于成龙找到他，向康亲王述说了实情，和他的一些想法，认为还是有道理的，于是就答应了于成龙的要求，释放那些违反禁海令的刑犯。于成龙请示了康亲王这下就没有顾虑了，他可以毫无忌惮的审判这件案子，于成龙将犯人的案宗全部调出来一一查看，只是斩杀了几名重要罪犯，其他的善良百姓无辜被搅进来的全部释放。于成龙这样做也是对的，杀了几名罪犯总比一个不杀要好，如果不杀一儆百的话，这些老百姓还是不思悔改，执意要作奸犯科。于成龙重重的处置了几名要犯，也是为了震慑和吓唬那些百姓们，量他们以后也不敢再违反禁海令了。
犯人们这次能够死里逃生，全的仰仗于成龙，要不是于成龙，换作是其他官员他们都难逃死罪。百姓们自然对于成龙是感恩戴德，同时，福建一带的汉人也对清朝政权是口服心服了，承认其合法性，是为正统，不敢再起谋逆之心。在这个战乱年代，于成龙这一举措，也为大清政权赢得了不少民心，这是毋庸置疑的。由于当下处于动荡年代，即便是这些犯人就毫发无损的释放还家，但是他们依然缺衣少粮，时常忍饥挨饿。于成龙不忍，还是一如既往的将自己的俸禄捐献出来送给那些没有饭吃的贫苦百姓，自己的俸禄给完了，再动员当地的富豪、士绅，让他们也献出一片爱心，慷慨解囊。以此缓解了当地百姓的生活压力和所存劣境，让他们在这个战乱年代也能保证其温饱，于成龙将百姓当成是自己的父母一样在孝顺、在供养，实在称的上是真正的父母官，为百姓做主、请命的好官。
都说这新官上任三把火，于成龙刚刚才就任福建按察使，就办了件这么棘手的大案子。给福建省的官民都来了个出奇不意，让很多人都没有想到困扰了福建官员很久的案子很会这么一种结局。于成龙将那些含冤入狱的善良百姓全部无罪开释，百姓对他是感恩戴德，官员们对他也是另眼相看，自己手上的这块烫手山芋终于被于成龙给拿掉了。于成龙也为此深受福建官民的爱戴，从而赢得了民心。
百姓们平安归家以后，于成龙还发布了《简讼省刑檄》等告示，要求福建全省各府、州、县，在农忙春耕时节，一律不准受理其民间诉讼。
于成龙道：“讼狱为民命攸关，听断谳决，务合情罪，使民无冤，然后能使民无犯。”
这是司法的总原则，是律法的底线。官府应审清案子的全过程，依法公平判决，使百姓冤屈尽量缩减到零。朝廷法度神圣不可侵犯，是庄严的，是威严的，百姓认识到这一点自然不敢再知法犯法，至少不敢再轻易的以身试法。于成龙重新认识到按察使的职责，也就是分内之事、本职工作，按察使是主管全省的司法工作。
“简讼省刑”是皇帝发布的敕令，是司法的总原则，其实也相当于现代的宪法，一些基本法都是从宪法上提炼出来的，“简讼省刑”相对来说，也正是清朝时期的宪法。
于成龙道：“刑期无刑，圣意即经意也。”
大致意思是说，执行律法的最终目的是希望无人触犯律法，这一理念也正是儒家思想的体现。
于成龙又道：“值今时届农忙，乱后孑遗，方得归农乐业，大小衙门俱应停讼。”民间一些民事纠纷，一些鸡毛蒜皮的小事，甚至微不足道，陈芝麻烂谷子的旧事都抢着告到官府。
