一、出任江防道台
康熙十六年（1677），朝廷恢复了湖广境内的“下江防道”的建置。这一年，于成龙在黄州知府一任上任期已满，本应该按例进行提拔了，但是朝廷为了要加强长江防卫，便调于成龙任下江陆道的道台。
此官位为湖广省的外派官员，仍为正四品，于成龙原先的黄州知府也是正四品官，所以，这一次是既未升也未降，只是迁任。可能这也是因为清初朝廷人才匮乏，才作此无奈之举。
清代的道台分为分守道、分巡道等多道，分守道主管全省内各府、县政务，分巡道则主管全省的提学、屯田等专门事物，守、巡诸道多有兵备头衔，长官皆称道员，俗称道台，尊称观察。
道台虽为正四品，与知府平级，但是夹于省、府二级中间，亦不受府管，隶属省制。于成龙所任职的下江陆道道台官邸在当时的黄州府蕲州，虽然迁任但人还是在黄州，不过，这次他不再履行黄州知府的职权管理一府的政事，而只是局限于军事防卫工作。于成龙担任下江防道道台只有短短一年左右的时间，所以成绩并不显著。此时的叛军也基本上得以平叛，长江防线并没有出现紧急情况。
于成龙就任下江防道道台期间，曾向上司上书过很多政务策略。其中有一篇名为《上蔡制台酌留营将》的书信，是写给湖广总督蔡毓荣的。文中提到，以前的黄州设副将一员，领兵六百六十名；蕲州设参将一员，领兵四百五十名。
康熙十三年，因为黄州战乱，黄协兵力不够，增设守备二员，各召兵三百名。而蕲州离黄州较近，就裁撤了参将，只留兵三百名，由守备带领。后来形势又发生变化，江西一带战局紧张，蕲州的防守任务变重了。蔡毓荣曾经要求在蕲州重设参将，朝廷没有批准。于成龙就此分析了当时的情形，坚决支持蔡毓荣的观点。他指出，在朝廷尚未下达批准命令的时候，可以暂时先将参将留在蕲州镇守，以保黄州、武昌等地的安全。
如果朝廷非要裁撤蕲州的参将，可以在战乱平息后再行议定。还有一封名为《复张抚台论设水师议》的书信，是写给巡抚张朝珍的。当时，巡抚张朝珍向朝廷上奏，要求在荆州、武昌两地建立水师营，但是，黄州和蕲州其环境、地势是不利于建立水师的，可能会有相当程度的困难。张朝珍面对这一棘手的问题，便书信请教了于成龙，于成龙看了张朝珍的书信，明白他的想法后，便根据两地的实际情况，做出一些合理的建议。于成龙仔细研究了两地的环境，说在黄州和蕲州之间，有一个“道士洑”，设兵三百名，号称“水塘”，可以将其改建为水师。
如果兵力不够一个营，可以将蕲州裁撤下来的一百二十名士兵调到到这里，共有兵丁四百二十名，这样就不必再另行募兵了。只是更改其名号，任命将领，加强训练即可。黄协镇如果设立水师，那么打造战船的费用会相当高，可以将岳州裁撤下来的水师营战船调拨十只，黄州水师从而得以完善。“道士洑”的巡江小船，可以和大型战船搭配起来用，这样长江防守可保万无一失。于成龙在江防道员一职上任期较短，只有一年的时间，所以，并无多少突出政绩。
任职期间，于成龙依然不改清廉作风，除了每天的繁杂工作外，闲暇时他就约上几个文友四处吟诗作对，当然这并不影响公务，因为战争已经得以平息，他作为江防道台，可以做的事情并不多，虽然任期只有一年时间，但是，一年里他将防道工作打理的井井有条。
二、升福建按察使
康熙十七年（1678）六月，于成龙在江防道台一职上任期一年已满。这一年，于成龙已经六十有二，早已经过了花甲之年。
