巴蜀学术经汉代以后的兴盛之后，由于三国两晋南北朝的战乱不断而相对滞后。隋唐社会经济的进步，又使巴蜀学术有了相对的发展，并为宋代巴蜀学术的极大繁荣奠定了基础。
一、三国、两晋、南北朝的巴蜀学术
在三国两晋南北朝时期，由于政治变幻无常，当权人士得失急骤，出现了以重“三玄”为特征的玄学思潮。所谓“三玄”，指《周易》、《老子》与《庄子》。与此相应的，是道教与佛教的兴盛，因为动乱的时代往往是宗教最活跃的时期。
巴蜀在这一历史时期，稍有不同。这就是巴蜀没有重“三玄”的玄学兴起，而是儒学与谶纬继续盛行，道教亦同样很兴盛，佛教也开始得以传播发展。此外，史学尤其发达，也是巴蜀这一时期学术的特点之一。
儒学在三国两晋南北朝的兴旺，仅从《三国志》、《华阳国志·后贤志》中就可以窥见一个大略。由《三国志·蜀书》部分，我们看到如下记载：
张裔，字君嗣，蜀郡成都人也。治《公羊春秋》（《三国志·蜀书·霍王向张汤费传》。）。
五梁者，字德山，犍为安南人，以儒学节操称（《三国志·蜀书·杜周许孟来尹李谯郄传》。）。
杜琼，字伯瑜，蜀郡成都人也。……琼年八十余，延熙十三年卒。著《韩诗章句》十余万言（同上。）。
许慈，字仁笃。……善郑氏学，治《易》、《尚书》、《三礼》、《毛诗》、《论语》（同上。）。
孟光，字孝裕。……好《公羊春秋》而讥呵《左氏》，每与来敏争此二义，光常绕绕欢咋（同上。）。
来敏，字敬达。……涉猎书籍，善《左氏春秋》，尤精于《仓》、《雅》训诂，好是正文字（同上。）。
尹默，字思潜，梓潼涪人也。……皆通诸经史，又专精于《左氏春秋》，自刘歆条例，郑众、贾逵父子、陈元、服虔注说，咸略诵述，不复按本。……及太子立，以默为仆，以《左氏传》授后主（同上。）。
李撰，字钦冲，梓潼涪人也。……五经、诸子，无不该览。……著《古文易》、《尚书》、《毛诗》、《三礼》、《左氏传》、《太玄指归》，皆依贾（逵）、马（融），异于郑玄，与王氏殊隔（《三国志·蜀书·杜周许孟来尹李谯郄传》。）。
谯周，字允南，巴西西充国人也，父炳，字荣始，治《尚书》。……（谯周）研精六经。……后迁光禄大夫，位亚九列，周虽不与政事，以儒行见礼，时访大义，辄据经以对（同上。）。
广汉绵竹人秦宓，字子敕。从他推荐儒士任安，与李权论辩，言及《孝经》、《春秋》为孔子所作来看（同上。），他应是位精通儒学的学者。他与吴国使臣张温的问答，更反映出他对儒家经典尤其是《诗经》的精熟（同上。）。
值得注意的是，巴蜀三国时期的儒学与东汉时期的儒学有明显不同。东汉时期的巴蜀儒学基本上是今文经学，这种情况到三国初时就有所改变。而尹默与李仁是最早从荆州将东汉盛行的古文经学传到蜀中的人物：“益部多贵今文而不崇章句，（尹）默知其不博，乃远游荆州，从司马德操、宋仲子等受古学。”（同上。）关于李仁的记叙大致相同。尹默、李仁同为涪人，志向一致，一起到荆州同拜司马德操、宋仲子为师，学习古文经学，对巴蜀古文经学的传播与发展作出了贡献。
三国时期巴蜀的古文经学还有另一个来源，就是随刘备入蜀或其他由外地入蜀的一些精通古文经学的人物。如善郑氏学、治《毛诗》的许慈是南阳人，善《左氏春秋》的来敏是新野人。
通过这两个途径，使三国时期的巴蜀儒学面貌发生了较大的改变，东汉时巴蜀那种几乎只有今文经学的状况已不复存在，古文经学也在巴蜀有了发展。并由此而形成了今文经学与古文经学之争，如孟光与来敏争《公羊》、《左传》之义的论辩。这种今、古文经学并存的局面表明，三国的巴蜀儒学尚停留在东汉的发展水平。
晋代巴蜀地区的儒学也尚停留在这一水准上。如《华阳国志·后贤志》所载的人物：
