一、宠辱不惊的于公
于成龙回乡葬母连同省亲三个月为期已满，然而，六十有六的于成龙这也是他人生中最后一次与家人相聚，之后两年内任两江总督直至死亡，中间没有再回过家，他兑现了自己的承诺，以死报国、为国捐躯。
于成龙于康熙二十一年（1682）四月抵达两江首府江宁，正式出任两江总督。两江总督是于成龙宦海生涯的最后一站，也是他人生最为辉煌的时候，他官居两江总督，官位显赫，人人羡慕，可谓是他宦海生涯的高峰期。
于成龙本想借回乡葬母之机，向康熙皇帝上书告老还乡，来个急流勇退。却不料想，皇帝不但不答应，反而还施以万般恩宠于一身，给自己戴了好几个头衔。虽然，于成龙集诸多光环于一身，但他并没有因此而侍宠如骄，相反，他显得更加的珍惜这份皇恩，下定决心以死报国。于成龙早在告假回乡葬母的时候，就被康熙皇帝钦命为两江总督，只是现在才过来上任罢了。两江总督是清朝九大封疆大吏之一，其官衔品级和于成龙之前就任的直隶巡抚是一样大的，都是从一品，总督和巡抚之间本来就没有直接的上下级关系，他们都是听命于皇帝，所以，这次于成龙只是迁任两江总督，并非是升任。
然而，在雍正之前的所有封疆大吏当中，除了直隶巡抚外，两江总督算是最好的了。两江总督的正是官衔为总督两江等处提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务，辖区包括江苏、安徽、江西三省，总督三省的军政大权、钱粮赋税，在清朝初期，江苏和安徽两省并称为江南省，所以，两江指江南省和江西省，并不是人们所理解的江苏、浙江两江。虽然于成龙这次是迁任两江总督，跟之前的直隶巡抚品级一样，但是，这总督的权力要比巡抚大的多，总督可以官若干个省，而巡抚一般只限于一省，总督侧重于军事，巡抚则侧重于民政。
这江南素来被称之为鱼米之乡，是富庶之地，可以说是封疆大吏当中最肥的一块封地，康熙皇帝深知于成龙清廉，所以才将这两江总督的位置留给他坐，要知道江南可是国家赋税重地，也是国家财政收入最主要最关键的地方，多为皇帝信任之人。康熙皇帝在授予于成龙两江总督的同时还加兵部尚书衔，兵部乃清朝六部之一，而六部尚书又是最高长官，于成龙所担任的兵部尚书，也正是兵部的最高行政长官。
兵部主要是负责全国的兵马调动日常工作，相当于现如今的中央军委副主席兼国防部长。兵部尚书一职在清朝是为从一品衔，跟于成龙的两江总督品级倒也差不多，但是这个职位至关重要，全国的兵马大权都交到了于成龙手上，可想而知，皇帝是如何的信任于成龙。
另外，康熙皇帝还给于成龙加了都察院右副都御史衔，清代的都察院是由元朝的御史台发展而来，主掌监察、弹劾及建议，都察院也是明清两代最高监察机关，清代改都察院左右副都御史为总督、巡抚等封疆大吏的国衔，所以这是于成龙应该得的，于成龙作为两江总督，兼任的都察院右副都御史，属于正三品衔，都察院右副都御史相当于现如今的中央人民检察院副检察长、监察部副部长、中纪委副委员长以及全国人大常委会委员，康熙皇帝给于成龙的这个外加职务，并不是对于成龙特殊照顾，而是清朝官吏制度规定，地方督抚需兼任此职，其主要意图是希望封疆大吏能便宜执法，对一些不法官员进行监察和弹劾。康熙皇帝给于成龙的这些官职荣誉，足以让于成龙这个前朝举人是粉身碎骨难以报答。他要做的，就是用自己的余生之力做好这个两江总督，报答皇恩。