于成龙给官府的指令是不准受理，不准拘押人犯，骚扰百姓，从而贻误农业的正常生产。然而，上级派下来的重大案件需严肃对待，不准有半点马虎。审判官员必须公正公平的处理案件，不允许严刑逼供，更不允许徇私枉法，有意偏袒亲故。于成龙是从最基层的知县升上来的，当然对下情是了如指掌，尤其是衙门里办案存在的弊端。于成龙对下属一向都说恩威并用，立功则赏，有罪则罚。如下属官员“拟议妥确，狱不兹烦”，于成龙也会以此作为官吏的考核成绩。如下属“苛酷淫刑，草菅民命，徇私卖法，巧为轻重”，于成龙将为民平反，并严惩其责任官员。于成龙之所以选择避轻就重，并不是于成龙不负责任，小案子就不办了，这实在是他的权宜之计，为的是权衡利弊，小案子不是不受理，而是尽量不受理一些微不足道的案子，尤其是在农忙时节。很多地方官员以此为借口中饱私囊，收受被告人的贿赂，以求能够破财免灾。最后，无法避免的就是徇私枉法、残害无辜生命，说的不好听点就是草菅人命。这是很多基层官府的通病，百姓们的官司得不到申诉，反而还会被反咬一口、深受其害。
于成龙下令“停讼”，真正目的是要变相束缚那些贪官污吏的手脚，让他们不再有机会作恶。按察使一职还有一条非常重要的职责，就是监督和管理官员。有点像现代的检察院检察长一般，拥有起诉、惩治官员的权力。于成龙当下要做到就是澄清吏治，举荐和奖励清廉之官员，同时也要严肃惩罚那些背祖忘德的赃官们。
于成龙随后便发布了《严戢衙蠹檄》，文中指出，“衙役犯赃，首严功令。本司法纪攸司，剔蠹除奸，尤为急务。”
于成龙称其自上任以来，便开始履行按察使这一职责，对福建全省各衙门官吏进行明察暗访。但是，最后调查出来的结果是，福建省向来是“丛奸薮恶”，地方上利用天高皇帝远的地理优势，常常上演官匪勾结，草菅人命的恶劣行径。期间，于成龙已经查到了很多这样的事实，其中就有一例：在采购军需时，有些人会在其中滥加杂派；征调差役时，这些人会卖富差贫，从中取利；处理诉讼案件时，他们会唯利是图，是非颠倒、扭曲事实。自己本应当立即指名锁拿这些衙蠹，揭发参劾这些贪官，但考虑到地方连遭战乱，法纪废弛，对犯法的官吏也没有三令五申，及时教育，所以这次姑且从宽处理，既往不咎。希望这些官吏“痛改前非，洗心易辙，奉公守法，保守身家”，如果怙恶不悛，继续作恶，那绝对不会“宽假”，官员要以“贪纵揭参”，衙役要以大法重处。
于成龙颁布这一条例，重在警告，对那些尚在为祸人间的官员起到了威慑作用。对于按察使衙门里的“衙蠹”问题，于成龙也有自己的一套独立法子。所谓宰相门上七品官，于成龙作为省级按察使虽然不是什么宰相，但是在福建省内除了总督和巡抚、布政使也就只有他最大了，省内地方官员都是他的下属，于成龙按察使衙门派下去到地方上公差的衙役们，常常也会狗仗人势、仗势欺人，以上官的名义，向下级官员勒索财物，甚至是作奸犯科。下级官员也因此受到一些不同程度的干扰，很多于成龙的指令都不能很好的得到传达和执行。
于成龙再一次颁发了《申饬差扰檄》，内容有几个方面。一方面严厉谴责各级官员玩忽职守，不能够按时完成朝廷下达的公务。另一方面于成龙已然调查出按察使衙门确有作奸犯科之人，鉴于没有证据，一直没有对这些人采取行动，但是，下级官吏如逮住这些人的证据可以据实上呈，并将那些威胁、勒索下级官员的差役押至按察使衙门，按察使衙门并将依法重处。当然，如果下级官员投鼠忌器、畏首畏尾，不敢冒犯上级差役，也可以秘密写信给于成龙，于成龙将另行设法捉拿罪犯。还很有一些既不敢公然冒犯上级差役，又不敢书信给于成龙，那么原因就只有一条，下级官吏有把柄握在他们手上。于成龙对于这种情况是要严惩的，双方相信都难逃罪责。
于成龙道：“法在必行，务必恪遵。本司将以此杀杀该府的不正之风！”
