毕竟这地方上也是公务繁忙，而且现在正处于战乱县城的防守至关重要，于成龙是希望他们能够好好打理本县事务。于成龙征剿邹君升等人的战斗力量基本上是用当地的乡绅和乡勇，于成龙意外的获得了邹君升藏身的地图，标明了邹君升藏身的详细地点，这张地图可是帮了于成龙一个大忙了。总之，这次战斗，于成龙把当地能用的力量都用上了。战斗终于是打响了，抓到一个匪首，于成龙是毫不留情的处死一个。于成龙却也在这个时候被朝廷临危受命改任黄州府的知府，这样一来，黄州匪患便成了于成龙义不容辞的事情了，他派兵对其剿灭，也名正言顺了，由此一来军民士气大振，战斗力也进一步加强。之前，向于成龙投诚的匪寇李懋也杀了一部分叛军，于成龙是对他赞赏有加。由于于成龙的所领兵马战斗力过猛，邹君升很快就被赶到了油河，地处兵士是破敌数千。
终于大家众志成城、同心协力，将黄金龙等人逼上了绝路，已经断粮，在逃亡马鞍山的途中中了埋伏，全部被擒。另外有二十多人也相继被于成龙处斩，战斗告捷的当晚，黄金龙被兵士带到了望花山于成龙处，要求于成龙处置，于成龙便毫不犹豫的将此人处斩。由于于公受世人爱戴、推崇，甚至将他神化，传说黄金龙是道教人士，在被于成龙处斩的时候，准备施法逃走，没有想到的是，于成龙也会法术，只是别人不知道，他一般不会用。于成龙将黄金龙施法逃走，他随即拔剑长吼，黄金龙的法术也彻底失灵了。
黄金龙叛乱终于告捷，彻底平息了，罪魁也得到了应有的惩罚，就在平息战乱的第二天，于成龙随即下令各部不许再乱杀一人，并允许那些被蛊惑造反的人投降。这次平叛，仅仅只用了六天时间，并且没有用上一个官军，基本上都是乡勇、民兵组建而成。平叛告捷的消息很快就传到了武昌，湖广巡抚张朝珍是高兴的睡不着，心里的这根紧绷的弦终于松了。这次平叛之所以会如此的顺利，还在于刘君孚的全力支持和配合，于成龙为了酬谢和嘉奖刘君孚，特意将自己的俸禄和一些值钱的东西拿出来，当着众人的面赏给刘君孚。并且一致向外宣扬，这次之所以能够顺利平叛，全依仗刘君孚的帮助，他的功劳很大。于成龙这样一来，在百姓心中他优待俘虏，而且不居功，并且向众人展现了他宽宏大量的一面。但是，于成龙这样一来也就真的是毁了刘君孚，刘君孚以前的手下还有亲朋好友，都认为他死心塌地的投靠朝廷了，已无心再反清复明，朋友们纷纷弃他而去，他已经到了众叛亲离的地步，已无法再领导起义军作战了，刘君孚受此委屈，最后是郁郁而终。哪知，这正是于成龙的一出离间计，目的就是要让隐藏在暗处的反清势力彻底的土崩瓦解，这叫不战而屈人之兵。叛乱得以平息，于成龙回到武昌向张朝珍复命之后，便来到黄州府任知府。由于长时间奔波劳累，加上于成龙的年纪也越来越大了，身体已经大不如前，黄州平叛刚刚告捷，而黄州公务堆积如山，很多善后工作都要等他去做。由于于公体力不支，大病了一场，因此还口吐鲜血。于成龙因为军需的事物，忙的是焦头烂额。
于成龙之前来黄州剿匪，只是临危受命，作为武昌府知府的于成龙本不该管黄州的事，不过是受张朝珍所托付，于成龙不是黄州府知府，黄州平叛的成功与否，对于于成龙来说他只有义务没有责任，即便有责任那也是黄州府知府的责任。然而，这次不同，东山叛乱得以平息以后，于成龙正式移职黄州府知府。
