聂缉奏报浙江宁海县革生王锡彤毁教堂杀教民一案。浙江巡抚聂缉奏称，宁海大里村教民王品松，争轮管祭田，其胞叔王廷锡，斥其既不祀祖，即不应管此项田亩。该教民夫妇，自知理屈，捏词怂恿华教士朱国光出头干预，请县拿究。王锡彤闻之不平，倡言仇教。塑佛匠即陈阿三又名包良干等，振臂相助，遂于八月初六（1903年9月26日）、十二（10月2日）两日，将王品松夫妇杀死。十三日（10月3日）烧毁城内风潭两教堂，杀死华教士朱国光、教民罗仁寿、李和中、竺时香及不在教之胡建寅、张礼元等。一时人情汹汹，附近城乡各教民店铺家属，多被焚抢。等到回大里村，已经聚众数千。白严寺僧礼释，就近结党，为之声援。聂缉调防练各军分头弹压，台防统领记名总兵王立堂，攻入大里村，杀死礼释、周秀贵、小王及不识姓名各人，追擒20余名，内有王锡彤同伙董麟有、赵玉兰及礼释同伙王树和、章高成等五名。经台州府知府徐成礼讯明，各予正法袅示。先后拿获要犯塑佛匠即陈阿三、王锡彤之子王幼生、竺兴观、李伴金、竺才金、王廷锡、竺三元等。此案刚开始法兵舰赴甬，意存恫吓，继则要挟多端，索赔至三十六七万之巨。聂缉命许鼎霖派委汪承祖亲赴宁海，会同副主教田法服，按照失单，逐款清查，据理力争。计被焚教堂两处，被抢教民280余家，被杀华教士1名，教民5名，共赔偿抚恤银10万两。现在宁海地方，已一律安靖，在逃首犯王锡彤，仍通缉在案。
8月29日。清廷下令停办九江关磁器。部上奏内务府传办九江关磁器，清廷认为目前时局多艰，财用匮乏，本年慈禧太后70生辰庆典，已经降旨不准铺张，所有传办磁器，立即停止。
兵部侍郎铁良抵达上海，考察江南制造局移建新厂事宜。
湘粤各军败广西义军于四十八峒。
8月30日。四川部分地区发生6级地震。
上海知县江懋琨晓谕民众，自10月9日起，南市各米店一律停征米捐。
8月31日。上海爱国女校举行开学典礼，蔡元培在会上发表演说。
孙中山《中国问题的真解决》写成本日，孙中山在美国圣路易写成英文著作《中国问题的真解决》，并于9月底10月初由美国友人麦克威廉斯资助在纽约印成单行本，孙中山在封面题有中文“革命潮”三字。该文一开头就指出：“中国终究要成为那些争夺亚洲霸权的国家之间的主要斗争场所”，其根源在于“满清政府的衰弱与腐败”。警告帝国主义“瓜分中国”的殖民政策只会给自己带来“危险与灾难”，支持清政府也“注定是要失败的”。他指出“全国革命的时机现已成熟”，“只要星星之火就能在政治上造成燎原之势”。断言：“一旦我们革新中国的伟大目标得以完成，不但在我们的美丽的国家将会出现新纪元的曙光，整个人类也将得以共享更为光明的前景。”文中还呼吁欧美人民对中国革命“在道义与物质上给以同情和支援”。
本月。福建龙溪、南靖两县连日大雨，溪水暴涨，冲塌堤岸10余里，受灾严重。
上海商务总会致电南洋通商大臣，要求清廷照会各国公使，不能歧视华人。
沪学会成立。以研究学术，开通风气，交流知识，图谋学界之公益的沪学会成立，会所设于上海小南门外曹家湾董家渡教堂西。
日本擅筑安奉轻便铁路。由安东（今丹东）至苏家屯，全长261.1公里。日俄战争开始，日本占领东清铁路南满支线南段（长春—旅顺），将5英尺轨距改为3.5英尺（1067毫米），同时擅筑2.5英尺（762毫米）轨距的安奉轻便铁路和鸭绿江桥，在新义州与朝鲜铁路接轨。该线在苏家屯与东清铁路南满支线相接，斜穿辽宁省东南部。
