康熙皇帝在认真阅读了于成龙和吏部的意见后，便下诏“依议”，并下发至全国各地衙门，然而，朝廷最终禁止的是“反噬挟制”，就是说上级一旦查处过下级，那么下级官员便不能挟私再控告其上司，除非是上下级之间并无个人恩怨，这样一来的下级控告上司方可成立。早在于成龙就任直隶巡抚之前，直隶省因为旱灾，百姓早已是苦不堪言。只是于成龙刚做了这直隶巡抚，就让他给撞上了，这烂摊子终归是要他来收拾啊，应该不是他撞上，或许正是康熙皇帝的意思，本来于成龙就是要升迁的，已经做了布政使了，再升的话只能是巡抚。于成龙到了直隶以后，开展新政策的同时，也将大量精力放在了赈济灾民一事上。清朝政府当时的赈灾程序是很繁杂的，必须先由地方官员调查灾难的实际损失情况，再汇报到省里，省里再对其进一步核查，最后才由省上直接上报朝廷。待户部向皇帝请示以后，确定灾情实有发生，最后才发布赈灾命令。至于说赈灾粮饷的多少，就要看灾难的程度而定，部分减免或者全部蠲免赋税，缓征赋税，平价粜粮，灾情最为严重时才无偿地发放粮米。朝廷之所以有这样的规定，是为了要防止地方官员，虚报或夸大灾情，从而贪污朝廷的赈灾款项，让朝廷蒙受亏空。最终，朝廷的钱粮还是到不了灾民的手中，即便是到了，人均数额也不足。然而，救灾如救火，朝廷远在京城，所谓远水难救近火，更何况这汇报灾情的过程又这么繁杂、漫长，等救济款到了，这老百姓怕是也会饿死不少。就在这次救灾过程中，于成龙来不及向朝廷禀报，于是就擅作主张，来个先斩后奏，先开仓放粮，解决了百姓的燃眉之急以后，再向朝廷请罪。这样一来，既不用遵守那些繁琐的规矩、程序，也避免了一些灾民被饿死的命运。于成龙之所以敢这么做，除了他刚正不阿的优良品质外，还有一点就是他深知康熙皇帝信任他。的确，这次赈灾，于成龙果断开仓放粮，康熙皇帝并没有追究，反而还觉得他做得很对，直隶百姓也对于公此举感恩戴德，于成龙成了他们的再生父母。
康熙十九年（1680）十月，于成龙上奏朝廷，声称直隶宣府所属东西两城和怀安、蔚州二卫，有近一千多顷耕地，被洪水泛滥过，无法耕种。前任巡抚曾经就请示过朝廷，请求朝廷下令免了当地百姓的赋税，朝廷当时就没有批复，而且这些年百姓仍然负债累累，欠账缴纳朝廷的赋税。
于成龙上任以来，并多次巡查过该地区，发现土地被冲刷过的痕迹更加的严重，仍然无法耕种。于成龙在奏章中说，他体谅朝廷这些年来征战所消耗的军饷，国库空虚，但是仅这片土地的百姓，每年所征集到的粮食不过三千余石，税银不过才一千余两，对于朝廷来说只是一个无关痛痒的小数目罢了，大可不必过于小心谨慎。然而，这些税银和粮食确实当地很多百姓的命根子，是他们活下去的希望，关乎到他们的生死存亡。这于这件事情，康熙皇帝仍然着户部去核查，待确认无误后，便下令从康熙二十年起该地区免收赋税。
康熙皇帝的这道命令刚颁布不久，于成龙又向皇帝禀报了宣府所属的东西二城还有完全左右前卫、怀安、蔚州、保安、紫沟、西阳等地夏灾与秋灾严重，随即朝廷下令缓征赋税，并平价出售官仓中储存的粮食，解了百姓燃眉之急。这道命令刚开始实施，宣府通判就向于成龙汇报，宣府东西二城，在一月之内饿死了有数十名百姓。于成龙当即调派保定府同知火速赶往现场，免费以官仓之粮赈济贫民，每人获得两斗，让很多临近死亡边缘的贫民们活了过来。
于成龙并向朝廷上书：“伏思平粜粮石，止救稍能措籴之民，而不能救囊无一钱、僵卧待毙之民。即再疏请赈，候部议覆，奉旨允行，亦须一月。此一月之内，民之饥死者又不知凡几矣！”
康熙皇帝接到于成龙的奏报后，立即和户部商议得出结论，坚决同意于成龙在救灾过程中的果断、认真，也不再追究其违反朝廷制度一罪。
康熙二十年（1681），康熙皇帝派户部员外郎叶纶赶往直隶，与于成龙一起救济灾民，并随后下令，“蠲免本年额征、积年带征钱粮及房税”。到了本年七月，于成龙又向皇帝上奏，汇报了真定府下属的独鹿、井陉、曲阳、平山、灵寿五县，发生了旱灾，庄稼枯干致死，百姓颗粒无收。这也难怪，直隶省地处我国北方，本来就是多旱少雨的地方。于成龙就此事，向皇帝提出请求，请求将房税银两缓至来年征收，临街的门面房，每间每年只征收二钱。