文立，字广休，巴郡临江人也。少游蜀太学，治《毛诗》、《三礼》，兼通群书。
司马胜之，字兴先，广汉绵竹人也。学通《毛诗》，治《三礼》。
常易，字修业，蜀郡江源人也。……少与闳子忌齐名，安贫乐道，志笃坟典。治《毛诗》、《尚书》，涉洽群籍，多所通览。
何隋，字季业，蜀郡郫人也。……治《韩诗》、《欧阳尚书》，精研文纬，通星历。
王化，字伯远，广汉郪人也。……治《毛诗》、《三礼》、《春秋公羊传》。
陈寿，字承祚，巴西安汉人也。少受学于散骑常侍谯周，治《尚书》、《三传》。
李宓，字令伯，犍为武阳人也。……治《春秋左传》，博览五经，多所通涉。……著《述理论》，论中和仁义、儒长道化之事，凡十篇。……又与士安论夷、齐，及司马文中、杜超宗、郄令先、文广休等议论往返，言经训沽，众人服其理趣。
杜轸，字超宗，蜀郡成都人也。……少师谯周，发明高经于谯氏之门。
任熙，字伯远，蜀郡成都人也。……治《毛诗》、《京易》。……清谈游讲，不妄失言，祗慎著闻。
王长文，字德俊，广汉郪人也。……治五经，博综群籍。……著《无名子》十二篇，依则《论语》。又著《通经》四篇，亦有卦名，拟《易》、《玄》。以为《春秋》三传传经不同，每生讼议，乃据经摭传，著《春秋三传》十三篇。又撰《约礼记》，除烦举要，凡十篇，皆行于时。
寿良，字文淑，蜀郡成都人也。……治《春秋》三传，贯通五经。
李毅，字允刚，广汉郪人也。……年二十余，乃诣郡文学受业，通《诗》、《礼》训诂，为学主事。
常骞，字季慎，蜀郡江源人也。……治《毛诗》、《三礼》，以清尚知名。
常宽，字泰恭，骞族弟。……治《毛诗》、《三礼》、《春秋》、《尚书》，尤耽意《大易》，博涉《史》、《汉》，强识多闻。
由晋代巴蜀地区这些儒学代表人物来看，他们大多数都既研古文经如《毛诗》、《左传》、《周礼》，又通晓今文经的儒家典籍。看来经过三国蜀汉古文经的传播与发展，到晋代时，古文经也同今文经一样受到巴蜀儒学的重视了，今、古并重已成为晋代巴蜀儒学的一个特点了。
三国两晋南北朝时期的社会动荡，又为谶纬的存在与发达提供了土壤。在巴蜀，很多著名学者都是精通图纬的，如周群之父周舒，受业扬厚，精究谶纬，并解释《春秋谶》的“代汉者当涂高”，是指曹魏而言（《三国志·蜀书·杜周许孟来尹李谯郄传》。）。杜琼亦精图纬，对“代汉者当涂高”为什么是指曹魏一说，作出了具体论说（同上。）。谯周的父亲也精通图纬（同上。），并传业其子。谯周也善预言：“己没三十年后，当有异人入蜀，蜀由之亡。”（《华阳国志·大同志》。）这是预言李特成汉的出现。文立见谯周，谯周书版示立：“典午忽兮，月酉没兮。”（《三国志·蜀书·谯周传》。）预言司马氏将取代曹魏，而曹奂将死于当年八月。
在刘备登基之前，群臣的劝进，更是广援谶纬为说，而劝进的人物中就有尹默、杜琼、黄权、谯周这些巴蜀大儒。他们在劝进书中说：“《河图》、《洛书》，五经谶纬，孔子所甄，验应自远。”认定谶纬是孔子手定，绝对灵验的金科玉律，并先后援引《洛书·甄曜度》、《洛书·宝号命》、《洛书·录运明》、《孝经·钩命诀》、《孝经·援神契》、《图书》等为说，以明刘备做天子是天命早定，谶纬早有成说的（《三国志·蜀书·先主传》。）。
与谶纬的盛行相联系的，是各种带有预言性的谣传、童谣的出现。在晋太康至太安年间，巴蜀尤多流行，常璩说：“蜀自太康至于太安，频怪异。成都北乡有人尝见女子僻入草中，往视，见物如人，有身形头目口，无手足，能动摇，不能言。广汉有马生角，长大各半寸；又有驴，无皮毛，袒肉，饮食数日死。繁、什邡、郫、江原生草，高七八尺，茎叶赤，子青如牛角，内史耿滕以为朱草，表美于成都王。元康三年正月中，欻一夜有火光，地仍震。童谣曰：‘郫城坚，阙下市，成都北门十八子。’及（罗）尚在巴郡也，又曰：‘巴郡葛，当下美。’巴郡皮素之西上也，又曰：‘有客有客，来侵门陌，从气欲索。’”（《华阳国志·大同志》。）连续二十余年，在巴蜀各地怪异、童谣不绝，预示各种政治变乱，地域之大，时间之长，是不多见的。这从侧面反映了谶纬在巴蜀的盛行是有丰沃土壤为基础的。
