9月20日。盛京永陵启运殿等处工程即将完工，清廷命钦天监于阴历八月内选择合龙吉日。
9月21日。英国拒绝交还威海卫。
9月22日。闽浙总督魏光焘奏准改革两淮盐务办法。魏光焘奏称，两淮盐务是东南财赋的第一大宗，凡京协要饷，新旧洋款，取给于此的不下七八百万之巨。现考查淮南、鄂、湖、两皖四岸，历年销数，不过40余万引，上年极力整顿，已销至50余万引，淮北销数也增加了。修撰张謇于上年六月间，设厂造田，仿日本制盐新法，灶丁聚处厂中，难以偷漏。盐即无私，就不会有私枭。淮南盐业，产数每多短绌，灶丁偷漏，接济私枭，全赖随时认真查缉。如果设厂聚煎，使私枭无从偷漏，产数加增，是个好办法。拟仿照日本新法设厂造田，应由张謇自行试办。将来有无效验，再行考察。两淮盐法，历经前贤殚精竭虑，著有成规。近年所收课厘加价等项，每年约八九百万，为江南大宗饷源。即鄂、湘、两皖4省洋债赔款，也都依赖此项凑济。原未可轻易更张，只是南盐现虽畅销，还有许多弊端。如果有人经理，因时变通，设法改良，试办一隅，无碍全局。应该尽穷变思通之义，以期补救。修撰张謇请设厂造煎，令其自行试办，不必牵及他厂，也不用别立公司名目。清廷批准。
南京创设运水公司。
《申报》发表社论，要求社会约束顽童，此社论是针对近来常有12岁至15岁顽童在街头行凶而发。
南非的开普殖民政府颁布《排除华人法令》，不久后开普殖民地的1380名华人成立了以蔡光楼为首的中华总公会。
9月23日。《东方杂志》评英人佛罗司柏之妄言万国公法会议于本日在苏格兰召开，讨论各国军务上应增减的条件。晚上东道国设宴招待与会各国代表。当英国伯爵佛罗司柏举杯祝俄国著名律师玛听词氏健康长寿时，竟说：“亚洲大陆甚广，英俄两国何患不能容足其间。吾愿于两国共明此意，以享世界和平幸福。”《东方杂志》就此发表评论认为，有着悠久历史的小国当然不会因佛罗司柏的一句话而成为下酒物，但当此国难临头之际，“吾冥冥汶汶之群生，无有一人闻其言而愤者”，国民再不觉醒而奋起反抗，“则佛罗司柏之言，虽大而非夸矣”。
荣赫鹏率英军由拉萨返印度，面约有泰嗣后南去画押。
驻华俄使抗议英藏《拉萨条约》。
广西会党褚大、欧四白、毛七等率众攻克罗城。
9月24日。清廷任命延祉为西宁办事大臣，任命丰升阿为马兰镇总兵兼内务府大臣。
《白话》在东京创刊。创办人秋瑾，由演说练习会编辑，以鼓吹推翻清政府为宗旨，社址位于东京神田区骏河台铃木町十八番地中国留学生会馆内。《白话》为月刊，32开，共出6期，除在日本出版发行外，在上海望平街中国时报馆隔壁的《小说林》社设立了国内的总经销处。秋瑾在创刊号上发表《演说的好处》，并附《演说练习会简章》。10月24日出版第2期，秋瑾发表《敬告中国二万万女同胞》；11月21日出版第3期，秋瑾发表《警告我同胞》（未完）；12月21日出版第四期，秋瑾继续发表《警告我同胞》。以上文章秋瑾均以“鉴湖女侠秋瑾”的署名发表。为了表明反对封建主义的立场，《白话》不用光绪年号，以表示对清政府的反抗。内容有论说、教育、历史、地理、时评、歌谣、戏曲等栏目，采用白话文，文字力求简明，目的是要群众容易接受和理解。同当时的某些革命刊物所具有的缺点一样，它表现了狭隘的民族主义和复仇思想；夸大了依赖某些英雄人物的行侠仗义、采取恐怖的暗杀手段在革命中的作用。
