于成龙在奏章中道：“京口滨江负海，地处冲要。又当闽浙孔道，素称繁剧。且为旗营驻防之所，军民杂处，豪暴间出，非偏僻旁郡可比。臣驻扎省会，抚臣亦相距稍远，耳目或有难周，所赖道府弹压整顿，良非浅鲜。臣自到任以来，凡要地郡守之淑慝，尤必加意体访，目睹镇江知府高龙光守绝一尘，才长肆应，革除耗羡，屏绝馈遗，真以实心而行实政。他如绥靖地方，审理逃务，调剂得宜，旗民允服。无忝表帅，允称理繁之任。似此才守兼优之员，正可砥砺官方，方欺久任奏效。查定例，被降之官果系清廉爱民良吏，许该督抚题请留任。”
于成龙鼎力保举高龙光，康熙皇帝对于成龙举荐的人一般不会心存疑虑，很快就得到批准，直到于成龙去世后的第二年，高龙光仍旧任镇江知府。
康熙二十一年（1682）十二月，于成龙和巡抚余国柱联名向康熙皇帝上书，举荐江苏布政使丁思孔，布政使一般主管全省的财政税收，而江苏又是全国的经济重镇，江南富庶繁华之地，朝廷对江南百姓的税收要比全国其他省要高出好几倍，因此布政使陷入百姓和朝廷中间，进退两难，很是为难，少收了朝廷又不同意，多收了百姓也觉得不满意。并且苛捐杂税如果过于繁重，百姓会吃不消，他们会反叛。江苏布政使的工作受到重重阻碍，并且税收年年都有所拖欠，朝廷追究下来，丁思孔就吃不了兜着走，甭说像其他官员一样升迁了，不背负处分就已经很不错了。所以江苏布政使丁思孔承受的压力很大，恰恰他又是位难得的好官，一心只为百姓着想。
于成龙在写给皇帝的奏章中，表明了自己的立场，道：“论人授官，固当就才之短长以分繁简；若就官论人，又当按地之繁简以定高下。江南赋重役繁，民生凋敝，兼以水旱频仍，供亿四出。官斯土者，长才欲黾勉而回头无进步之阶，短才困积逋而束手鲜周身之策。案牍日见纷纭，催科日渐繁苦，求其痛自鞭策，志期上达者，屈指不见一二。”
于成龙的心迹很明显，就是向皇帝说明这江南的官不好当。于成龙并在奏章中，向皇帝说明，他自上任以来，在对地方官员的教育问题上，也从未有过半点懈怠。“朝乾夕惕，茹药饮冰。上以期答朝廷委用之重，下以期慰生民乐业之望。细事必出于躬亲，勺水必凛于夙夜。凡属吏公事进见，多方训诲，随事禁饬。严其守又察其所守之真伪，勤其政又访其敷政之宽严。莫不争相濯磨，矢志厘剔。”
于成龙说，尽管他对下属官员的教育弹劾很是卖力，效果也很显著，地方官员的节操也很大程度提高，但“未几而以盗案降级者见告矣！未几而以逋欠落职者见告矣！未几而以违限处分者见告矣！”人无完人，官员亦无绝对的完美，也会有犯错的时候，尤其是江南的官员，他们都有自己的苦衷，稍有不慎，就会受到朝廷的革职或降级处分，因此官员们在工作中也就不敢放手大胆去干了。江苏布政使丁思孔，虽然在税收问题上办事不力，也不能完全怪他，他也是为了百姓着想，如加重税收必然引起百姓慌乱，甚至就造成地方动荡，朝廷也不能将他的能力一票否决，于成龙自上任以来，丁思孔的卓著政绩他是看在眼里的，只是朝廷不知道，反而一味的贬职，以后谁还敢担任此职。
于成龙还在奏章中写道：“丁思孔历任既久，参罚固多，既不敢违例以入卓异之列，又不敢拘例以蹈蔽贤之愆。”
于成龙在奏章中表明，丁思孔即将到京城“入觐”述职，如果皇上觉得没有什么问题的话，请酌情重用。于成龙是个正人君子，从来不记仇，政绩卓著的官员他会大公无私的将其推荐给朝廷，无大功亦无大过的平淡官吏，他只是引导教育，只是那种死不悔改的贪官污吏、大奸大恶之徒，于成龙才会酌情对其弹劾。不到万不得已，于成龙是万万不会弹劾哪个官员的，这点还是让人敬佩，于成龙的人格还是很高尚的。
