湖南士绅联名要求撤废粤汉铁路合同及续约。粤汉铁路原合同于1898年4月14日签订，1900年7月13日签订续约，由美国合兴公司修筑粤汉铁路。动工后不久，合兴公司在华主持人病死，公司内部发生动荡，工程进展缓慢。后来合兴公司逐渐将粤汉铁路大部分股份售与比利时，董事也多换为比利时人，引起粤汉铁路沿线湖北、湖南、广东三省士绅的关切。本日，湖南士绅致电外务部、商部主张废除合同。
5月30日。清廷调柯逢时任贵州巡抚，李经羲任广西巡抚。
5月31日。御史攀桂因索贿受贿被革职，发往军台效力赎罪。
俄远东总督阿力喀塞克夫命俄远东军总司令克鲁巴金进援旅顺。
本月。孙中山在旧金山华侨中积极进行革命活动。孙中山在旧金山入境后，与保皇党展开论战，大力宣传革命思想。月初到华盛顿街戏院发表公开演说，宣传反清革命。并改组被保皇党徒篡夺的致公堂机关报《大同日报》，推荐革命党人刘成禺担任主笔，使之成为革命派在美国的言论机关，扫除保皇党的势力。为了加强革命宣传，孙中山在致公堂和中西日报社的帮助下，刊印邹容的《革命军》1.1万册，分寄美洲、南洋各地。同时，为募集起义经费，将在檀香山印就的革命军需债券，向当地侨胞推销。鉴于许多洪门人士已忘记反清革命宗旨，不少组织又为保皇派所把持，孙中山向旧金山的致公堂建议，举行全美洪门会员总注册，并表示愿亲往各地对洪门会员进行革命宣传，还亲自为致公堂重订新章程。孙中山的活动给予保皇党在美洲华侨中的势力以沉重打击，扩大了革命的影响。
秋瑾东渡赴日本留学。秋瑾从上海乘轮船出国，日本友人服部繁子有事回国，与秋瑾同行。
中国参加圣路易斯博览会。圣路易斯博览会在美国密苏里州圣路易斯举行，中国政府应邀参加了这次博览会。名义上清廷派贝子溥伦为博览会正监督，实际上一切会务事宜均由美籍东海关税务司柯尔乐出面，而且还把一些有辱国体的东西，如女人小脚穿的弓鞋、鸦片烟枪也搬进了中国展室，引起了国内外中国人的愤怒。博览会上中国的某些传统产品，如丝，茶、缎等受到欢迎并获奖。在整个博览会过程中，中国与会人员遭到了美国政府的百般刁难，美国专门制定了歧视性的华人赴美参加博览会章程10条，异常繁苛，那些在国内受人尊敬的巨商大贾，却在出入美国境时遭到美海关人员的虐待和污辱。总的说来，这届博览会中国收获不多，却为此破费了150万两银子。
正太铁路开工。正太铁路（石家庄—太原）原计划由直隶正定府柳林堡向西穿过太行山修至太原，故名正太铁路，以利山西产煤外运。后因在滹沱河上架桥困难，改由枕头站（今石家庄）为起点，因枕头仍在正定府境内，路名仍旧，全长243公里。
台湾“日本总督府”颁布《枪炮火药取缔规则》，严禁民间收藏枪炮火药。
6月
6月1日。广西天地会起义遭镇压。广西天地会起义军在归顺府境的安平土州被广西边防营荣字军统领陆荣廷击败。
6月5日。上海商业会议公所改组为上海商务总会，商部任命严信厚为总理，徐润为协理。
中英签订《安徽铜陵县矿改订合同章程》。1902年5月，安徽商务总局与英国伦华公司订立勘验矿务合同，出卖歙县、铜陵、大通、宁国、广德、潜山等州县矿产开采权，引起安徽各界人士的抗议。安徽巡抚既怕舆论指责，又无法应付英商，于是请英方代表凯约翰到外务部交涉，于本日中英两国在北京签订《安徽铜陵县矿改订合同章程》，共23款。参加签订人员，中方安徽商务总局，英方伦华公司代表凯约翰。章程将歙县、大通、宁国、广德、潜山等五处删除，专办铜陵县属铜官山一处。
