此外，明代学者关于四书的著述也特别多，计有十九部。除了《大学》、《中庸》的著述各两部外，其余都是通释四书的著作（《大学》的两部书，为陈一经著的《大学大全纂》与来知德的《大学古本释》；《中庸》的两部书，为王尊贤所著的《中庸衍义》与谢东川的《中庸集说启蒙》）。可见明代学术界对四书的普遍重视，而四书之中又尤重《大学》、《中庸》。
明代的四川虽没有像南北朝、宋代那样杰出的史学家，但许多学者承继经史并重的蜀学学风，仍重视史书的撰述，因而，撰著了不少史学的书籍。《四川通志·经籍》记载明蜀人的史学著述达一百二十五种之多。按《四川通志》关于史部的分类，其中杂史小类占八种，诏令奏议小类占三十种，传记小类占十二种，史钞小类占六种，地理小类占三十六种，政书小类占十九种，史评小类占六种，七小类就占了一百一十七种。其中诏令奏议主要是辑录性质的书，可置之不论。从如上的构成中可看出，明代四川史学著作有两个明显的特点：
其一，是注重现实的特点。政书类、史评都属于这类性质的书，明人著述达二十五种，正是其表现。
其二，是注重地方志的特点。杂史类有关于四川地方历史的记叙，地理类则全是四川地方志的著述，且达三十六种之多，仅次于宋代四川地方志的著述。这是自南北朝以来四川学者重视地方志著述风气在明代的发扬。
在明代，王守仁所创立的心学在正德、嘉靖后，风行于全国。心学是有鉴于程朱理学之弊，希图以强调心的作用的学说来克服其弊的产物，它的产生有着深刻的社会根源与文化原因。四川地区的学术，有明一代都是程朱理学占主导的，但王守仁的心学在四川学者中也有信守者。
其中最著名的人物当推内江人赵贞吉。赵贞吉（1508－1577），字孟静。袁宏道说他是王守仁心学的第三传，为淮南派的代表。《明史·赵贞吉传》说，赵贞吉“学博才高”，“最善于守仁学”。赵贞吉认为，“天地万物，本吾一体”，而我之体的主宰又是心的“灵觉明妙”，这个所谓灵觉明妙是“禅者所有而儒者所无”（《明儒学案》卷三三。），公然将王阳明的心学与佛教的禅宗结合起来。赵贞吉还提出六经皆史、孔子为史圣之说：“乌知六经之皆史乎？又乌知仲尼为史之圣乎？”（《赵文肃公文集》卷二三。）惜乎未见详论。
三、清代的四川学术概略
当明王朝覆灭，清王朝建立之初，许多知识分子感到天崩地裂，突如其来的社会大变动，迫使知识分子去从事社会、文化的深刻反思。王夫之、顾炎武、黄宗羲就是其中杰出的代表，四川则出现了费密、唐甄这样的人物。他们批判封建专制，批评程朱理学，达到了封建时代思想发展的高峰。但是，明末清初的这股社会启蒙思潮，却因清王朝的巩固发展而中断了。全国是这样，四川也是如此。
但是，清代的四川学术与全国相比，却有很大的差别。在清王朝的文化高压专制政策下，清代形成了以复古为旗帜的学术特点。以名物训诂为重心，奉郑玄、马融、贾逵、许慎为偶像，以《说文》为经典的乾嘉汉学，就是典型的表现。文化的发展最终是受经济制约的，江南一带经济发展超越中原的情况，也使乾嘉汉学盛行于江浙皖一带，清代著名的汉学家大都出自这一地区，以至家家贾、马，人人许、郑，汉学家灿若星汉。
四川则不然。在张之洞督学四川之前，四川的学术基本还是处于宗奉程朱理学的阶段，远远落后于全国的学术发展。清代蜀人张祥龄的《翰林庶吉士陈君墓志铭》说：“川省僻处西南，国朝以来，不知所谓汉学。”又说：“同治甲戌（1874），南皮张先生督学，提倡纪（昀）、阮（元）两文达之学。”廖宗泽的《六译先生行述》说：“先是，文襄（张之洞）未来时，蜀士除时文外，不知读书，至毕生不见《史》、《汉》。”廖平作为一代经学大师早年全是受到宋学的教育，到尊经书院后才知文字训诂的汉学。这是清代全川学术的缩影。从这个意义上讲，与明代的四川学术相较，清代很长一段时间，四川学术并没有多少实质性的变化。
但是，由于清代从事文化教育的机构较发达，四川除府学、州学、厅学、县学、卫学和满营官学外，还有地方的私塾、乡学、社学、义塾等。更有较多的书院，如成都的锦江书院，重庆的渝州书院，嘉定的九峰书院，还有各州县的书院如东川书院、来凤书院等。使清代的文化教育形成各种层次的网络，并由此造就出大批人才，其中也不乏学术人才。因此，清代的四川学者在清初之后，虽没有全国影响的人物，以至廖平说阮元所刻《皇清经解》计一千四百零八卷，王先谦刻《续皇清经解》计一千四百三十卷，竟无一个四川人的作品，但四川的学术界仍不乏其人。