道教在三国两晋南北朝的巴蜀得到了进一步发展，其中最有影响的当数陈瑞之道与范长生、李八百为代表的李家道。
关于陈瑞之道，常璩说：“瑞初以鬼道惑民，其道始用酒一斗、鱼一头，不奉他神，贵鲜洁。其死丧产乳者不百日不得至道治。其为师者曰‘祭酒’。父母妻子之丧不得抚殡入吊及问乳病者。转奢靡，作朱衣、素带、朱帻、进贤冠。瑞自称天师，徒众以千百数。浚闻，以为不孝，诛瑞及祭酒袁笙等，焚其传舍，益州民有奉瑞道者，见官二千石长吏巴郡太守犍为唐定等，皆免官或除名。”（《华阳国志·大同志》。）从陈瑞自称天师，首领为祭酒，初为鬼道等记叙来看，陈瑞之道应是三张所创天师道的继续与发展。但又稍有改变，重在贵鲜洁。而由陈瑞的贵鲜洁中，可以看到四川民俗中对死丧人家、孕妇、产妇的禁忌，至少是从此开始的。看来陈瑞的传道，有广泛的道徒，连二千石这样的官吏也是他的信徒，因此，具有相当大的势力与影响，从而引起益州刺史王浚的嫉恨，以所谓不孝的罪名将他杀害了。
范长生，又名延久、九重、支，字符，涪陵丹兴人（《华阳国志·李特雄期寿志》。）。他是青城山地区道教的首领。依青城山是天师道的圣地之一来看，范长生所奉应是天师道。《十六国春秋·蜀录》说：“长生善天文，有术数，民奉之如神。”（转自《太平御览卷》卷一二三。）当祖辈一直信奉天师道的李雄在成都称王时，就将范长生迎至成都，拜为丞相，尊为天地太师。在范长生去世后，李氏政权又以其子范贲为承相；成汉王国灭亡后，其旧臣又以“（范）贲为帝而奉之，以妖异惑众，蜀人多归之”（《资治通鉴》卷九七。）。可见，范长生的道教与李氏的成汉政权是相互依赖的，凭借着政权的支持，范长生的天师道在成汉时期有重要发展是可想而知的。
李家道因其代表人物为李姓而得名，最著名的是李八百。李八百似不仅指一人，而是对李家道中最著名人物的通称。如葛洪在《抱朴子内篇·道意篇》中，称蜀人李阿为“八百岁公”，另一蜀人李宽为“李八百”，《集仙传》又称有位李脱的为“李八百”。而李八百的得名有两种说法，一是活了八百岁，一是动则八百里之远。无论是活了八百岁，还是一动八百里，都是人们所说的神仙，而非凡人了。因此，关于李八百的神仙传说极多。后来，蜀中的李家道转移到江南，得到进一步发展。据卿希泰先生等人的研究，李家道也与天师道有一定的联系。这说明，三国两晋的四川道教主要是三张流传下来的天师道。
南北朝期间，道教也有相当流传。连《北史》也说“巴俗事道，尤重老子之术”（《北史·泉企传》。）。看来重老子、信道教，已成为巴蜀的民俗了。
佛教大约在两晋广泛地传入巴蜀，集中在两个地区传播，一是四川西北的吐谷浑，一是以成都为中心的蜀地。早期巴蜀的佛教徒，多出自蜀中，如东晋有释僧生，为蜀郡郫县人，刘宋时的释法期也是郫县人；而释普恒、昙辉，都是成都人，昙辉还是最早的巴蜀女尼。到特重佛教的萧梁时，四川佛教也有较大发展，出现了梓潼人释植相、广汉人释宝彖等为代表的一批高僧。而仅传《成实论》的，就有巴西阆中人释宝海、释宝渊，资中人释智方等高僧。佛教在两晋南北朝在巴蜀的传播发展，为隋唐巴蜀佛教的兴盛奠立了基础。
二、隋唐时期的巴蜀学术
隋唐时期的巴蜀学术，形成了佛教极为兴盛，道教、儒学也相对发达的格局。