俄国军舰卸械事件起纠纷。在旅顺被日军击伤的两艘俄舰于本月12日逃至上海后，驻沪日本总领事以其24小时后仍不出海而照会上海道袁树勋要求立即将俄舰驱逐出口或拆卸一切军械。俄驻沪总领事以2舰为修理而来，修竣离沪为由，不允许卸械，但俄舰修理日期一拖再拖。袁树勋下令于23日前修竣出口，否则停止修理，迅速卸械。24日，俄国驻沪总领事只得表示同意下旗卸械，但仍要求继续对该舰进行修理。27日，“格罗苏福意”号军械起卸，解送江南制造局存放。“阿斯科”号受伤较重，于9月10日修毕，用拖船拖至东清码头停泊，由海关人员完成卸械，水兵全部上岸留沪，但活动范围受到限制。
上海爱国女学提倡女子自立自爱。上海爱国女学补订了学校章程，规定所有学生除学习修身、算学、国文、伦理、历史、地理等课程外，还要学习家事、裁缝、手工、体操等技能，以培养女子独立谋生的能力。学校设女子手工传习所，教授学生手工纺织、机械缝衣等，将文化教育与职业教育结合起来。新章程还规定，学生不得缠足，不得涂脂抹粉，不得穿戴奇装异服及首饰等，树立女子自立自爱的形象。
直隶邢台范氏九世同堂。据《申报》8月30日报道：“直隶顺德府属邢台县范氏义门也，进士凤鸣与其弟贡生凤仪，举人凤瑞凤来，科第蝉联，友于谊笃。自先至风鸣兄弟，九世同居，家号素封，门阀鼎盛。拳匪之乱，捐粟二百石，全活难民，一县称善人焉。乱定之后，藩司杨方伯据实申许，制府请即奏乞旌扬，奉旨嘉其捐粟赈饥，赏给‘乐善好施’字样。”
9月
9月1日。清廷调魏光焘为闽浙总督，以李兴锐署两江总督，调黄建为山东布政使，胡廷干为江宁布政使。
日本又一艘鱼雷艇驶至上海。
9月2日。东北正义军数千人进至北京南马桥一带。
9月4日。户部尚书赵尔巽派员赴东三省密查财政、兵政。
9月5日。曹鸿勋奏报贵州改革兵饷情况。贵州巡抚曹鸿勋奏称，贵州省练军，先前定为中、东、西3路提镇5标，共24营。饷章以33天为1关，中路各营海关支饷银2两7钱，练洋操者每关3两。东西两路及5标营每关支饷银2两4钱。光绪二十八年（1902年）改为常备5营，续备16营，巡缉弹压3营，薪饷仍照中路、外路分别支发。后因剿匪添募防勇19营4哨，共43营4哨，营制饷章仍以中路、外路为别。从前米物价贱，尚可维持，自二十九年（1903年）秋收减成，米价日贵，百物因之涨价。兵丁所发饷银已不能饱食，战斗力大减速，急须设法整顿。拟就现有人数饷数，裁去中路新中营、新左营、靖边副营共3营，只留40营。将4哨练为先锋6队，减额加饷，计每年多增出款2万数千两，而中外营哨官弁及什练等均可稍微充裕。每营原设什练300人，现定为250人1营，每营分中、左、右3哨，每哨设正副长各1员。三哨共计什长25名，号令6名、练军219名。其饷米均改关为月，无分中路、外路，每什长1名，月支饷米银3两5钱，练军1名，月支饷米银3两。惟常备军5营练洋操者照旧加支3钱，每什长1名，月支饷米银3两8钱，军1名，月支饷米银3两3钱。所有管带、哨长、差弁、教习、文案、册账薪饷，均照旧章按月开支。中路先锋6队，每队设督带哨长1人，月支薪水办公银30两。副哨长2弁，月支薪水银8两。哨书1名，蓝旌1名，大旗4名，月各支饷米银3两5钱。号令、什练80名，与文案、册账薪饷米悉照各营开支。统计40营6先锋队，共设官弁、文册、哨书、蓝旌、大旗等项共608名，什长、号令、练军、亲兵共10580名。每年12个月，共应支薪饷米银51.1万余两。与原来相比，还差2.2万余两，正设法筹措。除常备5营外，其余各营，仍当逐渐推广改练洋操。这次改定饷章，以银数计，每人不过数钱，以关数计，每年已多1万。自七月初一日（8月11日）起，所有营制饷章按照新章办理。此次加薪饷之后，如再不认真训练，操防松懈，或有压粮、冒饷、克扣等弊端，一经发觉，轻则撤差参革，重则军前正法，以肃纪律。
