因为孙宝琦与此时"督办当国"的段祺瑞关系密切，于是，蔡元培请孙宝琦出面向段祺瑞说明，学生们的举动全都出自爱国热情，被捕的学生全都是无辜的，请将他们无罪释放。孙宝琦面露难色，先向蔡元培支吾了几声"事情闹得太大"了之类，然后就不说话了。蔡元培则不屈不挠，只管安静地呆坐在孙家的会客厅里，就是不走。最后，孙宝琦只得向蔡元培说道："明天，我去段公馆试一试。"
第二天--1919年5月5日上午九时，北京各学校学生代表开会议决，各校一律罢课，直至被捕同学回校为止等七项办法。这一天下午，蔡元培等十四所学校的校长在北京大学开会，组成了"校长团"，并议决：此事乃多数市民运动，不可让被拘之少数学生负责，推北京大学校长蔡元培、北京高等师范学校校长陈宝泉、北京医学专门学校校长汤尔和等七人为代表，前往警察厅要求释放被捕学生；警察厅如不允，则往教育部，教育部如不允，则往总统府；总之，不释放被捕学生，誓不终止；若政府不能容纳众议，岁致北京教职员全体罢职亦所不惜！会后，蔡元培等七人先到了警察厅，警察总监吴炳湘推说逮捕学生是奉内阁命令，若释放的话仍须内阁命令。他们又去了教育部，却发现总长傅增湘没到部办事。接着，他们又去了国务院（内阁），总理钱能训却托词不见他们。最后，他们又去了总统府，总统徐世昌也托词不见。
1919年5月6日，北京各中等以上学校召开了学生代表会，成立了"以尽学生天职谋国家之福利"为宗旨的学生联合会。这一天，教育部总长傅增湘提出辞职。此时，全中国各地的议会、教育会、商会、各民众团体、社会各界名人纷纷致电中华民国政府，要求释放被捕学生，北京市民也准备在次日--"五七"国耻纪念日举行国民大会、响应"五四"游行示威。这一下，一直由于害怕主张严厉镇压学生、正虎视眈眈的段祺瑞而不敢公开表态的徐世昌才终于发布了一道大总统令，公开将警察总监吴炳湘训斥了一通、并声明要惩戒警察人员。段祺瑞哪里肯让半步，他左右的"天枭"徐树铮之流也跟着到处散布"再多逮捕些学生，把后逮捕的与先逮捕的一起处以非刑"的恐怖叫嚣。可是，急于摆脱责任的吴炳湘却被唬住了，他赶快向徐世昌提出建议，说还是赶快释放被捕学生为是。这一天晚上，内阁专为讨论学生问题召开了临时会议。内阁开会的时候，蔡元培就约同各学校校长一起在警察厅坐候消息。内阁临时会议散后，吴炳湘出面向校长们提出了保释学生的两个条件：一，明日不許學生參加國民大會；二，明日各校須全體上課。蔡元培等人都承愿以身家作保。
这一天，曹汝霖提出辞去交通部总长之职。
1919年5月7日，在"五四"游行示威中被捕的三十二名学生全都被释放回校。保释学生的蔡元培等人也履行诺言，劝各校学生在这一天恢复上课、也没有参加国民大会。
被捕的三十二名学生虽然被释放了，古老的北京城里，各种恐怖现象却愈加厉害起来：《公言报》上公开为曹汝霖、章宗祥这两个卖国贼辩护，攻击总统府、内阁、教育界纵容学生，叫嚣应撤掉蔡元培北京大学校长一职、代以坚决反对新文化运动的马其昶为北京大学校长。大批军警被派了出来，以加强对于学生、市民爱国运动的镇压力度。段祺瑞命令曹汝霖、章宗祥将其"被辱"情形写成书面文字呈报给大总统徐世昌，来个"历陈冤情"，坚决要求政府惩办学生。徐树铮则扬言要调更多的军队到北京城里驻扎，并在景山上架起大炮，准备来个"炮轰北京大学"！--这徐树铮此时三十九岁，不过九年之前，他自己也还是一个学生，并正在日本为了学习军事而练习"挨揍"，现在，"学成归国"已九年之久的他不仅没有任何胆量去反抗日本对于中国的侵略，倒丧心病狂地将所有的威风都抖擞在镇压学生爱国运动上！
还有各种恐怖谣言传说：曹汝霖、章宗祥打算大肆报复，他们正在用三百万银元的巨款收买刺客去杀蔡元培，还准备派人去烧光北京大学的校舍、并大杀北京大学的学生……