这一天虽然顺利颁布了这几道推行新政的上谕，可是，光绪皇帝的心情却非常低落。因为，他这一天所颁布的"命翰詹科道轮班召对"等所谓推行新政的上谕，对于他取得清朝廷的实际最高权力并没什么用处。这些以他的名义颁布的上谕与他按照康有为等维新人物的建议所筹划的开制度局一事的本意简直完全相反！
开制度局是维新变法的核心问题。康有为的建议是"开制度局于宫中，选公卿诸侯大夫及草茅才士二十人，充总裁，议定参预之任，商榷新政，草定宪法，于是谋议详而章程密矣"，其意是想使制度局成为一个具有立法职能的新政领导机构。康有为还曾向光绪皇帝明确说过，原有的军机处和总理各国事务衙门是被慈禧太后所控制的官员把持的，因此，不能靠这两个机构推行新政，为了暂时不惊动慈禧太后和她所控制的那些官员，纵然先不必撤销军机处和总理各国事务衙门，可是一定要添设制度局，由维新人物来掌握国家的立法、行政大权。光绪皇帝觉得开制度局能帮助自己从慈禧太后手中将清朝廷的最高权力夺过来，因此，他很重视开制度局一事，在颁布《明定国是诏》之前就开始酝酿筹划此事，可是，在慈禧太后及其所控制的官员的威胁之下，他到底还是不敢"特发明诏"，直接命令开制度局，而是将开制度局一事交给总理各国事务衙门和军机处，命其"妥议具奏"。那时，翁大状元翁同龢还没有"开缺回籍"，他赞同开制度局，并且主张让康有为入直其中，御史杨深秀、宋伯鲁、王鹏运以及侍读学士徐致靖等人也都赞同开制度局，并奏请光绪皇帝御乾清门以誓群臣，为开制度局大造声势。可是，光绪二十四年五月十四日（1898年7月2日），慈禧太后的亲信、主持总理各国事务衙门的庆亲王奕劻却率领那些奉光绪皇帝之命参加"众议"的枢臣们联名上奏，认为制度局和十二分局与朝廷原来所设的六部权力重叠，以所谓"成宪召垂，法制大备"为借口，提出"不必另开制度局"。与此同时，朝廷上下、官场内外纷纷传言："一开制度局，'广东佬'康有为那些人就得了大便宜了，可是内阁、六部、督抚藩臬司道从此就全都被废了，那么多官员就没差事可干、没饭可吃了！这制度局可害死人了，千万开不得呀！"军机大臣们一致觉得"开制度局就得废我们军机处，那我们可就完了。"慈禧太后的亲信、军机大臣王文韶（"王老滑头"、"王老年糕"）唆使他的同僚说："皇上的主意已经定了，非得听康有为的话开制度局不可，咱们若将康有为的话全都驳回，那皇上可能真就会明发上谕、直接设制度局了，那咱们可就真没权了。咳，还是略敷衍一下，也就是了。"在这种状况下，光绪皇帝没敢强令开制度局，只得将此事暂时搁置。后来，军机大臣礼亲王世铎纠集了一些官员向光绪皇帝呈递了一道奏折，提出了一个针对康有为所奏的设制度局以及十二分局的主张进行"修正"的建议，提出了一个他们所谓的"变通办法"，抽去制度局和十二分局的核心，塞进王文韶与其他枢臣一起达成的"定议"，让康有为所奏的开制度局的建议失其本意、面目全非。康有为曾将他的建议与世铎等人的"变通办法"做过一番对照评论："所请选天下通才二十人置左右议制度一条，乃改为选翰詹科道十二人，轮日召见，备顾问，于是制度一条了矣。……我所请开法律局，定为每部派司员，改定律例。夫司员无权无才，无从定之，又非采万国宪法，与我本意大相反矣。……此折又皆成虚文矣！"
光绪二十四年六月十六日（1898年8月3日），谭嗣同离开了湖北省垣武昌，起程前往南京。
谭嗣同到达南京之后，由于行期匆忙，所以在南京停留的时间很短，在此期间，他将领取咨文等事务办理完毕，并且抽空与一些师长、朋友晤谈了一番。
谭嗣同在南京延陵巷金陵刻经处（池州杨寓）与他的老师杨文会说到他这回北上进京的前景的时候，杨文会语重心长地对他说道："复生，你这次去北京，可能会遇到绝大的机会……只是，你千万要小心！……"谭嗣同目凝思伫，缓缓说道："遇到什么，就是什么。我不入地狱，谁入地狱。"杨文会心中陡觉一震，不由得连忙说道："不要这样说！你进京之后，一定会得到皇上的重用……咳，我还是等着收你从北京寄过来的报单为是！"谭嗣同将杨文会家这座刚刚建成才一年多的新居的门联轻轻地念了出来："法遍沙界，春到芜菁。"然后，他缓缓地仰起头，接着说道："去年此时，今年此时，其境虽殊，其虑相似……但愿我这次进京的一番跋涉，不再像以前一样，只是绕着地球旅行而已！"