刘君孚的养子刘青黎的保户杨楚乔被官府逮捕，最后是屈打成招，刘君孚以为是官府掌握了他的什么把柄还是证据，在还没有完全做好起事的准备工作下，于康熙十三年五月，在曹家河举兵造反。这一次叛乱对清朝政权的撼动还是相当大的，幸亏康熙皇帝英明，要是换做任何人都难以控制住局面，叛乱可分为两股势力，一股是三藩的兵力，还有一股是农民起义军。甭说三藩的兵力了，仅黄州的农民起义军就有十多万，朝廷正在对三藩王进行用兵，哪里抽得出多余的兵力对付起义军呢，康熙皇帝也还是感到很头疼，最重要的是起义军的数量也不少。这是最典型的官逼民反现象，一方面是三王造反，老百姓没了活路。一方面是官府错将好人当成是通敌的对象，对其进行屈打成招、严刑逼供，哪能不引起公愤。黄州府匪患猖獗，吴三桂兵临城下，百姓民不聊生，黄州告急。黄州府这弹丸之地，竟然纠集了十多万人的匪徒。十多万人的匪患不是小数目，更不是地方上的那点兵丁可以摆平的，对付这股巨大的土匪势力，只有等来朝廷派来大军征剿了，但是，朝廷现在还在忙着聚集大军对付三大藩王那帮反贼，哪里还有多余的人马来讨伐黄州的这股匪徒。虽然没有兵马可以征调，但是，作为湖广巡抚的张朝珍还是被下了死命令的，要想尽一切办法平息黄州府的动乱。
张朝珍作为湖广巡抚，管理湖广境内的军政大事，黄州的这档子事自然也就义不容辞的落在了他的身上。虽然张朝珍是巡抚，手下也有不少兵马可以调动，但是现在是紧张时期，湖光境内可以用的兵丁已经被总督调走了，去抵御藩王势力了，哪里可能调到兵，地方上各级官员手下都有不少兵马，他也不可能任意调用，因为地方官员也要用他们来镇守城池，如果调走他们，那么地方上的县城、州城、府城便失去了防御能力，成了空城，那敌人不费吹灰之力便可得到城池。张朝珍为这事感到很是头疼，黄州之匪如果不尽快驱散、解决，一旦酿成大祸，那么后果不堪设想，他这个做巡抚的，恐怕也难辞其咎。手下没有兵丁可以调，也没有骁勇善战的将军可以用，张朝珍为此操碎了心，黄州匪患一日不除，他是寝食难安，吃不下睡不着，谁叫张朝珍也是位贤德的好官呢。他思来想去，也就只有一人，那么就是武昌知府于成龙。
他曾经在黄州府做过同知，对当地百姓做过很多好事，黄州百姓都还铭记于心，于成龙现在虽然升了武昌知府，但是，他对黄州百姓的恩威还在，百姓无时无刻不在想念他，视于成龙为老百姓心目中的青天大老爷。要是于成龙肯帮忙，愿意去那么他将会胜过十万大军。然而，不巧的是，于成龙就在刚刚因为军桥被洪水冲毁的事，被朝廷给免了职，不再是正四品的武昌府知府，一朝成为一介草民。纵是心有余而力不足，于成龙和张朝珍算得上是君子之交淡如水，为了天下苍生，为了让百姓们少受些战乱之苦，他倒是很愿意帮这个忙。但是，于成龙担心的是，现在他被朝廷免了职，只是一介草民，哪里有能力去管黄州的事情，再说黄州下面的知县们于成龙也没有这个权力去差使他们。为此，他向张朝珍表明事情的复杂性以及阻碍，张朝珍特意给于成龙下了权力，也向黄州府下面的知县提前支应，要他们务必遵从于成龙的调遣。于成龙感恩戴德，有了张朝珍的这个命令，于成龙放心了，至于说他是一介草民这事，张朝珍也会尽快的向朝廷请命恢复于成龙的官位。这次于成龙从武昌出发到黄州，竟没有要张朝珍为他征调一兵一卒，只身前往黄州，身边只有几个仆人。好在于成龙之前在黄州做过不少好事，黄州府的百姓都对他感恩戴德，知道于青天回来了，他们都高兴着呢，知道这下剿匪有望，他们的太平日子就要到来了。
