廖平是近代中国的经学大师。梁启超、范文澜、钱穆、周予同等著名学者论及廖平的经学时，都以自相矛盾、玄妙怪诞予以评价。其实，每一个思想家的思想都有其内在的发展逻辑，廖平也不例外。而把握住这一逻辑，无疑是达到对某一思想深入贯通理解的前提。这一点对廖平这样一生思想数变的思想家来说尤为重要。
自成名以来，廖平的经学前后学经六变。经学前三变都围绕着分析《王制》与《周礼》立论，经学后三变则引进《诗》、《易》为说。因此，学术界多将廖平的经学六变分为前三变和后三变两个阶段。从总体上说，廖平的经学六变的确可以分为两个阶段，但这两个阶段应划分为对经学史研究的经学第一变，与其经学理论建构的经学后五变。再进一步划分，则又可以把经学后五变划分为经学第二、三变与经学后三变两个阶段，从而将廖平的经学六变划分为三个阶段。而经学第二变是由第一阶段向第二阶段转变的标志，经学第四变则是进入第三阶段的标志。因此，在廖平经学六变的三个阶段的发展逻辑上，经学第二变与第四变是两个关键点。如果说，经学第二变标志着廖平经学由史向论的转变，那么，经学第四变则标志着廖平经学理论建构由现实向空幻的转化。
一、由史到论的转变
经学第一变是廖平经学六变的第一阶段。在这个阶段上，廖平基本上是以一位经学史家的身份，从事经学史的问题的研究。
廖平的经学第一变名平分今古。今古是汉代今文经学与古文经学的简称。今文经学与古文经学是汉代经学的两个基本派别，自汉以来，今古之分就一直是一个悬而未决的纷争问题。清末重提今文经学与古文经学之争，汉代今古之分又成为当时理论界的一个热点。平分今古正是对汉代今古之分这一经学史问题的解答。
平分今古反对偏袒今文经学或古文经学的门户之见，认为今文经学与古文经学如水火相反相济，如陆路与水路皆不可偏废。并辨析了前人有关今古之分的各种理论都不足为据，进而提出了今古之分的根本在于礼制这一崭新的论点，解决了今古之分这一两千年来悬而未决的重大问题，获得了当时学术界的极高评价，以至有的学者将平分今古之论与顾炎武发明古音韵、阎若璩考辨《伪古文尚书》并列，誉为清代学术三大发明。
廖平的平分今古之论所依据的材料是东汉许慎的《五经异义》一书。该书收录了汉代今文经学与古文经学两派对五经经义的不同说法，是研究汉代今古之分的第一手资料。廖平运用分析综合的研究方法，从这些资料中发现，凡今文经学的学派论说礼制皆以《王制》为宗，而古文经学的学派论说礼制全以《周礼》为主，由此系统地论说了今文经学与古文经学在礼制上的区分。因此，廖平的平分今古完全是依据经学史的材料，对经学史的问题的研究后所得出的结论。
到经学第二变，廖平已经主要是以一个经学理论家的身份，来从事经学理论的建构了。自此以后，廖平的经学虽也涉及经学史的某些论说，但经学史的研究已不是廖平经学的主题，而是服务于其经学理论建构需要的。
经学第二变名尊今抑古，即尊崇今文经学，贬抑古文经学之意。从名目上看，廖平的经学第二变似乎完全是以汉代经学史为研究对象，其实不然。深入理解廖平的经学第二变，这一点就很清楚了。
廖平在经学第二变分别为尊今与抑古，著有《知圣篇》与《辟刘篇》。“辟刘”针对刘歆而发，认为在西汉哀平年间以前，经学皆今文经学，祖孔子，宗《王制》，道一风同。古文经学则起于刘歆作伪。刘歆作伪的目的在政治上是为迎合王莽篡汉，在学术上是为报复今文经学博士。作伪的手法有二个，一是攻五经不全，一是抬出周公以敌孔子。由辟刘进而从根本上否定古文经学，这就是《辟刘篇》的内容。无可否认，廖平讲抑古的确探讨的是经学史的问题。
但《知圣篇》名为尊今之作，却实为尊孔尊经的理论建构。在这部著作中，廖平提出经学研究的根本任务，是探求孔子隐寓在六经之中的微言大义。廖平认为，六经微言大义的核心，就是汉代《公羊》学讲的素王改制，但《公羊》学只讲孔子为汉制法，不讲孔子为中国立万世法，又远未穷尽素王改制的义蕴。因此，廖平的所谓知圣，实是以孔子为中国立万世法的尊孔尊经理论。
