万历谒陵礼结束，回到京城，用抑制不住的兴奋口气对皇后说：“今后我就可以亲自执政，不用事事都听母后和张先生的了。”有人把万历这话传给了张居正，张居正更感到有必要逐步减少自己罩在万历头上的阴影了。张居正私下对人说：“还是老庄他们的话有道理啊，要功成身退，高位不可久窃，大权不可久居，我也应该让一让了。”虽然内心深处还是有些迷恋这元辅的位子，但张居正还是给万历写了份奏疏，请求归隐。在奏疏中，张居正满怀感情地说：“九年来，我昼夜不眠，兢兢业业，为了先帝的嘱咐而辅佐皇上，现在，年纪大了，气血早衰，虽然吃了很多补钙的和补血的药品也不管用，年仅半百，却也白发苍苍，老态龙钟。近来在精力上也觉得有些跟不上，思想也有些僵化，跟不上形势的发展，虽然想把事情做好，但往往力不从心。现在皇上你已经长大成人，圣明聪慧，大臣们也尽心辅佐，万代的江山可以永葆不衰了。我请求皇上开恩，准许我回乡养老。”
万历看了这奏疏，觉得张居正还是很懂事的，知道该让位时就让位，不像有的人，老是占着茅坑不拉屎。当下就在他的报告上批了“同意”两字。后来一想，觉得有些不妥：哪有人家一提申请就马上答应的？岂不是让人觉得你皇上早就巴不得人家走吗？在大臣中一定会引起不好的看法。于是又把“同意”划去，写道：“朕垂拱受成，你岂得一日离朕？如何遽然归政乞休，使朕恻然不宁。”
张居正看了万历的批复，苦笑了一声，没有说什么。回到家，张居正闷闷不乐，坐在书房独自沉思。夫人见他不开心，便叫小孙子进去逗爷爷。平素张居正最爱这小孙子的，只要见他，没有不乐呵呵地抱他玩的。可今日小孙子进来叫他爷爷，他只应了一声，没有什么高兴的反应。夫人便说：“又有什么烦心的事了？”
张居正叹了口气，说：“我向皇上提出退休，皇上没有同意，让我继续安心工作。”
夫人说：“这不是挺好？现在到处都在裁人，皇上不让你走，说明很信任你。”
张居正又叹口气，说：“你知不知道霍光和宇文护的故事？”
夫人说：“不知。你不是不知道，我以前学的是理工科，历史很差。”
张居正就说：“这霍光是西汉时的大司马，辅佐宣帝近二十年，可宣帝在他死后，灭了他的全家。宇文护是西魏的大将军、司空，先后立了三个皇帝，大权在手，威极一时，但最后还是被周武帝所杀。你说，他们这样的人物最后都不免这样的下场，我能不有所顾虑吗？”
夫人倒吸了口冷气，说：“没想到这么复杂。”
张居正说：“所以我觉得还是趁在位的时候退下来吧，也算是功成身退了，不要搞到后来自身难保。”
夫人说：“说得是，那就赶紧退吧，不要再犹豫了。”
张居正听了夫人这样一说，马上又给皇上写第二份申请。不过，这份奏疏做了些妥协。张居正说，自己只是请长假，不算退休，只要皇上有事需要，他会随叫随到。
奏疏送到万历手中，万历很高兴，说：“张先生是一个好人，连这点都替我想到了。”当下决定同意张居正退休回家。不过这样大的事，还是要让皇太后知道。万历便把张居正请求退休的事向皇太后汇报了。不料皇太后这些天正犯更年期综合症，心烦意乱，思路不清，没有为万历的亲政考虑，听了万历的汇报，马上说：“他张居正捣什么蛋，你不过才十八岁，一个小孩子，怎么能治理好国家？不行，起码得到你而立之年了，张居正才可以离开。”
万历一听，心里马上凉了半截。气呼呼地回到自己的房间，“啪”地砸了个杯子，又“啪”地一脚踢飞一只椅子。皇后和贵妃们都不敢过来，只有老猫大着胆子过来。没想到，从来不生老猫气的万历今天像发了疯，一脚把老猫踢开，老猫惨叫一声，战抖着窜出门去。
皇后和贵妃见老猫被踢，有些开心：“活该！平时以为跟皇上关系好，连我们都不放在眼里，今天吃瘪了吧？看你还神气！”但见皇上的怒气这样大，又胆战心惊的，怕大祸临头。
万历在房里咬牙切齿地说：“三十岁！等三十岁，我还能干什么？你张居正居然还要干到我三十岁！我******！”又骂：“我看这皇太后真是有毛病了，什么事都不懂，还什么都要管！我是你儿子，但我更是皇帝！我去你妈的！”又一脚踢飞了个金尿壶。
皇太后没有想到，她本想让张居正辅佐万历直到成熟的好心却给张居正带来了无穷的后患。
但张居正是聪明人，知道这里面的轻重缓急，开始有意识地退位。
