安徽巡抚恩铭电外务部，请照会英使饬麦奎离皖：英商所派矿师麦奎，径赴皖铜官山矿区，占住山庙，建房修路，运送机器、炸药，强行开矿，并将矿石外运，甚至挖损乡民祖坟，枪伤路人，拒绝与中国官员交涉，企图激愤村民，挑起事端，以便趁机肆意勒索。于是，皖抚电请外务部与英使交涉，令麦奎离皖。在中英磋商期间，麦奎仍逗留不去，强行将机器搬送进山。12月29日，安徽巡抚冯煦咨外务部，请再次照会英使，饬令麦奎速离铜官山。
6月4日。何福塑受命总办同蒲铁路。1904年，晋省绅商禀请巡抚张曾奏准开办同蒲铁路。本年春，晋省京官公举前甘肃布政使何福总办山西同蒲铁路，经商部奏准。
6月6日。清廷设考察政治馆，并任命该馆提调。清廷命内阁学士兼礼部侍郎衔宝熙、江苏常镇通海道刘若曾以三品京堂候补，任考察政治馆提调。并令政务处王大臣督饬考察政治馆各员，将中外政治悉心考察，详加编纂，以备借鉴采纳。
6月7日至12月7日。日本强行设立“南满洲铁道股份公司”。本日，日本天皇发布第142号敕令，公布《南满洲铁道股份公司条例》，宣布设立南满洲铁道股份公司。公司本部设于东京，在大连设分公司。日本政府设公司监理官监视公司业务，并可直接发布命令监督公司业务；关东军司令官认为军事上必要时可向其发布指示。公司决议及职员行为，如有违反法律命令或公司目的、妨害公益或不执行监督官命令时，政府有权取消其决议并裁撤其职员。政府认为必要时，得以帝国铁道各法规适用于该公司。条例附则还规定：日本政府设创立委员，处理该公司一切创办事务；公司成立后即将其事务移交总裁。7月13日，日皇任命南满铁道股份公司设立委员80人，以参谋总长儿玉源太郎为委员长（本月24日儿玉去世，翌日以陆军大臣寺内正毅继任）。8月1日，日本又以递信（交通）、大藏（财政）、外务三大臣的名义，签具关于管理南满洲铁道股份公司一切事务的命令，规定：公司经营的具体范围，即大连至长春、南关岭至旅顺、大房耳至柳树屯、大石桥至营口、烟台（奉天辽阳属）至烟台煤矿、苏家屯至抚顺、奉天至安东等铁路的运输事业及铁路沿线的矿业、水运业、电气业、仓库业、土地房屋及日本政府许可的其他事业。公司资本总额两亿日元，其中日本政府出资一亿日元，以既成铁路及其附属财产、抚顺、烟台煤矿等抵充。其余股份可由中日两国人民中募集，中国政府也可出资。该公司非得日本政府之许可，不得处理重要权利及财产，或以之作抵押。日本政府认为必要时，限于特别事项，可命该公司减低运价，并有权命令公司变更其经营的事业。该公司依政府指定，无论何时，以铁路、土地及其他对象，负供给日本政府使用之义务等。9月13日，公司召开成立大会，后藤新平为第一任总裁。11月10日，清外务部照复驻京日使林权助，不承认日本所设的“南满洲铁道公司”。但日本我行我素，12月7日，公司注册，正式成立。南满洲铁道股份公司名为铁路公司，实质上是日本对华进行经济侵略的一个官方组织。
清廷派黄浩出席万国农学会。意大利创设万国农学会，本年召开首次会议，驻华意使邀清廷派员赴会，外务部奏请派驻意公使黄浩就近出席会议，清廷允准。
学部拟定女学章程。
6月12日。杭州机户、工匠万余人联合罢工。抗议物价上涨。
学部奏准派各省提学使赴日本考察教育行政事宜。