在“知圣”与“辟刘”之间，“知圣”是重心，“辟刘”只是为说明“知圣”的论据。廖平曾再三强调，他的辟刘是因为刘歆作伪，蒙蔽了孔子为中国立万世法的经学微言大义，辟刘的目的是为阐明“知圣”服务的。因此，廖平经学第二变虽有关于汉代经学史的探讨，但这种探讨只是从属于他的尊孔尊经理论的。廖平晚年总结自己一生的思想，自道尊孔尊经是一生不变的宗旨。他的自道可以说是对其自经学第二变以来经学理论的合于实际的总结。
廖平的经学史研究与经学理论建构这两个阶段，存在明显的基本差别，其主要之点有：第一，经学史研究阶段的探索对象及所依据的史料都是客观的，而经学理论建构则以尊孔尊经为基本观念，将经学史的、以至古今中西的各种思想材料，都用作尊孔尊经的论据。就是说廖平在经学史研究的经学第一变能够以一个史学家的历史的严谨态度，来客观、科学地研究历史的问题；在经学理论建构的后五变，廖平则将一切可以利用的思想材料，都主观化为尊孔尊经的理论成分。
第二，在经学史研究阶段，廖平能够运用较为科学的研究方法来分析问题。他的平分今古之论就是主要依据分析与综合相结合的方法所得出的结论。他不仅比较分析了今文经学与古文经学的异同，同时综合了二派的基本点，才从众多的分歧中，找到礼制是今古区分的根本所在。而经学后五变的理论建构，因为以尊孔尊经为预定的基本观念，在方法上就必然地陷入主观附会一途。廖平经学后五变的尊孔尊经理论，无一不是借助主观附会建立起来的。正是依靠主观附会，廖平才从孔经中发现了所谓治中国的万世法，治全球的永恒法则，治理无限宇宙的原则，以至古今中西的一切不过是早已隐寓在孔经中的已有之义。
第三，经学史研究的经学第一变所得出的结论平实可信。虽然经学第一变的某些说法，如《王制》为孔子手定之书，不一定正确，但以礼制分今古的基本结论，却是经得起汉代经学史检验的。因此，廖平的平分今古之论能受到学术界的极高评价，连章太炎的老师俞樾也以“不刊之论”相评许。而自此以后，治今文经学或古文经学的学者，无不循平分今古之论以造说。
但经学后五变的经学理论，则多荒诞不经。如经学第二变讲孔经是中国万世法，第三变又讲孔经有全球治法，经学第四变又讲孔经包容宇宙。而尊孔尊经理论的每一变化，廖平总是相应附会古今中西的思想材料，将不同时代、不同地域、不同民族的各种思想材料融为其理论的一部分。因此，范文澜、钱穆等著名学者说廖平经学愈变愈玄，愈变愈怪，荒诞不经，不知所云。以此来评判自经学第二变开始的经学理论建构，是完全正确的。
第四，在经学史研究与经学理论建构这两个阶段上，廖平对孔子和六经有着两种根本不同的观念，这突出地体现在他对素王改制说的解释上。
廖平的平分今古之论有一个论点，就是用孔子早、晚异说解释今古之分的形成。而素王改制说正是对孔子晚年改变早年之说的解答。根据古代文质递变说，廖平认为周主文，周末文弊太深，孔子晚年有见于此，主张改文从质。质即素朴之意，故以孔子改文从质称为素王改制。在廖平看来，周末主张改制是普遍现象，诸子皆然。因此，经学第一变的素王改制说是把孔子看做与诸子一样的历史人物，是把素王改制看成改周之文、从殷之质的一种文质递变说，它与汉代《公羊》学的素王改制学的神怪之说完全不同。
而经学后五变的素王改制说，则完全是发挥《公羊》学的今文经学神怪之说。自经学第二变起，廖平就以为孔子被称为素王，是因为他是受命于天，有帝王之德，而无天子之位的圣人。素王改制，即孔子代天立法。可见，廖平在经学理论建构阶段的素王改制说，是以唯心论的天命观为基础的。正是基于对唯心论的天命观的迷信，廖平才真诚地相信孔经有所谓治中国、全球乃至宇宙的万世法，而相继有其经学后五变。这种以唯心论天命观的素王改制说所讲的孔子，已非历史人物的孔子，而是成了不同于人的神。