一、向皇帝告假回乡葬母
于成龙如今这把年纪，已经远远超出了朝廷官吏的退休年龄。本该在黄州任上就申请退休的，由于三藩之乱的爆发，于成龙当时任黄州府知府，责任重大，面对浩浩汤汤的敌军，他更加不能够临阵退缩。知道的，于成龙是已经到了退休的年龄了；这不知道的，他们肯定会说于成龙是贪生怕死。于成龙深明大义，他知道此时正是国家用人之际，他也绝对不能在此时提出告老还乡。当然，于成龙到了退休的年龄这只是一方面的原因，最主要的是家中母亲年迈多病，需要人的照顾，他当时就想借着告老还乡的名义，回到家乡照顾年迈的母亲，尽到为人子应有的孝道。当时，湖广总督、巡抚对于成龙提出的告老还乡的申请并没有批复，理由是等战乱过了再说。就在于母病逝那年，于成龙也曾申请回乡“丁忧”，为母亲守孝，也未能得到朝廷的批准。自湖广之后，于成龙又饱受皇恩，逐渐得到升迁，公务繁忙，便对告老还乡是只字不提。直到康熙二十年（1681）冬天，清军终于荡平了三藩之乱，吴三桂之孙吴世璠兵败被困，觉得无颜以见祖宗，拔剑自尽了之。长达八年之久的“三藩之乱”终究未能成气候，彻底宣告失败。朝野上下，一片欢呼雀跃，百姓们对吴三桂等三藩是深恶痛绝，他们的失败，自然是拍手称快。于成龙作为直隶巡抚，接到朝廷这一捷报以后，当然很欣慰，很高兴，百姓终于能过上几天太平日子了。再加上直隶省这两年在于成龙的治理下，百姓安居乐业、丰衣足食，于成龙也算为国尽忠了，为民做事了。
他也好趁此机会回乡葬母，康熙二十年（1681）十二月，于成龙向康熙皇帝正式告假，上书了一封感人肺腑的《请假归葬疏》，内容大致如下：
臣早年失恃，继母李氏勤劬抚育。臣初任知县，欲奉母之任，而力有不能。及任黄州知府，正值兵兴，终未遂迎养之私。寻闻母病故，督抚之臣题留在任守制。由是抱哀供职，驰驱军旅之间，而臣母停柩在家，不遑顾也。今滇南逆孽荡平，我皇上诞敷文德，首扶植纲常，敦崇伦理。臣谬任巡抚，代宣圣化，亦惟以纲常伦理教人。际太平盛时，非复从前多事。若不归葬，是贪恋显荣，忘亲背义。对属临民之际，先处怀惭歉，又何以教人乎？伏乞允臣回籍葬母，完此一生大事。则犬马余年，皆图报圣恩之日。
于成龙此番言谈，无疑是感人肺腑，皇帝也是人，哪能不被深深的感动。于成龙还在信中提出，自古忠孝两难全，尽了忠，未必就能尽孝，他是对得起皇上了，也对得起百姓了，但是，却对不起母亲，没有尽到为人子应有的孝道。于成龙自己从四十五岁开始，任罗城知县，到现在的直隶巡抚，已有二十年了，这二十年来他没有抽出身来回家照顾、奉养老母，也没有往家里寄过多少钱，家中生活来源基本上是家里自给自足，这已经让于成龙很内疚了，对母亲很亏欠，但是现在母亲都仙逝了，若自己再不能为她举行葬礼，那实在说不过去，也无法面对世人。
于成龙的这番肺腑之言，确实让康熙皇帝深感同情，康熙皇帝看完于成龙的上疏后，认真批复道：“览奏，情辞恳切，准假三个月，回籍葬母。事竣速赴任供职。”
于成龙还表明皇恩浩荡，自己无以为报，待这次回家给母亲举行完葬礼后，再返回上任，将用自己的余生之力报效国家、报效皇上，对皇帝、对百姓于成龙早已抱着鞠躬尽瘁死而后已的准备。皇帝的准奏批出后，在于成龙还尚未离开直隶之前，又给于成龙加了额外的恩惠。康熙皇帝这一特旨可能将于成龙这个人从此推上历史舞台，史学家也为他写下了浓墨重彩的一笔。
于成龙升迁两江总督加兵部尚书衔兼都察院右副都御史。康熙皇帝之所以再一次施恩于成龙，一方面可能是他告假回乡葬母的言辞打动了皇帝，另一方面是皇帝对于成龙给予的希望很大，在皇帝心中，于成龙或许才是他大清第一清官，如果不再对他加以恩施，他都这把年纪了，以后恐怕也没有多少机会了。
当然，还有一个原因，皇帝之所以如此这般抬爱于成龙、加封于成龙，正体现了他的英明之处，康熙皇帝是要向世人证明只要是廉洁奉公的清官，那么皇帝是不会吝啬几两俸银和顶戴的。康熙皇帝这么做，也是为了给后人树立起一个榜样，只要是清正廉洁的好官，都能得以升迁。
二、与家人最后一次团聚
