1906年（光绪三十二年）
1月1日。即日起寄往国外和来自国外的邮包价值均统计在外贸年报内。
胶海关按照清政府与德国政府签订的《青岛德境以内征税办法章程》的规定，开始在青岛港实施无税区（即保税）制度，胶海关停止对胶济铁路的监管。
1月28日陈村口附近的紫呢口经两广总督同意移交税务司管理，为最后—个交由税务司管理的粤海50里内常关机构。
1月30日。江门关草鞋洲灯标船建立，1907年4月1日第一次显示信号。
1月。醴陵至株洲铁路完工，株萍铁路通车。长沙关、岳州关开办煤运监管业务。
2月9日。据统计，赫德在英格兰银行的股票和投资股本达162032英镑，储蓄4541英镑，共计166573镑（不包括不动产和其他财产）。
2月22日。南昌县知县江召棠被法国传教士行凶刺死。
2月25日。南昌县群众捣毁教堂，毙法国传教士6人，英国传教士3人，即“南昌教案”。
3月2日。与赫德阔别长达25年的妻女到达北京。
3月20日。津海关税务司德璀琳自4月1日起请假两年。
3月31日。拱北关税务司在澳门总关和马骝洲分卡设置“票箱”（即现在的检举箱），并发布告，要求商民对关员中有敲诈勒索行为者写信投诉。
4月1日。龙州关在关前隘设立进出口征税处。
4月2日。马骝洲分卡在一艘名叫“恩昌”（音译）号的渡船上
查获鸦片熟膏34听，重143斤；补税厘1822.23元，罚款250两，将收藏鸦片的暗舱拆毁。
4月5日。费妥玛请假两个月，总税务司赫德任命墨贤理自4月16日起为津海关税务司。
4月27日。《中英续订藏印条约》签订。
4月。闽海关为保护税权，防止偷漏税款，特订《闽海关特定约束各驳船章程），其中第十款规定：“凡驳船货艇，必先在本关禀请挂号注册，由本关编号，两傍大书英汉文字，方准驳货。如商人欲用别船驳货者，须禀候准用方可。”
5月1日。丹麦人葛麟瑞就任琼海关署税务司。1908年9月7日离任。
5月14日。总税务司第1339号通令：为转发外务部传上谕：清政府成立税务处，派军机大臣户部尚书铁良为督办税务大臣，外务部右侍郎唐绍仪为会办大臣，所有各海关所用华洋人员统归其管辖。
5月22日。清政府札行海关总税务司赫德特派欧礼斐（C·H·Oliver英国人）到奉天省城勘查，筹备开办海关事宜。
5月26日。总税务司奉外务部令，通令各关税务司，将土药统税推广至18省，并公布《土药统税经费章程》。
5月28日。代理津海关道蔡绍基将工作移交给梁敦彦。
赫德送妻女回英国。
6月1日。奉天被辟为国际商埠地，外国人可以在沈阳自由经商。相继有日本、美国、英国、德国、俄国、法国、意大利、奥地利先后在奉天省城设立领事馆。
6月4日。本日起，开征土鸦片统税，每司马担征100两库平银，另加经费15两，熟膏加倍征收，鸦片碎渣折半征收。
6月28日。总税务司通令各关税务司，采取严厉措施遏止长江沿岸私盐偷运。
6月。关东州当局提出“关于辽东半岛租借地应实行的关税政策”议案，交日本内阁讨论。
7月17日。梅乐和卸任，由慕天锡（C·T·Moule，英籍）接任江门关署税务司。
7月27日。总税务司发布通令，钦命督办及会办税务大臣设立税务处并统管海关税务及人事，令各关税务司遵照执行。
奉天关税务司欧礼斐向海关总税务司致电建议，向安东及大东沟派税务司及筹备人员，同时制定相应税则，并提及制定奉天商埠临时章程。
8月9日。拱北关外勤关员（洋员）2人，因协助捕捉海盗有功，受到两广总督的嘉奖。
8月22日。日本政府向各国驻日使臣发表通告，宣布大连为“自由港”，自9月1日起正式向世界各国船舶开放。规定凡经大连港进出口货物免征进出口税；同时，准许外国船舶在大连和日本国内开放港口之间从事海上贸易活动。