6月8日。日军第十师团（后编为第四军）攻占奉天（今沈阳）岫岩。
6月9日。清廷下令查拿假冒总兵之人。升用提督记名总兵胡荣翼，亲自带着前护山西巡抚咨文赴兵部报到。经兵部调查，并无该总兵之名。原咨文中的关防篆文，也不相符。几次标传未到，此人竟然消失了，显然是假冒的。清廷命步军统领、顺天府、五城及各直省督抚，务必将其拿获送部严惩。并命山西巡抚先行查明，据实覆奏。
6月10日。前广西提督苏元春因治军不严被参劾，遣戍新疆。
6月11日。因购地设堂传教，法国天主教士与江西新昌民众发生冲突。
100余名中国留日学生由李祥麟带队乘日本邮轮离沪赴日。
6月12日。《时报》在上海创刊。资产阶级改良派人士狄葆贤主持报务，陈冷为主笔。《时报》在内容与体例上均有所革新，分正刊、副刊，并有插图，设有时评、教育、国粹等专栏，后又增设实业、妇女、儿童、英文、图画、文艺等周刊。文字通俗流畅，深受读者欢迎。其中“时评”栏为该报所创设，短小隽永，为当时新闻界所推崇。每天6版。创办人狄葆贤早年曾倾向于革命，后因对武装起义心灰意冷，遂邀请陈冷为主笔，接受康、梁的资助创办《时报》，宣传资产阶级改良主义思想，后成为保皇派的机关报。不久，因其言论不合康、梁之意，梁启超对此颇有微辞。1911年办《滑稽时报》，1921年该报编辑戈公振主编《时报图画周刊》，为国内新闻界首创。同年冬黄伯惠接办该报，着重刊登社会新闻和体育新闻。1927年首创我国套色印报。后期主笔为蔡行素。《时报》政治倾向一贯保守。1939年9月停刊。
日军攻占奉天怀仁。
6月13日。外务部与各国驻京公使团签订扩充地界合约，并划定北京东交民巷使馆区。
清出使法国、西班牙大臣孙宝琦向西班牙国王递交国书。
6月14日。海琛轮失事。“海琛”号客轮在福州附近洋面触礁沉没。海琛轮是上海招商局的一艘客轮，来往于厦门、汕头和上海之间。本日夜里，当船行至福州附近洋面时，由于夜深月黑而触礁，船当即断为两截，船上绝大部分工作人员和正在熟睡的100多名乘客全部遇难，其中包括两名外国人。得以生还者只有机器房中的一名水手。
各国驻天津领事议设会审公堂。
6月15日。日军第二军第二、第四两师团在得利寺击败俄军。
6月16日。孙家鼐奏准派袁大化办理安徽省矿务。大学士孙家鼐奏陈，商务为富国的基础，矿务是生财之道，但中国办矿多未奏效，一是由于难于筹款，一是由于没有人才。安徽省矿产列强觊觎已久，若不自行筹款开办，恐怕会被外人抢占先机。矿务是专门的学问，应由熟悉情形的人办理。二品衔福建兴泉永道袁大化，安徽涡阳县人，素为同乡所推重，尤为原任大学士李鸿章所信任，荐保为道员，办理黑龙江漠河金矿，每年增加课款百万两。如果让他办理安徽全省矿务，一定能联络商民，筹集巨款，收效可期。如果批准，应遵照商部所订矿章，设立公司妥筹办法，呈明商部立案，并由商部咨照两江督臣、安徽抚臣安排。清廷谕准福建兴泉永道袁大化发往安徽办理全省矿务。
华商王芬迩集股在上海新闸路开办机器面粉厂中奥面粉公司。
日本海军在对马海峡败于俄国海参崴舰队。
日本陆军占领歪头山及剑山，继续向旅顺方向挺进。
6月18日。上海举办端午节龙舟赛。本日是端午节，沪南的淮扬人赶制10余艘龙舟，在黄浦江中进行比赛。男女夹岸观看，盛况空前。工厂、学校、商店和上海租界会审公廨全都放假1天。
候补四品京堂周荣曜因捐巨款练兵，清廷赏其以三品京堂候补。
