那么，朱元璋的孝陵为什么能够在数百年的时间里躲过无数盗墓贼呢？难道它里面没有什么引起盗墓贼兴趣的东西，还是墓中的防盗机关堪称世间绝品呢？这是个让很多人好奇的事情。朱元璋作为开国皇帝，其墓中珍品肯定不少，所以认为墓中没有吸引盗墓贼的东西的想法，显然站不住脚。那么，事情的真相到底是什么呢？原来，这得归功于明孝陵的特殊防盗措施、历史机缘以及地理位置。明孝陵所在的独龙阜原本是一座坚固的石头山，历史上的很多皇陵是从上往下扒开一个深穴，建好后再封起来，但明孝陵却是横向凿入山体，从内部掏空建玄宫。这种横穴式的方法虽然工程浩大，但十分坚固。在没有炸药的情况下，古代盗墓贼从顶部向下打盗洞根本行不通。另外，横穴式设计使墓道成为盗墓贼的唯一通道。为了隐藏好墓道，修建明孝陵的工匠也是费尽心机，他们不像人们惯常想象的那样，将墓道放在正中间，而是偏在一边，这种反常规的设计让许多盗墓贼无功而返。
此外，人们还发现独龙阜山体表面至少60％的地方是经过人工修补、堆填的，宝顶上遍布有规则排列的大量巨形鹅卵石。也就是说，独龙阜是经人工改造过的。只是这些鹅卵石本来应出现在低洼的山涧中，它们为何跑到陵墓宝顶上去了呢？这到底是帝陵美学的要求，还是为了防止雨水对陵表的冲刷和盗陵者的挖掘？或许两种功能都有，或许还有别的妙用。以往很多人都相信在宝顶上铺设鹅卵石不仅是为了让雨水迅速渗透到宝顶排水设施中流出去，也是为了让宝顶更加美观，因为鹅卵石会在阳光下熠熠生辉。然而，最近人们竟然又发现了这些鹅卵石一个更为重要的功能。那到底是什么功能呢？原来，这些杂乱无章堆放的鹅卵石具有较强的防盗功能。
这就奇怪了：这些鹅卵石怎么能防盗呢？总不至于它们都有人性吧，盗墓贼来的时候会自己跳起来与之搏斗啊？当然不会有这么神奇。那建造者是如何利用它来达到防盗的目的呢？也许大家都看过漏沙实验，就是说，一个装满沙子的漏斗，如果打开漏斗的底部，漏斗中的沙子就会源源不断地往下漏，直到全部漏完。孝陵宝顶上的鹅卵石，就好像漏斗中的沙子，一旦盗墓贼从下面挖洞进入墓道内，那么宝顶上的巨大鹅卵石就会从四面八方滚落下来把洞填满，到那时，恐怕连蚂蚁都会被压得粉身碎骨，更不要说人了。可见，孝陵的建造者为了防止陵墓被盗是多么的煞费苦心啊!
除了技术方面的原因外，孝陵能完整保存至今，还得益于历代政府的精心保护。虽然明代以后南京城屡经战火，但每个新政权无一例外地对明孝陵都加以保护。清朝建立后，通过保护明孝陵，有效地消除了江南地区的抗清思想，甚至康、乾二帝每次下江南必定要来明孝陵祭拜，康熙还在陵前立了“治隆唐宋”的石碑。
说不尽的孝陵谜云
随着考古工作的深入、现代科技的应用，长期以来存在的一些谜，有些得到了比较合理的解释。可考察越是细致，等待探究的谜反而越多了。
一是：太子朱标的东陵与孝陵有什么关系？
朱标是朱元璋的长子。洪武元年（1368年），朱标被立为皇太子。1391年，朱元璋让朱标巡视陕西，不料朱标中途患病，于1392年病死。明太祖命礼部讨论丧礼，侍郎张智等人提议说：“治丧礼俗，父为长子要服丧一年。今皇上应以日代月，服丧十二日，祭奠完毕就消释平静。在京城内的文武百官要在公署住宿，第二天要穿素服到文华殿量制麻服，三天后穿麻服到春和门聚会哭丧；再过一天，穿素服行奉慰礼。那些应该参加祭礼和送丧的人，仍穿麻服系麻带举行丧礼。在京城内停止大小祭祀和奏乐，直到复土那天为止，停止嫁娶六十天。在京城以外的文武百官换上素服在公署举哀，第二天穿素服行礼，停止大小祭礼和奏乐十三天，停止嫁娶三十天。那些内外使节致祭的，由皇上令光禄寺提供祭品，让百官致哀行礼。”
朱标本可做太平天子，可惜未登基便英年早逝，于是也就出现了罕见的父亲为儿子建陵墓的现象。朱元璋诏令将朱标葬于孝陵之东，后世称东陵。东陵位于孝陵东约60米处，两座陵寝之间由大量建筑将两座陵墓连接起来，护陵御河从东陵以东流经孝陵宫前的五龙桥。东陵陵寝总体布局与孝陵相似，由陵园、陵寝大门、享殿前门、享殿及地宫等建筑构成。享殿前门与享殿体积宏大，用材华美。陵寝围墙平面前尖后方，呈龟背形，格局特殊。
