巴蜀哲学是巴蜀文化的精华，是在巴蜀文化发展到一定程度后才出现的。巴蜀文化可追溯到石器时代，巴蜀在商代已与中原有所交往，但因僻处西南，远离古代中国的政治、经济与文化中心，巴蜀文化虽在先秦有所发展，但春秋战国的诸子百家中，没有一位可以确定是巴蜀学者。因而，中国哲学在春秋战国是百家争鸣的黄金时期，巴蜀哲学却无可书的人物与著述。
由现存史料来看，在巴蜀哲学史上第一位留下哲学著述的哲学家是西汉中后期的严君平（我们不排除在先秦时，巴蜀已有哲学观念的出现，并且有一定程度的发展，否则难以解释西汉中后期巴蜀哲学的兴盛。但目前既无足证的可信史料，也没有充分的研究成果来说明这一点，这应是今后巴蜀古代哲学研究中的一个重要课题。）。自此以后迄清末的廖平，巴蜀哲学的发展经历了四个阶段的演化：一是两汉三国两晋时期的经学阶段，二是隋唐时期道教、佛教兴盛，与儒学鼎立的阶段，三是宋元明时期以理学为主的阶段，四是明末清初对理学与封建君主专制的批判的启蒙思潮与清末经学终结的阶段。
一、经学阶段
巴蜀哲学是在中国哲学的大氛围中成长的，是中国哲学的组成部分。因此，它的演化受到中国哲学发展的制约，有着同步性的一面。但巴蜀独特的经济、文化、地理条件，又使巴蜀哲学的演化与中国哲学的发展并不完全同步，而是有其差异性。巴蜀第一位有著述的哲学家出现在西汉中后期，表明巴蜀哲学的形成落后于全国哲学的发展。在其后的演化中巴蜀哲学因落后于全国哲学的发展，而呈现出自己特有的发展轨迹，这是研讨巴蜀哲学所应注意的。
自汉武帝罢黜百家，独尊儒术以来，儒家经典成为利禄的敲门砖，诸子之学被打入冷宫，中国学术进入经学阶段，研习与注释儒经成了知识分子的主要任务。中国哲学在此背景下，亦由汉初诸子并存、黄老占统治地位的状态，转而进入经学阶段，学术界一般将经学阶段下限于东汉末年；而以三国两晋学术重“三玄”，清谈玄风盛行，称为魏晋玄学阶段。
巴蜀哲学的第一位哲学家严遵出现在汉武帝之后，但其哲学思想却非以经学的形态出现，而是以汉初的黄老为主，兼及儒学经学。因此，他既精于《易》，更深于《老子》，著有《老子指归》一书。他的哲学构成，反映了经学开始在巴蜀兴起，但黄老思想仍占有较大优势的时代特征。而黄老思想是汉初的统治思想，经学才代表着新的发展方向。其后，严君平的弟子扬雄模《易》仿《论》，著《太玄》、《法言》，成为西汉末年儒家哲学的代表人物，正是循着其师思想中的经学发展而来的。因此，严君平的哲学一方面是汉初黄老的历史承续，另一方面又是哲学进入经学时代的反映。从后一方面来讲，可将严君平的哲学视为巴蜀哲学经学阶段的起点。
自此以后至三国两晋，巴蜀哲学都处于经学阶段。巴蜀地区的哲学家都多以研治儒经而著名，《汉书》、《后汉书》、《三国志》、《华阳国志》的大量史料中都可以证明这一点（详见黄开国、邓星盈著《巴蜀哲学史稿》第一、二章。）。经学阶段时间较长，三国两晋时期没有玄学的流行，是巴蜀哲学发展不同于全国哲学发展的特点之一。而且，巴蜀哲学在经学阶段亦有其自身的特色。
经学在两汉的发展是有变化的，西汉主要是今文经学，而东汉古文经学兴盛，今古之争异常激烈，东汉末年今古文经学融合为一。但巴蜀从西汉到东汉都通行今文经学，尤其东汉时期，巴蜀有众多研治今文经学的学者。见于《后汉书》的如董扶、任安治《孟氏易》，杨厚祖孙三代通《尚书》“小夏侯学”，景鸾、任末、翟酺传《齐诗》，杜抚、杨仁传《韩诗》，李业明《鲁诗》，张霸父子研《严氏春秋》等。古文经学的兴旺在巴蜀几乎没有反映，在巴蜀所通行的全是西汉盛行的今文经学。
这种状况的改变出现在三国时期，《三国志·蜀书·尹默传》说：“益部多贵今文而不崇章句，默知其不博，乃远游荆州，从司马德操、宋仲子等受古学。”刘备入蜀，也带来一些研古文经学的人物，如治《毛诗》的许慈、善《左氏春秋》的来敏。通过巴蜀本地学者的外出学习，与刘备入蜀所进行的人才引进，古文经学才开始在巴蜀流传，这较全国范围内古文经学的兴起已晚了近二百年。自此以后，巴蜀哲学才今古文并存，这种状况一直保持到晋代。今文之外，古文的流行，也使巴蜀学者多兼治今古文经学，今古文经学并重是巴蜀哲学在三国两晋时期的特点。而这时，魏晋已是玄学盛行的时期了。