8月。金陵关码头捐征收所于仅风门外静诲寺东首成立，开始代征码头捐。
梧州关因当地洪涝灾害农业失收，米价过昂，禁止谷米出口。
9月10日。美国驻大连领事馆设立。这是大连第一家领事馆。
9月13日。总税务司奉外务部札，按照中日中美商约规定，安东设立海关，大东沟设立分卡，归由奉天东边兵备道管辖。
9月18日、20日和29日。江门受3次强台风袭击，海关所有的水上财产几乎全部被毁。
9月19日关东都督府成立。颁布（港湾出入船舶管理规则》。日本政府允许普通日本人自由航渡移居大连地区。
9月20日光绪皇帝下令：严禁鸦片种植、吸食与销运，10年内彻底禁绝：全国各地开展禁烟活动：为此，九龙关与香港政府商定，逐年递减鸦片进口；每年进口数量由海关核定，凭海关发票报关进口，预定于1916年完全禁止进口。
9月22日。总税务司第1369号通令：设立税务处不影响总税务司署与各口海关之关系，并澄清各种谣传。
9月29日。台风袭击澳门，拱北关财产受到严重损失。前山、三厂、炮台山的关员宿舍半数倒塌。巡逻岗哨全被一扫而光，东澳分卡办公室和宿舍严重破坏。
9月。闽海关监督辖下关务处设立，厦门相应设关务分处，厦门关银号改归厦门关务分处管理。
10月1日。崖门分卡由拱北关移交江门关管辖。
广东水陆巡防营务处兼缉捕总局函告九龙关，孙文由法、日运大批军火到港澳，请予严缉。
10月2日。日本内阁再次就“外国人及外国船只进出大连的管理”问题进行讨论，并决定“吨税、引水费、码头栈桥费”等，由关东都督征收。
10月11日，两广总督岑春煊又函告九龙关，孙文“屡谋不轨”，要严加防范。九龙关为此加强对武器的查缉。
10月20日。总税务司发布通令：民局交由大清邮政局代寄的总包自1906年11月16日起半价收费。
10月30日。总税务司第1381号通令：重申海关总税务司改隶税务处，其办事程序与关务关系一如既往，并无改变。
11月6日。清政府邮传部成立。
12月3日。总税务司第1389号通令：为税务处指派委员巡查各常关应予协助。
12月8日。总税务司第1393号通令：转饬税务处接奉上谕，痛斥吸食鸦片恶习，转发严禁吸食鸦片与禁种罂粟章程。
12月9日。清政府改督办政务处为会议政务处。
12月13日。海关总税务司署规定，秦皇岛关税收同津海关分开上报。
拱北关稽查员阿西斯和一名关中头目梁胜因在前山抓获两名海盗，受到广东水师提督衙门的奖励，各人都奖五品的军功、顶戴和宪牌。
12月15日。赫德与日本驻华公使林权助（TadasuHayashi）就设立大连关及将东北分成4个关问题达成协议。
12月18日。台风袭击烟台港东海关码头，验货场和办公生活用房屋损失严重。
是年潮海关税务司师范西（P·J·Smith，英籍）与两广总督岑春煊联系密切，反对孙中山的民主革命。岑多次下令严禁军火进口，并发下密电码一本。潮海关税务司曾向岑密报黄岗起义及清军镇压等情况。
意大利政府授予赫德皇冠大十字勋章；日本政府授予他一等旭日勋章。
尽管金登干的健康非常糟糕，但他还不停地为赫德处理各种问题。
烟台港进出船只5775艘次，其中英国船1957艘次，达到开埠以来最高数量。
江汉关在九江设立巡江司，专司测量水道、检查沿江标志事宜。北京总税务司署任命奚理满船长为巡江事务长。至此，航行标志的设置才发展到长江中游（汉口至宜昌）。
东兴附近开采锑矿，同年有2010担从北海出口，1907年始停止开采出口。
本年度各关税收共计36068595海关两，其中进口税14473462海关两，出口税9492194海关两，复进口税1830540海关两，药土税2338656海关两，船钞1326619海关两，内地子口税2277041海关两，洋药厘金4330083海关两。