最为有趣的事情是，东陵与明孝陵共用一个施工作业面，施工的通道完全共享，因为这两个陵寝有共同的作业时间。另外，东陵太子墓的墓道西侧为“明挖”，东侧是“暗道”，半明半暗，一反常态。同时，其与太子殿等地面建筑物无直接关系。
二是：朱元璋的妃子墓到底在哪里？
众所周知，明太祖朱元璋死后，为这位老皇帝殉葬的妃嫔有46人之多，宫女达12人。这批如花似玉的妃嫔，都是在朱元璋死后被太监用绳索吊死的。然而，这些殉葬的妃嫔、宫女葬在何处，却成了数百年来无人能破的无头公案。
1998年，文物工作者在陵宫西侧百米处的中山植物园内发现一批大型柱础和少量刻有云纹的石刻。从此处建筑遗迹和周边相关遗迹来看，这里很有可能就是当年朱元璋埋葬殉葬妃子的地方。
三是：明孝陵的附属建筑物到底在何处？
明孝陵的附属建筑有很多，如专供太监祭祀用的神宫监就是其中一座。可它到底在什么位置，没有人知道。1999年，研究人员在神宫前金水桥内神道东侧钻探时，发现了砖结构和石构件，附近还有一口砖头砌成的水井，水井四周有大型柱础暴露于地表。显然，这是附属于孝陵的建筑。那么，这个离神宫最近的建筑，与神宫监是否有着密切的关系呢？就在人们琢磨不透时，一件让人们更加难以判断的事情发生了。这是一件什么事情呢？原来，2000年春，研究人员在神宫的西南角发现一片建筑遗迹——边宽一米左右的石柱础和少量的绿琉璃构件。这些绿琉璃跟孝陵里发现的一样。距这片遗迹20米左右处，他们还发现了一口明代的水井。这两处建筑都离神宫很近，而且都有生活设施——水井。那么，哪里才是真正的神宫监之所在呢？现在还无法确定。
“孝陵卫”是绝大部分南京市民都知道的一个名词，可没有多少人知道它真正的位置在哪里。这是为什么呢？因为当时的孝陵围墙内享殿巍峨，楼阁壮丽。陵内植松10万株，养鹿千头，每鹿颈间都挂有“盗宰者抵死”的银牌，号称“长生鹿”。为保卫孝陵，专设神宫监，外设孝陵卫，有军士5 600人。若有樵夫误入山陵，即被斩首。
看似平静的孝陵，着实隐藏着不少怪事，其中最为奇怪的，当属明孝陵前的动物石像。这些石像大多是距今约3亿年前的古生物化石。这一秘密的发现者是当地银矿的一位高级工程师，这一结论已得到许多专家的认可。这位工程师在22只动物石像上发现藻类、珊瑚类等几类化石，其中有的凭肉眼可仔细看出，有的则要依靠放大镜的帮助。这一考古发现使明孝陵神道石刻在具有历史价值、艺术价值之后，又增添了科学价值。
明孝陵不仅有独一无二的宝城，还有绕着紫金山的外廓城，即俗称的红墙。据推测，当时是沿着现在的环陵路建的，但现在连其遗址都看不到了，这是一大遗憾。至于它的走向是朝哪里的，同样没有人能说得清；要恢复它，可能性也很小。明孝陵是我国现存建筑规模较大的几处帝王陵墓之一，自最前面的下马坊至后部的方城，纵深达2620米，孝陵红墙周长22.5公里，相当于当时京城城墙长度的三分之二，可见其规模之庞大。
除了大量的殉葬妃子外，作为一种恩赐，朱元璋还允许他身边的大臣死后陪葬在他的身边。目前我们知道的有徐达、常遇春、李文忠、吴良、践桢等五六位功臣墓，这肯定比实际的还要少很多。那么，还有哪些人陪葬？这些人埋葬在什么地方？是否也是顺应天象来陪葬的？目前还无从知晓。
自洪武三十一年（1398年）71岁的朱元璋归葬明孝陵开始，这位大明王朝的开国皇帝已在郁郁葱葱的紫金山中长眠了600年。在孝陵幽冥的地下宫殿里，朱元璋是以怎样的方式“度过”这漫长的6个世纪的呢？有人认为，包括朱元璋在内的明代皇帝是以罕见的侧卧姿势长眠地下数百年的，而且这种侧卧姿势暗含着呼应北斗七星的诡异谶语。事实是否如此，或许只有等待发掘地宫的那一天了。