于是，廖平感到只讲孔子为中国立万世法，将“使圣经囿于禹域，则袄教广布，诚所谓以一服八者矣！……则五大洲中仅留尼山片席，彼反得据彼此是非之言以相距，而侵夺之祸不能免矣”（《地球新义提要》，见《井研县志·艺文志三》。）。只有在经学第二变的基础上，把孔子神化为全球之圣，将六经鼓吹为全球万世法，才能免除西方侵夺之祸，解决中西矛盾。正是基于这样的感受，廖平提出了他的经学第三变。
要把孔经神化为全球法典，说明有所谓解决中西矛盾的大统说，首先必须论证孔经有全球的世界观念。而《周礼》言疆域，有方三万里、九服诸说，较《王制》方三千里大得多。又《周礼》十一言“周知”，郑玄注：“周，扰遍也。”廖平因而据之，以《周礼》为周知天下的大统经典（《周礼新义》。）。可见，经学第三变以《周礼》为孔子大统之书，同经学第二变以《周礼》为刘歆作伪的产物，观点虽正相反，但都是企图从孔经中寻求解决近代中国社会矛盾的理论表现。
经学第三变的产生，还有认识方面的原因，这就是廖平所说，他考先秦诸书，发现《周礼》之说并非孤证，而在秦汉典籍中比比皆是。又读《诗》、《书》、《易》，发现“小大连文者，小字皆在大字上”，如小共大共，小球大球等，乃知“先小后大，由内推外”，即由中国推世界，小指中国，大指全球，而启小统大统（《经学三变记》。）。同是一部《周礼》，同是那些秦汉典籍，经学第二变认为二者全反，现在则以为两相印证，这种迥然不同的认识转变，与从小大连文推衍出治中国、全球的小统大统这种荒诞的认识，如果不是中西矛盾的时代刺激是绝不会产生的。正是中西矛盾的影响，并为了解决这个矛盾，才使廖平有此认识转变和荒诞认识。因此，认识方面的原因相对于中西矛盾的作用而言，只是第二位的原因。
经学第四变名人学天学。所谓人学天学，是说孔子改制，不仅适合六合以内的人类，也适合六合以外的天体。孔子为六合以内所立之法是为人学，替六合以外所建之制即为天学。天学是人类最美好的制度，但要千万年后才能实现。天学以人的灵魂漫游六合以外为神游说，以道教的飞升、佛教的成佛为形游说，其形游的天堂世界为最高境界。同经学第二、三变相比，廖平的经学第四变虽然是前两变的经学理论的发展，但又有极大的不同。这就是他的尊今抑古、小统大统都具有强烈的现实针对性，而他的以讲天学为重心的经学第四变，则从现实的当今转到虚缥的千万年之后，从人类生存的地球转到空幻的天体，再也不具有前两变的理论所具有的现实感了。
廖平自己说，经学第四变的产生是因他“考《中庸》，动言至诚、至道、至圣、至德，于圣、诚、道、德之上别加一至字”，而知在言圣诚道德的人学外，尚有更高的天学。另一方面，则因“梵宗有感悟”。不可否认，《中庸》和佛教诸书给廖平的天学理论提供了思想材料，但从这些思想材料中能诱发出人学天学的理论，则又另有其原因。
这个原因，就是廖平企图用他的经学理论来解决近代中国现实矛盾的主观愿望破产了，但又继续迷信孔子和孔经。从1887年开始，廖平讲了十年孔经是中国万世法，又讲了十年孔经是全球万世法，宣称孔经是解决古今矛盾和中西矛盾的法宝。但由于孔经在近代中国只能是被时代所批判、否定的东西，因而决定着廖平的经学理论只能是一种与历史背道而驰的主观意愿，其必然的结局只能是惨痛的破产。虽然有崇今文经学者，因尊今抑古，而对经学第二变以某些肯定；信古文经学者，又因讲《周礼》是大统文书，而对经学第三变以几句好评。但只要不囿于经学的宗派偏见，无不对他的经学理论持否定态度。然而，“道之不行”，并没有引起廖平对自己的经学理论的反省批判，相反，在他看来，这正证明孔子的伟大、六经的绝对。因此，当廖平的经学理论在现实中破产后，他就只好遁入六合以外、千万年后的空幻的天学之中去了。
经学第五变名人天小大。这一变除了综合经学第三变的小统大统，与经学第四变的人学天学，对前两变的理论加以会通修补，并强调经学第四变早有的孔子造字说外，根本没有提出什么新东西。因此，实不配称一变。这一变的形成，不过是廖平有见于人们对他经学理论的批评，而对自身理论的修补。