于成龙就两江的实际情况，颁布了几项条例，专供两江境内基层官吏学习。名为《示亲民官自省六戒》：
（1）勤抚恤。于成龙是希望一些州县官员能够真正发挥父母官的职能，做一个名符其实的父母官，官民应该更加亲近、自然，不应常常体现官架子，打官腔，不办实事的现象。很多地方官员常常沽名钓誉、哗众取宠，在外体现自己清官一面，却背地里残害百姓，收刮民脂民膏，这些官吏都是应该得到严惩的。既是父母官，就应该爱民如子，善待自己的子民。
（2）慎刑法。地方官员在审案的时候，尽可能避免对罪犯用刑，需明镜高悬，彻查真相，不可屈打成招。更不能将良善百姓当成替罪羊，进行草菅人命，百姓是为官者的衣食父母，他们需要保护，人命关天，对于命案一定不能草率。屈打成招，只会让真正的罪犯逍遥法外，地方官员需谨慎处理，做好清廉之表率，只有以身作则才能教化世人。
（3）绝贿赂。俗话说上梁不正下梁歪，只要官老爷肯收受贿赂，那么下面心存侥幸的人就必然敢贿赂，必然肆无忌惮，贿赂成风。于成龙还引用了俗语：“士大夫若爱一文，不值一文。”来教化下属官吏，官员和百姓谈钱，不但有失风化，而且还会有牢狱之灾。
（4）杜私派。严厉打击官员私派，用官府公家的财产私自分派，最后达到中饱私囊的目的。
（5）严征收。于成龙明文规定，严禁地方官员私自征收、加重火耗，于成龙再次引用古语：“钱粮一节，若肯请减，其善无量。”
（6）崇节俭。于成龙严令禁止地方官员吃喝嫖赌，将官府公家财产拿去花天酒地，大肆铺张、宴请宾客，以示应酬。
这些都是奢侈糜烂的表现，是为官者所不耻。条例中道：“长吏近民，虽自己足食，尤当思民之无食者；自己披衣，亦当思民之无衣者。推此一心，纵令衣食淡薄，尚且不能消受，而又欲起侈丽之想乎？”
本条最后引用宋代名家的话语道：“无功于国，无德于民，若华衣美食，与盗何异！”
这句话批判的好，堪称一针见血，将为官者的丑态完全暴露在百姓眼中。这些条例正是于成龙心中所想，也是他为官的原则，有生之年，必将造福于民，并且希望自己的这些思想能够唤醒一些贪官污吏的良心，能为百姓做主，为苍生谋福祉。
三、与民兴利的民生改革
关于两江境内的民生问题，于成龙颁布了《咨访利弊通行檄》，广泛征求了两江官员在民生方面的利弊意见。于成龙在这份最新颁布的檄文中写道：“大弊不革，则大利不兴。一县有一县之利弊，一乡有一乡之利弊。自当因地制宜，相时兴革。但两江幅员辽阔，一时耳目难周，端在贤有司殚心匡理，庶国计民生两获安全。”
于成龙要求两江内各地方官员，针对当地实际情况，拟定出一套合理的民生方案出来，看当地适合发展什么样的民生工程。毕竟两江还是有三个省，各地的环境、位置皆不相同，不能统一颁布实施政令。故而，要因地制宜，找出当地可发展的民生项目。不仅要发展新的民生项目，而且要革故鼎新，对旧的不适合发展的民生项目，一定要及时撤消。
待于成龙采纳了各地方官员的广泛意见后，再根据自己的调查研究，及时颁布了《兴利除弊条约》，发布到两江各地，这个条例从标题中，也能看出，主要针对兴利除弊，还是与民兴利。
（一）还是严禁“火耗”。于成龙这条政令，地方官员也没有很多在认真执行的，绝大多数只是做做样子，蒙骗上官，基本上效果不是太明显。于成龙只想杀杀风气，能制止多少算多少，一时半会也无法将其全部制止。
（二）禁止私派。主要还是禁止官员揽私活，动用公家财产，中饱私囊。