这一年闰四月，河南巡抚周镒犯了官僚主义错误，遭到六科的弹劾。由于周镒跟吏部有些领导的关系较好，只得了个调往别处任职的轻处分。有人对此不满，来找张居正，说：“张大人，你是最恨官僚主义的，这事这样处分，恐怕不能服人吧？”
照张居正以前的脾气，早就跳了起来，亲自去过问这件事了。可这次没有，张居正只是笑了笑，摸着胡须说：“是吗？我看你们还是把这事向皇上反映反映吧。要相信皇上的判断和处理，要相信皇上的公正和能力嘛。不要跟我说，我老了，管不了这么多的事了，皇上正是年轻有为的时候，处理事情比我正确英明。”
来告状的人不知道张居正肚子里卖的是什么药，但还是听了他的，怀着一肚子的疑问向皇上反映了情况。万历听了反映，觉得对周镒的处分是太轻了些，当下将吏部的决定改了，将他革职处理。处理完毕，万历对张居正赞扬了一句：“张先生是我们朝中最懂事的人。”
反映情况的人听得莫名其妙的，不知道皇上为什么在处理完周镒的事情后会表扬张居正。
张居正听说万历对周镒的处理后，马上写了封奏疏，说：“皇上，昨天吏部给我送了一份通报，说要把周镒调往南京，我听到了大臣们一些不同的看法和意见。今天听说皇上已经把处分改成了革职处理，大臣们都说处理得好，臣等很仰服皇上的英明决策。近来，各地抚按官中实心干事的人少，如今皇上罢免了这人，那些不踏踏实实工作、不认认真真为老百姓排忧解难的人就不会不有所顾忌了。皇上英明，英明，真英明！”
万历看了张居正的奏疏，哈哈一笑，对身边的小太监说：“张先生真是的，还跟我来这一套！拍什么马屁嘛，只要他好好养身体，少操心，少管闲事，他就会万事大吉的。”
这话不一会就传到了张居正的耳里。张居正长长地舒了口气，看着老婆，说：“现在你知道了吧，皇上其实是希望我不要插手太多的事，好让他亲自主政。知道他是什么主意就好了，他喜欢亲自主政，我就让他嘛，就怕不知道他到底想干什么。看来，以后我真的要少操些心了。”说完，想了想，又说：“你前久让我跟着你去学打高尔夫，我还觉得没有时间，现在可以天天去打了。入会和培训是怎样的？我明天就去报个名去。”
可张居正在朝廷里的威望太大了，他觉得自己退了，别人却不这样认为。万历九年六月，知府李际观虚报财政收入一千八百石税粮。本来么，朝廷里当官的有几个不虚报的？大家都知道数字出官，不多报，怎么又当得上去呢？但这李际观这家伙有些倒霉，保定巡抚跟他在一起共事时有矛盾，现在抓住他的这错误不放，一定想把他搞下去，一状告了上来，还特地申明要让张居正来处理这事，说：“我只相信张大人才会真正处理。”收到这奏疏，人们自然地交到了张居正的手上。
张居正当时正在郊外打高尔夫，收到这报告，有些不开心，将球杆支在地上，用帽子扇着风，说：“我不是早说过了嘛，有什么事，交给皇上处理。皇上英明正直，果断坚毅，会处理好任何事情的。”
送奏疏的人解释说：“保定巡抚特意要求请您处理。”
张居正不耐烦地挥挥手：“谁要求都不看！给皇上，要相信皇上。”
送奏疏的人只好回去了。
刚要走，张居正突然叫住他：“且慢。”
他以为张居正改变了主意，高兴地回过身来。
张居正却说：“你只需把奏疏给皇上就是了，其他的什么都不要说。什么要我特意处理的话，绝对不可以让第二个人听到，否则我让你吃不了兜着走，知道吗？”
这人见张居正凶狠的样子，吓了一跳，忙说：“小的知道，请元辅放心。”
张居正挥挥手：“你回去吧。”
万历收到这奏疏后，将李际观连降****，又责备六科官员不认真履行职责，痛骂了六科的大小官员一顿。处理完毕，又叫人将处理意见送去征求张居正的意见，问：“张先生看看还有什么要补充的没有。”
张居正在球场上挥舞着球杆，漫不经心地说：“皇上处理的当然没有错，不用给我看了。”还对来征求意见的太监说：“公公，你看我的球打得如何？”
太监回去以后，万历问张居正的反应。太监很不满地说：“张大人敷衍了事，看都没怎么看，就说他知道了，没有什么意见。”
万历很关切地问：“哦？哪张先生忙着干吗？”
太监气呼呼地说：“还能干吗？在打球呢！”
万历笑了起来，说：“不错，不错，张先生真打球了。”
太监见万历发笑，很奇怪，问：“皇上，张大人这样敷衍您，您不生气吗？”
万历又笑了起来，说：“你不懂的，有的时候，我需要张先生认真，有时候，他还是不要认真的好，你们都不懂的。张先生为什么能当好元辅？就是他能把握好这个认真和不认真的度。”