6月13日。外务部奏准设立储才馆。为培养和储备外交人才，经外务部奏请，清廷准设立储才馆。外务部拟有《储才馆暂行章程》25条，规定储才馆设提调、帮提调各一人，总理馆务；设文案、支应、庶务各一人，分办文牍、经费、总务等。以上人员均从外务部司员中选派。储才馆招收的学员包括在职官员、留学归国毕业生、各省学堂毕业生、调京备用人员等，均给薪俸。学习期限为三个月，提调认为必要时也可延期。综合考评合格的留外务部派用，不合格的学员回本省当差，学生送交学部派用。
贵州学政朱福铣奏请明定全国学生为德意志国家学派。他认为当前“学术多歧，士气不靖”，醉心于欧化者，多为法兰西之自由学派，“逆节悖理，习为固然”。请明定全国学生为德意志之国家学派。国家学说，创立于德国的伯伦，其理论观点与卢梭的民约论相反，日本因提倡它而致强盛，中国亟宜仿行，以改变学界当前的局面。
天津北洋女子师范学堂开学。傅增湘为监督。
6月14日。商部奏准各省所设机器局兼自造各种机器。御史顾瑷奏请广设工艺厂自造机器，经商部复议，由各省所设机器局兼造各种机器，招工设厂，辗转传习，广开民智，若中国工匠及出洋毕业生确有能力制造机器者，可奏明准酌借官款，资助其成功。本日，清廷准所议行。
6月15日。江西九江府瑞昌县乡民抗税暴动。有1000余人因厘税分卡抽税过重相聚起事，毁厘卡，并武装抵抗清军镇压，相持数日失败。
直隶平山、灵寿两县农民抗捐暴动。该两县举办警察，抽收捐款，农民聚众反抗，拆毁衙署大堂，殴击知县，捣毁学堂两所。
俄国设立奉天领事馆。凡东三省、蒙古等处商务交涉，均归该领事馆核办。
6月17日。陇海铁路汴郑段竣工通车。1903年，盛宣怀与比利时铁路合股公司商定仿照芦汉铁路办法，订立汴洛铁路借款合同。所定路线，由开封经郑州、巩县而达洛阳，1905年开工。本日，开封至郑州段竣工通车。
6月19日。长沙民众捉拿反动学监俞诰庆。阻挠将陈天华、姚宏业归葬岳麓山之长善小学堂监督俞诰庆，在长沙柴煤公司挟妓饮酒，被禹之谟率众捉拿，剪去发辫，拍照示众，次日扭送学务处。
6月21日。农工商部奏准设立农事试验场。为振兴农业，农工商部奏请设立此农事试验场。它位于北京西直门外（今动物园东北）占地1062亩，原为清初康亲王的别墅，改建为农事试验场后，内设试验场、博览园、动物园三部分。试验场内设有水稻、谷类、蔬菜、果木、花卉、牧草、工艺植物、鱼池、森林树苗10个试验区。试验以农桑为主，分谷类、蚕桑、果木、蔬菜、花卉五大类。试验品种除国内良种外，还有不少从国外引进的品种。
德国在牛庄设置领事。兼管东三省事务。
6月23日。广东铁路公司呈报公司章程，接收粤汉铁路。本年5月，广东粤汉铁路有限总公司奏准成立，决定该路南段筹款商办。6月11日，清廷谕令两广总督岑春煊“秉公筹度”，会集绅商选举粤汉铁路总理等，奏明开办。岑春煊即令广东各善堂及各行商会开会，推郑观应为总办，黄景堂为副办，并将公司章程上奏，本日获准。该章程主要内容有：先筑粤汉干路，由广州至湘粤省界之坪石，再筑至湖南郴州境内永兴；广东全省支路除广九、广浦、潮汕、新宁、广汉已准办外，此后凡有支路均由公司续筑；美国合兴公司所得铁路附近矿山、官荒、石山、林木等权利归公司享有，官方应予保护，不得干涉。自全路告成起的99年内，公司向政府上交5％的铁路利润，99年后酌加；准公司开设银行，自设铁厂及开办铁路学堂。公司实集8817562股，每股毫银5元，计44087810元，分3期收足；股本年息6厘；不收外股，但曾入外籍的中国股东可以附股，惟得遵守中国商律。由股东选举有2000股以上者13人任董事，以1000股以上者4人为查账号，上设总办、副办。