黄州府下面的知县们，曾经都受到过于成龙的照顾和帮助，对于成龙的为人更是心服口服，他们都很愿意唯于成龙的命令是从。刘君孚见到事情败落，他的秘密也基本上公开了，于是，他狗急跳墙，便以前起兵起义。刘君孚开了个头，其他地方的几个土匪首领程镇邦、鲍洪公、陈恢恢、李公茂等人也纷纷响应，揭竿而起。知县屈振奇倒也不甘示弱，于是他请来黄州府副总兵王宗臣率领兵马驻扎在兴福寺，屈振奇自己却率领衙役和乡勇驻扎白杲镇，两人约定好了时间准备合力进行剿灭。
谁知，刘君孚的手段更高明一些，他派来七名骑兵，在晚上夜深人静的时候来到王宗臣的军营进行偷袭，结果王宗臣兵败，他和县令屈振奇一起被赶回了县城。此时情形迫在眉睫，黄州社会越来越乱，麻城县东山的“蕲黄四十八寨”也趁势起兵，局势愈显混乱，并一发不可收拾。
巡抚张朝珍深深的明白黄州东山叛乱的严重性，一旦土匪成了气候，形成势力，那么，长江中下游老百姓的生产、经营将会被垄断，湖北一带将会是腹背受敌，更加让吴三桂等人有了可趁之机。不仅如此，湖北身后的河南、安徽、江苏等省，将会受到不同程度的影响，一旦敌人进攻北方，那么，后果更是不堪设想。就连康熙皇帝精心的布阵都会发生改变，整个战略目标都将发生转变，总之，后果相当严重。
于成龙现在还是戴罪之身，为了百姓，为了社稷，为了大清，于成龙只能是硬着头皮答应湖广巡抚张朝珍的请求，两人交情匪浅，于公于私于成龙自然是没办法推辞，黄州一事他是义不容辞。
于成龙与张朝珍对于黄州事件的意见是一致的，不能讲黄州叛乱视为反清复明的政治事件，黄州起义军基本上都是贫苦百姓出身，不巧的是，恰逢三王叛乱，他们是官逼民反，不能将其视为反贼进行斩尽杀绝。于成龙最后对黄州匪徒实行招抚策略，动之以情，恩威并用，试着给这些被蛊惑的百姓一些甜头，就是优待政策，希望他们能够改过自新、洗心革面，再世为人。
于成龙请求张朝珍给他特权，就是先斩后奏，见机行事，张朝珍自然是对他信任有加，便应允了于成龙的要求。对于于成龙来说，黄州平叛将是他戴罪立功、将功赎罪的大好机会，如果成了，很有可能就官复原职了。
于成龙好说曾经也在黄州府做过二把手，爱民如子，黄州百姓自然都记得他的恩德，尤其是黄州府麻城县的乡民们更是对于成龙信任、尊敬有加。于成龙当然相信黄州百姓是无辜的，他们是受到了一些反贼的煽风点火，是唯恐天下不乱，老百姓都被蒙在鼓里。
于是，他将整件事情的罪魁祸首都归结到了刘君孚一人身上，黄州叛乱甚至到今天这种地步，跟他是脱不了干系的。好在现在刘君孚势力是势单力薄，他虽然联络了各处的起义军，最后形成合兵，合力来对付朝廷。但是，别的地方的起义军首领尚未到达这里，所以，刘君孚还是孤军无援。于成龙就想了，现在其他地方的起义首领还没有赶到这里与刘君孚的兵马会合，他现在实力单薄，还无力与朝廷的大军对抗，现在去对他进行游说，还有可能让他回心转意、放下屠刀，要是真的其他地方的起义力量与他形成合力以后，那他投降的几率就相对要小了，毕竟到那个时候他就已经是稳操胜券了，对谁都可以不屑一顾，更不会把谁放在眼里。