两年总督任上于成龙的政绩和作风，上至皇帝，下至黎民百姓都看在眼里，于公也不负皇恩，不负百姓希望，将两江治理的一片繁华，百姓安居乐业、丰衣足食，这康乾盛世，由此开端。两年总督，于成龙兢兢业业、再接再厉，勤政廉洁，充分发挥了自己总督的职权，惩治了一帮贪官，革故鼎新，江南再次呈现出一片祥和与繁华。这都跟于公刚正不阿的君子作风有关，他虽然饱受皇恩，却自始至终都没有侍宠如骄，于公那宠辱不惊的高尚人格着实令人钦佩。
二、肃清两江吏治
两江地处江南地区，富裕繁华，素来有鱼米之乡之称，人人都想来此做官，从此可以大捞一把。江南这块地方聚集着大把油水，这古往今来培养了无数的贪官污吏，纵是再清廉之官吏一旦掉进这江南官场的染缸里，便难以自拔，很有可能就同流合污了。当地官员们要贪怎么办，肯定会笼络一帮下级官吏来个官官相护，欺上瞒下，更可恶的是个别官员还勾结地方恶霸，欺压百姓，以此达到他们贪污受贿的目的。既然要贪污，要瞒天过海，必然就会草菅人命，这些于成龙都是明白的。所以，他上任后的第一件事情就是肃清吏治，整治贪官污吏。
于成龙上任后，听闻的第一件事情，就是地方恶霸鱼壳儿的事，他的背后为他撑腰的，可不是一般的官员，另外这江南还聚集着大把的皇亲国戚、达官显贵。这鱼壳儿的案子是于成龙任两江总督两年来最为棘手也最著名的案件，因为为鱼壳儿撑腰的，正是一位了不得的皇亲国戚。这次，于成龙来两江就任总督，是江宁府知府亲自迎接的，两江境内二把手以及中层官员纷纷赶赴过来，为于成龙设宴接风。
于成龙见官员们这般奢侈糜烂，当然不愿去赴宴，便向下属官员询问道：“尔等为何如此奢侈，摆下豪宴待我？”
官员们应道：“属下准备为总督大人接风洗尘。”
于成龙怒斥道：“尔等真不明白我的心思，与其用酒肉来招待我为我接风，还不如用鱼壳儿的肉为我下酒！”
于成龙在路上就听江宁府知府说过这事。属下官员一听闻于成龙这话，脸色都青了，鱼壳儿这个人并不是他们能对付的了的。鱼壳儿是江南的大盗，此人不仅武艺高强，而且老谋深算，在江南犯案累累，之所以一直不能将他拿获是因为他有后台。什么后台不后台的，在于成龙这里，他谁也不认，纵是天王老子犯法一样要伏诛，只不过于成龙听了这鱼壳有后台，便更加坚定了他的决心，恨不得马上将此人捉拿归案。
于是，于成龙颁布告示，只要敢捉拿鱼壳的衙役、兵丁官民一干人等，便可获得重金赏赐。最后寻的两江名捕雷翠亭，他愿意接受这个任务。
一天，这名捕头打听到鱼壳在客栈跟人喝酒的时候，便乔装成店小二给鱼壳送菜，在店中跟鱼壳打了起来。鱼壳被打败后，答应跟这名捕头前往衙门伏法，鱼壳是个江湖中人，用现在的话说就是混混儿，身上却有着难能可贵的豪气、义气，既然答应了雷捕头，只好跟着走了。于是，雷壳束手就擒，跟雷捕头到了衙门。后来，鱼壳儿从狱中逃出，潜入于成龙的总督衙门，准备刺杀于成龙。当晚，于成龙和两江的诸位官员正在商谈两江政事，鱼壳儿正趴在客厅的梁上好一阵子，听了于成龙和官员们的谈话后，知道于成龙是位好官，心中的邪念逐渐有所收敛。
于成龙耳聪目明、心细如尘，房梁上的人他当然早已发现，朝着房梁上的鱼壳大声吼道：“梁上君子是哪位？”
鱼壳儿一听，腿也吓软了，便从梁上掉了下来，道：“鱼壳儿是也！”