然而，由于他在江防道一任上表现较佳，就在这一年的六月他接到了朝廷新的任命通知，升他为福建按察使。
清代的按察使是各省总督、巡抚的下属，为正三品衔。
清代的按察使属于“二司”，二司的直接长官就是指布政使和按察使，俗称藩台，臬台，相当于今天的省长一职。
藩台管全省行政财政，臬台管全省司法监察邮驿。于成龙升为福建省的按察使，较之以前的江防道员，又官升两级。从正四品升为正三品，可谓皇恩浩荡。
于成龙都过了花甲之年了，实在想不到他还能再升，他自己也没有想到，当接到朝廷新的任命通知的时候，他是既高兴，又不舍。毕竟他自从离开罗城，来到合州，最后进入湖广省做了黄州府的同知，历任武昌知府、黄州知府、江防道台，到现在为止，他已经在湖广省待了九年了。这九年时间，湖北省早已经历了风风雨雨，于成龙也是饱经风霜。湖北有今天，很大一部分功劳是于成龙的，除此之外，在湖广省的这些年也多亏了他的上司巡抚张朝珍和总督蔡毓荣对他的照顾和提拔之恩，并且于成龙早已和张朝珍结下了深厚的友谊。两人是英雄相惜。毕竟于成龙在湖广任职已经有九年了，这一次他被朝廷升为福建按察使，不可避免的是于成龙要从此离开湖广前往福建了。本来上一次，在三藩之乱的时候，于成龙就该升任福建省的建宁知府，但是，受巡抚张朝珍的挽留之恩，最后才被迫留在了武昌做了武昌知府。建宁知府和武昌知府都是属于正四品的官衔，张朝珍这样做，只是想把于成龙留在自己的身边，于成龙确有才华，只是于成龙从此也就成了张朝珍的左膀右臂。于成龙在湖广省这么一待就是九年，现在高升了，去福建就职。
然而，最为复杂的就是这职务交接。这是朝廷规定，官场规矩，于成龙也没有办法。不仅如此，这也是他的责任和义务，交接是必须的。于成龙在湖广省任职九年，九年时间他经手的事务繁多，所登记的账目更是不计其数。这些他都要接受上级有关部门的一一核查，待放行命令下达后，方能离开。他任江防道台的时间只有一年，期间也并没有多少事务，所以，这一年的卷宗倒是很容易就调查通过了。主要是在黄州府和武昌府的任期比较长，所以这两任上面要交接的事务很多，尤其是在黄州任上，要主要办理过军需事务，关于银两方面的支出，账目繁多还需要进一步的核查。
康熙十六年的八月，于成龙曾奉命买过十万石的豆子，其价值在六万两纹银左右。他当时开据一张六万两的“印领”，但藩台只发了一万两，买豆两万石。事后，藩台并没有将那张六万两的“印领”票据还给于成龙。
康熙十七年，领豆银两万两，用出去一万四千两，剩下六千两存入藩司的库房，这两万两的“印领”也没有发还。又因为修理杉船，借司库银一千七百五十两，开了三张“印领”，实际领银一千两，这三张“印领”也没发还。所以，于成龙正在接受这方面的调查，其原由于成龙也必须向上级有关部门交待清楚后，方可离开。还有于成龙在江防道台任上的交接手续，需要迅速送达省城交与省级有关部门审批，可是这中间于成龙的审批手续迟迟没有下来。
福建那边的差役已经到达蕲州，来迎接于成龙赴任，于成龙的手续还没有得到回复，心急如焚的于成龙这才给巡抚张朝珍写信，希望他能够特殊处理，尽快放行。在张朝珍的心里，于成龙是他湖广省的唯一廉吏，这次朝廷将下属于成龙调到福建省做按察使，正三品官，张朝珍当然感到脸上贴金。在离开湖广之前，张朝珍也曾设宴招待了于成龙，以作践行之情。两人在宴席上是开怀畅饮、畅所欲言，张朝珍在于成龙离开之前，也向于成龙请教过一些政策的具体实施和落实。听听于成龙对建设湖广省的具体建议和意见，于成龙当然是知无不言，将他毕生之所学都尽数交给了张朝珍。
