当麦克阿瑟发现他的一些愚蠢行动后，就坚决迅速地予以纠正。比方说，凯西得知利夫·斯维尔德鲁普愿意主动向军队提供服务，对此很高兴，因为他是美国最成功的土模工程师之一，也是大型建筑工程的专家。凯西很快起草了一份电报发往五角大楼，推荐授予斯维尔德罗普上校军衔，并将他分派到西南太平洋战区总司令部。作为例行程序，他将电报交给萨瑟兰，希望他能把电报交给麦克阿瑟。但萨瑟兰对现代战争工程的作用一无所知，并且想显示一下原本并不属于他的全力，粗鲁地将电报扔到一边，说道，“我不同意。”
凯西十分生气，一把抓起电报，在萨瑟兰还没反应过来前，就直接走进麦克阿瑟的办公室，告诉他斯维尔德罗普是一位出色的工程师，能监管如机场、港口等可能需要大型工程项目的建筑，并给他看了看电报。麦克阿瑟立即签上“同意。麦克阿瑟”。这一次萨瑟兰受挫了，但他有很多次可没受过挫折。
1944年1月，麦克阿瑟正计划接下来的战事，澳大利亚军队已经将日军逐出了休恩半岛北岸。1月15日，澳大利亚军队占领了海滨小城锡奥，这个地方是日军成功监守两个月的地方。澳军搜索海滩试图找到饵雷，却挖掘出更有价值的东西，一个被匆忙埋起来的装满日军密码本的箱子。密码本的封面已经被撕掉，可能是被送到东京以证明这些密码本已经被销毁。当将这些密码本空运到中央局麦克阿瑟的解码员那里时，他们几乎都不敢相信自己的好运。一年多来，他们费劲心思，但每个月只能破解200到300条日军信息。现在有了第20师的整个密码库，他们可以每天读出500多条信息，容易得就像是这些消息是用小孩们的黑话传递出来的一样。
中央局将破译结果送到麦克阿瑟的参谋长助理查尔斯·威洛比准将那里，他负责处理有关作战情报的一切事务。威洛比对拿到的所有情报进行分析，不论这些材料来自中央局的解码员，还是来自打入敌人内部的特工、空中侦察、日军俘虏的审问口供还是敌军文件的译文。
他的评估结果可能几乎每天都不相同。威洛比习惯做出一些相互矛盾的评估，就像一个人试图盖住硬币的两面或至少要盖上它的背面那样。他的一些评估结果往往大错特错。他经常否定澳大利亚的情报总结，包括那些预言日本企图占领莫尔兹比港的情报。萨瑟兰公开地憎恨他，可能是因为他接近麦克阿瑟不受任何限制。其他军官也看不起威洛比，认为他自命不凡，实际上资质平平，他能被提拔到重要位置是由于他对麦克阿瑟像狗一样的忠诚。正如总司令部另一位参谋长说的，“威洛比是美国陆军所有情报官中最有远见”。肯尼也直言不讳地说，“比起情报人员，威洛比更适合做一名历史学家。”
从1943年整个军事行动来看，可以注意到，麦克阿瑟似乎对威洛比向他提供的情报并不重视。没有一次军事行动因为威洛比做出的分析而取消，也没有一次军事行动是根据他的分析而发动的。麦克阿瑟就是按照他自己的意愿采取行动，而不考虑情报如何。但到1944年，由于可用情报的数量和质量都有所提高，情形就不同了。麦克阿瑟逐渐开始依赖于情报，尤其是信号情报，也称为“厄尔特拉”来指导他的行动。
然而有一件事并没有改变，那就是他决心全面控制西南太平洋战区的情报活动。美国陆军部既关心效率又注重保密，因而一再努力试图让麦克阿瑟的情报活动同在华盛顿附近的阿灵顿山上的陆军通信兵的主要破译中心的活动保持协调。马歇尔想对世界范围内的“厄尔特拉”信号的处理实行严格统一的控制。为了这个目的，他还培训了少数“厄尔特拉”联络官（通常是精通金融的律师）。他们决定谁负责“厄尔特拉”解码并确保处理这些解码的安全性。这一安排被其他战场司令官所接受，但麦克阿瑟却设法抵制。他坚持所有派到西南太平洋战区来进行情报活动的人都必须由他指挥。中央局在技术知识交流方面与阿灵顿保持密切关系，除此之外，中央局仍由麦克阿瑟指挥，同样地，那些勉强允许进入他的战区的“厄尔特拉”联络官实际上也在他的控制之下。