意思是说，揭发上级差役的确需要一些胆量跟魄力，于成龙这样做大概也是在考量哪些官员是无能之辈，哪些官员是刚正不阿的清正作风。以此结果，再行委以重任和另行撤处。于成龙为了提高衙门的办事效率，还想到了两种别出心裁的好方法，第一种是“风火雷三催号票”，创造了风、火、雷三种号票，一种比一种急迫，用于催办公务。如果“雷票”发下，还不能如期完成，那就要派差役捉拿相关官员问罪。这种方法，免不了仍要派遣差役，即使是奉公守法的好差役，到了下级地方，也会有一番接待应酬，花地方上许多钱。鉴于这个问题，于成龙又创造出了一种木签，在木签上注明期限，随公文发往各地，这样就不必派遣差役了。木签一到，说明事件紧急，必须按期完成。办事的“经承”，完事后拿着木签到省交令。如“事已妥当，不烦驳诘”，该“经承”可以法外从宽，不受追究。如果“苟且塞责，仍不能完结”，要对“经承”进行“责惩”，还要派差役押回去重新办理。如地方官府收到木签，置之不理，到期不报，就要选派差役星夜锁拿办事的“经承”，并以“违玩职名”罪揭报该地方官员。
于成龙还真的是面面俱到，无微不至，任何细节他都考虑到了，为了百姓他真的是尽心尽力、鞠躬尽瘁。世人都害怕战争，都不想爆发战争，因为一旦战争，老百姓会流离失所、国破家亡，甚至连百姓的生产、生活都会遭到很严重的破坏。社会各行各业的人都会因此失业，过着躲躲藏藏的日子。这些上阵杀敌的将士们，就更加肆无忌惮了，他们觉得他们杀敌有功，常常会扰乱百姓，抢夺财产、奸淫妇女，官府很多时候也管不住，尤其是在封建时期的特殊年代，皇帝为了保住自己的江山，只能这样做，他并没有对将士们进行约束，也没有发布命令支持他们这样做，既不支持，也不制止。其实，这也是皇帝、上级的主意，他们以这种变相方式犒劳将士们。朝廷发放的军饷也不是很多，将士们哪里会抛弃妻子随军出征呢，弄不好可能会丢掉性命。朝廷在军饷方面不能满足将士们，也只能是在趁乱的时候，睁一只眼闭一只眼，任由他们去发横财了。
康熙十八年（1679），福建省多地，被靖南王耿精忠部杀戮、洗劫以后，四处一片狼藉，硝烟四起，老百姓民不聊生。耿精忠在进攻浙江、江西两省时，还掳掠了大批浙江、江西人士，康亲王所带领的八旗军从耿精忠手上救回一批人口。耿精忠部之所以要掳掠百姓，并不是要杀他们，而是要以这些百姓来慰劳将士们。男的，可能就给将士们当奴才了，任其使唤。女的，除了当婢女外，可能还会有性伴侣的成分在，将士们一旦性饥渴，便会拿这些婢女来充饥。特殊年代，军营中已无多余的粮食来养活被掳掠的这些奴婢们，而且，他们也没有专门的人员对其进行管理，留在军营恐多生事端，一旦积累实力，甚至会极力反扑。待兵勇们都享受完了以后，便将抓来的这些百姓以高价出售给当地的富豪、贵族，让这些百姓充当这些大户人家的丫鬟和奴才，自己得到的不义之财，或者说是横财便会携带回家中。于成龙此时已是福建按察使，身负巨大的使命。
于成龙虽然是福建省的按察使，是正三品大员，但是从他的职责分工来看，他是无权过问和干涉军营中事的。所以，也就没有权利向康亲王以及各位将军建言献策，让兵士们停止对老百姓的伤害和摧残。但是，一向爱民如子的于成龙，却无时无刻不在关心着百姓，他有了慈悲之心，不可能坐视不管，任由军人欺压和伤害无辜百姓。于成龙手中无权，想要拯救那些被奴役的百姓们，但是，心有余而力不足。