东山平叛告捷没多久，此时的吴三桂兵马已经临近黄州府，陈鼎业纠集逃兵，抢夺驿马，在阳逻一带起兵。何士荣集合黄寅生等人，在黄冈县永宁乡起兵。刘启业在石陂起兵。周铁爪、鲍世荣、李公茂、陈恢恢、王子之等人，在麻城白水畈起兵。广西将军孙延龄的族人“孙将军”、万野予等人，也率部潜入，与周铁爪联合。这几支叛军各有数千人，加起来则有数万人之多，对外号称十万，他们奉何士荣为盟主，计划合兵攻打黄州城，然后进一步夺取武昌、汉阳等地。这次叛匪的首领有几个都是曾经接受过于成龙招抚的，没有想到现在竟有出尔反尔，既已接受朝廷的招抚，便不应再有什么非分之想，这些匪首还真是没有信誉可言。于成龙是悔不当初，要知道有今日，当初还不如杀了他们，永绝后患，于公是没有想到就因为自己的仁慈最后是放虎归山。
当时的黄州基本上是这么一种情形：“高山大湖，烽火相望，城门皆昼闭，墟里寂无人。各镇援兵悉随大军进攻湖南，黄州余吏与兵民才数百人，至不能备阍柝。议者争欲弃黄州，退保麻城。”
黄州军民见敌人士气浩大、穷凶极恶，都想弃城而逃，就连黄州府下面的知县也有这样的想法。毕竟蝼蚁尚且贪生，人更加不例外，他们都怕死，敌人还没有杀来他们就不战而败。于成龙是科举出身，只是一介文人，自是不懂的如何行军打仗，但是，他胸中还是有退敌之良策，要知道这寒窗十年也不是白读的，这个时候就要活学活用了。黄州叛乱早在他意料之中，但是就是不知道在什么时候，刘君孚部叛乱只是小打小闹，真正的较量还在后面。
于成龙经过仔细而又冷静的分析之后，总结出：“黄州为湖北七郡门户，我师屯荆、岳者数十万，水陆转运取道于此。且濒江而城，控制阻险，前倚兴宁庐阜，后压天堂、金刚诸寨，实东南关键。东山为黄左臂，释此不守，则无东山；无东山，则无黄；无黄，则无襄、汉；斯荆、岳有狼顾之虞，七郡成瓦解之势，江北危矣——所系非仅一城已也。”
于成龙知道这次战役的严重性，一旦战败，黄州失守，不但湖北会出现危机，将会影响整个中原的战局。
于成龙抱着坚定不移的态度，誓死保卫黄州平安，誓与黄州共存亡，他向黄州官民表达了自己的决心，道：“我身为知府，誓死不能离开黄州。但是，我们与其困坐在城里等敌人来进攻，不如主动出击，或者可以侥幸成功。敌军虽然人数众多，但他们奉何士荣为盟主，一切行动都听何士荣的。如果我们能够一战击败何士荣，别处的敌人就可以不战而降了。”于成龙随即下令快马到武昌，请求巡抚张朝珍派兵增援黄州，张朝珍的命令是，让于成龙带一部分人剿匪，而分巡道徐惺负责城池安全。此时的黄州府所剩兵马并不多，大部分都被朝廷调走，全力攻打藩王叛军了，所以，于成龙手上兵丁极少，于成龙要对付那帮匪徒，还需要依靠乡勇们，还是之前投诚的力量。张朝珍虽然应了于成龙的请求，派兵增援，但是，兵马实在是太少了。负责当地兵马的把总吴之兰带领五十多名官兵赶过来，在段家店驻扎。千总李茂升也带领五十名骑兵火速赶到黄州，李于成龙便命令黄冈知县李经政想办法自备兵马和粮草，讨伐阳逻的陈鼎业，战斗很激烈，最后大捷，陈鼎业父子被处死，阳逻局势也得到初步稳定。
