这次带领八旗军作战的统帅正是康亲王，康亲王虽然是位贤王，但现在毕竟是特殊时期，他也考虑到军营中的需求，便以暗示的方式答应了将士们的要求。所谓暗示，就是康亲王不表态，既不支持，也不反对、制止，将士们这才放心大胆的到各地征调莝夫。因此，鉴于八旗兵在福建各地对百姓进行强制性征调劳力，对百姓财产进行强行霸占、掠夺，百姓是怨声载道，对八旗军的所作所为是深恶痛绝，福建省又是汉人居多，老百姓渐渐地对八旗子弟感到不满，于是矛盾逐渐激烈化。当时，三藩王正在起兵闹事，台湾的延平郡王郑经又在虎视眈眈正对准大陆，等三藩王和朝廷打到两败俱伤的时候，他才站出来坐收渔翁之利，康熙皇帝倒是很英明，为了让郑经打消这一念头，为了要挫一挫郑经的锐气，早就把八旗军派到了福建，重兵压阵，面临强大的军威，量他郑经也不敢轻举妄动。却不想，郑经虽然被牵制住了，百姓却不得安生，只因八旗兵在地方为非作歹。
康熙十九年（1680）正月二十四日，福建巡抚吴兴祚将康亲王的亲笔手谕下发到福建省的闽县、侯官县等县知县手里，要求他们严格执行康亲王的命令。但这只是康亲王的命令，巡抚衙门并没有下达正式的文件通知，知县祖寅亮、姚震等地方官吏，便妄自揣测巡抚大人的心思，知道巡抚大人在心里是不支持他们这样做的，于是便以需要请示为借口，拒绝执行康亲王的命令。
正月十七日，八旗官兵聚众到县衙闹事，以孔武之力逼迫知县下令调夫。二十八日，福建省各级官吏集体议会，向康亲王上奏，要求停止征夫。同一天，民间征夫的消息早就传开了，一时间闹的满城风雨、沸沸扬扬，凡是年轻力壮的百姓们不免人人自危起来。街行罢市、百姓集体抗议，场面十分混乱。民心不可违，康亲王这一强征强调一下子激起了民变，并一发不可收拾，形势紧迫。
于成龙代表布政使衙门下属各级官员，向康亲王修书一封《公上康亲王求罢莝夫启》，这是于成龙当着众同僚、百姓给康亲王上书的公开信，目的就是要让大家都看到，官府也是不支持征夫这一政策的，并极力劝阻和请示康亲王，以安民心。信中的主旨是力请康亲王收回成命，不再征调莝夫。这封公开信，是于成龙以福建省布政使的身份给康亲王写的，是下级向上级写的。
但就在这封信写后不久，又以个人的名义，以朋友的名义向康亲王再次修书一封，名为《再肃上康亲王启》，信中指出：国家之安危，由于人心之得失，而人心之得失在于用人行政，识其顺逆之情而已。孟子曰：得天下有道，得其民斯得天下矣。得其民有道，得其心斯得其民矣。得其心有道，所欲与之、聚之，所恶勿施尔也。是国与民相倚之切，千古诚不可诬，载诸简册，可考而知也。
于成龙在此信中，先是以圣人之道劝说康亲王收回成命，然后，再对康亲王进行歌功颂德，表明他这些年对朝廷对国家所作出的巨大贡献是值得肯定的。信中说道，最近北京发生了轻微地震，紫禁城太和殿也莫名其妙的发生了火灾，这些突如其来的异常现象，说不定正是上天在警示，皇帝因此还颁布了《罪己诏》，要求大臣们同心同德，共创天平盛世，不可起异心，更不可心生邪念，要爱民如子，要廉洁奉公。相信康亲王也明白得民心即可得天下，民心不可违，更不能小觑百姓的力量。太祖、太宗皇帝身经百战，才换来今天的大清天下，百战艰难，创业艰辛，请康亲王务必三思，不可意气用事，以免酿成大祸。当今皇上爱民如子，更是主张官民一心，是几百年难得一遇的盛世明君，大清有今天的辉煌，全靠君臣同心。希望康亲王殿下能为皇上分忧，先以稳定民心为主，切不可再生事端，禁止调夫也曾是皇上的严令，王爷只需遵从罢了。
于成龙倒是知道康亲王的弱点，以情动人大概是再好不过的办法。康亲王也不想事情被闹大，鉴于众官民的一致请求，康亲王也就这样给自己找了个台阶下，收回了自己下达的错误命令，这样一来既保全了自己的颜面，又为百姓除去了这一政务弊端。康亲王一向很信任于成龙，这次于成龙在信中对他说的话，看来他是真听进去了，得此贤臣，有此贤王，是大清之福，是百姓之福。于成龙为官近二十载，在官场的这些年，他练就了一身拿手本事，最突出的看家本事就是捕盗、断案，这也是他立足于官场最大的资本。