于是，鱼壳儿再次被捉拿。鱼壳儿被抓，他背后的靠山自然也就浮出水面，他是掌管当地兵马的副都统，也是当今皇上的亲外甥噶礼。他大摇大摆的闯进江宁府衙门，要求知府放人，知府是个耿直之人，拒不放人，就连在场巡抚的面子也不给，一刀下去把江宁知府给砍杀了，这时候于成龙正好赶到将噶礼给捉拿了，并下令将噶礼拉到衙门外面行刑，当知道噶礼是康熙皇帝的亲外甥后，于成龙的脸色铁青，他饱受皇恩，这事他一时半会也做不了主，便决定将此事上报皇帝。于成龙身边诸官员当然不肯罢休，认为于成龙一旦将此事上报朝廷，皇帝还会啥他自己的亲外甥嘛，官员们要求于成龙当机立断，来个先斩后奏，先将噶礼斩杀，再上报朝廷，那时候木已成舟，皇上也没有办法。于成龙还是觉得这样做不妥，不断的犹豫、徘徊，直到巡抚提到于成龙的清名，说他要晚节不保，聪明一世不能糊涂一时，于成龙这才恍然大悟，立即站上公堂二话不说，拿起令箭将噶礼斩杀，堂下官员一片雀跃。这事，其实也怪不得于成龙，犹豫肯定是必须的，犹豫是一个人正常的反应，毕竟这事皇帝的亲外甥，一刀砍下去，他的前程就都毁了，就什么都没有了。不过，他到最后始终没有违背做官的原则，那就是王子犯法与庶民同罪。对斩杀噶礼一案，也始终不后悔，他坚持自己的选择，早已做好革职砍头的准备。谁会想到，康熙皇帝不但没有追究于成龙的罪，反而还大肆嘉奖他，表彰他不畏权贵，不怕牺牲的高尚情操，或许这样的官员正是康熙皇帝想要的，皇帝早就听说了他外甥的事情，只是一直没有人敢站出来执法，他也没有证据，所以这才不了了之，现在于成龙帮他解决这一烦恼，皇帝自然是求之不得。于成龙这样做也好，皇帝的亲戚太多，也希望于成龙能够杀一儆百，以震慑其他皇亲，不敢再知法犯法。
于成龙于康熙二十一年（1682）六月，向朝廷上书《请暂停江苏举劾疏》，内容为：
“江苏现届二年举劾之期，臣自四月任事，虚衷察访属员。有立身以名节自励，而设施未洽民情；行已在清浊之间，而举动未撄民怒。盖贤非循卓之优，不贤非污墨之甚，恐举之劾之，不足以为未举未劾者愧励，请暂停此次举劾。其贤者，臣奖进诱掖，徐观厥成，特疏题荐；不贤者，教诫以期自新，倘怙恶不悛，亦特疏纠参，无稍姑容。”
这段话的大概意思是说，江苏省这年来由于官员们既无大功也无大过的情况下，于成龙请求朝廷，暂时停止江苏省官员这年的举荐和弹劾工作。于成龙自己考核教育官吏，如发现确有政绩卓著的官员，再对其进行“特疏”方式举荐，为此为朝廷推荐德才兼备的干吏，康熙皇帝当然对于成龙这一做法甚是满意。
这封上书，仅限于江苏省，安徽省的举荐和弹劾工作依然照旧，一如既往的进行，于成龙提到：“安徽所属，臣已恪遵成宪，采访得实，照例举行。”
江苏省地处我国江南，清朝时期，最为繁华，在此地为官者，均多多少少会有所违纪，就是再清廉的官吏在江苏这样一个富的流油的地方，还能够坚持一贯的清廉作风嘛，所谓近朱者赤近墨者黑，江南官场本就是一个大染缸，想要独善其身，怕是很难，身上多少会有些污点。如果于成龙真正以官吏违纪行为来弹劾江苏官员的话，恐怕江苏官场没有一个人不具备被弹劾的条件，好官怕是极为稀少。所以，于成龙的做法总是出人意料之外，可以说是独出心裁，他避开了朝廷传统举荐和弹劾制度，专门发掘清官，以“特疏”的方式去为朝廷寻找有用的清官和弹劾贪官污吏。