清廷裁撤直隶巡道1缺，理事同知2缺，地方问知3缺，河工同知2缺，理事通判1缺，地方通判3缺，布理问1缺，直隶州州同2缺，直隶州州判5缺，地方州判1缺，河工州判5缺，地方县丞4缺，河工县丞10缺，地方主簿2缺，河工主簿10缺，地方巡检2缺，河工巡检3缺，府仓大使1缺，仓大使1缺，闸官2缺，盐大使1缺，盐知事1缺，学正1缺，教谕44缺，训导84缺。
9月25日。成都兵工厂工人罢工。成都兵工厂是一个只有600余名职工的小厂，这次为抗议一个姓陈的工头每月随意克扣他们工资的突然罢工，几乎是全厂的职工都参加。工人们在总督衙门口围了一个大圈子，要求四川总督锡良为他们解决问题。由于锡良委派的人一再拖延调查工人提出的控诉，使问题迟迟得不到解决，工人们、的罢工支持了16天之久。
9月26日。清廷赏直隶津海关道唐绍仪三品京堂候补副都统衔，命其前往西藏查办事件。
练兵处选派108名学生赴日本留学。
9月27日。清廷规定各省奏折一律改归邮局呈递。
孙中山抵纽约。不久，前往东北部的波士顿等地活动一段时间，再回纽约。孙中山数月中到过几十个城市，在清除改良主义对华侨的思想影响方面取得一些成效，但也有不少地方仍未能摆脱保皇党的控制，对洪门总注册采取阳奉阴违的态度。
9月28日。清廷催促川督锡良速开办川汉铁路。
奉天永陵工程已完工，清廷命钦天监选择吉日恭请神牌还御。
9月29日。《海外丛学录》在东京创刊。云南留日学生田宗龙、刘昌明、陈诒恭创办，月刊，设有论说、政法、教育、武备、外交、实业、史地、科学等栏目，以开民智、辟新学、张国势为宗旨。该刊目前仅见一期。
御史王诚羲参陕西盐改官运，弊大于利，及文武大员酿成重案，经崧蕃确奋，陕盐改办官运，各种流弊，自应即行停止，仍收加厘。陕西候补直隶州知州李显诚，暴虐商民，欺蒙酿祸；尽先副将刘琦，行同市侩，纵勇殃民，均即行革职。署按察使本任延榆绥道严金清、候补知县王荣绶，主持官运，鱼肉百姓，均交部严加议处，以示惩儆。
法舰以保护教堂为名，驶抵鄱阳湖。
周廷弼创办的上海升昌五金煤铁总号注册，资本19万元。
9月30日。外务部致电驻藏大臣有泰不得在《拉萨条约》上画押。
本月。汪笑侬改良传统戏曲。著名艺人汪笑侬根据《波兰哀亡史》改编成戏曲《瓜种兰因》，在上海春仙茶园上演，引起强烈反响。不久，汪笑侬又编排上演了《党人碑》、《缕金箱》、《桃花扇》、《骂阎罗》等戏，均表达了对清政府腐败、屈辱媚外及社会的不满。借传统戏曲表现忧国忧民的现实主义题材，汪笑侬开创了先河。
《新新小说》在上海创刊。新新小说社编辑兼发行，总经销处是开明书店。在晚清的文艺期刊中，《新新小说》是一个比较重要的小说杂志，以宣传侠客主义而著称。该杂志在出版的3年中仅刊行10期。刊物未标明主编是谁（一般认为是陈景韩），所载内容多是陈的作品，署名“冷血”。作者名字皆是笔名，如侠民、无悔、嗟予、公奴、中原浪人等。该刊编辑旨趣开始十分繁杂，只是自第3期开始，才声明以12期为一主义，头12期以侠客为主义，并在目录页刊名下标以“第一集世界侠客谈”字样；第1期冷血的《侠客谈叙言》，就是一篇阐明侠客主义的文字。刊登的侠客小说，不仅有中国的，还有外国的。
