面对这个僵局，昭宗大为头疼。两边都有强藩撑腰，都不能得罪，不过相比之下，李克用对朝廷的威胁似乎要比李茂贞等人小一些。所以最后，昭宗只能两害相权取其轻，以李克用奏请在先为由，拒绝了李茂贞等人的请求。
如此一来，关中三镇与朝廷的矛盾便再度激化了。
五月，李茂贞等三镇各出数千精兵，浩浩荡荡杀进了长安，准备废掉昭宗，另立吉王李保。不过，他们很快就得到了李克用自河东出兵的消息，于是不敢久留，只杀了一些与他们不睦的朝臣和宦官，同时迫使昭宗把河中给了王珙，随后留下部分兵力控制朝廷，方才各回本镇。
六月，李克用率兵大举南下，传檄讨伐李茂贞等三人。当时，驻留长安的兵力有两支：一支是李茂贞的义子李继鹏，另一支是王行瑜的弟弟王行实。
听说李克用大兵压境，两人大为恐惧，于是长安城中就出现了相当戏剧化的一幕：李继鹏企图劫持昭宗前往凤翔，而王行实也想劫持昭宗前往邠州，两军随即大打出手，一时京师大乱。最后，昭宗只好在禁军部将李筠的保护下逃离长安，越过秦岭，于七月初到达石门（今陕西蓝田西南）。
昭宗登基之时，几乎所有人都认为他的品德与才干远胜僖宗百倍，可没人会料到，他最终不但重蹈了僖宗的流亡命运，而且日后的遭遇比僖宗还要不幸百倍！
八月，李克用大军进驻渭桥，派兵前往石门护驾，并分兵进攻三镇。李茂贞知道自己不是沙陀军的对手，只好杀掉李继鹏，上表请罪。昭宗随即赦免李茂贞，命李克用讨伐王行瑜。
八月底，昭宗返回长安。
九月，李克用开始大举进攻王行瑜，很快便兵临邠州（今陕西彬县）城下。王行瑜登上城头，痛哭流涕：“我王行瑜没有罪啊，胁迫天子的事都是李茂贞和李继鹏干的，请您到凤翔去问罪吧，我王行瑜愿意自缚向朝廷请罪。”
李克用在城下仰着头说：“王尚父，你谦恭得有点过头了吧？我奉朝廷之命讨伐三个叛贼，阁下是其中之一。你想自己回朝廷，我可不敢擅自做主。”
数日后，王行瑜抛弃城池，带着全家老小向西而逃。可他刚刚跑到庆州（今甘肃庆阳县）地界时，就被自己的部将砍杀了，首级也被传送京师。
一场祸乱总算平息了。
十二月，昭宗加封李克用为晋王，他的所有部下和子孙也全都加官晋爵。李克用遣使谢恩，同时秘请昭宗诛杀李茂贞。
昭宗觉得，如果杀了李茂贞，李克用的势力将更为强大，到时候就没人可以制衡了。因此，昭宗婉拒了李克用的请求。李克用不禁对左右感叹：“我看朝廷的意思，似乎怀疑我别有用心。我敢断言，李茂贞不除，关中将永无宁日！”
后来发生的事情，果然被李克用不幸言中。
昭宗从石门返京后，深感手下无兵之苦，于是很快就招募了数万人，在禁军之外又组建了殿后四军，全部交给宗室亲王统领。
得知朝廷招兵买马的消息，李茂贞立刻跳了起来。在他看来，天子此举显然是在针对他。乾宁三年（公元896年）七月，李茂贞再次勒兵，直逼京畿。昭宗大恐，一边遣使向李克用告急，一边再次逃离长安，准备前往太原。没想到，昭宗一行刚刚跑到华州（今陕西华县），便被韩建给扣了下来。
当时，李克用正被幽州的刘仁恭牵制，无暇南下勤王，于是昭宗便被韩建软禁了整整两年。在此期间，韩建与李茂贞互为表里，逼迫昭宗解散了刚刚组建的殿后四军，处决了护驾有功的禁军将领李筠，并且罢黜了诸王的兵权。不久，又发兵围攻诸王府邸，丧心病狂地将通、沂、睦、济、韶、彭、韩、陈、覃、延、丹十一王全部杀死。其后，又迫使昭宗下诏罪己，恢复了李茂贞的所有官爵。
