11月，克林顿总统就美国对伊政策发表了一个声明，声称他的政府将继续与联合国特别委员会合作，找出并销毁伊拉克的大规模杀伤性武器，加强制裁和确立禁飞区制度，回击伊拉克的任何挑衅行为。他又补充说：“然而，从长远来看，解除这一威胁的最好方法是在巴格达建立一个新政府，这个政府必须代表其人民的利益，尊重人民，而不是压迫他们；必须致力于中东地区的和平。”44美国的政策越来越倾向于让伊拉克实现政权更替，但是这一政策的前景仍然十分模糊，很大程度上是由于缺乏一个能够取代萨达姆政权的确切后备力量。沙利科什维利将军曾经担任美国参谋长联席会议主席，他解释说，推翻独裁统治者“说起来容易，做起来难”。安东尼-津尼将军警告称，在采取军事行动推翻萨达姆政权的问题上不能操之过急，他说：“我认为，如果行动不当，伊拉克将会变得很脆弱，会陷入分裂和混乱之中。发生这种情况最终将会比一个现在受牵制的萨达姆更为危险。”45
1998年12月，局势再次变得紧张起来。萨达姆宣布伊拉克停止与武器核查人员的一切合作。克林顿政府开始实施一个经过长时间准备、代号为“沙漠之狐”的军事行动。1998年12月16日，美国国防部长威廉-科恩在一次记者吹风会上说道：“克林顿总统决定对伊拉克实施打击，这个决定带有十分清晰的军事目的。我们希望削弱萨达姆-侯赛因制造和使用大规模杀伤性武器的能力。我们希望削弱他对邻国发动战争的能力。我们还希望借此展示，任何一种蔑视国际义务的行为都会面临严重后果。”46
“沙漠之狐”军事行动持续了4个晚上，期间美国和英国的炸弹和导弹袭击了伊拉克国内100个军事目标。美国国防部长威廉-科恩宣布，发动这些袭击是因为自海湾战争以来萨达姆选择“对抗而不是合作”。参谋长联席会议主席谢尔顿将军声称，为了“密切监视萨达姆”，美国将继续保持在中东地区的军事存在。4712月19日，克林顿总统宣布，“沙漠之狐”军事行动已经达到预定目的。他说道：“我们已经极大地破坏了萨达姆的大规模杀伤性武器计划、摧毁了指导和保护这一计划的指挥机构、打击了他的军用设施和安全设施。”他警告说，只要萨达姆-侯赛因继续执政，他仍然会不断制造威胁。48对伊拉克的狂轰滥炸摧毁了其导弹基地、高射炮、雷达塔和通讯中心。49
美国国务卿玛德琳-奥尔布赖特解释道，美国的对伊政策是“遏制加促使政权更替”。501999年1月，弗兰克-里恰尔多内被任命为负责协调伊拉克反政府力量、促成伊拉克政治演变的特别代表，他是国务院一位具有丰富的中东地区工作经验的资深外交官。弗兰克-里恰尔多内解释说，美国的所有努力是为了“在伊拉克促成一种环境和压力”，最终推翻萨达姆政权。51以后的几个月里，美国政策的重点放在努力联合伊拉克的反对派力量上，给他们提供“不会导致死亡的帮助”。52然而整合反对派的目标似乎并不容易实现，一位美国官员说道：“我们认为有一点十分重要，就是我们不应该把那些愿意站起来反对萨达姆-侯赛因的人排除在这一计划之外。如果我们觉得联合他们会浪费我们的时间，从而把他们拒之门外，那我们就大错特错了。”53
在克林顿的两届总统任期内，他一直坚持通过制裁机制和有限的军事打击对付萨达姆。2000年，克林顿在太平洋广播电台的一个访谈节目中被埃米-古德曼问及对伊拉克实施制裁的效果。在谈到萨达姆时，克林顿这样说道：“记住，这家伙是现今世界上唯一一个对自己的人民使用化学武器的国家领导人。依我看，美国人应该替他照顾自己的人民。即使没有任何国家的支持，我们也应该尽我们所能，阻止他再次屠杀本国人民，屠杀中东地区的人民。我认为我们应该这么做。”54