黄兴派刘揆—主持授予马福益少将仪式。本年华兴会成立后，黄兴另设同仇会，专门联络会党，并仿效日本将、佐、尉军制，编列各项组织。黄兴自任大将，兼会长职权；刘揆一任中将，掌管陆军事务；马福益任少将，掌管会党事务。本月，黄兴派刘揆一等至浏阳普迹市，当时正值召开牛马交易大会，赶集者数万人，刘揆一等趁此机会主持授予马福益少将仪式，并给马福益长枪20支，手枪20支，马40匹，并监督宣誓。
丁芝孙、徐念慈等在上海合资设立小说林社，曾朴任总理，徐念慈任编辑。
10月
10月1日。哥老会首领高东山被控在苏州、扬州一带“行劫典铺”，被捕押送至上海，接受审判。
上海圣约翰书院新校舍落成，为纪念学校创始人颜永京，新校舍命名为“思颜堂”。
10月2日。德麟被革职。前据御史刘汝骥奏参库伦办事大臣德麟，营私舞弊，经奎顺查明，德麟虽查无贪婪骄纵的事实，但办事草率，着开缺来京当差。蒙古翻译色楞扎布，招摇生事，即行革职，驱逐回旗，严加管束。
俄军总攻占领辽阳的日军，鏖战数日，俄军失败，退守浑河北岸。是役，日军死伤1.5万余人，俄军死伤4万余人。
户部通知各省采铜，以铸铜元。
10月3日。墨西哥使臣郦华在乾清官觐见光绪皇帝。
清廷任命朴寿为库伦办事大臣。
清廷下令在川滇和青海边界举办屯垦并招工开矿。
河南清军改习日本兵操。
10月4日。直隶提督马玉昆所部改习日本兵操。
意大利国使臣嘎厘讷带领水师提督克雷由在仁寿殿觐见光绪皇帝。
练兵处派赴日本留学的108名学生由上海乘日轮东渡。
10月5日。俄军自沈阳开始对日军发起反攻。
外务部电驻藏办事大臣有泰，因藏约10条有损主权，嘱咐有泰不要画押，与荣赫鹏继续磋商。6日，有泰照会荣赫鹏，接外务部电示，藏约10条欠妥，请改订。
广西清军收复被会党攻占的罗城县城。
10月6日。清廷调刘春霖为湖南布政使，张廷燎为广西布政使，张绍华为云南布政使。
清廷命商部派员会查盛宣怀所办路矿的出入款项。前据给事中潘庆澜奏，铁路公司将京师正阳门外城根等处余地，招商开设煤厂，但未交纳地租提归户部。因此清廷命商部派员，会同盛宣怀将其所办路矿历年出入款项，确实查明上奏。
贻谷奏报乌兰察布盟仇教案最后处理情况。光绪二十六年（1900年）七月间，乌兰察布盟四子郡王旗发生仇教案，杀死教士教民，焚掠教堂。事件发生后，清廷严令查办。二十八年五月二十九日（1902年7月4日），经前属将军文瑞、督同现属黑龙江副都统前奏办蒙旗教案之直隶候补知府寿勋，与德国参赞大臣端贵、比利时派办教案委员林辅臣及教士蒙员商定：仇教祸首概免追究，该旗认赔教堂银11万两，先前由山西借款付还教案银1.5万两扣除外，尚欠银9.5万两，订明由二十八年（1902年）六月起至三十年（1904年）底止，分期陆续交付，六月十一日（7月15日）订立草约合同结案。赔款虽已议定，但该旗并无现钱，拟用地租一项作抵，教士不同意。端贵等回京后，以教民极困待款孔急为由，请再拨银1万两。外务部电商晋省，归绥道在存储库购粮项下，拨银1万两，教士贾名远如数收讫。剩下的8.5万两，主教教士多次追还。二十九年（1903年）春，寿勋与该主教等再四商谈，始允将所欠银两，统以地亩作抵，而该旗拒不执行。十月间，绥远将军贻谷到任后，派绥远城协领荣昌、察哈尔总管巴图德勒格尔前往开导，该旗始见答应。本年二月已界缓期，该旗仍未将地亩议交。贻谷派山西即补道申受培、奏保知府斌仪等随时催办，并与教士等往复婉商。