于成龙在回乡之前，交代好了直隶省的各项公务，于成龙返乡省亲的这段时间，由守道参议董秉忠代理巡抚一职，这也是皇帝批准的。于成龙在回家之前，也为康熙皇帝举荐了很多贤良，把一些德才兼备的干练官吏举荐给皇帝。其中就有直隶巡抚衙门的笔帖式郎图，在任已有七年多了，精通很多民族的语言和文字，而且为人忠厚耿直，自于成龙就任直隶巡抚以来，一直是于成龙的得力助手。于成龙将此人推荐给了康熙皇帝，康熙皇帝便把郎图调到了两江任职。
不仅如此，于成龙还将直隶省的一批中级高级官员推荐给了皇帝，向皇帝进言道：“以人事君，人臣之谊。臣谬荷知遇，抵任一年有余，于所属各官细加察验，更时为劝勉。”
待一切安置妥当以后，于成龙于康熙二十一年（1682）三月才正式离开直隶，启程回山西省永宁老家。这一年，于成龙已经整整六十六岁高龄了，此时的于成龙已经是被康熙皇帝钦命为两江总督，外加兵部尚书衔，已经是从一品的官职了，之前的直隶巡抚和两江总督一样，都是从一品，但是两江总督的权力和管理辖区要比直隶巡抚大多了。于成龙离开老家永宁到广西做官的时候，仅仅只是一个正七品官，而且位置还没有坐稳，如今一晃眼二十年过去了，却成了人人敬羡的封疆大吏。他本可大摇大摆的回到家乡，让家乡父老看看他今日的成就，本可就此威震三晋，然而，于成龙并没有这样做，他收起了两江总督的仪仗，放下了架子。为了不惊扰地方官，于成龙仅仅只是带上了几个随从，悄悄的回到永宁老家。二十年前的于成龙离开家乡时，还是一头青丝，如今只剩下这满头白发，想必这家人的面貌也发生了变化。
于成龙在经过固关时，还感慨万分的写下一首诗：
行行复过井陉口，白发皤皤非旧颜。
回首粤川多壮志，劳心闽楚少余闲。
钦承帝命巡畿辅，新沐皇恩出固关。
四十年前经过地，于今一别到三山。
于成龙是身着便装，骑着毛驴，悄然回到家乡，一路穿州过县，过县不扰，就连公家的驿馆也不住，只是自己掏钱住在一些便宜的客栈。于成龙清廉节俭，身上财物并不多，在临行前，康熙皇帝又赏赐他几百两银子，作为路费和安葬费。于成龙回到家乡以后，便去世多年的继母和父亲于时煌合葬到一处。
根据史书推测，这墓址现就在山西省吕梁市方山县方山乡之河东杏叶沟村附近。家里知道于成龙要回来，于廷翼兄弟早就准备好了一切，就等于成龙回来主持了，于成龙亲自将母亲的灵柩下葬，这次于成龙葬母，地方官员闻讯纷纷赶来，一是尽为了给于成龙接风，另外就是给于成龙行官场礼数，毕竟这于成龙是一品大员，这地方官巴结还来不及。这次于成龙回来便和老妻邢氏小聚了几天，与儿孙们好好的享受了一番天伦之乐。
此间，于成龙还私下到访过他家乡的很多地方，尤其是安国寺，曾经是于成龙寒窗苦读的栖身之所，于成龙捐下巨款，资助寺庙的修缮，并且还资助了一些一心求学的贫苦子弟，让他们也能完成学业，将来考取功名，也好为国尽忠。
于成龙这次回来不仅安葬了母亲李氏，也借此机会资助了家乡的一些民生工程，一路为家乡父老铺路搭桥，至于这些钱的来路嘛，基本上都是康熙皇帝赏赐给他的，像于成龙这般清廉之官吏，哪来的这么多钱资助民生啊。他这样做，无非是取之于民，还之于民罢了。
于成龙的假期很快就满了，他也只好再次离开他的家乡，如今的于成龙已是六十六岁的高龄，半条腿都埋入了黄土之中，指不定哪天就一命呜呼了，妻子邢氏劝过于成龙，要他给皇帝请辞告老还乡，于成龙坚决不同意，正如他所说皇恩浩荡，他不能不报，百姓需要他，做县令做知府，只能是造福一方的百姓，如今做两江总督，辖区三省，这三省的兴衰都掌握在自己手中，百姓需要自己，现在造福的是三省的百姓。妻子邢氏苦劝无效，于成龙无动于衷、一意孤行，邢氏不好依了他。
这一次离开家乡可能是于成龙最后一次和家人团聚，就他这把年纪，总督任期几年还能生还。家人不放心于成龙一个人去两江上任，于是，便安排其幼子于廷元陪同上任，一路上颠簸劳顿，也好有个照应。就这样，于成龙和其幼子于廷元两人一起跋山涉水来到两江首府江宁城上任。
清朝时期的江宁府，正是现如今的江苏省南京市。此次上任两江总督，也是于成龙宦海生涯的最后一站，就任两江总督两年后便去世，期间并没有再回过山西老家，这也是于成龙最后的余生，他是豁出性命为国效力，但求鞠躬尽瘁死而后已。