大学托事部和霍尔基金会。决策委员会是哈佛燕京学社的最高权力机构。
第一任负责哈佛燕京学社日常行政工作的主任是担任哈佛大学远东语言系系主任的法籍俄裔东方学家叶理绥（Serge Elisseeff）。他早年就读于德国洪堡大学和日本东京帝国大学，精通多国语言，对中文也颇有造诣。叶理绥担任这一职位长达28年之久，在他的倡议之下，哈佛燕京学社把日本也纳入了研究范围。
美国的哈佛燕京学社成立不久，燕大的哈佛燕京学社国学研究所也于1928年2月10日宣告成立，并特别聘请著名历史学家陈垣出任所长，后来陈垣成为辅仁大学和北京师范大学的校长。为加强对学术研究的领导，燕大哈佛燕京学社组成了一个5人学术委员会，除陈垣之外，还包括洪业、博晨光、法国著名汉学家伯希和（Paul Pelliot），以及叶理绥。
燕大哈佛燕京学社的日常工作，由学社下属的“北平行政管理委员会”执行干事负责。这一职位最初由博晨光担任，10年之后，由于博晨光和叶理绥关系紧张而辞去职位，改由洪业继任。洪业是位气魄极大的史学家，在他的倡导下，燕大哈佛燕京学社创立了《引得》编纂处。在近20年的时间里，学社先后完成出版了64种、81本中国古籍“引得”，内容涉及《十三经》《庄子》《墨子》《荀子》《佛藏》《道藏》《宋诗》《元诗》《辽金元传记》《容斋随笔》等中国古代名著，也包含了各代历史书籍和小说“引得”。这些“引得”至今依然是世界汉学研究者的重要工具书。
从1928年开始，哈佛大学同燕京大学开始相互派遣研究生和访问学者，洪业和博晨光就是第一批被哈佛大学聘为教授的燕大教师。
当年那些被燕大派往哈佛的学者，在之后的岁月中都成为各领域内的学术重镇，比如世界古代及中世纪史、先秦史专家齐思和，之后曾担任燕京大学历史系主任；蒙元史专家翁独健，后来成为燕大的最后一任校长，之后又担任中国社科院民族所副所长；香港中文大学中国文化研究所所长郑德坤，人类学和民族学专家林耀华，魏晋南北朝史及日本史专家周一良，宋史、近代史以及古籍学专家聂崇岐、清史专家王钟翰等。
而被哈佛派往燕京学习深造的洋弟子之后的成就也同样令人惊羡。
二战之前美国最著名的中国问题专家欧文·拉铁摩尔（Owen Lattimore），在1930年至1931年间为哈佛燕京学社研究生，1935年，当世人对中共领导下的席卷广大农村的人民革命一无所知或将其描写成天方夜谭之际，拉铁摩尔秘密进入苏区进行访问，以了解第一手情况。之后返美从事学术研究，出版《满洲：冲突的发源地》，引起极大注意。1941年又以罗斯福总统私人代表的名义在重庆担任蒋介石的政治顾问，但因与蒋氏不合，翌年奉调回国。1944年又随美国副总统华莱士访问中国，其一生颇为传奇。
比拉铁摩尔出道稍晚，但日后声望有过之而无不及的是费正清（John K. Fairbank），他于1932年至1933年间接受哈佛燕京学社资助来华研究深造，二战期间任职于美国驻重庆大使馆，返美之后在哈佛任教，其后在福特基金会的支持下建立了东亚研究中心，也就是之后的费正清东亚研究中心。
以其不朽学术巨著《中国科学技术史》享誉中外的李约瑟（Joseph Needham），也是哈佛燕京学社项目资助的来华学员之一，他于1936年开始专心致力于中国科技史的研究，20世纪50年代曾经参加美国在朝鲜战场使用细菌战的调查团。
其他如康奈尔大学中国史荣誉讲座教授毕乃德（Knight Biggerstaff）、宾夕法尼亚大学中文荣誉讲座教授卜德（Derk Bodde）、哈佛大学蒙古史及蒙古语教授柯立夫（Francis Cleaves）、芝加哥大学马丁·赖尔森（Martin A. Ryerson）、中国史荣誉讲座教授顾立雅（Herrlee G. Creel）、哥伦比亚大学教授狄百瑞（William T. De Bary）等，无一不取得了举世公认的学术成就。
这些经由哈佛燕京学社造就的人才，使得哈佛燕京学社成为世界汉学研究的中心，而哈佛与燕京的这一联合，让名不见经传的燕京一跃跻身于世界一流大学的行列。
联合之后，连司徒雷登也不免自得，他说：“承蒙哈佛当局欣然允诺，将他们那所大学的美好名字同中国一所小小的教会学校连在一起，实在令人感激。”