万历结完婚后不久，张居正请求回家乡安葬父亲。张居正在报告上说，自己离开故乡多年，一直没有回去过，自从当上内阁元辅，任务艰巨，也一直没有请探亲假。这次皇上大婚完毕，自己也算了结了一桩心事，希望皇上能够给一点假期让他回去安葬父亲的遗骸，也顺便看望老母亲。张居正写得声泪俱下，万历也不好意思不答应，便批准了。
张居正这一去就是三个多月。这次回家真正叫做衣锦还乡，所到之处，大小官吏都殷勤接待，甚至连襄王这样的皇亲国戚都出来迎接。张居正很感慨，对自己的儿子说：“你看，你以前还不想做官，想当什么体制外知识分子，现在知道当官的好处了吧？”搞得他儿子很不好意思，羞愧地说：“孩儿以前真是幼稚，不了解国情啊。”
当官好是好，但也有风险的一面。张居正还没回到京城，就有人开始弹劾起他来了。弹劾者是户部员外郎王用汲。弹劾的原因其实很简单：张居正父亲的葬礼时，湖广的大小官员都到了－－这是在领导面前表现自己的好机会，平时想得这样的机会都想不来的－－但巡按御史赵应元居然放着这样的机会不去。如果只是不珍惜这样的机会也就算了，但人家都去了，就你赵应元不去，这就不只是不珍惜机会的事了，还涉及到对上级领导有没有意见，满不满意的问题－－人家张居正就要想了，你赵应元没有来，是不是对我有意见？想到一个小小的巡按御史居然敢对自己有意见，张居正的心里就不大高兴。当然，张居正这样层次的领导不高兴也不会像一般的老百姓那样会表露在脸上，只是从鼻孔里哼了一声。他一哼，很多想拍马屁的人就开始飞快地动起脑筋来，猜他为什么要哼，为什么哼得这样的多姿多彩。有聪明的门客猜到了张居正哼的原因，便开始想办法搞赵应元。几个月后，终于找到机会，说赵应元不服从上级的工作安排，把他给开除了公职。
王用汲很气愤地说：“张居正就因为这样把人家给开了，还讲不讲道理？他仗着自己是元辅就可以这样飞扬跋扈了？就可以胡作非为了？皇上你得给人家赵应元平反！”又从赵应元说到了以前被罢官的人，说这些大都是因为得罪张居正才被罢的官。王用汲说得激动，干脆教训起万历来了：“皇上你为什么不自己主政？为什么不多学习多研究工作？为什么什么事都要交给张居正？你这样做岂不是偷懒吗？这样做不行啊，既不能真正了解到基层的情况，又让一些别有用心的大臣狐假虎威。”
这奏疏交上去时，张居正还在江陵。万历对王用汲的大胆很恼火，批示说：“这厮乃敢逞肆浮词，越职妄奏，好生怀奸比党，扰乱国是，本当重治，姑从轻，著革了职为民，再有这等的，并这厮重治不饶。”
张居正回来后，对王用汲的处分已经结束了，可张居正听到这事以后，还是又怒又惊。怒的是，一个小小的王用汲竟然敢逆天行事，在皇上面前弹劾他，简直是螳臂当车自不量力！惊的有两点，一是虽然只有王用汲一个人弹劾他，但可以看出在王用汲身后一定还有很大一批人在支持他，对自己有意见；二是王用汲弹劾其他的倒没什么，可他居然说到皇上不亲自主政，从另一个角度来说，这不是在说自己篡了皇上的权吗？任何一个君主最忌讳的就是这一点。想到这里，张居正的汗水就下来了。擦着汗，张居正对家里人说：“唉，这些年来我辅佐皇上，做得小心翼翼，就怕人家说我把皇上给架空了，没想到还是有人抓这个把柄了。”
张居正把自己关在书房里闷了一天，写了份关于说明自己忠心耿耿的报告，题目叫做《乞鉴别忠邪以定国是疏》。在这篇奏疏里，张居正一反常态，从来不纠缠于细节的他，居然一点一滴地从各个方面、各个角度来反驳王用汲。奏疏也写得很好，很感人，回顾了自己与万历的深厚的君臣友谊，重点说明王用汲说万历没有独揽朝政是自己的原因，这是别有用心的挑拨和诬陷，要皇上明察。