同时，战略情报局也想在西南太平洋战区建议一个立足点。该局由麦克阿瑟以前在彩虹师的战友多诺万指挥。他曾获得过荣誉奖章，外号是“野比尔”。1944年前该处在五六个国家搞过地下工作，而他们未来的计划更雄心勃勃。多诺万一再要求麦克阿瑟能同意该局在西南太平洋战区活动，但每次都失败了。麦克阿瑟在1943年8月告诉马歇尔，“我坚决反对在这个战区建立一个和总司令部直接有关的地方情报机构，而不受总司令指挥和控制。”而且他一直坚持这一立场。
给多诺万写传记的每位作者都试图编造一些麦克阿瑟和多诺万之间有宿怨的事来解释上述情况，据推测可以追溯到他俩在彩虹师的时候，起因是麦克阿瑟嫉妒“野比尔”获得了荣誉奖章。但是，没有任何证据证明这种嫉妒，即使是其他人来指挥该处而不是多诺万，麦克阿瑟也是同样坚决要控制自己的战区。而且尼米兹和麦克阿瑟的态度相似，他坚决反对让该处在他所指挥的三个战区内活动。据悉，尼米兹和多诺万之间不存在任何宿怨，因为他们从未见过面。
麦克阿瑟总是十分警惕保持对自己战区的情报活动进行完全控制，他个人对那些涉及菲律宾情况的情报有着浓厚的兴趣。1943年春天，他设法派考特尼·惠特尼调到他的西南太平洋战区。惠特尼是他在马尼拉的老相识，以前是航空兵飞行员，曾在马尼拉当过13年律师，在那里他和麦克阿瑟都是共济会成员，和奎松关系都很好。1940年，他再次服役，在分到总司令部前他在空军情报出干了将近3年。当他抵达布里斯班，麦克阿瑟像迎接老朋友一样欢迎他，并让他管理菲律宾的游击队。他的任务是改进游击队组织，给他们提供补给，并获取情报。他要发动一场宣传活动，以破坏日军的占领，通过激起人们的反抗情绪，为最终解放这个岛屿众多的国家铺平道路。惠特尼直接向麦克阿瑟汇报，而不是向威洛比汇报。
惠特尼起初有些惊讶，之后大受鼓舞，他等麦克阿瑟说完后，起身告辞，说道，“将军，我将在3个月之内根据我在马尼拉特工那里得到的情报向你定期汇报。”麦克阿瑟感到很惊讶，想了一会，笑了，对惠特尼的热情很欣喜。“如果你失败会受到什么惩罚呢？”他问。这个问题，尽管是随便说说，却一直悬在空中。
自从科雷吉多尔沦陷后，惠特尼对菲律宾的近况几乎一无所知，看来他要实现他诺言的前景似乎不太光明。在这次会见后的几个周内，奎松的私人医生，埃米德吉奥·C·克鲁兹医生一天晚上离开美国来到布里斯班，坚持要见麦克阿瑟。奎松要克鲁兹前往马尼拉，同曼纽尔·罗克萨斯将军讨论菲律宾的形势，再回去向他报告。麦克阿瑟认为这个计划异想天开，毫无希望。他告诉克鲁兹他能够进入马尼拉最高的几率也就10%，至于进去后还能不能再出来，他坦率地说，“你的机会是零。”不过他还是让克鲁兹飞往珀西，并乘坐“长尾鲨鱼”号潜艇前去菲律宾南部与游击队碰头。
不久，惠特尼提供了一条重要信息，是关于科雷吉多尔岛沦陷后的事。美国空军的三位军官威廉·E·戴维上尉、史蒂文·梅尔尼克少校和梅尔文·H·麦克洛伊在游击队的帮助下从达沃岛的流放地逃了出来。7月初，“长尾鲨鱼”号潜艇把他们带了出来。戴维在巴丹“死亡行军”中幸免于一死，巴丹“死亡行军”是真正中最残忍的一幕了。
麦克阿瑟接见了这三位死里逃生的军官，十分动情地听了他们讲述日军是怎么对待他们的战犯的事。他紧绷着下巴，说道，“日本人将为这些侮辱和折磨付出代价。”他向这三位授予了“服役优异十字勋章”。
他请求陆军部能允许他将这他们向他提供的信息向新闻界发布。罗斯福总统指示马歇尔拒绝麦克阿瑟的要求，他担心公布消息后，必然引发公众的强烈抗议，而这可能会危及已经在进行的敏感谈判，而谈判的目的是让日军允许国际红十字会进一步向战俘营提供服务。直到1944年1月这些消息才公之于众。
麦克阿瑟指示惠特尼将游击队的活动限于收集信息并同澳大利亚保持联络。向日军发动一些无关痛痒的进攻，从而让无助的菲律宾人民遭受报复，是没有意义的。而且他不想让日军知道游击队的网络有多大。如果他们知道了只会引起他们发动一场大规模战役将其铲除。