隋代的巴蜀儒学代表人物有何妥。何妥，字栖风，祖籍本在西域。父亲经商到蜀后，才定居郫县。他八岁游国子学时，助教顾良与他相戏语，何妥应答如流，众人惊服。后为湘东王诵书，时兰陵有隽才萧杳，住在青杨巷，何妥居白杨头，时人为之语：“世有两俊，白杨何妥，青杨萧杳。”北周武帝时任太学博士。隋文帝时，除国子博士，加通直散骑常侍，后官至国子监祭酒（《四川通志·人物》卷一四三，又见《新唐书·儒学传》。）。
何妥著有《周易讲疏》三卷，《孝经义疏》二卷，《庄子义疏》四卷。又与沈重等撰《三十六科鬼神感应等大义》九卷，《封禅书》一卷，《乐要》一卷，《文集》十卷。从他的著述名目看，何妥是以儒学为主，又兼采道家学说的。这是儒、道融合的学术时代特征在他身上的反映。而他关于钟律的上疏，则又纯为儒家之说，其中讲道：“臣闻动天地、感鬼神，莫近于礼乐。乐有二：一曰奸声，二曰正声。夫奸声感人而逆气应之，正声感人而顺气应之。为人君者谨审其好恶。”（同上。）重礼乐是先秦儒学以来的传统。认为乐有雅、颂一类正声和郑、卫之声的邪声，也是儒家的一贯看法。至以正、邪之声与人顺、逆之气相呼应，更是汉儒天人感应之说。从何妥的这段话中，可以看出他对儒家礼乐的精熟。
到了唐代，巴蜀儒学人物有以明经为进士的潼川人陈易甫，官至御史（《四川通志·人物》卷一四九。）。潼川府遂宁人张九宗，“以儒业起家，仕至御史。德宗时，戎州刺史，以治化称。遂宁文学自九宗倡焉”（同上。）。文学是儒学的别称，如司马迁说：“自此以来，则公卿大夫士吏斌斌多文学之士矣。”（《史记·儒林传》。）由此看来，川中遂宁的儒学大兴是在张九宗之后。在这之前，巴蜀儒学代表人物多在以成都为中心的川西地区，川中遂宁几无可书者。这表明，巴蜀儒学的传播发展在地域与时间上是有相当差异的。
在三国魏晋的巴蜀儒学的代表人物中，我们看到不少重视三礼的学者，隋代的何妥亦重礼乐，这种重礼的风气到唐代，则出现了仲子陵这样精礼的儒学家。仲子陵为嘉定府人，居峨眉山，后擢太常博士，精通汉代后苍、戴德、戴圣三家礼学，著有《五服图》十卷。唐大历（公元766—779年）年间，助啖、匡赵等以治《春秋》闻，施士勿以《诗》名，仲子陵、袁彝、韦彤、韦茝以精《礼》闻，蔡广成以《易》名，张蒙以《论语》名，而最著名的当推仲子陵与施士勿，可见仲氏礼学的突出地位。因而，在议太祖神位的方向，与是否迁献、懿神位的礼仪争论中，仲子陵的言论，“诸儒不能诎”（《四川通志·人物》卷一四八，又见《新唐书·儒学传》。）。
因为佛、道二教的大盛，唐代儒学出现了不少反对二教的儒家人物。巴蜀的李叔明就是其中之一。据《新唐书·李叔明传》，李叔明字晋，阆州新政人，以明经为杨国忠剑南判官，官至尚书右仆射、太子太傅。史称李叔明素恶道佛，曾上书唐德宗说：“佛，空寂无为者也；道，清虚寡欲者也。今迷其内，而饰其外，使农夫、工女堕业以避役，故农桑不劝，兵赋日屈，国用军储为赦耗。”（《四川通志·人物》卷一四七。）李叔明上书反对佛、道，较韩愈的谏佛骨事件要早几十年。但他反对佛、道的理由，主要着眼于国家财政兵赋，还未能像后来韩愈那样提出一个道统说，从理论上与道、佛相对抗。
易学的发达，一直是巴蜀学术的一个特点，唐代也不例外。唐代巴蜀剑州人李逢，“文行俱高，尤邃于《易》”（同上。），是一位易学家。益州成都人阴颢、阴道宏专精《周易》，父子相承。《新唐书·艺文志》著录有阴道宏所著《周易新传疏》十卷。《崇文总目》说：其书采“子夏、孟喜等十八家之说，参定其长，合七十二篇，于《易》有助”。而据《旧唐书·傅仁均传》言及“贞观初，有益州人阴道宏”来看，阴道宏显然应是唐初之人。