在康熙朝有两个于成龙，然而都是政绩卓著的大清官，除了于成龙以外，另外还有个于成龙，这个于成龙要比两江总督于成龙晚生很多年，朝廷和后人为了区分这两个清官于成龙，将晚生的于成龙定为小于成龙，而两江总督于成龙则是大于成龙。这个小于成龙很是受两江总督于成龙的器重，为此于成龙还特意将小于成龙举荐给朝廷，康熙二十一年（1682）六月十九日，江宁府知府陈龙岩病逝，知府位置空缺，于成龙当即就向朝廷请示《请补江宁知府疏》，指名道姓地请求朝廷任命通州知州小于成龙或霸州州判卫既齐为江宁府知府。
于成龙甚是看好这两个人，他们两人的政绩于成龙是看在眼里的。
于成龙在这封官员任命的请求中道：“江宁知府一官，不独为八邑之表帅，而实为通省之领袖自到任以来，目睹江宁知府陈龙岩老成持重，廉洁自矢，且其料理各项钱谷，应付过往官兵，尤征肆应之才。臣幸其得一良吏，可以收臂指之效，而表式乎群僚。不意于康熙二十一年六月十九日未时病故，臣闻报如失左右手。窃念朝廷储养人才，固不乏才德兼优之俦。但吏部铨选，原有定例。今该府员缺，部臣自必循资按格，掣签推补。诚恐所推者操守有余而才干不足，或才干可观而操守难凭。以之经理重地，难免覆疏之虞。必得才守兼全如臣任直隶巡抚所荐通州知州于成龙、霸州州判卫既齐，区画一切事务，庶可政修事举，胜任而愉快。仰请皇上俯念江宁知府一官关系最重，不拘铨选常例，敕部立速捡选或命廷臣会推清操久著干练成效者，星驰赴任。”
江宁府是两江的首府，用现在的话说就是行政中心，是督抚常驻之地，江宁知府在清朝初期，就是正四品官衔，相当于省会城市的市委书记。于成龙是想将自己器重之人调到自己身边培养，以便日后重用。然而，这个职位也至关重要，江宁知府距离于成龙两江总督的官邸比较近，而且江宁知府也可以随时面见总督大人，因此两江境内很多外地官员为了在地方上更自由，便会通过江宁知府面见于成龙，因此江宁知府有更多收受贿赂的机会，于成龙请求朝廷调任小于成龙和卫既齐，是因为这两人他甚是信任，距离贪污很远。两人为官清廉，两袖清风，对一些贪官污吏自是不屑为伍，所以，于成龙才任用他们二人。
督抚虽然是清朝时期的封疆大吏，但是朝廷为了加强中央集权，各地方官吏必须由皇帝亲自御批任命，所以，纵是哪个地方官吏有罪要罢官，于成龙也只有弹劾的份，待朝廷任命新的官员来接任；官职空缺或者官吏调任，都不是于成龙说了算的，需请示朝廷，都是皇帝在一手操作。所以，作为两江总督于成龙的权力也极为有限，并不是说他做了封疆大吏就可以为所欲为，想干什么干什么，甚至生杀大权也不是总督所能掌握的。
于成龙这次在奏章中举荐小于成龙和卫既齐，并不能明目张胆的举荐，这是朝廷官吏制度的大忌，所以，于成龙只是在奏章中例举这两个廉吏，供皇帝参考，皇帝也未必就会用这二人。不过康熙皇帝最终用了通州知州小于成龙，让他接任江宁府知府一职。还有就是镇江府的知府高龙光，祖籍是福建的，也是一位德才兼备的清官，但是这个高龙光可不像于成龙这样好运，官运亨通，高龙光虽然为官也较清廉，但是官运不佳，一路降级贬职，康熙十九年因为处理漕运事务误了期限，被朝廷降职。
于成龙求贤若渴，他当然希望自己所管辖的两江境内，多出一些清廉之官，以助两江发展。这个镇江府知府高龙光他在很早就注意到了，只是一直没有机会向朝廷举荐，但是现在镇江府有事，需要这位干练的清官，于是于成龙便向朝廷请求恢复高龙光镇江府知府一职，让他继续留任知府，打理镇江事务。