卡洛斯·罗慕洛建议说，有一个办法可以让菲律宾人保持他们对解放寄予的厚望，这个办法就是让麦克阿瑟这位几乎每个菲律宾人都仰慕的人做出个人承诺。为什么不给这个岛国提供诸如铅笔、糖块、缝制品和香烟等易带、价廉而又极其短缺的小物品呢？可将这些小物品包装起来，一面上印制美国和菲律宾的共和国国旗，另一面附上“我会回来的”字样和麦克阿瑟的签名。惠特尼提交了一份支持罗慕洛这个想法的备忘录。麦克阿瑟在备忘录下大笔一挥：“没意见。我会回来的！麦克阿瑟。”
1944年元旦，澳大利亚军队迅速逼近休恩半岛北岸。1月2日，麦克阿瑟派3000人在休恩半岛西边约100英里处的塞道尔登陆并发动一场包抄撤退回军的军事行动。美军指挥官克拉伦斯·马丁准将将一直待在水际滩头。即便是在他的部队得到增援后，兵力达到7000多人，他还是决定不深入内地。于是日军得轻易绕过塞道尔，从而打乱了麦克阿瑟的意图。虽然如此，此次行动使同盟国的部队沿新几内亚海岸比一月前又前进了100英里。
同时，麦克阿瑟让总司令部草拟了进攻汉萨湾的计划，汉萨湾位于塞道尔西北约150英里处，拥有一个天然良港，附近还有一个很好的飞机场，显然是个值得攻占的目标。然而，麦克阿瑟却打算先攻占腊包尔，再攻打汉萨湾。一方面，他需要为第7舰队赢得巨大的良港，另一方面，他又要保证前往菲律宾时自己的右翼的安全。
麦克阿瑟对着政府大厦挂在墙上的大副地图沉思，他在设法避免强攻腊包尔。据悉日军在腊包尔有7到8万驻军，防守坚固，火力很强。尽管日本帝国海军已经撤出，其空防能力也有所减弱，腊包尔仍然难以对付。在1943年8月和哈尔西的一次会见中，他俩一致同意采取以下战略：“尽量避免击虚，不以直接进攻来获得占领区”。
1月26日，麦克阿瑟64岁生日那天，他参观了艾克尔伯格的位于罗克汉普顿的第1军司令部。他说他想和“布纳战场上的胜利者”合影，并想视察一下第32师。当麦克阿瑟事先没通知就出现在司令部时，该军正在指挥所演习。艾克尔伯格既惊讶又尴尬。麦克阿瑟发现艾克尔伯格正在丛林中，一身穿戴就像是马上要打仗似的，显然因为他忘记了这是他上司的生日而很懊恼。麦克阿瑟钻进一辆吉普车，艾克尔伯格开车，四周都挤满了摄影师。让艾克尔伯格吃惊和反感的是，西南太平洋战区总部后来发表了那天拍摄的一些照片，说明文字是“麦克阿瑟将军在前线”。
麦克阿瑟和艾克尔伯格共进午餐时心情很好。一些重大战略决策正要制定，麦克阿瑟说道，他要对陆军部采取强硬路线。“我告诉他们，他们必须起用我，否则我就回国。我已经完成了防御任务。现在，我们通往澳大利亚的供给线已获得安全。两天后，我就成功了。哈尔西现在归我领导。我有36艘坦克登陆舰，我还需要增加12艘，但如果需要的话，我会使用自由轮。”
“尼米兹想要攻占腊包尔以北的岛屿，但塔拉瓦把海军将领们吓到了，所以他们现在计划攻下几个未设防的珊瑚岛。我用断绝粮草的办法在4个月内拿下腊包尔……4月，第1军将进攻汉萨湾……尼米兹必须保护我的右翼，我将让腊包尔断绝粮草……我要在这里派驻一个集团军，至少4个军……阿诺德赞赏我把所有空中力量汇集在一起，组成一个最庞大的空军集团，因此也很支持我的计划。”
尽管参谋长联席会议在数月前就指出腊包尔不再是麦克阿瑟的进攻目标，但他一直对腊包尔念念不忘。1943年8月魁北克会议之后，他接到关于他应遵循的战略的清晰而明确的指示：“利用飞机和船舰运载部队沿新几内亚北岸逐步前进，向西直到乌头半岛为止。”
麦克阿瑟对这样的战略指示深感愤慨。正像肯尼发现的那样，“麦克阿瑟认为远离华盛顿一万英里的指挥官应该有权决定作战，华盛顿的职责局势挑选一位出色的将军，给他提供作战手段和资金，并支持他打赢战争，同时使战争快结束时，以节省资金，减少人员伤亡。这就是他的观点。”
麦克阿瑟对战略的思考还受到了布纳之战几乎灾难的影响。他认为，只要有可能，就应该从日本的防御据点之间插过去或从周围绕过去。他论述了避免和敌军主力正面作战的种种优点，这类声明曾使当时的记者们把麦克阿瑟描写成历史上率先以这种方式打仗的指挥官。他本人从没这么说过。麦克阿瑟所说的是对的，他提倡的战略“和战争本身一样古老”。