当天，于成龙派了一个乡约，并带上于成龙的亲笔书信去山寨求见刘君孚。于成龙在信中向刘君孚详细的介绍了朝廷对他们招抚的优待政策，只要刘君孚率部投降，朝廷不但不会对其追究，反而还会委以重任。于成龙揣摩着时间，估计这名乡约已经到达刘君孚的上寨，于是，便骑上一匹骡子，并带上两名随从，一名打伞，一名敲锣；向着刘君孚的山寨靠近，在距离山寨不到两里路的地方，于成龙便命令手下的随从敲锣并传达他的话，称于大人到了，专门前来解救身陷绝境的相亲。刘君孚曾经在于成龙手下做过事，深知于成龙的为人，他向来铁面无私、刚正不阿，更不会对罪犯手软。
刘君孚听说于成龙来了，他是大惊失色，藏在了后山便不敢露面，刘君孚便命令把守山门的人手持巨斧、面相狰狞恐吓于成龙，让他不敢向山前迈进。于成龙当然是不会惧怕刘君孚的这一伎俩，况且他已经将生死置之度外，于成龙带着几名随从来到山寨前，好在很多士兵都认识于成龙，曾经还受到过于成龙的恩惠，自然不敢也不忍心对于成龙痛下杀手。并且于成龙是孤身前往，尽管身旁只有几名随从，根本不会对他们造成威胁，便也卸下了心理防线。
于成龙来到刘君孚的大厅，坐下来，旁边把守的匪兵都感到十分的诧异，于成龙便问道：“老孚上哪里去了，怎么不出来见我？！”
匪兵们鉴于于成龙以往对他们有恩，便显得有些尴尬，难为情的道：“首领外出，不一会儿便回来！”
匪兵们看见于成龙，又不好意思上前招呼，怕于成龙责怪他们，大家都知道于成龙是个好官。于成龙见到他们尴尬的表情以后，便主动的上面与他们打招呼，这一来，这些乡民匪兵们便能觉得难为情，对不起于成龙以往在黄州对他们的教诲。于成龙倒是个非常睿智的人，与这些造反的乡民们见面，并没有兴师问罪，只是先问他们的家常，比如庄稼收成、家人健康等等，这让这些匪兵们感到很温暖，感觉于成龙不是来攻打山寨的，有点像位慈爱的老者。乡民们是感动涕零，纷纷放下手中武器，大家对于成龙的慰问，自然是触景生情，想起于成龙之前在黄州为他们所做的一切，还有和家人在一起的幸福生活，不用每天做缩头乌龟、逃避官兵的追杀，像过街老鼠一样人人见打。好好的良民不当，谁愿意造反啊，乡民们向于成龙诉说了心声，他们造反是迫于无奈，是官逼民反。通过于成龙的这一游说，可以认定一点，他们被于成龙的话动摇了，不愿意再当土匪，不愿意再过这种东躲西藏的日子，想回到家里与家人团聚，刘君孚的军心彻底被于成龙给打散了，军心已散，这些起义军也就不攻自破。
刘君孚其实一直都躲在暗处，静静的观察于成龙呢，这叫静观其变。但是，于成龙现在已深入到自己的家门，刘君孚不得不出来迎客。见刘君孚出现在于成龙的面前，于成龙向刘君孚述说了整件事情的严重性，造反也可灭九族的大罪，要是趁现在还中毒不深，尽早的退出来还能免于一死，而且朝廷也不会对其追究，还会委以重任。如果执迷不悟，还是一意孤行，等待他的将会是杀头大罪。于成龙自然是好言相劝，这于公于私都是为了刘君孚好，于公，要是刘君孚肯束手就擒，那么黄州这片天下便可太平，百姓便能安居乐业；于私，于成龙素来与他还是有一些交情，劝他投降，是希望刘君孚能够免于一死。当然，刘君孚反清复明之心，不是一天两天，更不是一时兴起，拿自己的生命再开玩笑，他是密谋已久。所以，也绝对不会因为于成龙的几句话就让他浪子回头、放下屠刀的，但是，刘君孚考虑到此次起义很仓促，并没有做好充分的准备，并且现在人心已然涣散，要是执意起事，恐怕会落得个死无葬生之地。所以，刘君孚倒是个聪明人，没有当场就答应于成龙的要求，而是表面上答应，来个阳奉阳违，背地里再伺机而动、静观其变，一旦有了机会再东山再起。几日之后，刘君孚便带着自己手下的几千人马来到于成龙处向他投降。