以《内经》的五运六气解《诗》、《易》天学，是廖平的经学第六变。自讲天学以来，廖平多引道教、佛教为说。而道、佛与儒的对立，是一个基本的历史事实，因此，廖平的天学只能被人视为怪诞。这使得廖平感到他的天学理论需要作必要的完善，于是从《内经》中找到五运六气的理论，以论证他的《诗》、《易》天学。廖平之所以用五运六气来系统地论述他的天学，又有两个原因。
第一，与经学第三变以来的思想发展有关。廖平的经学第三变已把《内经》引入他的经学理论，将《内经》的五行学说附会为五大洲的符号，把《内经》的九针与邹衍的大九州相比附，以论证所谓大统说。到了经学第四变，《内经》又被上升为天学之书，作为《诗经》的师说。经学第五变时，廖平又以《内经》的五运六气，与《齐诗》的四始五际、五情六性相发明。可见，以五运六气解《诗》、《易》，乃是廖平经学理论多年发展的必然继续。
第二，同廖平晚年喜研医学有关，廖平晚年很喜欢研究中医典籍，他自己说得很清楚，他研究中医主要的不是为了治病救人，而是要纠正中医不合古法的错误，所谓“余著医书二十多种，专驳《难经》之难古法，……或有嘲余者，吾撰书志在医医，不在治病”（《文学处士严君家传》。）。《内经》一书是中医最古的权威典籍，廖平恢复中医古法，主要依据的就是《内经》。毫无疑问，廖平医学研究用功最多的是《内经》一书。正是在深入研究《内经》的基础上，他才提出了经学第六变。
《内经》的五运指金木水火土，六气指风湿火热燥寒。所谓天六地五之说，五运属地，六气属天。五运六气的理论把天、地的自然变化与人的生理病理变化，看成一个相互作用和相互影响的系统，含有天地人合一的思想，这与儒家的天人合一哲学有某种相似之处。用它解《诗》、《易》天学，较用道、佛论证孔经天学更为合适，而且，可以借五运六气，把孔子神化为贯穿天地人的圣人，将孔经神化为天地人普遍适用的绝对法则，解决天学人学的融通问题。因此，廖平要用五运六气解《诗》、《易》天学，并自诩使半生未解之结获得了大解脱。
以上的分析可以说明廖平经学六变每一变产生的原因，但还不能说明经学六变的总根源，要了解经学六变的总根源，还得分析每一变所共有的原因。
廖平经学六变变因虽异，但却贯穿着尊孔尊经的基本观念。从经学第一变进到经学第二变，是为了论证孔子是中国万世之圣，孔经是中国的永恒法典；经学第三变、第四变，则是把对孔子和孔经的神化，推广到全球范围和无限天体；而经学第五、第六变，则是对孔子和孔经神化的完善和补充。正如廖平自道：“平毕生学说，专以尊孔尊经为主。”（《孔经哲学发微》。）而在廖平生活的近代中国，作为封建偶像和经典的孔子与孔经，业已成为历史所否定的东西。这样，廖平的尊孔尊经基本观念与社会历史的客观发展之间，就必然形成矛盾。这个矛盾就是经学六变得以形成的总根源。
在这个矛盾中，由于廖平固执尊孔尊经的基本观念，因而就不可能顺应历史发展的客观要求，相反，他却企图用他的理论来规定历史的发展。但是，历史发展是客观的，它并不屈从廖平个人的主观意愿。这样，在个人与历史、主观与客观之间，就形成一种不相容的冲突，而冲突的必然结果只有一个，就是廖平经学理论受到历史的否定。否定的结果反而坚定了廖平尊孔尊经的基本观念，而社会的批评又迫使他为维护尊孔尊经的基本观念去修补自己的理论。于是，在廖平的理论和历史发展之间，就形成了现实不断否定理论，理论不断变化，又不断被否定的恶性循环，这就形成了廖平一变又一变的经学六变。因此，廖平一生思想数变，乃是一种必然的趋势。
廖平虽经学数变，但因固执尊孔尊经的基本观念，又使得他的经学六变呈现出愈变愈怪、愈变愈玄的特点。这是因为面对历史的否定和社会的批评，廖平要使人接受他的理论，就不得不为其理论不断作出新的论证。而在古今中西交汇的近代中国的历史条件下，古今中西的各种学说都成了廖平附会其理论的材料，且这种附会随着经学六变的发展而不断加剧。古今中西的各种学说有着各自的界限，把它们用来作为尊孔尊经的材料，这只能使廖平的经学成为怪诞不经的东西。因此，廖平经学六变愈变愈是荒诞，同样是一种必然趋势。这样，廖平耗尽大半生心血所建造的经学理论，理所当然地只能落得个被历史所否定的悲惨结局。