到处都找不到曹汝霖，于是，心中怒火熊熊燃烧的学生们就将曹家的家具又大砸大摔了一通，然后就满宅满院地放起火来，要将曹家这座富贵魔窟给烧光。火烧起来之后，有些学生忽然发现，地下室的锅炉房里正躲着三个人--章宗祥、丁士源和中江丑吉。学生们冲进了锅炉房，误将章宗祥认成了曹汝霖，于是立刻就把章宗祥揪住、暴打了一顿！那章宗祥早在亡清末年他自己还是一个学生的时候，曾被他的同学们说成"绝顶聪明人"，此时，在这些暴怒的爱国学生面前，他唯有将他的"绝顶聪明"全都用于躺在地上装死！待学生们走了之后，中江丑吉将章宗祥扶了起来，两人一起相互拉拽着，逃到了曹家附近的一家卖油盐的小铺子里。然而，他们才躲到那里不久，章宗祥又被学生们给认了出来，于是，学生们将他拖到小铺子的大门口，问他到底是谁。章宗祥抵死也不敢说出自己的姓名，结果，学生们就又将他暴打一顿，直打得他真的失去了知觉。学生们又抓起铺子里待售的松花蛋之类，把它们乒乒乓乓砸在章宗祥的身上……
暴打章宗祥的一群学生中，就有平时很少与人打架的邵东波与王光勤，而且，他们二人都打得特别英勇！
学生们"火烧赵家楼"，事情闹大了，吓得警察总监吴炳湘与步军统领李长泰连忙亲自带了警察、保安队之流共三百余人赶到了赵家楼胡同。这时，游行示威队伍的大批人员已从赵家楼胡同撤退了，于是，吴炳湘与李长泰就带着警察、保安队在赵家楼胡同、还有东单附近将落队的学生们用木棍、枪托大驱散了一通，并逮捕了其中的三十二人--北京大学的学生二十人、北京高等师范学校的学生八人、北京法政专门学校的学生二人、中国大学的学生二人，这次"五四"游行示威的总指挥傅斯年还有曹永、张德等人都在被捕之列。傅斯年等三十二人被捕的时候，双手被用粗绳子绑缚到身后，谁若稍有反抗，就被枪托、短棍、或拳头给狠揍一顿；他们被抓走之后，就被关押在侦缉队的木栅栏里，其中一些甚至被与刑事犯关押到了一起。
当天晚上，内阁总理钱能训在其家中召集了全体阁员与其他有关人员，举行紧急会议，商讨如何应付眼前事态。陆军部总长"段氏屁精"段芝贵最为嚣张不堪，他大叫大嚷道："多多派兵，狠狠镇压！看是咱手里的枪子儿厉害，还是那些学生手里的纸旗儿厉害！咱宁可十年不要学校，也不能再容一日如此学风！"立刻就有"屁精的屁精"跟着段芝贵嚷嚷道："对！咱应该将参加这回游行的学校一律解散，将各校校长一律免职，以示惩戒！"这次紧急会议，最后居然通过了严厉镇压学生运动、处置被捕学生、封闭北京大学、撤换北京大学校长蔡元培等荒谬决议！
也是当天晚上，北京大学的学生们于是七点钟齐集法科礼堂，会商如何营救被捕的三十二名学生，并请校长蔡元培想办法。蔡元培安慰学生们说："今天发生的事，是爱国运动，这种运动在各国是最平常的事，大家不必惊慌，我当负责营救。"
然后，蔡元培就来到了素与段祺瑞来往密切的大官僚孙宝琦家。早在亡清光绪三十二年（1906年），当时三十八岁的蔡元培听到了北京翰林院有"公派"出国留学的机会，就急忙赶到北京争取，不幸没能争取到。蔡元培很不甘心，就想办法再三、再四地联络，以求一圆"留学梦"。恰巧当时孙宝琦将要奉派为出使德国大臣，于是，蔡元培就向孙宝琦提出申请，想随同他前往德国，在使馆兼任"半职"差事，差事之外的半日就在柏林大学听课。孙宝琦答应了蔡元培的请求，并同意资助蔡元培学费每月三十两银子。于是，亡清光绪三十三年（1907年）春末，蔡元培随同孙宝琦前往德国柏林。在德国留学期间，中国驻德国公使馆给蔡元培提供了食宿，却未提供职务和薪金，于是，蔡元培就靠为上海的商务印书馆编译著述、赚些稿费，来筹措自己的留学费用和留在国内的妻子儿女的生活费用。不过，由于毕竟最初是靠了孙宝琦的帮助，蔡元培才得以留学德国，所以，多年以来，蔡元培与孙宝琦一直保持着来往。