5月4日。广州非常国会通过《修正军政府组织法》，孙中山辞职。会议出席人数84人，以超过四票的多数通过了汤漪提案，改设七政务总裁制。孙中山即命内政总长居正将大元帅辞职咨文送交国会非常会议，并通电辞大元帅职，指出：“吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。”7日，留沪国会议员林森等27人电广州国会非常会议暨孙中山，挽留孙中山，不许辞职；要求军政府改组案延期至6月12日正式国会召开时讨论。10日，陈炯明通电反对改组军政府，指出此种合议制之组织不伦不类，将来结果，适当其反。同日，代理粤督莫荣新下令解散军政府陆军部警备队，并通令各县解散陆军部所设之招兵机关。11日，孙洪伊电广州国会非常会议，反对改组军政府。12日，莫荣新以私通敌人、不服军令、破坏大局为名，逮捕兼任军政府陆军部长和韶州镇守使滇军第三师师长张开儒，枪杀次长崔文藻，并劫掠陆军部，毁其匾额。18日，国会非常会议通过《修正中华民国军政府组织大纲》，规定：修正目的为保持护法之统一与发展；军政府的基础、性质和职权，与原组织法基本相同，更强调国会非常会议的作用；军政府以由国会非常会议所选出之政务总裁七人组织政务会议，行使其职权；政务会议以政务总裁一人为主席，由政务会议推定之；军政府设立各部直隶政务会议等。护法各省自立政府职权，一仍其旧。同日，伍廷芳、林葆怿、莫荣新、吴景濂通电解释改组军政府之原因。孙中山咨国会非常会议，派居正为私人代表，办理军政府交代事宜。20日，国会非常会议开会选举总裁，出席议员120余人，孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、林葆怿、陆荣廷、岑春煊当选为军政府政务总裁，岑春煊为主席。21日，国会非常会议分电唐绍仪、唐继尧、孙中山、林葆怿、伍廷芳、陆荣廷、岑春煊七政务总裁，请迅速就职，并肩巨任。同日，孙中山发表临行通电和《留别粤中父老昆弟书》，要求国人务以护法为急务，贯彻始终，国会诸君负代表民意之责，使正式国会依期召开，并指广东政局“举全国所未有恶德乱政无不备之”，勉励粤人“夙夜孳孳而致力于所谓培养民力，扶持风俗，发展自治”。随即乘日轮“苏州丸”离广州赴汕头。孙中山还致函缅甸国民党支部，说明辞职不过在粤计划中挫，此后救国宗旨决无更变。
5月5日。留日学生在东京召开各省各校代表会议决定组织“大中华民国救国团”。4月24日，留日学生救国团分电冯国璋、段祺瑞，反对《中日共同防敌协定》。28日，留日学生集会反对中日共同防敌密约，参加者16省籍共千余人，议决：通电否认亡国条约；派代表回国号召开国民大会；发表中、英两国文字宣言，警告全国父老，要求友邦支援，并议定一俟交涉无着，即应全体回国。是日，留日学生开会决定于20日前一律回国，议决：大中华民国救国团由全体留日学生组织之，以一致对外、决不涉及内政为宗旨；归国时，由各省同乡会长及其代表统率该省学生全体取一致之行动；各省先派四人以上为先发队，半往北京，半往上海，由东京出发，日期定于七八两日。先发队员有李达、王希天、阮湘、易克嶷等。7日，旅日留学生集会反对中日协定，多人遭日警拘捕。8日，旅居东京中国留学生开始罢学归国。12日，“留日学生救国团”设总部于上海，推举王兆荣为干事长，力阻中日共同出兵西伯利亚交涉。13日，“留日学生救国团”于天津设立支部，与上海南北呼应。14日，归沪留日学术研究会通电全国各机关团体，请严拒与日本签订密约。15日，中华留日学生通电请全国拒绝政府与日本缔订密约。17日，北京政府令派江庸为留学日本之学生监督。教育部以留日学生为中日协定事引起回国风潮，电驻日公使章宗祥，请训谕留学生勿轻举妄动。旅沪留日学生致电教育部，申明反对中日密约出于爱国义愤，并非暴烈分子。22日，教育部布告训诫留日学生及监督。26日，江庸召集归国学生谈话，敦劝留学生及早返日就学。留学生上请愿书，请政府正式宣布《中日共同防敌军事协定》内容，以释群疑，徐图善后办法。28日，教育部布告：限在京留日学生于6月10日以前各回原校就学，违者开除学籍。29日又布告：限在上海及原籍之留日学生于6月中旬以前返日就学。31日，留日学生救国会致函各省督军，请合力电请政府取消中日军事协定。6月2日，留日学生全体代表王兆荣、阮湘等具呈教育部申述罢学归国，纯系爱国心之驱使，甚望政府谨慎外交，勿丧国权。并具呈北京政府请宣布中日军事协定，以破日本阴谋而安国人之心。留日学界发表敬告同人书，决议以学术报国。