五月间，教士宇嗣安、刘拯灵与该旗商明，愿将地亩作价抵偿，计每地1亩作银3钱，请派员会收。前由绥借垫银2.5万两，就近于应收地内划拨。贻谷派垦务委员刑部主事周祚麟、候补县丞吴棣等前往该旗，会同教士蒙员到地监视交收。因青苗在地，不便丈量，经教士委员等商明，限内教民于蒙中总收草地一段，勘明四至，共3666顷66亩，抵银11万两。于此项地内划出833顷33亩，作为教堂归还官垫2.5万两之数。七月十八日（8月28日），主教方济仲、教士宇嗣安、刘拯灵、易亮、委员斌仪等，及蒙员齐集，换立两案完结合同，钤印画押，永远遵守。将前订合同销毁，计四子郡王旗应给赔款11万两一律交清完案。至此，拖延4年之久的乌兰察布盟仇教案完全结案。
贻谷上奏伊克昭盟、准噶尔旗仇教案办理情况。光绪二十六年（1900年）伊克昭盟、准噶尔旗有仇教案发生。经前任将军派现署黑龙江副都统前奏办教案之直隶知府寿勋，会同法国主教闵玉清、比利时国总教土贾名远、教士南怀义于上年二月商定免惩祸首，亦不索罚，由该旗给教会抚恤银2.9万两，签订合同画押。因该旗非常贫苦，难以筹款，恳请变通办理，以翟林窑子、噶布尔河头等6村已开垦土地300顷作抵，已经教堂应允。十月间绥远将军贻谷到任后，两次派员前往丈量土地。查知该处地已经几代，一旦迁移殊觉流离可惜。该教士等以地贫瘠，不值所抵之数，想于300顷外再行加添。而该旗生计困难，无可拨补。后派办理洋务委员奏保知府斌仪、归化厅同知樊恩庆等与教士蒙员协商，将所呈地亩归官，由垦务局筹给现银了结。该教士等欣然同意，又愿意减让2000两，只收现银2.7万两，分为3期筹付，限本年十一月、三十一年（1905年）九月、三十二年（1906年）三月各交绥化城平银9000两，书立期券，届时由主教闵玉清派教士向将军衙门分次照数领取，先立草约，等款项交清，即将草约并前立合同一起销毁。该旗归官土地，依照达拉特旗四成地办法，由垦务局分等级照户领种，应征地租由托克托城厅按年征收。只是该处地质不佳，能否收足原价，殊难预定。为速结教案不得不如此通融办理，等实收若干，再行结算。
10月7日。清廷赏给普济堂功德林煮赈米石。
10月8日。牛庄法领事将牛庄一切事宜归日人管理。
10月9日。清廷谕旨给京城慈善机构。加拨粮食，以赈贫民。现在天气渐寒，五城地面贫民生计维艰。所有中城的玉泉庵、东城的育婴堂、西城的砖塔胡同、北城的圆通观、梁家园各粥厂，每月共需米240石，自十月初一日（11月7日）起，由各城咨明户部照数赏给。崇善堂等处各厂，收养贫民，人数众多，米石不敷支放。所有南城的崇善堂、北城的公善堂、海淀的挂甲屯粥厂、西城的礼拜寺、宣武门外的西悦生堂，各赏给粟米300石。南海会寺、玉清观、兴善暖厂、清真粥厂，各赏给粟米150石。又北城捐设的继德堂、同德堂粥厂，各赏给粟米300石。翼善堂的教养局，赏给粟米300石。
淞沪铁路归并于沪宁铁路。奉铁路督办盛宣怀之命，经淞沪铁路总办与英怡和洋行和沪宁铁路总办商议，淞沪铁路归并于沪宁铁路，成为沪宁铁路的一条支线。怡和洋行为此付银100万两。淞沪铁路（上海至吴淞）1898年1月开工，同年12月建成通车，全长16.1公里，为中国自建的一条铁路。沪宁铁路系借英款325万英镑修筑，路权实际上由英国人操纵。
英国使臣萨道义带领水师提督讷威勒在乾清宫觐见光绪皇帝和慈禧太后。