清廷予已故两广总督陶模于甘肃新疆建祠。
6月19日。广东制造局定议迁于清远。
6月20日。因贡士复试投卷人数尚少，礼部奏请展缓日期，清廷允许改于6月30日在保和殿复试。
日本设置满洲军总司令部，以大山岩为总司令官，儿玉源太郎为总参谋长。
6月21日。清廷下旨先从宫廷开始厉行节俭，裁撤冗员。清廷认为目前时局不稳，百端待理，财政匮乏，以致练兵等要政、筹饷艰难，而冗员浮费为害很深。应痛加整顿，改弦更张。即先从宫廷一始，以后宫内一切用款工程，按照内务府规定的经费，量入为出，不准再拨户部款项。户部正杂各款由地方使用。此外应开源节流之处，由户部悉心筹划，遇事整理。至内务府司员太多，应如何裁汰归并，由政务处会同内务府大臣妥议具奏。其余内外各衙门，也要仿照核办，次第推行。该王大臣等务当破除情面，切实通筹，认真办理，以清除冗滥而增加收入。
因本年慈禧太后70岁寿辰，清廷赦免戊戌案内各员。这次赦免，除康有为、梁启超、孙文3人外，其余皆宽免不究。曾经革职的开复原衔。曾被通缉、监禁及交地方官管束的全部释放。在此次赦免以前犯事的，不予追究。
6月22日。袁世凯奏请设立直豫货捐局，专收火车货捐。卢汉铁路北干路开通至安阳县，直隶总督袁世凯奏请照南干路之例在安阳站设立直豫货捐局，专收火车货捐，弥补厘税损失。袁世凯奏陈，卢汉铁路北干路，将开通至安阳县境。该处为由直隶入河南的首站，商贾辐辏，一经开车卖票，所有直隶以南河南以北的往来货物，势必改由火车装运，这样会影响沿途厘税局的收入。卢汉铁路南干路，上年开通至信阳州，即经湖北督抚臣咨商河南前抚臣，选择扼要地方，另设专局，派员抽收火车货捐。迄今开办经年，华洋各商遵行，并无歧异。北干路与南干路一样，即应按照办理。火车运货较之人力马力运输，快捷不止百倍。商人趋利乘便，内在意料之中，非开办货捐，不足以图补救。现经议定，先在河南安阳火车站侧，设立直豫货捐局，两省派员会办，专收火车货捐。沿途各车站装货时，应照新关征收进出口货物办法，必须持有该局捐单，方准装运。货捐统照值百抽二五验收。如果有隐漏不符，按章议罚。将来铁路加长，应随时添设分卡，查验补收抽税，杜绝偷漏税。
东北抗俄义军积极抗击俄军。吉林通化、海龙、兴京等地抗俄义军首领在奉天（今沈阳）辽阳会议抗俄问题。24日，抗俄义军约3000人突袭铁岭沙俄辎重队，俄军死伤约600人。
6月23日。柳州发生兵变。广西柳州驻军绍字三营发动兵变，攻占柳州城。绍字三营是由清军统领祖绳武招降广西起义军陆亚发部整编而成的。但清廷对这营官兵一向很不放心，整编不久，两广总督岑春煊就决定将其调到广东遣散。陆亚发得知这是一个调虎离山之计后，于出发前夜发动兵变。兵变士兵紧闭柳州城门，行人不准外出，他们还断绝了与外界的一切联系。次日凌晨，他们又攻入县衙，杀死知县，释放监狱中所有人犯并将他们武装起来。祖绳武的统领衙门也遭到围攻，卫队被歼，祖绳武拼命突围后于27日晨自杀于柳州城外。变兵共缴获兵饷20多万两，枪械几千枝。后因清军援兵将至，变兵才从柳州转移。
清廷颁布《商标注册试办章程》，这是中国历史上第一个商标法。
6月24日。上海总商会要求平等对待华商与洋商。上海总商会为维护华商的利益，分别致函驻沪外国领袖领事、公共租界工部局及在沪各国商会。函中希望在振兴上海商务方面能协力同心，彼此扶助，华洋一例，革除华洋之间的误会、争论，要求工部局凡遇华商与洋商发生钱债纠纷，不可苛刻虐待、任意拘拿华商。
