经过两宋巴蜀学术人才辈出的鼎盛局面之后，元明清三代的巴蜀学术，除明代及清初的巴蜀学术较为可观外，总的状况是人才凋零，学术不振。但是，巴蜀学术在这一时期仍有发展，并出现了一些有全国影响的大学者，如杨慎、唐甄等人。
按照《四川通史》的划分，清代鸦片战争以后，定为四川近代史时期，本文所指清代，也以1840年的鸦片战争为界。然而，这种分界，就学术史来说，只具有相对的意义。因为学术史与社会的历史发展二者之间，并不是完全同步的。
一、元代的四川学术大略
建立元代统治的蒙古族，在社会发展诸方面都远远落后于中原的汉族，对中原及四川的征服是野蛮的掠夺式的。四川作为蒙宋反复争夺之地，受到的危害极为惨重。在宋代，四川人文繁荣昌盛，但经过蒙古军队与宋军近半个世纪残酷战争的摧毁，四川的文化学术遭到了毁灭性的破坏。
关于此点，元代的四川学者虞集深有感叹地说：“吾蜀文学之盛，自先汉至于唐宋，备载简册，家传人诵，不可泯灭。宋南渡以来，蜀在斗绝一隅之地，然而，文武忠孝之子，冠盖相望；礼乐文物之彭，德行学问之成，立功之言，卓荤彦畅；下至才艺器物之类，其见诸文辞亦沛然，非他州所能及矣。及丧乱以还，废轶殆尽。”（《道园学古录》卷三一。）巴蜀学术自秦汉以来形成的斐然成就，经宋末元初的战争而“废轶殆尽”。然而，巴蜀学术作为巴蜀地区的文化积累之一，是不可能被消灭的，它尽管受到了前所未有的摧毁，但仍顽强地存在并艰难地发展着。
在宋元战争中，许多四川的衣冠大姓顺长江流寓东南，其中有许多是宋代著名的士大夫家族。他们流寓东南，虽失去了昔日的富贵，但在文化学术上却作出了贡献。元代江南地区的许多学者都是四川人。例如原籍井研的牟山献、牟应龙父子都是东南的文化名人，牟山献“以耆年宿德，擅文章之柄，而雄视乎东南”（《黄义献集》卷六。）；其子牟应龙教授溧阳州，父子“自为师友，讨论经学，以义理相切磨，于诸经皆有成说，惟《五经音考》盛行于世。应龙为文长于叙事，时人求其文者车辙交于门，以文章称于东南，人拟之为眉山苏氏父子”（《元史·牟应龙传》。）。此外，黄泽、张须、虞集、虞盘等四川学者，都有名东南。元代四川的学术，无论是从影响，还是从学术成就来讲，都主要是由流寓东南的巴蜀学者所建树的。
元代四川在学术上有建树的学者并不多，但嘉庆《四川通志》仍载有十余人，除上面提及的诸人外，还有“究心于宋儒体用之学”的赵世延，被江南学者尊为“导江先生”的张须，以精《春秋》著称的刘彭寿、杜圭，文名仅次于虞集的谢端，穷究《周易》的王申子、赵采、任士林，讲求“性理之学”的浦道源，精通六经的林宽，官至翰林侍讲学士的邓文原等人。在这些学者中，成就最显著者应首推虞集，其次是黄泽。虞集另有专论，这里只简析黄泽以窥元代四川学者在学术上的成就。
黄泽，字楚望。原籍四川资州，侨寓九江。他早年即以明经学道为志，研经以至苦思成疾。黄泽治经，训诂、义理兼重，对经书的名物度数考覆精审，而又以程朱义理为宗。在他看来，圣人去世已久，经传残误，作注疏者颇多附会。因而，必须积诚研精，有所体悟，才能见圣人的本真。他经过长期精研，揭六经中疑义千余条，于各经都有辨说。于《易》，著《易经解》及《易十翼举要》、《忌象辨·象略辨同论》，又作《易学滥觞》，示以求端用力之方。于《春秋》，著《春秋经解》、《三传义例考》及《笔削本旨》，又作《元年春王正月辨》、《诸侯娶女立子通考》、《鲁隐公不书即位义》、《殷周诸侯帝袷考》、《周庙太庙单祭合食说》、《作邱甲辨》等十余通。于《礼》，认为郑玄深而未宗，王肃明而实浅，作《礼经复古正言》，对王肃的混郊邱，废五天帝，并昆仑神州为一；赵伯循言王者帝其始祖之所出，以始祖配之，而不及群庙之主；胡宏家学不信《周礼》以社为祭地等说，皆一一辨其非。于群经，有《六经补注》一书；对百家异言，著有《翼经罪言》一书。吴澄读其书，许为平生所见明经之士未有能及黄泽者；元代覃思文学，推黄泽为第一人。由于黄泽的巨大学术成就，他曾被推为江州景星书院山长与东湖书院山长，备受尊崇。而从黄泽训诂、义理兼重的治学学风中，可以看出元代巴蜀学者对宋学偏重义理的某种修正。