清廷下诏发帑银五万两，赈广东水灾。本年入春以来，广东省广州、肇庆、高州、钦州所属各县大雨如注，江水暴涨，冲决围基，桑禾俱毁，房屋倒塌，民众流离失所，清廷特拨款赈济。
6月24日。袁世凯奏准在天津设立北洋陆军讲武堂。调派各营军官分班入堂学习，每期三个月，以蒋雁行为总办。
京师巡警厅设裁判所。归预审厅节制。
6月25日。法国新任公使巴思德觐见光绪帝并呈递国书。
日本擅自重修安东至沈阳间铁路。日俄战争期间，日军为作战需要，擅自修筑安东至沈阳窄轨铁路，全长278。9公里。日俄战争结束，中日缔结东三省事宜条约，允日继续经营该铁路，但要改为商用，并自此路改良之日起，以15年为限，估价售于中国。日本为霸占南满，将该路擅自并入南满铁道范围，并计划改为标准轨距铁路。清廷一再抗议，并愿认价收回，日本再三延阻，并于本日强行开工重修。
6月26日。清廷命孙宝琦帮办津镇铁路。
云南绅民要求自办铁路。本日，云南绅民请滇督丁振铎致电外、商两部，向驻京法使交涉收回本省路权自办。
6月27日。福建设立全省铁路办事处。在各省自办铁路影响下，福建京官请准集股自办闽省铁路，推陈宝琛为总理，组织公司，招股兴办。
6月28日。浙江新城县（今新登县）民众反米价上涨举行暴动被镇压该县官山之黄道士等反对米价上涨，率200余人焚毁松溪镇教堂，打死教士七人，并进攻县城。县令沈思齐急电浙江巡抚派兵帮助镇压，黄道士父子等旋被俘遭杀害。
6月29日。孙中山派代表到上海迎章太炎（章炳麟）赴日本。本日，因苏报案被关押的章太炎在上海刑满出狱，蔡元培及孙中山所派代表龚炼百等人迎章至上海公学，举办欢迎会，当晚由同盟会总部特派代表两人迎往日本东京。8月4日，董修武、宋教仁、胡汉民与章会商《民报》事务，决定以章为总编辑。
孙中山派乔义生到武昌开展革命活动。本日孙中山派同盟会员乔义生陪同法国情报军官欧极乐到达武昌，考察革命形势。7月1日，日知会召开大会欢迎欧极乐，纷纷发表热烈演说。
6月30日。清廷批准《京师习艺所试办章程》。本日，清廷批准巡警部拟订的《京师习艺所试办章程》，设立京师习艺所。该章程分为总则、员司职任、经费筹计、看守规则、工艺制作五部分，共22章，规定：（一）设立习艺所的宗旨。在《设所纲要》第一章指出，设立京师习艺所，目的是惩戒犯人，令习工艺，使之改过自新，藉收“劳则思善”之效，并分别酌收贫民，教以谋生之技能，使不至于为非。（二）机构设置。设监督一员，总理该所事务，下设文案、会计、考工、庶务、稷巡等五处，诊治、教育二科。（三）习艺所内工艺先设织布、织带、织巾、铁工、搓绳五种，犯人、贫民入所各就其习性之所近分别学习。（四）选取教员。习艺所总教习官由巡警部书记官内选择，由学堂毕业品行端粹、宅心仁厚之员担任，分教习官负责教年幼之犯人、贫民，分读书、写字、习算、修身四科。教诲师专诱劝犯人使知悔改，化导贫民内使能自立。（五）犯人、贫民规则。习艺所内犯人、贫民在工场、寝室、食堂、浴室均须遵守规则，亲族探晤、寄信如得到典狱官许可，准行之，但均有时刻、程序，不得任意自由。如遇疾病，由医官诊验分别送人病室或传染病室为之调治，另派看守看护。若因病身死，经地方官相验后传本人家属领埋。所内终日工作，应酌定休息日期，以节劳苦，但休息亦只能在所中活动，并派看守监视。京师习艺所是清朝设立的近代第一个劳动教养所。