于成龙在宴席上也向张朝珍郑重的表达了自己的感激之情，感谢张朝珍这些年对他的照顾，还有对他的提拔和知遇之恩。于成龙对张朝珍就任湖广省巡抚以来，所作出的巨大贡献，还有张朝珍这些年来的功绩也作出了充分肯定。两人可说是英雄相惜，离别之情难以割舍。何况于成龙在湖广一待就是九年，早已和张朝珍成了朋友，他们不仅仅只是上下级之间的关系那么简单。
于成龙告别张朝珍以后，便随着福建来的差役们，直奔福建省而去。据说，于成龙当时赶赴福建上任的时候，行李很是简单，只有一床破棉被，还有一件官服，还是旧的。于成龙去往福建所走的是水路，乘船而去，在上船之前，他曾在黄州买下几筐萝卜，堆满了船舱。
船夫还感到很诧异，便道：“萝卜是廉价之物，带这么多有何用？”
于成龙微笑着道：“这是我沿路的口粮，另外还能帮你压船。”
于成龙就这样以萝卜为干粮，赶往福建。黄州的萝卜还是有些不同，以甜脆可口而闻名，形状粗大，貌似冬瓜。也许是习惯吧，于成龙在湖广待了九年，早就习惯了这里的生活，以及风土人情，想不到会爱上这里的萝卜。
康熙十八年（1678）春，于成龙长途跋涉，翻越万水千山，终于抵达了福建省的省城福州。然而，于成龙在福建任按察使只有短短的几个月时间，就被升为省布政使。福建省地处我国东南沿海，临近台湾，隔台湾海峡。加上近年来，福建省又遭到了三藩的叛乱，靖南王耿精忠正是驻扎在福建省。
由于平西王吴三桂大举反清，靖南王耿精忠为了策应吴三桂，也配合他发动了大规模的叛乱。总之，福建局势很紧张，也很复杂。于成龙上任福建按察使以后的第一件事情就是处理监狱人满为患的现状。监狱里面关押的并非大奸大恶之徒，而是良善百姓，他们并没有犯下大罪，只因触犯了朝廷的“迁海令”。
明朝时期，由于东瀛倭寇大举进犯我国东南沿海，于是明朝朝廷决定从此禁海，就是禁止海外人士通过中国领土。这一办法，虽然对禁止倭寇横行产生一定效果，从而也大大的影响了海外通商贸易。直到清顺治十八年，清朝廷为了牵制盘踞海外的郑成功家族反清势力，再一次下达“迁海令”。
严禁商船在附近海域通行，海外船只也不能在中国登陆从而达到贸易的目的。朝廷这一用意，就是不希望大陆与台湾形成贸易关系，将台湾完完全全孤立在海外，台湾毕竟只是弹丸之地，没有大陆这一强大后盾，终究是不会长久的。这样一来，对顺利收复台湾奠定坚实的基础。加之，三藩之乱爆发，靖南王耿精忠盘踞福建，虎视东南。朝廷需要大军镇压，压力很大，再加上福建对面就是台湾，郑成功的儿子郑经时时刻刻都在想着反清复明，他们正在台湾休养生息，蓄势待发，他们静观其变，一旦情况有变他们便会趁机反攻大陆。朝廷也担心，怕郑经和三个藩王合兵，三个藩王的势力已然不可小觑，如果郑经再与三藩王联盟合兵，那后果是不堪设想的，真到那个时候，朝廷要想一举歼灭他们，恐怕就会有难度了。不但不能消灭他们，朝廷反而会陷入十分被动的局面。所以，为了大局着想，朝廷这才不得不下令禁海，当然这是万不得已之举。其用意和目的就是不让三藩王和郑经勾搭在一起，垄断贸易也是要让台湾彻底缺钱、少粮，老百姓没了吃穿，自然会站出来反对郑经，台湾也就不攻自破了。