6月25日。直隶总督袁世凯下令禁止教士干涉案件。
江西开办磁土公司。
6月26日。清出使奥地利大臣杨晟到任，原大臣吴德章卸任。
6月27日。清廷喻令各省督抚认真考核州县吏治。清廷喻令指出，中国官民隔绝，积习已深。各省州县官多深居简出，不关心百姓疾苦，不秉公执法，鱼肉百姓，为害无穷。因此清廷要求各省督抚要考查州县，为地方兴利除害，对于学校农工各要政，要悉心筹划，克尽职守。从今年开始，年终各督抚将各州县官员列出衔名、年龄、籍贯清单，注明何年何月何日到任，经征钱粮完欠分数，及有无命盗各案，诉讼已结未结若干起，监禁羁押各若干名，均令据实开报，不准讳饰。任内兴建学堂几所，种植工艺巡警诸要政是否举办，一并分别优劣，开列简明事实，不准用笼统宽泛之语。奏到后交政务处详加核查，分起具奏。请旨劝惩，并将各省奏单刊入官报，与众共知。各省书吏、差役也要严行裁汰，于吏治民生，极有关系。各省督抚，务当破除情面，查吏安民，切实遵办。
《萃新报》在浙江金华创刊。浙江革命党人刘琨、盛俊、张恭等创办，半月刊，仅出4期，旋被清廷封禁。该报设有社说、上谕、学说、政法、教育、军事、哲理、地理、科学、计学、实业、卫生、女界、时论、纪事、文件、丛谈、小说、文苑等栏，其主要内容是：揭露当时严重的民族危机，鼓吹爱国救亡；介绍西方社会政治学说和西方国家的各种制度；提倡兴办实业和教育。由于金华过去没有出版过报纸，虽然《萃新报》的政治态度比较温和，但鼓吹爱国救亡、提倡输入西方近代文明，在清廷看来，已属大逆不道，于是出版不久即被封禁。
日军第四军与第一军联合攻克分水岭，其地为辽阳、海城之侧面。
6月29日。山东聘德国人斯曲尔门为海关总税务司。
两江总督魏光焘电请政务处添造鱼雷艇10艘，防守长江。
本月。商务印书馆及上海各书店销售梁启超所著《饮冰室合集类编》。
袁世凯宣布编成北洋常备军一、二、三镇，每镇辖步、炮、马、工、辎共21营，三镇计有63营。
7月
7月1日。湖南长沙辟为商埠。
西藏地方政府与英军在江孜谈判，英军以武力要挟，提出要承认英国在西藏政治特权等要求，被拒绝。
7月2日。江苏镇江数名地方官被查办。因设警察不及时，致使当地匪徒滋事处理不善，委员候补知县窦镇山、从九品俞箴玺、署丹徒县知县洪尔振，均交部议处。江苏常镇道郭道直、镇江府知府祥福，一并交部议处。清廷命江苏省认真整顿，派妥善人员接办，一定要去除积弊而收实效。
7月3日。武昌科学补习所成立。革命党人刘静庵、吕大森、曹亚伯、胡瑛等在武昌成立湖北革命团体科学补习所。吕大森任所长，胡瑛任总干事，曹亚伯任宣传，时功璧任会计，宋教仁任文书，康建唐任庶务，会员约40余名。同时，确定刘度成为武高等学堂代表，陈应甲为武普通学堂代表，刘静庵为前锋营代表，朱子龙、李胜美为工程营代表，宋教仁、欧阳瑞骅、刘复基为文普通学堂代表，朱子陶、易本羲驻所办事。地址开始设在武昌多宝寺街，后因所务发展很快，遂迁至武昌魏家巷一号。科学补习所对外以补习科学为名，招收在校学生课余补习；对内作为革命党人的活动机构，以“革命排满”为宗旨，在学校和新军中进行革命活动，介绍爱国学生和会党成员加入新军。同年10，月，因华兴会计划在长沙起义事泄，清政府发觉科学补习所与谋，派兵搜查魏家巷所址，幸亏事先得到黄兴密电，人员提前疏散才未遭破坏，但已无法继续活动。