（三）严禁馈送。虽说有礼尚往来只说，但是不适用于官场，官场中很多人没有一定交情，但还是用礼搪塞，主要是贿赂上官，以求日后好办事。跟民间的礼尚往来肯定是有显著性区别的，民间送礼在于人情，官场送礼，在于官运亨通，两则不可一概而论。于成龙对官员送礼是深恶痛绝的，坚决杜绝此风气。
（四）访拿衙蠹。这条是针对在衙门里办事的衙役、公差，利用衙门名义，狗仗人势，坑害百姓，为官员们蒙羞，百姓最终将仇恨记在该衙役上司官员头上，官员们还浑然不知。
（五）访拿光棍。地头蛇作为地方一霸，常常与官府勾结，残害百姓，荼毒忠良，这批人应该处以极刑。
（六）禁止问刑迟延。官员们最不能接受的事情，就是下级官吏办案不积极，派下来的案子不能如期结案，朝廷催大官，大官促小吏，这担子最终落在小吏身上，其中缘由是很多地方官员收了贿赂，推迟问案，直至将罪犯拖死于狱中。
（七）严禁借旗放债。这条是针对借着旗人名义放高利贷的，清朝是满人的天下，旗人享有特权，很多汉官并没有办法治旗人，于是民间很多恶霸借着旗人名义向借款人放高利贷，以此名义作案，官府也拿他们没办法，最终未能得到律法的制裁。于成龙要求地方官员严厉打击和彻查这干借着旗人名义房贷的贼人。即便是旗人，也会请旨处理，绝不姑息。
（八）严禁滥差。这条是针对官员滥用差役一事，上级官府差役拿着上级令箭到下级官府办事从而要吃要喝，气焰嚣张，于成龙的意思是尽量避免上级差役到下级衙门生事。
（九）严禁滥收监仓。本条是禁止地方官员不要轻易将犯下一些鸡毛蒜皮的罪犯收监，对其进行拷打、勒索。
（十）严禁捕役非刑私拷。捕役抓到罪犯后，不是带到衙门而是先拉到荒郊野外暴打一顿，再趁机向罪犯勒索钱财。
（十一）禁止保歇。所谓“保歇”，就是当地人凭着路熟替人办事，又称为“歇家”。百姓上城办事或者告状，不了解程序和摸不着头脑，不知从何下手，这时候百姓就会求到衙门中差役，差役便从借此勒索告状者。于成龙要求对这帮子衙役要严禁严办。
（十二）严禁讼师。讼师相当于现在的律师，主要以给当事人打官司为谋生手段。很多官府和讼师勾结，怂恿百姓告状，最后官员再和讼师来个唱双簧，将此事敷衍过去，最后还骗得了百姓财产。
（十三）禁止取用行户。这条是禁止为官者仗着权威，白拿白用商家商品。
（十四）禁止奢靡佚游。这一条还是跟倡导节俭有关，杜绝百姓和官员们奢侈浪费，挥金如土，过分的浪费钱粮。江南乃富裕之地，对节俭的概念并不是很深，难免奢侈。
（十五）严禁兵丁虚冒。很多地方官员为了侵吞朝廷军饷，常常会将家族中人笼络过来，假冒军人，或者已经战死了的兵士，死而不报，继续让朝廷发放军饷，最后军饷所得全部进了自己或者亲戚的口袋里。还有一些人吃空饷，不干事，只是在军中挂名。这些于成龙都是严令禁止的。于成龙在两江任总督时，对学子的教育问题，也是密切关注，对教育的发展，也是大肆提倡。他动用了两江内的一些富豪、贵族捐资赠物，修建了一座虹桥书院，广收学子，并聘请名家讲学。于成龙在民生方面力求革故鼎新，民生改革也有了明显成效，两江境内出现了空前的盛世，风气也有了很多的变化，很多达官贵族也不再像以前那样奢侈糜烂，也开始穿起粗麻布衣来，伙食方面也逐渐变的清谈，不再像以前那样抛洒浪费。民间刑事案件也有了明显减少，官府大堂也比以往显得清净很多，这一系列的现象都跟于成龙的政绩有关，他勤政爱民，一心为公，虽已居高官，却不坐享其成，所谓的高官厚禄并不是他一生的追求，他只想为民做点事。