本月。上海发生米荒，并由此引发罢工浪潮。本年入夏以来，长江流域江苏、安徽、江西省相继发生水灾，上海米源大大减少，加上奸商囤积居奇，哄抬米价，一时米贵，人心惶惶。为安抚人心，两江总督周馥一面奏请截漕米20万石平市，一面严令各业商董会同米业董事平抑米价，限定米市最高价，同时派人火速从浙江、江西等地采购大米来沪缓解危机。但米价仍然直线上升，下层人民尤其是薪金微薄的工人生活困难。为求生存，工人纷纷罢工要求增加工资。2日，祥丰、德丰、合丰、萃丰、仁和、祥泰、一大、宝大、久大等14家成衣店雇工600余人罢工；4日，沪北三公司轮船水手、伙夫罢工；7日，绍兴帮染司200余人罢工；8日，浦东陆家嘴美商晋隆洋行男女工人约1000人罢工；9日，虹口密勒路瑞纶丝厂女工约1000人罢工；21日，上海租界工部局工程工人罢工。一时间，罢工浪潮席卷上海滩。
《寰球中国学生报》在上海创刊。该杂志由严复、李登辉等主编，双月刊，中英文对照。总发行所设于白克路（今凤阳路）562号。该刊设有社说、选稿，词林、译丛、学务摘要等栏目。所载文章有：严复的译著《美术通诠》、《黑格尔唯心论》，廖廉能《中国学界前途可悲之状况》、《今日我国学生之思想与阅历及希望》，董寿慈《创行慈善教育议》、《改良英文教科论》、《论欧化主义》，胡梓方《保存国粹论》、《兴学感言》，吴传湘《有机1906年化学之分析》等。
清廷决定拟定户口。政务处、吏部、巡警部议复御史顾瑗奏请，同意拟定户口，设立县下之乡官制度，请旨依次筹办。
7月
7月1日。中日在安东（今丹东市）订立《鸭浑两江军用木植合同》。自日俄战争以来，鸭绿江、浑江上游木植被日本肆意大量掠夺，清廷屡次派袁世凯等与日方交涉，议定东边木植办法，本日议定的合同主要内容如下：“今因大日本国军队在奉天需用木材，彼此商定，今年鸭、浑两江放下木植，抽收军用木四十万连，照木材厂所定价值给发，抽足之后，不再多取，明年亦五军用之木。如木排放完，所不足四十万连之数，亦由东边道张、税局总办钱承认饬令本商购买，补足四十万连之数，不得短少。”
上海先后设西区、南区办事处。本日，上海城厢内外总工程局设西区办事处，区长为吴馨。8日，设南区办事处，区长为穆湘瑶。
7月2日。湖南常德开辟为商埠。
京师巡蕾厅创设市政公议会。本日，召开第一次会议。
7月3日。上海邹容墓及纪念塔落成：革命党人邹容于1905年3月25日病逝于上海英租界狱中。义士刘东海献出华泾宅旁空地为邹容墓地。本年，邹容遗骸葬于华泾，并公议建立纪念塔。本日，纪念塔落成，蔡元培、刘三、黄炎培等30余人参加落成典礼。
主持人祭元培发表慷慨激昂的讲话，听众深受感动。
浙江武义县履坦庄会党抗捐。冲击县署，释放监犯，焚毁向群众勒捐的徐氏群英学堂。
7月4日。商部重申铁路占用地亩应纳赋税。早在光绪二十九年（1903年）商部重订铁路章程即规定：铁路占用地亩应纳赋税由铁路公司按年认缴，不得拖欠。随着各省路务先后开办，占用土地日益增多，不少地方却拖欠地税。为制止国家税收流失，商部再次申明此项规定。
商部奏准《全浙铁路公司章程》。先前，浙江京官翰林院侍读学士黄绍箕等向商部呈请由本省绅商自办全浙铁路，并公举前署两淮盐运使汤寿潜、候补四五品京堂刘锦藻总理此事。商部奏报清廷，获准。浙省绅商，拟定公司章程10章83节，呈请商部立案。商部认同，准予立案。
蔡金台奏陈整饬吏政办法。在条陈中，御史蔡金台提出整饬吏政办法四项：“一、内外互用；一、满汉升途，宜归画一；一、正途主事补缺，宜变通旧例；一、大计卓异候升，请饬定开列及候选优章。”
江西瑞昌民众暴动。因苛征捐税，捐局被捣毁。