从元代四川学者的著述看，《易经》类有十二部，《礼》类有六部，《春秋》类有十四部，群经总义类有七部、四书类有二部。《春秋》类除杨如山的《春秋旨要》有十卷外，余皆无卷数，或作一卷，与现在一篇论文差不多，因此，元代四川学者的著述最丰硕的当推《易》类，这与四川历代重《易》及易学尤为发达的学风是有联系的。而黄泽、王申子、张须等几位著名学者的著作，就占了元代四川学者在经学方面著述的大部分。
史学方面，《四川通志》仅列有八部元代四川学者的著作：虞集的《平猺记》一卷，邓文原的《内外制集》，费著的《氏族谱》、《成都志》、《岁华纪丽谱》，由冯复凉、郭荐等同撰的《大德昌国州图志》七卷，虞集等的《经世大典》，谢端的《正统论》。
无论是从学者，还是从其学术著述看，元代四川学术与宋代相较都有天壤之别。而有成就的学者几乎都是寓居川外的蜀人，留在四川本土的学者则相形见绌；著述也主要是寓居川外的蜀人的成果。寓居川外的巴蜀学者的学术活动与成就，促进了巴蜀学术与全国学术的交流，对当地学术的贡献，有着特殊的价值。
二、明代的四川学术概略
经过元朝一代的四川本土学术的大衰落，明代四川在社会较为安定、经济相对发展、人口增加的各种有利条件下，学术也逐步发展起来，并涌现出了具有全国影响的学者，如杨慎、来知德。而明末清初的思想家费密、唐甄，从思想史的划分角度看，最好归于清代学术的范围。
明代四川学术的发展，首先反映在学术人数的增加上。与元代四川本土学者仅能列举寥寥几人相比较，明代通经、史的学者几乎是各地随处可见。
仍以嘉庆《四川通志》为据，从中可以看到，明代四川本土人才的众多，而且学术造诣的广博，都是元代不可比拟的。就经学言，明初的杨敏，字学可，新都人。元末在昆明讲论六经，名重一时，明初返蜀，以经学教授，座下无虚席，被尊为清风先生。其后，以明经著称者，更不乏其人，仅以明经入仕的人就有郫县人王纪、成都人齐琼芳、江津人周礼山、德阳人罗世守、茂州人支凤、济川人孟时正、垫江人邹成以及宋守拙、王邦政、傅嘉行等人。至于没有做官入仕的学者就更多了。分析这些学者的情况，可看出明代巴蜀学术的三个特点：
其一，在研究儒家五经的学者群中，仍以易学学者占绝大多数。《四川通志》载明代研究儒经的学者达十七人之多，其中就有十二人治《易》或有易学专著，占70％以上。
其二，学者多以程朱理学为宗。《四川通志》载有“昌明道学”、“深得程朱理要”、“讲明理学”、“究心濂洛”、“讲性理之学”的学者十余人，其中多数都有相关的论著。这种状况与明王朝以程朱理学为正宗，以《四书集注》命题取士有密切联系，它反映了统治阶级文化政策对学术的影响。
其三，许多学者都经史并重，既是经学的专家，又是史学的专家。如邓缜、李作舟、郝世科、席复、席春、吴宪等人，杨慎更是其典型代表。经史并重是宋代四川蜀学的一大特点，明代四川学者不乏经史并重的人才，这是宋代蜀学优点在明代的继承和发展。这不仅见于士大夫之中，连杨慎的夫人黄娥，也以“博通经史”而著称，足见此种学风在明代四川是如何盛行。
明代四川学者的学术著作，也具有如上三个特点。如关于儒家五经的著述，《书经》类有四部，《诗经》类有五部，三礼类总共为十部，《春秋》类有九部，而《易》类达十七部之多。在这些易学著作中，不仅有来知德的《周易集注》这样的名著，还有其他颇有建树之作，如熊过的《周易象旨决录》一书，《四川通志》的《经籍·经部》介绍说：
过因蔡清《蒙引》陈义，而不及象，故作此书。名《决录》者，犹言定本也。其说远溯汉学，虽未必遽追梁、孟，然义必考古，终胜明人幻渺之谈。杨慎曰：“叔仁《易象旨》一书多以易数为主，而引伸触类，继绝表微，条贯叶分，可谓择之精，而语之详矣。”刘屠曰：“《象旨》多圣贤所未发，如形而上、形而下道器之辨，迥异于古人，大抵折衷群言，会归一统。”
从中可以看出熊过此书的成就。明代四川学者的经学著作在质与量上，都首推《易经》，这既与蜀学历来重《易》有关，又与明代学者以精《易》的人才为最多的结构直接相关联。