经学阶段的巴蜀哲学家，多以研释儒经为务，但具有重大哲学成就的仅有西汉后期的扬雄。囿于经学典籍笺释的人，很少有出色的哲学成就。扬雄推崇孔子，尊崇儒经，但他治学与一般经生只做儒经的奴隶不同，而是在尊孔崇经的同时，敢于不迷信儒经，甚至模仿经传，著成流传千古的哲学名著《太玄》、《法言》。他的模仿只是在经学时期托名以阐发其哲学思想的手段，这是时代的要求所使然，因而，模仿只是形式，借模仿以创新，才是形式背后所掩盖的真实内容。正是这种不同于时俗的创新精神，使扬雄创立了以浑天说为依据，包容天地人，以玄为最高范畴，以阴阳五行为构架的哲学体系，成为西汉后期最著名的哲学家。扬雄的哲学代表着巴蜀哲学发展的第一个高峰，在巴蜀哲学其后的发展中产生着重大的影响。
汉代与今文经学发展有直接联系的是谶纬神学的兴起与泛滥，这在巴蜀哲学中亦有突出的表现。由于巴蜀哲学在两汉通行今文经学，西汉末年兴起的谶纬神学，被东汉的巴蜀哲学所吸纳，许多巴蜀学者都研治并精通图谶。仅按现在行政区划的成都市，就有杨春卿、杨统、杨厚、杨仲续、段翳、赵典、杨由、张霸、杨终、张楷、张超、郑伯山、王涣、翟酺、析象、董扶等人，不仅有不少人世传其学，还有多位颇具全国影响的人物。三国两晋的社会动乱，更为谶纬在巴蜀的繁盛提供了丰沃的土壤，刘备登基前，在蜀的名师大学们多援谶纬为说。谶纬在巴蜀，无论是就其传播的程度，还是就其信奉的人数来讲，在全国都是不可多见的。
二、道教、佛教与儒学并盛的发展阶段
继经学阶段之后，巴蜀哲学在隋唐进入道教、佛教与儒学并盛的发展阶段。道教、佛教的哲学理论，弥补了儒学哲学理论的不足，三者的互相斗争与互补，促进了巴蜀哲学的进一步深化。
从巴蜀第一位有著述的哲学家严君平开始，就可以看出巴蜀哲学对道家哲学的钟爱。这一传统，在整个两汉时期都不绝于书，尤其是到东汉末年，巴蜀学者中不仅多研治《老子》，而且有人将老子开始神化，东汉成都人王阜所撰《老子圣母碑》，就将老子等同于生化天地万物的道。这种神化老子的现象，标示着道家向道教的转化，而东汉时代巴蜀地区的谶纬神学的通行，也为道教在巴蜀的产生提供了沃土。正是在这样的背景下，张陵在蜀地大邑县鹤鸣山地区创立了五斗米道，又称天师道或正一道。其后，张陵之孙在汉中建立政教合一的政权，并著作《老子想尔注》，促进了道教的进一步发展，以至在三国两晋时期道教在巴蜀地区成为家家户户都信奉的宗教。
道教的兴盛是在隋唐时期。巴蜀隋唐时期道教的兴盛，不仅在于信道徒众的普及化，大量著名道士的涌现，道观与道教石刻的大增；而且在于诸多道家哲学家对《老子》所作的道教哲学阐发。在《四川通志》、《太平广记》、《舆地纪胜》等书中，我们看到隋唐时期巴蜀各地都有著名道士出现，成仙飞升的传说遍布巴山蜀水的各个角落，成都被称为神仙所聚之地，青城山被说成是神仙都会之府，阆州、果州、资州、蓬州、梓州、广汉、什邡都是得道仙人辈出之地。
道教在隋唐时期的巴蜀地区的兴盛，主要表现在道教理论的发展。唐末五代道教学者杜光庭统计唐代研注《老子》者共29家，其中巴蜀就占6家，而最著名的当推王玄览与李荣。李荣有《老子注》，早已散佚，40年代经四川著名史学家蒙文通先生辑校整理，始得窥其原貌。李荣在道教哲学理论上的贡献，是承继成玄英之说，用重玄观念来阐释《老子》。李荣的重玄学说，以玄是对有无的否定，重玄则是对其否定有无的否定，并认为重玄乃是道教追求的最高境界。王玄览著《玄珠录》，区分常道与可道，以常道为真道、真神，以可道为假道、假神，并由此推演出一套理论。而唐末道教界领袖杜光庭随唐僖宗入蜀，留居成都，五代受前蜀王建重用，晚年隐居青城山，著书二十余种，更是对道教理论作出了多方面的贡献。
佛教在东汉时已传入中国，到两晋时已开始在巴蜀广泛流传，集中在两个地区，一是现在四川西北的吐谷浑地区，一是以成都为中心的成都平原。到南北朝时，佛教在巴蜀有了进一步发展，而到隋唐时期巴蜀的佛教发展至极盛。三论宗、净土宗、密宗、禅宗等佛教宗派在巴蜀都很有影响，尤其是禅宗几以巴蜀为其重镇。巴蜀的益州，据《续高僧传》与《宋高僧传》的统计，隋唐时有高僧28人之多，是仅次于长安、洛阳之外高僧人数最多的地方，足见佛教在巴蜀兴盛之一斑。
唐代时巴蜀的佛教在唐初主要盛行三论宗，释慧暠、灵睿等高僧，于唐初分别在成都、绵州、梓潼等地宣讲三论宗；而唐代后期有密宗的较大传播，最著名的代表人物是柳本尊，在世界闻名的大足石刻及安岳石刻中，都有柳本尊及其十炼图的石刻。而影响最广、流传最久的当推禅宗，唐代宗密指出当时禅宗在全国共有八家，除北秀、牛头、石头三家外，其余洪州、荷泽、南诜、保唐、宣什五家均在巴蜀地区，其著名代表有智洗、无住、马祖、宗密等大师，尤以马祖、宗密为最著名。