本来奏疏的效果很不错，让万历看了很开心，觉得张居正这家伙还是很忠心的，可张居正年纪毕竟大了，脑筋不如以前想得周全，他在写文章时出了点问题，居然说：“皇上你一个人高高在上，要独自一人把所有的朝政处理好也不可能，当然要有人帮助。试看天下大臣，有谁能像我这样帮助你？而你不把朝政交给臣又能交给谁？当年先帝临终时拉着我的手，要我一定要好好把你带长大，我如果不辅佐你，岂不是辜负了先帝的一片好心？”
万历在后宫看报告时本来还看得兴高采烈的，一看到这里，眉头就皱起来了，好半天不说话。在一旁的皇后和老猫都很关切地看着他。见他不开心，皇后就问：“皇上，什么事不开心？”
万历伸手搂住她的腰，说：“还不又是张居正。”
老猫这些天正有些吃皇后贵妃等人的醋，见万历搂住皇后的腰，有些不开心，气呼呼地走开了。万历正考虑张居正的事，也没有管它。
皇后又问：“张先生又有什么事了？”
万历说：“事倒没有，只是他写的这个奏章叫人看了不高兴。”
皇后说：“有什么地方不对吗？”
万历说：“你看，他居然说，我一个人没有能力把整个朝政治理好，这是什么意思嘛？说我小时候不懂事，需要你来辅佐，这是对的，可我婚都结了，家也成了，还把我当小孩子一样看待，这不是对我能力有怀疑吗？我就不信没了你张居正的辅佐我就治理不好国家。”
皇后还算明白事理，说：“皇上，这张先生也是好人，只是年纪大了，脑筋有些不清楚，考虑事情不周全，他大概也不是这个意思，只是在说法上值得斟酌，你倒不必放在心上。”
万历哼了声，说：“我知道，否则还能让他继续做官？”顿了顿，又说：“我看，这张先生也该休息休息了。”
当然，万历这些话张居正不可能知道，他只知道万历在他的报告上批示表示对他的支持。万历说：“览奏，忠义奋激，朕心深切感动。卿其勿替初心，始终辅朕，俾臻盛治，用副虚己倚毗至杯。”
张居正看了万历的回复，很高兴，摸着胡子对人讲：“看，皇上还是信任我的！”
可还没有高兴完，冯保就悄悄来找他了。
进了门，冯保说：“哎呀，张大人，你还这么高兴！你是真不知道呢还是假不知道？”
张居正奇怪地问：“冯公公，什么事？”
冯保咽了口唾沫，说：“你知道皇上对你奏疏是怎样说的吗？”
张居正说：“知道，不是表扬我忠心吗？”
冯保说：“张大人啊张大人，你还真蒙在鼓里了！”冯保把门掩上，凑到张居正耳边，低声把万历在后宫说的那些话告诉了张居正。张居正一听之下，血压马上升高了，头昏脑涨，忙伸手扶住桌子。冯保说完，又叮嘱说：“张大人，这些话你可千万不能告诉别人啊，也千万别说是我讲的。”
张居正怔了怔，说：“冯公公，你放心，我不会说的。”
冯保说：“你自己当心。”又匆匆走掉了。
张居正站在原地发了半天的呆，脑中一片空白。还半天，才叹了口气，说：“伴君如伴虎啊。”推开门，叫夫人把降压的药拿来。
吃完药，张居正沉默半晌，对夫人说：“还记得我们家乡的那条小河吗？就是我们小时候常常去钓鱼的那条。”
夫人说：“记得。”有些奇怪：“你怎么忽然想起问这事了？”
张居正说：“要是我不当官了，我们就回家乡钓鱼去。你愿不愿意？”
夫人说：“我随你。怎么，出什么事了吗？”
张居正摇头说：“没有，随便说说。”
万历八年三月十二日，对万历来说是他一生中最难忘的日子之一。这一天，他与两宫皇太后及后妃一行，在众大臣的陪同下，从京城出发，到天寿山祭祀祖陵。这是万历即位以来第一次以皇帝的身份去祭拜祖陵。祭祀祖陵的仪式完成，标志着万历已经成年，到了要为自己的行为负法律责任的年纪了。
这一年，万历十八岁，他像是早晨八、九点钟的太阳，心里充满了对未来的打算和许多梦想，跃跃欲试，准备开始过一个辉煌的一生。