做完这一切，韩建和李茂贞才于第三年八月把昭宗放还。
昭宗第二次回到长安之后，改元“光化”。
这是他登基后的第五次改元。纵观昭宗一生，在位十五年，总共七次改元，平均差不多两年改一个年号，是自安史之乱以来改元最频繁的一任天子。
也许，改元本身并不能直接说明什么问题。但是，当我们回溯整个唐朝历史，就会有一个耐人寻味的发现：唐太宗李世民一生在位二十三年，仅仅使用了“贞观”一个年号；而唐玄宗李隆基一生中最鼎盛的二十九年，也仅仅使用了“开元”一个年号。而这两个年号，却成了盛唐的标志，成了太平盛世的代名词。
而反观唐昭宗七次改元所置身的这个时代，我们也许就会有一种近乎无奈的顿悟——原来，唐朝末年这七个年号并不是普通的年号。
它们是七簇血迹、七道泪痕，是一个巅峰王朝临终前的七声呼告，是一个末世帝王绝境中的七次挣扎，是一个突围未遂的士兵遗落在战场上的七把断戟，是一个失败的男人灵魂中永不愈合的——七道伤口。
光化政变：天子成了阶下囚
自从光化元年（公元898年）回到长安后，昭宗李晔就仿佛变了一个人。
从前的天子温文尔雅、冷静自律，如今却变得酗酒贪杯、喜怒无常。对此，最为不安的莫过于他身边的宦官了。因为昭宗自登基以来，对付藩镇没什么本事，可打击宦官却很有一套。大宦官田令孜和杨复恭都在他手里头栽了，而就在光化三年（公元900年）春，他又和宰相崔胤联手除掉了专权揽政的左右枢密朱道弼、景务修。宦官们人人自危。
无论是身居高位的权宦，还是专供洒扫的小黄门，都对这个性情难测、日渐暴戾的天子又惧又恨。
当时，宦官集团的首领是左右中尉刘季述、王仲先与左右枢密王彦范、薛齐偓。一种相同的忧虑和恐慌不断在他们中间蔓延。鉴于这种处境，四人很快就达成了共识——应该主动出击，绝不能坐以待毙！
经过多次密谋，四个权宦终于制定了一个行动方案：伺机发动兵变，拥立太子即位，逼迫天子退位为太上皇，同时与凤翔李茂贞、镇国韩建结为奥援，对内控制朝廷，对外威逼诸藩，挟天子以令诸侯！
方案既定，接下来就是等待时机了。
这一年十一月初四，昭宗到北苑狩猎饮酒，深夜回宫时已经酩酊大醉，忽然狂性大发，砍杀了几个侍从宦官和宫女。次日清晨，宫门迟迟未开。刘季述意识到机会来了，便以“宫中必有变”为由，到中书省叫上崔胤，然后带着千名禁军破门而入，直趋昭宗寝殿。
众人进入寝殿，眼前的一幕顿时让他们目瞪口呆——昨夜被杀的几个人仍旧僵硬地躺在地上，鲜血喷溅得到处都是，而天子居然还四仰八叉地躺在龙床上呼呼大睡。
刘季述冷笑着对崔胤说：“瞧瞧吧，这就是主上的所作所为。这样的人，如何还能治理天下？废昏立明，自古皆然！为国事计，这恐怕不能算不忠吧？”
看着刘季述身后全副武装的禁军士兵，崔胤脸色苍白，冷汗直流，只能诺诺点头。
初六，刘季述召集百官入宫，陈兵殿前，拿出一份要求太子监国的联名奏章，命崔胤和百官传阅后签署。满朝文武没人敢说半个“不”字，纷纷签字画押。
然后，逼宫行动就开始了。
刘季述拿着百官联名的奏章，率领一千多名禁军，一路大摇大摆地进入宫中，路上逢人便杀，一直杀到了昭宗所在的思政殿。
听见外面杀声四起，昭宗吓得从御榻上一头栽下。刚爬起来想跑，刘季述就走过来一把按住了他，说：“陛下厌倦当皇帝了吧？如今，朝野内外一致要求太子监国，请陛下移居东宫（少阳院），好好静养吧。”