中华职业教育社召开第一届年会会议于江苏省教育会召开，到会者1000余人，有27所职业学校展览“成绩品”。展品征集自职业学校、女子职业学校、甲种农工商业学校、乙种农工商业学校、农工商业家事等补习学校、小学校附设农工商业家事等职业科等，其中有农作品和农业制造品，铁、木、竹、藤、粘土、厚纸等工艺品，裁缝、刺绣、纺织、结线、制鞋、制帽等家事艺术品，延请教育或实业专家研究评论，对于商品并可代为推介、销售。是年，重订职业教育目的和定义，目的：（一）为个人谋生之准备，使无业者有业，使有业者乐业；（二）为个人服务社会之准备；（三）为世界及国家增进生产力之准备。定义：“用教育方法，使人人获得生活的供给和乐趣，同时尽其对群众之义务”。分农业教育、工业教育、商业教育、家事教育、专门职业教育五大类。
5月6日。浙江省议会发出时局通电请停战议和。略谓：“一年以来，商贾裹足，行旅戒途，工失业于市，农辍耕于畔”，请当局“务望先行宣布停战，共维国本。”
上海泥瓦木工人同盟罢工。泥瓦木工人因要求增加工资举行罢工。13日胜利复工，新定每工作日增加工资60文。
5月10日陈炯明援闽粤军发起进攻。许崇智部占领武平、下坝，闽军第一旅溃退。11日，陈炯明援闽粤军与北军闽浙联军在潮州黄冈交战。17日，徐树铮电闽督李厚基称，宜乘西南内讧向潮汕进击。18日，赣督陈光远电北京政府，请迅派兵支援赣防，并请电令闽军进攻潮汕，龙军整戈东进，以收夹攻之效。20日，陈炯明部占领福建上杭属之峰市。26日，孙中山抵大埔三河坝援闽粤军司令部视察，敦促陈炯明早日攻闽。30日，援闽粤军前敌总指挥邓铿等部占领福建永定县，旋即先后攻占武平、上杭等县。31日，陈炯明部占领长汀。6月3日，粤军攻克南雄。福建北军臧致平师攻占广东黄冈。4日，援闽浙军向陈炯明部发动总攻，连占饶平等地。7日，闽军夺回粤军所占之永定。9日，北军闽浙联军占领汕头，10日占饶平。13日，北军攻陷福建下洋。19日，护法粤军许崇智再占永定。24日，许崇智占领上杭。26日，驻福建德化闽军营长朱得才与驻晋江陆军营长陶质彬联合宣布独立，投向护法军，推陶为闽西护法军总司令。同日，援粤之浙军团长陈肇英，受吕公望策动，亦与护法粤军联络。
5月13日。上海皮匠业工人同盟罢工。皮匠业工人因要求增加工资举行罢工。25日，资方被迫同意增加工资15％，罢工结束。
5月15日。伍廷芳等联名电冯国璋声明对内外时局主张。伍廷芳、唐继尧、林葆怿、刘显世、谭浩明、熊克武、程潜、李烈钧、李根源、陈炯明、莫荣新声明：“中央果开诚布公，声明不签亡国之约，而对于南北持争之法律、政治问题，组织和平会议，解决一切，则我即当停战息兵，听我国人最后之裁判。”同日，唐继尧通电西南各省，提出中央不签亡国之约，各省派代表至沪开善后会议解决法律政治问题，以及段祺瑞去职两项意见。
鲁迅在《新青年》发表白话小说《狂人日记》。为首次发表白话小说。通过主人公“狂人”之口，用貌似发狂实极清醒的语言，揭露中国几千年来用“仁义道德”掩盖起来的封建专制主义统治，只是一部“吃人”的历史，对旧道德进行无情的鞭挞。
蔡元培在《新青年》发表《读周春岳君（大学改制之商榷）》。认为“学”与“术”应加以区别，治学者以终身研究学问为目的，学生除研究学问之外，别无何等之目的；治术者如法、商、医、农、工，以直接应用服务于社会为目的。“治学者，可谓之大学”，“治术者，可谓之高等专门学校”。
陈独秀、陈大齐、钱玄同、刘半农等人在《新青年》批判《灵学》。陈独秀的《有鬼质疑论》和陈大齐的《辟灵学》专文，以及钱玄同和刘半农的随感录，列举《灵学》谬论，加以批判。
5月16日。《中日陆军共同防敌军事协定》正式订立。由中方委员长陆军上将靳云鹏与日方委员长陆军少将斋藤季治郎代表两国政府在北京签字，规定：中日两国陆军因敌国实力之日见蔓延俄境，将危及远东全局之和平及安宁，为实行参战义务起见，取共同防敌之行动；协同军事行动，两国所取之地位与利害，互相尊重其平等；在协定开始行动之时，两国当局对于各自本国军队及官民，在军事行动区域之内，当命令或训告，使彼此推诚亲善，同心协力；凡在军事行动区域之内，中国地方官吏对于该区域内之日本军队，须尽力协助，使不生军事上之窒碍；为共同防敌，在中国境内之日本军队，俟战事结束，即由中国境内一律撤退；若有必要向中国境外派遣军队时，两国协商派遣之等。在协调作战期间，为图协同动作便利起见，还规定：直接作战军事机关互相派遣职员充当往来联络之任；陆海运输、通信诸事宜，须彼此共谋利便；可由两国总司令官临时协定行军铁路、电信、电话等项建设；两国互相供给兵器、军需品及其原料；互相辅助军事卫生事项；一方可向他方请求辅助可供使用之军事技术人员；在军事行动区域内设置谍报机关、交换军事地图及情报；互相辅助谍报机关之通信联络，协定共用军事暗号；为军事运输可使用东清铁路；协定及其附属详细事项，两国均不公布，按照军事秘密事项办理。并规定，军事行动俟适当之时机，经两国最高统率部商定开始；协定俟中日两国对德、奥战争状态终了时即失效力。
直隶与日本兴业、朝鲜、台湾三银行签订100万日元借款合同。