康熙十九年（1680）初，福建泉州米价猛涨，百姓已无力消费，也难怪战争年代，粮食产量本来就少，物以稀为贵。总督姚启圣为此也是伤透了脑筋，上奏康熙皇帝，请求赈济福建百姓。姚启圣本人还是很有经济头脑的，而且商业天赋极深，曾经被罢官现居的日子里，也曾经商致富，发达过。在三藩之乱期间，姚启圣作为私人也想军队捐献出数万两的白银。然而，这次泉州灾荒，姚启圣也是毫不犹豫的捐出白银五千两，姚启圣只是起到了带头作用，既然他都带头捐了，福建省各官员也不好不捐，就算是给姚启圣面子，但是姚启圣可不是随着官员们的性子，想捐多少都行，他是下达的严令，福建下级各官府必须筹齐五千两，加上他的五千两，共计一万两白银。用这一万两的白银在省城福州买下五六千石的大米，火速送达泉州。总督作出了表率，那么下面的巡抚、布政使、按察使这些省内大吏也是在所难免的，应该说是义不容辞。巡抚吴兴祚是位廉洁奉公的好官，他除了俸禄并没有多余的财产，所以拿不出钱来捐给灾民，于是就令三府延平、建宁、邵武购买四万石的粮食，运送泉州赈灾。为了更好的赈灾，吴兴祚又从即将到来的军饷中扣留三万两用来买米。总督和巡抚在上面下达命令，下面的人就要忙的不可开交了，这几项任务主要是于成龙在全权负责实施。总督和巡抚在赈灾这一问题上应对积极，可谓精神可嘉，但是方法上却略显有误，于成龙在实施过程中还是很有难处，便自己想出一个办法。泉州的米价上涨，其他地方也跟着上涨，福州也不例外，而且上涨的幅度还很大。如果此时在省城大量购米，导致省城粮店空虚，那么势必会引起省城米价上涨，后果可能会和泉州等地一样。如果等待外省运米过来，那么时不以待，远水救不了近火。
于成龙提议，应该改买米为借米，恳求巡抚吴兴祚下令，从粮道手中借出康熙十九年下半年的储备粮，闽县准备一千石，侯官县预备两千石，于成龙自己再想办法筹足两千石，拼凑五千石，先行运至泉州府。等外省来的救灾粮食到了以后，再用来填补康熙十九年下半年的储备粮仓。由于于成龙果断实施，应对、处理得当，福州的奸商也并没有得逞，米价便很快回落下去。当时的姚启圣正处在外地，对泉州情况并不是很了解，所以，这才下了一道糊涂令，一味的催办官员到外省购米、捐钱。
于成龙当时还给姚启圣写了一封名为《上姚制台议捐济禀》的书信，在信中细述了福州的实际情况，说明自己不愿买米的理由。于成龙道：一方面福州工商业者多，农民少，大家都靠买米生活，如果米价飞涨，百姓们生活难以保障。二方面福州驻军每月消耗料谷两万石，每石折银只有六钱五分，远远低于市价，购买料谷已经费尽委曲，十分艰难，如果米价再涨，则军队每月两万石的料谷就不可能买齐。三方面总督给各司道府派下来五千两银子的捐款，因为官员们经济拮据，负债累累，完成十分困难，逼急了只能用非法手段向下属和百姓摊派了。于成龙在这里列举了几位同僚困窘负债的例子。四方面目前福建的藩库十分匮乏，欠姚总督本人的一万两银子一直归还不了，军队每月还要消耗一万四千两，自己只能呕尽心血，东挪西补，实在不敢再支用新到的饷银买米了。
此事可以看出，于成龙还是很有经商头脑的，如果他不做官，想必在商场也会做出一番成绩来。他的这一方法的确要比姚启圣的捐款要高明多了。不费吹灰之力，便解决了泉州的燃眉之急，这可能也有急中生智的成分吧。康熙十九年（1680），福建巡抚吴兴祚接到朝廷的命令，即刻率兵南征。这吴兴祚一走，福建驻扎官兵基本上尽数被调走，留守福建的官兵就并不多了。于是，这稳定后方，成了一件大事，弄不好又将前功尽弃。后方不仅仅需要的是稳定，而是得是一个坚强的后盾，支援前线大军的后盾。包括负责前线将士的粮草供应、伤员救援等工作。
为了更好的稳定后方，在吴兴祚出兵南征之前，为了以防万一，于成龙给吴兴祚上了《上吴抚台论闽疆事宜》一书，于成龙是科举出身的文人，给上司建言献策，一向都是以书信来往为主，久而久之也就成习惯了，到了那里都喜欢给上司写上几笔提议。关于协助吴兴祚稳定后方，于成龙提出三方面的要求，一是福州是福建省的省府，一省的中心，从政治角度考虑，福州坚决不能出现任何问题，不能有任何形式的叛乱和骚动。于成龙道：“闽民奸诡而好乱，多图侥幸，为不终朝之计。”逃兵、流寇都是福州潜在的危机，要从根本上遏制他们死灰复燃。于成龙建议吴兴祚，在出兵之前，先处决因叛乱被关押的重犯，来个杀一儆百，起到震慑作用。二是延平、建宁、邵武等府是福建的上游地区，是福建漕运的命脉。然而，这一方一向多为匪盗出没之地，危害地方。于成龙提议，希望吴兴祚临走前对该地区进行增兵设防，保障万无一失，防患于未然，以免酿成大祸。三是各军营将士战斗意志薄弱，是缺乏实战经历和训练所致，于成龙建议，出征之前，先操练兵马，鼓舞将士们的战斗士气，只有将士们士气高涨，才能立于不败之地。总督和巡抚外出作战了，这下于成龙就成了留守省城的最高行政长官，总宪福建省的军政大权。
由于于成龙恪尽职守，尽心尽力，在吴兴祚南征期间，福建省没有发生过一起骚动，于成龙也算是功不可没，这段时间，他尽量配合巡抚南征，做好后应工作，遭受战乱洗劫后的福建被于成龙打理的是井然有序。吴兴祚在前线也取得了一些战果，将士们在他的一致带领下，乘胜追击，三藩军队节节败退，为早日消灭三藩叛乱打下了坚实基础，为三藩叛乱的彻底覆灭而做出了巨大的贡献。