昭宗不甘心地说：“前天与贤卿们一块饮酒，多喝了几杯，哪里会糟到这种地步呢？”
刘季述晃晃手上的奏章：“这事不是我们干的，都是南司（朝臣）的意思，我们也没办法。请陛下暂居东宫，等局势稳定了，再接您回宫。”
当天，昭宗被迫交出传国玉玺，与皇后一起被押送少阳院，随从的只有嫔妃、公主和宫女十几个人。看着天子的一副窝囊样，刘季述忽然生出一种施虐的渴望，于是把天子叫到面前，拿起一根银棒在泥地上写写画画，说：“某年某月某日，你不听我的话，这是你的第一条罪；某年某月某日，你不听我的话，这是你的第二条罪；某年某月某日……”
如此这般，一直数落了几十桩，直到把天子脚边的地方都画满了，才意犹未尽地停了手。
离开的时候，刘季述亲手锁上院门，又把铁水灌进锁孔，随后命左军副使李师虔率兵把守，让他严密监视天子的一举一动。最后，刘季述又命人在院墙上凿了一个洞，用来递送饭菜，同时严令所有人，一律不准把兵器、剪刀、针之类的东西递进去。
很显然，刘季述是不想让昭宗自杀，而是要把他困在里头活受罪，让他求生不得，求死不能。
几天后，昭宗让人递出话来，要求得到一些银钱布帛。
刘季述一听就乐了。
阶下之囚要钱干什么？莫非你是想拿钱贿赂看守，改善处境？呵呵，想得倒美！
昭宗的请求被拒绝了。他只好退而求其次，提出只要纸和笔。
刘季述再次冷笑。
纸和笔？你又想干什么？难不成是想写封求救信递出去，让人来把我杀了，好把你救出去？你真把我刘季述当傻瓜了？！
可想而知，昭宗的所有要求都被刘季述一口回绝。
当时已是深冬，天气极其寒冷，跟天子一起被关的嫔妃和公主们缺衣少被，哀泣声日夜不绝。
初十，在刘季述等人的一手策划下，太子李裕改名李缜，即皇帝位，同时以李晔为太上皇，少阳院也改名问安宫。
天子成了阶下囚，并且遭到废黜和虐待，天下诸藩人人心知肚明，可人人都按兵不动。
这是一个极其微妙的时刻。所有人都在等待和观望，没有人愿意当出头鸟，都想后发制人，坐收渔翁之利。其结果，就是什么事也没发生——昭宗被废整整一个月，天下依旧一片沉默。
在此情况下，宰相崔胤不得不采取行动了。
凭着平日与禁军将领孙德昭等人的私交，崔胤暗中找到他们，请求他们诛杀宦官，救出天子。当然，崔胤给他们开出了很高的价码，承诺事成之后必将给予高官厚禄。孙德昭等人怦然心动，遂于次年正月初二发动兵变，将刘季述、王仲先等四人全部杀死，救出了昭宗。
昭宗复位后，第一时间便把刘季述等四人满门抄斩，同时诛杀了一大批党羽。紧接着，昭宗论功行赏，任命孙德昭为静海节度使、同平章事，并赐名李继昭。
昭宗虽然复位了，但这场政变仍然令他和宰相崔胤心有余悸。不久，崔胤就向昭宗提出，所有祸乱的根源皆因宦官掌握兵权，要彻底根除祸乱，唯一的办法就是把禁军兵权收回来，由宰相掌控。
这何尝不是昭宗的想法！可是，这件事却没有那么简单。因为在本朝，宦官掌控禁军的历史已经有一百多年，所有人早把这看成了天经地义的事情，绝不是说变就能变的。此外，从禁军本身的角度来讲，他们肯定跟宦官更为亲近，对文臣则没什么好感。因为一般而言，文臣总是比较讲究纲纪和原则的，这对禁军将士无疑会形成束缚。而宦官就不同了，除了利益，他们不会在乎任何东西。