9月6日。外务部、商部奏报喀拉沁旗华洋合股开办金矿事宜。据热河都统松寿奏称，喀拉沁旗边地荒凉，蒙民困苦，请将本旗矿产自行开办。因资本难筹，没有试办。有荷兰商人白克耳愿为本旗承办机器雇用洋匠，拟在右翼地方开巴达尔胡川金矿一处，作为华洋合办，股本各居其半，拟订草合同呈送核办。外务部、商部查华洋合股承办矿务，原为奏定矿务章程所准行。但光绪二十八年（1902年）间，喀拉沁王与逸信公司华商孙树勋、德商俾尔福订立合同，开办喀拉沁右翼全旗五金各矿。经外务部审议，令该旗将所指矿地划清界限，不得包占全旗。该旗预行划定一处名鸡冠山的地方，周围20里。不过逸信公司一直未来呈请前往勘办，合同也没有签订。综核以上情况，喀拉沁王原将右翼全旗划给逸信公司开办五金各矿，经外务部命令划清界限，不包占全旗，虽预指鸡冠山一处，出自喀拉沁王一面之意，逸信公司是否允愿，尚难预定。现若允荷兰商人白克耳在该旗右翼的巴达尔胡川地方开办金矿，将来难保不生出事端。事关华洋合办矿务，不得不在开始时谨慎小心一些。
练兵处奏请各省兵士一律仿日本剪发易服。
9月7日。英藏签订《拉萨条约》。英军代表、英国边务大臣荣赫鹏与西藏三大寺（甘丹寺、哲蚌寺、包拉寺）代表罗桑坚赞在布达拉宫签署不平等条约《拉萨条约》。条约共10款，主要内容有：（一）西藏允认光绪十六年（1890年）中英条约所定哲孟雄（今锡金）与西藏之边界，并允按约规建立界石；（二）开亚东、江孜、噶大克为商埠；（三）向英国赔款50万镑，分75年付清；（四）拆除自印度边界至江孜、拉萨的炮台等防御工事；（五）非英国事先同意，不得将西藏土地让卖、租典予外国；（六）不许将西藏进款、货物、金银钱币等绐予外国抵押拨兑；（七）外国不许享受西藏的铁路、道路，电线，矿产或其他权利，不得派员入藏和干涉西藏一切事务。《拉萨条约》反映了英国妄图把西藏从中国的版图上分裂出去变为自己殖民势力范围的野心。这个条约严重损害了中国的主权和西藏人民的利益，西藏军民拒不承认，清政府也始终不在条约上签字，并派代表与英国交涉。直到1906年4月27日，中英两国在北京重新签订《续订藏印条约》。
清廷谕令赈济福建受水灾地方。福建龙溪、南靖两县，自七月中旬连日大雨，河水暴涨，堤岸被冲塌10余里。田地房屋被淹没，多人淹死，受灾很重。李兴锐已派员散放急赈，清廷仍命李兴锐设法疏浚河道，并赶紧妥筹赈灾物资，及时发放，尽心经理，不要使百姓流离失所。
俄军败退，困守沈阳。
9月8日。湘、鄂、赣三省留日学生致电外务部及三省督抚，请废与美国合兴公司所订之《粤汉铁路借款合同》，筹款自办粤汉铁路。
9月10日。驻华美使照会外务部，要求开办陕西榆林延安两府煤矿。
华洋公共验疫所在上海落成，所内聘请法、华医生两名，专治航海途中生病的华人。
淞沪铁路以价值100万元抵押给怡和洋行，但管理权仍属华人。
四川苗民起义军进至云南边境。