清代的四川学术人才构成，仍同明代一样具有三个特点，即通经者以通《易经》的人数最多；研四书、宗程朱的人数比例较多；经史并重的人也多，而经史并重这一点显得特别突出。这仍可在《四川通志》中找到证明。
关于通经的人才，《四川通志》记载：崇庆州人刘君沛，以明经任峨眉训导，著有《五友篇》、《声色臭味说》；巴县人周国彦，以明经授湖南道州；大竹县人王以纬，以明经授盐亭训导；广安州人蒲永信，为诸生讲授《诗》法，指陈《易》理；南溪县人王万显，精熟六经，能阐发理奥；大竹县人周国器，于经学每有阐发，多前人所未发，时人比为周敦颐，著有《桂湖讲义》等书；冕宁县的谢吉仁，遍涉六经；江津县的潘治，著有《五经辑要》、《婚丧礼》等书；什邡县李淑东，著《春秋衍义》；金堂县的陈一泗，由其父陈钧授《左氏春秋》十日，终身不忘，著述十余种，等等。
其中，又以精通《易经》的学者为最多，除上面讲的蒲永信外，《四川通志》另载有十余人，而在同书所记载清代的四川通经人才中，治《书》、《诗》、《礼》、《春秋》的人数仅五人。《四川通志》所载通经人才的比例表明，治《易》者在治专经的学者中人数仍是最多的。这说明四川学者重《易》的学风，仍在清代保持着。
由于清代仍同元、明一样，科试以程朱理学为宗，朱熹所作《四书集注》成为标准答案，因而，治程朱理学，研四书的人才，较治《易》的人还要多。除著《大（学）中（庸）讲义》的高秉醇外，尚有十来人。
从这些宗宋儒、讲性理、治四书的人的著述来看，大多是讲义、读本之类，与明代四川关于四书的著述差不多，主要是为应付科试之作，虽其中不乏有点滴所得，但从总体上讲是没有多大学术价值的。
清代四川的人才经史并重、经史兼通的人特别多。仅《四川通志》就载有二十多人，比《四川通志》所载精《易》、通四书的人数总和还多。精通经史的人才最众，是四川清代学术人才的一个重要特点。
特别值得注意的是，韩道高、芮意、王家驹、黄之玖等人，还精研诸子百家。经学、史学、诸子学在他们的观念中，已不是相互排斥，而是兼容的学说了。这反映了清代的四川学术的变化。尽管这一变化很微弱，但却是很有意义的。
就清代四川学者的著述看，五经方面的著述统计情况是这样的，《易经》类有十七部，《尚书》类四部，《诗经》类五部，三礼类共十一部，《春秋》类九部，总义类十部。与学者队伍中精《易》的人才最多相符，《易经》的著述亦最多，而四书类的著述达二十二部，又远在《易经》类著述之上。
史学的著述如下：编年类有费密的《历代纪年》四卷一部；纪事本末类有李馥荣的《艳预囊》五卷一部；别事类有费密的《古史正》十卷一部；杂文类有费密的《荒书》等十二部；传记类有彭遵泗的《蜀碧》等七部；史钞类有费密的《史记补笺》等五部；地理类有王家驹的《历代贡举合议》等两部；目录类亦有李调元的《西川李氏万卷楼书目》等两部；史评类有李拔的《史学绪论》等五种。与明代的四川学者史著相较，清代四川史学发生了一个明显的变化，就是比较接近现实的史学著作大大减少了，如政书类明代达十九种之多，清代却只有两种，约十分之一。
承继明代四川史学重方志的风气，清代的地方志著述成为历代四川最有成就的史学部类。据《中国地方志联合目录》的统计，清代九朝所撰的四川方志，就已经达到四百一十六部，令人惊叹，而其中最有学术价值的当推嘉庆年间编撰的《四川通志》。
《四川通志》是关于四川省的一部志书。早在明代及清嘉庆以前，就有过几次修编四川省志的事，并都有成书。如明代正德十三年（1518）、嘉靖二十年（1541）及万历四十七年（1619）就先后编著了三种《四川总志》。到清康熙十二年（1673），亦有刊行《四川通志》之举，乾隆元年（1736），又刊行过雍正时期所成的《四川通志》。嘉庆年间著成的《四川通志》，正是在总结以往四川省志的基础上，吸取所长，而形成的后出转精之作。
纵观元明清三代的巴蜀学术，元代巴蜀学者多流寓江南，明代有较大的发展，清代则在总体上落后于全国的学术发展。在巴蜀学术发展史上，这是较为低落的一个阶段，但巴蜀学术的基本优秀品质，仍得以传承，并为近代巴蜀学术的兴盛创造了条件。