所以，崔胤刚刚提出建议，立刻在禁军中引起了轩然大波，将领们纷纷发出强烈抗议。就连已经离开禁军的李继昭也站了出来，替昔日同僚向天子进言说：“我们世代从军，从没有听说把军队交给书生的！”
昭宗无奈，只好再次以宦官韩全诲、张彦弘分任左右中尉。
这两个宦官以前都当过凤翔监军，和李茂贞的关系非同一般。如今宰相崔胤跟宦官势同水火，韩、张二人势必要引李茂贞为援。而与此同时，跟朱全忠私交甚笃的崔胤则担心自己遭到宦官报复，当然也要以朱全忠为外援。
可想而知，在接下来的日子里，这两派势力必将要展开你死我活的斗争。而大权旁落、命若飘篷的天子李晔，也必将在这样的恶斗中再度成为牺牲品。
在九世纪的最后几年里，中原的朱全忠俨然已经取代河东的李克用，成了天下势力最强的军阀。
自从文德元年（公元888年）消灭相邻的劲敌秦宗权之后，朱全忠就展开了大规模的扩张行动。首先，他把兵锋指向了东方，先是在景福二年（公元893年）消灭了盘踞徐州的时溥，接着又在乾宁四年（公元97年）吞并了郓州和兖州。随后，朱全忠又把目光转向了北方的河朔三镇。
光化元年（公元898年）五月，朱全忠渡河北上，攻取了李克用辖下的邢、洺、磁三州。同年十二月，李克用的部将李罕之以潞州投降朱全忠。光化二年（公元899年），幽州的刘仁恭南侵魏博，朱全忠援助魏博的罗绍威击退刘仁恭，从而将魏博纳入了自己的势力范围；随后又兵临镇州城下，逼降成德的王镕。光化三年（公元900年）十月，朱全忠又进攻定州，逼降义武的王处直。刘仁恭出动大军援救，被朱全忠击败，部众被杀六万多人，刘仁恭大势已去，只好向朱全忠臣服。
至此，河北诸镇全部归附朱全忠，李克用的右臂已被齐齐斩断。
紧接着，朱全忠又把目光转向了河中。
在朱全忠看来，只要再卸掉李克用这另外一条膀子，河东就是自己的囊中之物了。
流亡的路上没有方向
天复元年（公元901）正月，朱全忠突发大军，一举攻陷了河东的绛州和晋州，扼住了河东与河中的咽喉，随后大军直扑河中。
河中节度使王珂知道自己根本不是朱全忠的对手，慌忙向李克用发出十万火急的求救信，他的妻子在信中质问李克用：“女儿随时可能被敌人俘虏，父亲大人为何坐视不救？！”李克用无奈地回信：“敌军扼守晋、绛，我军寡不敌众，如果我执意出兵，势必和你们一同灭亡。告诉王郎，倘若实在不能坚守，不如全族归顺朝廷。”
到了这个地步才让女儿女婿归顺朝廷，显然只是一种聊胜于无的虚幻慰藉。
二月，被打得毫无还手之力的王珂不得不向朱全忠投降。朱全忠随即将王珂全族迁到大梁，不久便将其诛杀。三月，朱全忠派遣大将氏叔琮率兵五万，自天井关出太行山，兵锋直指李克用的老巢太原；同时又调动魏博、成德、天平、义武等诸道大军，分别从新口（今河北武安市西）、土门（今河北鹿泉市西南）、马岭（今河北邢台市西北）、飞狐（今河北涞源县）、阴地（今山西灵石县西南）等方向出发，兵分六路，对李克用发起了总攻。
随后，氏叔琮一路攻城略地，以所向披靡之势逼降了河东的多员大将，于三月底兵临太原城下。
至此，李克用已经没有退路，只能背水一战了。随后的日子，李克用毅然离开帅府，亲自登城组织防御。当时正逢天降大雨，数十天内连绵不绝，城墙遭雨水浸泡后连连坍塌。李克用指挥士兵随塌随筑，多日衣不解带，连吃饭喝水都没有时间。