9月11日。达桂等奏报改革黑龙江省厘税办法。黑龙江将军达桂等奏称，黑龙江经费无所出，就地筹款实为目前要务。无非就原有的厘税两项，加以扩充，使之简而易行。查江省厘捐，自光绪十四年（1888年）起，经征呼兰、巴彦苏苏、绥化各处烟厘、粮捐，并秤货52宗。然较各省百货并抽章程，漏洞很多，又琐碎。仿照吉林的卖货捐，无论城乡村镇，坐贾行商，除肩挑小贩不计外，凡是卖货之家，无论何货，每卖京钱1吊，一律抽收制钱5文。先在省城及兰苏林庆商贾繁盛处所，设局开办，其余城镇村屯，原来没有捐局的，即责成地方官代收，不必别设局卡，以节省经费。如此变通办理，所抽无几，捐钱出自买家，即商户可无后顾之忧。这是推广货厘的情况。至木植山货皮张各税，木植也仿吉林值百抽十章程，卖主完纳一次，无论运至何省何处，都不再征。至于山货、皮张等税，按旧日章程，仍归该局经理。如此分别办理，于中外交涉、两省政治，均有裨益。这是推广木植、山货税的情况。以上两项，或量为扩充，或重加整顿，总期有利于国而便于民。如果办理得宜，收款增加，再将收数若干及一切税则局章，详细奏明。拟试办1年，查核收数，果能著有成效，准将经收各员加以奖励，并发给津贴。如果仍和以前一样，一定从严参办，以示惩罚。
清廷停办湖南女学堂。1903年6月，候补知县龙绂瑞、留日归国学生俞蕃同在长沙开办民立第一女学，为湖南开办女学之始。次年春，曾广镛又在长沙设立淑慎女学。这两所女学堂的设立，都受到了封建顽固派官绅的非难。1903年12月，湖南乡绅王先谦欲纳其侄的寡妻为妾，其妇不从，回娘家后入第一女学学习。王先谦怀恨在心，便指使其妹夫杜本崇上书朝廷，谓湖南女学并无实用，只能伤风败俗，要求立即封闭。清廷照准，命湖南巡抚陆元鼎查办。陆元鼎接旨后马上派人赴第一女学，除去匾额，封其门户，学生和办事人员均从后门逃走。淑慎女学也于次日被封。
9月12日。练兵处、兵部奏准在全国编练新军。规定新练军队分常备军、续备军、后备军三等，并规定营制饷章、军器运输等制度，命各省普练新军；颁布《陆军学堂办法》，规定陆军学堂分小学堂、中学堂、兵官学堂与大学堂四等，另设速成陆军学堂及速成师范学堂。
广西会党褚大、欧四白、毛七等率众攻克广西三防。
9月13日。外务部与日英驻华公使谈判收回威海卫。
兵部侍郎铁良检查江南制造局后离开上海赴苏州。
法驻沪总领事向浙江巡抚要求沪绍航权。
9月14日。英商请求承筑山西太原至蒲州的铁路。
孙中山与黄三德到达美国首都华盛顿，参观国会两院、图书馆和造币厂。
97名在南非德班的华人联名向纳塔尔殖民当局请愿，要求改变强使华人在特许证上留指印并随时携带证件的歧视作法。
9月15日。清廷裁撤内务府员外郎10缺，委署主事14缺，六品司库6缺，六品库掌6缺，六品司俎官1缺；上驷院委署主事3缺，阿敦侍卫6缺，牧长3缺；武备院各项固山达3缺，委署固山达八品催总1缺；奉宸苑委署主事2缺；圆明园委署主事1缺，六品库掌1缺，六品苑丞1缺，七品库掌1缺，七品苑副1缺，八品苑副2缺，委署苑副3缺；颐和园六品苑丞2缺，七品苑丞2缺，八品苑副4缺，委署苑副4缺。
外务部、学部奏准游学西洋简明章程，议派学生留学西欧及美国，以引进西学。
新任两江总督李兴锐由浙江乘招商局“海晏”号轮抵达上海。
9月18日。因膏捐太重，河南永宁土行罢市，捣毁捐局。
上海商学会创办。上海绅商为振兴商业，继商务总会之后，又创设商学会，经商部批准开办。他们认为商务总会是由各帮各业结合而成，事务繁重，于商学无暇专事研究。仅有一些实际经验，不能通达商情，广开民智，所以必须设立商学会，专门研究商学，以期振兴商业。
9月19日。新任两江总督李兴锐离开上海赴南京，次日接印。
德皇鼓励俄皇再向满洲用兵，谓俄国必能取得最后胜利。