四、处世不惊的君子作风
康熙二十二年（1683），这一年的于成龙已经整整六十七岁高龄了，虽然年事已高，但他并没有因此而懈怠，还是勤于批复下级官府的公文。毕竟现在是两江总督，公务繁忙，很多事情都等着他去做，他再也不可能像以前那样，没事来个一醉方休，如今的于公甚至连吃饭时间都没有，或许他知道自己来日不多，想尽自己的余生，为两江百姓最后再办点事。他一日三餐就以青菜下饭，终年不知肉味，百姓亲切的称之为“于青菜”。
不料，小人嫉贤妒能，觉得于成龙现在是声势滔天，两江境内百姓只知于成龙一人。这个嫉贤妒能的卑鄙小人正是江南督造漕船的副都御史马世济，他向皇帝弹劾了于成龙，奏章中写道：“于成龙向有声誉，初到江南，美名如故。闻其自任用中军田万侯之后，人多怨言。臣奉差在南，见其年近古稀，景迫桑榆，道路啧啧，咸谓田万侯欺蒙督臣，倚势作弊，因未有实据，难以入告。督臣衰暮，不能精察，故匪人得以播弄而败善政。且各有司衙门皆有督臣秽言告示，污蔑各官。如果各官不法，何难白简题参；若俱循良，岂可凭空凌辱？显系小人播弄督臣，令其虚张声势，就中取利。请罢黜万侯，并令成龙休致。
马世济当然不敢直接弹劾于成龙，其实他这样做也是间接性的弹劾了于成龙。狡猾的马世济请求康熙皇帝罢免于成龙的下属官员，其上司是于成龙，而于成龙也难辞其咎，称于成龙年事已老，已无法再料理政事，无法辨别是非。
于成龙虽然年事已高，但是耳聪目明，不算糊涂，马世济的这番弹劾纯粹是诬告，是嫉贤妒能的表现。
根据史料记载，后查明，这是两江境内一些达官贵族对于成龙造的谣言，他们是担心于成龙在位的一天，会对他们造成威胁，弹劾他们。马世济的这份弹劾于成龙的奏章，着实让于成龙惊出一身冷汗，他差点就晚节不保，能不能光荣退休还不知道，只求不要出意外，于成龙这把年纪了，他也不想晚节不保，最后被小人搞的身败名裂。于成龙听说此事后，虽然是吓出一身冷汗，但是仍然很冷静，这种处事不惊的态度着实让人佩服。
他给康熙皇帝回复的奏章中写道：“臣到江南，期以兴利除害，察吏安民，仰报知遇。无奈两江之吏治、营务、刑名、钱谷，繁剧实甚。臣昼夜拮据，躬亲料理，从不敢寄耳目于左右。然近习难防，或有窥伺欺弄，臣亦安能保其必无？宪臣马世济疏称中军田万侯倚势作弊，臣实未之觉察也。至于告示一节，或地方之利弊，民生之疾苦，臣有见闻，即通行禁饬，无非以利害祸福之言痛切告诫，其词未免过于竣厉，似涉秽言污辱。宪臣马世济疏称小人播弄，令其虚张声势，就中取利，臣亦未之觉察也。此皆臣之衰迈昏聩，何以自解？若夫臣之年近古稀，景迫桑榆，久在皇上洞鉴之中，虽殚精竭虑，不敢稍自宽假。然气衰力疲，龙钟之状，大非昔比，臣又何敢自讳？乞敕部严加议处，以为大臣溺职有初鲜终者戒。
于成龙的话，基本上都在这封奏章中，他表示自己对下属官员的批评过分了点，他也表示由衷的后悔。但是于成龙在两江任上所做的事情，绝无半点私心成分在里面，都是为了百姓、为了朝廷，无奈小人搬弄无非，无事生非，总想找点茬子。于成龙自己对这些人是深恶痛绝的，并请求处分。于成龙当然不怕处分，他都这把年纪了，他怕的是自己名誉扫地，老了还落下话柄。于成龙一事，朝野震惊，朝野之上的奸佞小人都想一举扳倒于成龙，尤其是于成龙曾经得罪过的大学士纳兰明珠。
康熙皇帝没有证据，没法把于成龙怎么样，也不想把于成龙怎么样，皇帝是相信于成龙的，但是为了平息朝廷气氛，必须要处置一个人，就是降了田万侯的级，于成龙留任。