于成龙倒是个信守承诺的人，按照他提前跟湖广巡抚张朝珍的约定，实行朝廷的招抚优待政策，朝廷封刘君孚为“戎旗守备”，这可是个正五品的武官官职。刘君孚果然是奸猾过人，他手握于成龙的告示深入各部进行招抚，其实，他的真正意图是劝说各部诈降，另外再寻求良机。经过刘君孚的四处游说，鲍洪功、陈恢恢、李公茂等匪首，也相继投降。
刘君孚这个起义军大头目投降了，其他几个小头目也跟着降了，剩下的一些地方地痞、无赖就更加不足为虑。弹指之间便可将他们一网打尽，于成龙虽然是利用了大家对他的信任，以此做筹码劝说他们投降，但是，有一点是可以肯定的，于成龙是为他们好。叛军投降，百姓得以安生，朝廷也不再四处征战，劳民伤财。这样一来，黄州轰动一时的东山叛乱就这样被瓦解了。黄州的局势，虽然已得到初步平息，但是于成龙是一刻也不敢懈怠，生怕死灰复燃，这样后果就更加严重了。
于成龙倒是一个很有政治头脑的人，他对招抚的反贼不但不对以责罚，还对他们是关怀备至，让他们的叛逆之心彻底放弃，从此打消这个念头。于成龙还是以保甲法的形式来维护社会治安，实施保甲法可以从根本上解决乡民造反的问题，迫使他们今后安安分分做个良民。于成龙此次立下大功，朝廷很快就让于成龙官复原职，仍任武昌府知府一职。
黄州平叛已初见成效，百姓生活也基本上回到了正常轨迹，正准备回武昌府复命。却在这个时候，黄冈县再次发生了一场叛乱，躲在刘君孚家里的黄金龙，这个时候也开始与刘君孚渐渐树立起了矛盾。逃到匪首邹君升处，对邹君升进行煽风点火，请求他起事。
于成龙见到形势骤变，于是便决定暂时不走了，立即采取应对措施，这次于成龙提前就实行的保甲法起到了很大作用。事发后，于成龙随即带领当地乡绅，来到距邹君升山寨二十多里望花山，与刘君孚等人共同商量对策。由于，于成龙在黄州名望很高，很多乡民、士绅还是很愿意听从他的号召，纷纷奔赴望花山。对于这股余孽，于成龙和大家的意见是一致的，进行全面征剿。
于成龙清楚的认识到事态的发展，现在朝廷的招抚优待政策早已经下达，愿意接受招抚并投降的都各自放下屠刀安心做个良民，到现在还在为虎作伥的人，只能说明他们拒不接受朝廷的招抚，对于桀骜不驯的匪寇只能是采取最极端的办法，进行剿灭，毫不姑息。如果在这个时候还对他们抱有希望，一味的仁慈，他们便会得寸进尺，为祸社会。
刘君孚更巴不得对邹君升扒皮拆骨，上次的刺客就是邹君升派出来暗杀他的，好在暗杀未遂，因此，刘君孚对他是恨之入骨。这次黄州东山叛乱的余孽主要是黄金龙和邹君升二人，他们可以说是冥顽不宁，执意要惹是生非，唯恐天下不乱。但是，此二人起兵过于仓促，很多地方都准备不足，军粮都没有准备好，兵马未动粮草先行这一最基本的道理都忘记了。没有粮食，他们饿着肚皮做困兽之斗，是坚持不了几天的。
于成龙决定不对其进行直接进攻，还对他们采取包围措施，让他们在里面没有吃食，人困马乏的时候，便对其一举歼灭。于成龙这次军势浩大，可谓是浩浩汤汤，黄州府下辖的几个县的知县都带兵赶过来助阵，但是都被于成龙谢绝了。