于成龙最后带领千总李茂升、把总吴之兰、武举张尚圣等将领，连同手下兵士二十多人离开了黄州，全力攻打何士荣，并率先命刘君孚部进驻土皮冲、梅钿率部进驻八叠山、郑丹率部进驻平头山、童贵卿率部防守东义洲、萧有至率部防守罗田界、田榖伯率部堵截黄冈庙。于成龙还亲自撰写了讨贼檄文，言辞激烈，以此号召乡勇举起武器，共同讨贼，也好还大家一个太平日子。于成龙不光是号召他们讨贼，还想办法给这些乡勇筹到了军饷，并逐一发放给他们。这样一来，乡勇们的士气更甚，更无条件作战，可况是在保卫自己的家乡，还有钱赚，他们当然是拼死捍卫家乡的每一寸土地了。
何士荣自起兵以后，很快就占据了黄土坳，在西山扎营驻防。何士荣所部，由于缺乏军粮，将士们是饥饿难耐，于是便就地抢劫了西山下面的一些人家，乡民们对此是深恶痛绝，恨不得将其碎尸万段，乡民们之所以会对何士荣如此怨恨，是因为他不光下山抢劫，还杀害了不少村民和焚毁了不少房屋。
这样一来，何士荣就彻底失去民心了。何士荣所作所为，人神共愤，老百姓也希望于成龙的兵马快些赶到，老百姓是支持于成龙的，并向于成龙通风报信，通报何士荣在山上的一举一动。于成龙觉得时机已到，便命令大军缓缓向西山开进，并由武举张尚圣做御敌先锋，于成龙自己紧随其后。由于于成龙来势凶猛，让何士荣是猝不及防，很快就战败了，最后是躲入深山之中。由于于成龙的声望极高，各地乡勇纷纷组织起来上西山给于成龙助阵来了，此时的于成龙兵力已达到了五千多人。决定跟何士荣展开轰轰烈烈的最后一战，将其一举歼灭。何士荣率领数万人之多，并分两路，向于成龙部大举进攻，看来这何士荣也是孤注一掷，背水一战了。
于成龙手持宝剑，亲自上阵作战，有于成龙督阵，兵士们的士气高涨，都想在于成龙面前挣表现，个个势如猛虎，全力拼杀敌军。战斗刚开始没多久，把总吴之兰不幸中刀身亡了。不想这次何士荣的兵士战斗士气也异常的高，大概是因为他在做困兽之斗吧。官军在敌军的猛攻下是节节败退，于成龙随即下令，要是谁敢轻言撤退定斩不饶。尽管如此，将士们拼死抵抗何士荣军，但是还是无济于事，似乎败局已定。
于成龙想反正横竖都是个死，不如拼死一战，总比坐以待毙来的好，他立即调转马头，并向这李茂升大叫了一声，道“我死后，你回去向巡抚大人汇报！”
说完，于成龙便冲入敌人阵中，见于成龙冲入敌军阵中，李茂升心急如焚，连忙拔出弓弩射倒了敌军的军旗
随后，李茂升便奋不顾身的冲入敌军营中解救于成龙，兵勇们见领兵的于成龙和李茂升都杀入敌军之中，他们哪能不拼死作战。何士荣军旗已倒，叛军以为自己已经败了，于是便纷纷撤退，于成龙部是拼死追杀，何士荣兵败如山倒。此战，于成龙是大捷，李茂升等部将更是功不可没。
官军大胜，于成龙、李茂升更是趁胜追击。追至数十里，何士荣手臂被斩断一条，最后身陷泥潭，被官军抓获。这次剿匪过程很艰苦，于成龙虽然大捷，但是也死伤不少，敌军死伤更是不计其数。于成龙在此战中，创下了手刃四五十人的战绩，何士荣的匪窝被于成龙给彻底的端了，并查获此次生事的匪徒名单。为了让余下的匪徒彻底打消造反的念头，不让他们再有恐惧之心，于是便当众烧毁了这本匪徒名册。