朝廷禁令已然下达，却不想福建沿海的很多百姓知法犯法，明知不可为而为之，全然不顾朝廷的禁令。朝廷明文规定：严禁客商船只私自入海，不允许将大陆的产品运到海上贸易，违令者，无论官民，一律严办。一经发现货物充公，并奖励告发者。如发现执行禁令官员知法犯法对罪犯不追捕，视为失察之罪，将着重处理。如当地保甲等基层官员不告发的，并直接处以死刑。沿海可停船之码头，均严加防范，如发现有偷渡登岸的，防守官员及兵丁将以军法论处。正因为这样，朝廷这一禁令的下达，让沿海的很多百姓都违反了规定，全部下狱。你说这一个人或者两个人甚至几个人都犯下罪过，都是可以轻而易举的处以极刑。
但是，这是绝大多数人违反了禁令，要杀的话，会杀很多，就算当地官员掌握生杀大权，他也没有胆量将违反禁令的数以万计的百姓全部处死吧。所以，违令的百姓先全部都关在监狱里面，这些人一天不杀不放，官府都是要向他们免费提供食物的，另外监狱人满为患，很多真正有罪的人，反倒没有地方关了。
于成龙就任福建按察使的第一件事情，就是要解决这监狱人满为患的现状。这数以千计、万计的罪犯，是处置还是释放，对于成龙来说都是一个棘手的问题。这刚刚跋山涉水来到福建上任，还没有来得及休息，好好坐下喝杯茶，就有这么难办的案子摆在于成龙的面前。这些都是福建省的巡抚、布政使们不想也办不了的案子，这才交给了于成龙，正好于成龙够倒霉，刚来福建就让他给碰上了。这些都是前任按察使积累下来的案子，现在于成龙上任按察使，这些关押在监狱里的犯人，全归于成龙一人裁决，只要他一声令下关押在监狱的所有犯人全部人头落地。
最终，于成龙做了刽子手，罪犯是前任官员拘捕的，但是人却是于成龙杀的。所以，于成龙最终陷入两难局面，他可不想到时候将罪过全部揽在自己身上。于成龙虽然是酷吏，但是他绝不滥用职权，更不会滥杀无辜。死在于成龙刀下的基本上都是些大奸大恶之徒，从来没有滥杀过一人。况且现在被关押在大牢里的这些犯人们基本上都是良善百姓出身，虽然，违反了朝廷的禁海令，但是也罪不至死，最多只是小有惩戒罢了。于成龙是不敢草菅人命，更不会滥杀无辜百姓。后来，他仔细的翻阅了这些罪犯的卷宗，后发现官员们审理案件过程极为草率，而且很多百姓都是无辜受到牵连。
于成龙想了想，老百姓出海捕鱼、贸易也是为了要生存，并不是像一些居心叵测的官员们所说的私通郑经。朝廷这一宁可错杀一千，不可漏网一人的确是好计谋，但是，也会牵连一些无辜，所以，于成龙是坚决不支持这种做法的。于成龙深思熟虑，决定要冷静的处理这件案子。他先后向总督姚启圣和巡抚吴兴祚提议，强烈要求无罪释放这批犯人。姚启圣、吴兴祚两人畏惧朝廷的严令，当然不敢私自做主，释放这批犯人。要是有什么不好的后果，纵是总督、巡抚也担待不起。
于成龙无奈，冥思苦想，既然封疆大吏做不了这个主，他就去找比封疆大吏更大的官，那就是去找驻守在福建省的康亲王爱新觉罗·杰书。康亲王是皇亲国戚，而且也是当今皇上的族兄，一向是皇室公认的贤王，找他准没错。在福建省也只要他说的话最管事了，作为兵马统帅的康亲王这个责任他是担待的起的。在他那里，完全有先斩后奏之权。