迫于无奈，他只能遵循当时的规矩，自己掏钱从军人手中买回那些被抓的无辜百姓。但是，于成龙私人财产也并不多，他能救下一人，但是救不了众人。衙门里面有钱，但那是公家财产，他哪敢私自挪用。无奈之余，他仍然采取一贯的方法，那就是募捐集资。动员福建省的乡绅、富豪从牙缝里面挤出一点来，拯救无辜受难的百姓。于成龙再以自己按察使的身份，在军营中向将士们讨价还价，以恩威并用的方式尽量以最少的钱粮赎回更多的百姓。这次于成龙拯救回来的无辜百姓，基本上都是江浙一带掳掠回来的，福建省内的百姓还是很少，于成龙所作所为已超出了他职责范围之内。仅凭一颗仁爱之心，一颗爱民如子之心。像江浙一带掳掠回来的百姓，他本可撒手不管，这本该是两江总督、浙江巡抚、江西巡抚等封疆大吏应管的事，与于成龙这个福建省的按察使没有关系。但是，于成龙却忍不住，还是管了。这次，于成龙从军营里赎买回来的奴婢大约有几百号人，全部发放了路费，送还他们归家。战乱时期，被掳作奴婢的百姓，何止几百，这次恐怕几千上万都不止，但是，于成龙能力有限，只能从军士们手中解救回来一部分，其他人于成龙也实在无能为力了。他只能是眼睁睁的看着这些被抓的无辜百姓受难，他的心里实在很难受，只能是暗自落泪，替这些无辜受难的百姓祈祷、超度了。
三、倾其俸禄救济灾民
康熙十八年（1679），按照朝廷以往的惯例，这又将是地方官员的“大计”之年，很多地方官吏也是靠着大计卓异从而得到升迁的。
由于于成龙政绩突出、尽职尽责，这一年卓异的名额又毋庸置疑的落在他的身上。时任福建总督的姚启圣、巡抚吴兴祚都是正人君子，见手下有这般能吏、廉官，他们自然是感到脸上贴金，巴不得于成龙在自己手上飞黄腾达。
这一年，姚总督和吴巡抚联名推荐于成龙为福建省的卓异，他们二人是毫不保留、毫不吝啬的将自己心中所感写出来，当作于成龙被举卓异的批语。这已是于成龙出仕以来，第三次被举卓异了。
于成龙刚刚出任福建按察使才几个月，就有如此巨大的成绩，吴巡抚在给于成龙的卓异批语里，写道：“成龙执法决狱，不徇情面，屡申冤抑，案牍无停，不滥准一词，不轻差一役，而刁讼风息，扰害弊除。捐增监狱口粮，遍济病囚医药，倡赎被掠良民子女数百口，资给路费遣归。屏绝所属馈送，性甘淡泊，吏畏民怀。为闽省廉能第一。”
福建督、抚对于成龙的评语上报朝廷以后，康熙皇帝也在第一时间给出答复，是这样返的批语：“于成龙清介自持，才能素著，允称卓异。”
于成龙是在康熙十八年（1679）九月被举为“卓异”，也是在当月就被擢升为福建省布政使。据朝廷以往的惯例，大计必须在当年十月二十五日前就结束。并且于成龙在这期间多次遭到上级官员的催促，要求速办“大计”公务，都被于成龙给推脱了。
这一年，于成龙也快六十三岁了，早已过了花甲之年，况且他为朝廷效力这么多年，心中多年报国热情和报国心愿已了。他很感觉到累了，三藩之乱期间，他在心里就已经萌芽过要急流勇退，提前告老还乡的，无奈，照于张朝珍的面子，流了下来。从湖广省江防道员升到福建省按察使，如今已有快近一年了，他虽心有余而力不足，于成龙已经到了这把年纪，家中妻儿也在家盼望了他多年，希望他能够早点归家。俗话说，落叶归根，于成龙现在这个年龄可以说已经到了人生的垂暮之年，指不定哪天就一命呜呼了，他想回到自己的家乡，陪一陪自己的亲人，不要到时候死了还流落异乡，想到这里于成龙是老泪纵痕。真的应了那句话，鱼和熊掌不可兼得。