这年的九月，康熙皇帝巡察直隶省，本来皇帝就一直想下来看看于成龙所做的功绩，以前没有机会，现在皇城边上，还能不出来走走。
巡察至直隶辖区的霸州，见到灾民情况，即下诏：“朕巡行近畿至霸州，见其田亩洼下，多遭水患。小民生计维艰，何以供给正赋？著察明酌量蠲免。”
直隶两年来的赈灾过程中，于成龙曾几度号召当地富豪、官绅慷慨解囊，捐钱募粮，救得很多灾民一命。
康熙二十年（1681）初，于成龙由于赈灾有功，康熙皇帝奖给了他一千两的赏银，本想给他贴补家用，改善生活，没有想到竟将这些赏银全部捐献给了百姓。这次赈灾，只有少数地方官员涉嫌贪污，被于成龙一一拿获了，并对其官吏进行弹劾，请求朝廷对他们撤职问罪。于成龙自小饱读圣贤之书，尤其是对佛学情有独钟，而且是深信不疑，对佛家的因果报应是绝对相信的。直隶的这场罕见的大灾难，他认为是人的过错，所谓天灾人祸，可能是因为直隶官民很多地方不够检点，才最终导致天降灾难于民。于成龙为此开始反省，康熙十九年（1680）冬天，吃斋念佛三个月，为直隶官民赎罪。并诚心反省，祈祷直隶来年风调雨顺、百姓安居乐业，于当年除夕夜，于成龙以一颗心忧苍生之心，写下一首五言诗：
今夕是何夕，明晨又一年。
三冬无再雪，万户有孤烟。
爆竹谁家响？盆花几处鲜？
早朝齐拜舞，谁上彗星篇？
灶冷畴为祀，井寒空自涟。
哀哉孑遗叹，忍待麦芊芊。
康熙二十年（1681）正月十五，也就是元宵节这天，于成龙带领直隶省大小官员人等在直隶省当时的行政中心保定府举行了一场隆重的祈雨仪式。仰天长叹，并高咏一首五言律诗：
皓月当空照，黄尘逐日飞。
求沾惊蛰雨，肠断几千回。
康熙二十年，直隶省的灾情仍有持续，但是保定府一带气候不错，庄稼长势也较为可观。更为稀奇的事情，却在直隶发生，单穗麦竟然长成双穗，直隶百姓亲切的称于成龙为“于公穗”，认为这是于成龙的为官之道、是他的德政感动了上苍，才会出现如此祥瑞奇迹。
关于直隶省的缉盗工作，于成龙还是采取切实可行的保甲法，也是他曾经在罗城、湖广省用惯了的安民政策。然而，于成龙的这套保甲法在外地实施有效，但是，在直隶却不能很好的实施。于成龙后来分析认为，这是南北两地风俗、风气不同所造成的。黄州府地处湖北，是鱼米之乡，百姓丰衣足食，即便是有少股的反清势力，却终究得不到人民大众的支持，也难以形成气候。直隶省的百姓却截然不同，他们与黄州百姓的处境不同，直隶省所在京畿重地，境内多为达官贵族、皇亲国戚，长期受到这些贵族的威胁和迫害，他们的土地都莫名其妙的被官家、皇亲圈走了。直隶百姓的生产、生活遭到了严重的破坏和影响，官民矛盾日益激烈化，很多盗匪长期打着劫富济贫的旗号，深入到贵族家中偷盗，这些人久而久之形成势力，已然不是保甲法可以解决问题的。这是清王朝的国策，于成龙虽说是封疆大吏，但是想要扳倒这些目无法纪的皇亲贵族也是很难的，他也实在办不到。而且于成龙饱受皇恩，他只能是尽他最大的力量帮助那些受压迫的百姓们。
为了更好的完善保甲法，于成龙又在保甲法的基础上，增修了《续增条约》。直隶省的盗匪可不比南方，他们都是在马背上长大的，骑术那都是一流的。这些大盗杀人如麻，而且杀人不眨眼，待办完事之后，便迅速策马逃走，速度快如闪电，等官府接到报案的时候，人都消失的无影无踪。所以，当地的百姓对这伙人是谈虎色变，哪里敢轻易招惹他们。于成龙苦思对策，认为能治住这些凶悍盗匪的官吏，必须是有胆识的。
于成龙下令各地方官员，必须严密侦查这些匪徒的行踪以及姓名，一经发现，即立刻上报巡抚。最后，再有于成龙自己拟定一套方案，进行集中逮捕。保甲法一旦实施以后，便会限制住盗匪们的行为，他们自然是按耐不住，对地方官吏肯定是要打击和报复的。于成龙下令各地方衙门一定要严加巡逻，谨防外敌。于成龙认为，赌场也是一些不法之徒主要活动之地，开赌场的人一定是非奸即盗的大亨。参与赌博的人通常都是一些游手好闲的社会流氓，他们的赌资不是偷来的，那就必然是抢来的，赌输以后，再继续抢劫。最后，实在是走投无路的时候，很有可能就会和赌场歹徒同流合污了。地方官员根据能力不同，他们由于不是盗匪的对手，抓不到盗匪，常常欺上瞒下，将无辜良民抓回来充当其盗匪，拉到刑场上砍头。