但是，伪造者的技术拙劣，显见得是个低能儿，以致好坏不分，把各类人物都视为“神奸巨蠹”，扬言处决，甚至把毫不引人注目的汪荣宝、朱瑞一并列入了黑名单，使人一望而知是个弥天大谎。
孙中山知道宋教仁被刺，3月26日急忙自日本返抵上海，立即与黄兴、陈其美、居正、钮永建、柏文蔚等研究对策。
孙中山对袁世凯的幻想已完全消失，说：“宋案的发生，是袁世凯阴谋消灭国民党革命势力以便帝制自为，全党同志为此极为悲愤，必须乘机立即调集各省兵力，一致声罪致讨。袁世凯就任总统不久，对于各方面的阴谋，布置还未妥帖，推翻较易，切不可延误时机。”
孙中山的主张，得到了李烈钧、柏文蔚、陈其美等人的热烈响应，但黄兴不同意这个主张，他对众人道：“世凯帝制自为的逆迹尚未昭著，南方的革命军，又甫经裁汰，必须加以整备，才能作战；国民政府已成立，法律非无效力，对此问题宜持以冷静态度，而待正当之解决。”
于是。黄兴建议电告广东、湖南，征求胡汉民、谭延闿的意见，再行决定。后来，胡、谭也同意黄兴的主张。
在会上，孙中山又提出亲自去日本筹备经费，寻求日本政府的援助，黄兴说：“依靠外援来反袁，是不容易得到国人谅解的，而袁世凯反可以此为借口，向欧美各国求援。”
第一次讨袁会议，只议定了进行全面布置的准备工作。
赵秉钧之死
以黄兴的意见，宋教仁一案，应组织特别法庭处理。
袁世凯内心非常紧张，表面上又装得若无其事，对来自各方面的责难，一概不加“深辩”。他答复柏文蔚说：
“钝初被随戕，正为人才痛惜。而一般昧味者，及以风影之词，嫁祸政府。无论钝初人物为有识者所宜爱护，即以手段而论，政府虽愚，亦何至卑劣至此！现在罪人既得，自可按法究治，无庸深辩。”
后来，他对汪精卫说得更加轻松：“此案发生后，一切搜查审讯，中央极端放任，正因法律问题，不容牵入政治，使其静候判决，不难皎然大白于天下。……及诸君子督责过甚，使依算附木者，横生枝节，未免气矜之隆。鄙人以国事为重，激则召争，平则息事，一以淡字决处之。”
袁世凯企图以此证明与宋案毫无牵连。
但是，被捕的凶手活着，总不能使他袁世凯真正平静下来，于是，他又干起了杀人灭口的勾当。
4月24日，凶手武士英突然在狱中暴毙。袁世凯以为，死无对证，谁还能敢再说什么？
此举惹恼了孙中山和黄兴，他们强烈要求将案情大白于天下。
4月26日，程德全、应德闳将宋案证据分电袁世凯、参众两院、国务院、各省和各报馆。宋案真相昭然于天下，国人对袁世凯的阴毒无不切齿痛恨。
袁世凯恼了，决定再用他的得意法宝北洋军来消灭国民党。
实际上，袁世凯早就在进行着战争准备。他命令北京参谋部通电山东都督周自齐和驻鲁辫子兵统帅张勋，令其整军待命。
4月26日夜，袁世凯派内阁总理赵秉钧、外交总长陆征祥、财政总长周学熙到东交民巷汇丰银行，向俄、英、法、德、日组织的“五国银行团”，签订了一项2500万英镑的“善后借款”，年息5厘，47年还清，以全部盐税收入为抵押。
因此，俄、英、法、德、日五国乘机控制了中国的盐政。
袁世凯是个无赖，尽管证据公布，仍千方百计进行抵赖。胡说宋案证据影射政府之处不近情理；诬蔑公正舆论意在“倾覆政府，动摇国本”。
同时，他还竭力为赵秉钧开脱，他致电黄兴说：“……至赵君与应直接之函，惟一月十四致密码电一本，声明有电直寄国务院，绝无可疑。如欲凭应、洪往来函电，遂指为主谋暗杀之要犯，实非法理之平。近一年来，凡谋二、三次革命者，无不假托伟人。若遽凭嫁祸之媒。则人人自危，何待今日？甲乙谋杀丁，甲诳乙以丙授意，丙实不知，遽断其罪，岂得为公！……公为人道计，为大局计，必能使法理与事实两得其平。”
并且，他还通令全国，说什么“乃近来迭接各处来电，竟指赵总理为宋案主谋，并称人心愤激，请速诛赵等语。阅之殊堪骇诧。查赵总理致应犯手书二件，初无一语涉宋，未经审判，尚难认为有犯罪嫌疑；即果犯罪属实，刑律既有明条，尽当依律科断，纯系法律问题，何能涉及政治？……为此明白宣示：宋案现既破获，……自不难水落石出，各该案外之人，毋得飞短流长，借端挑拨……”
另外，袁世凯还指使京师警察总监王治馨在公开场合向大家解释。
但是，王治馨太愚蠢，竟说：“杀宋决非总理，总理不能负责，此责自有人负！”
袁世凯得知，暴跳如雷。声色俱厉地说：“措词太不检点，王治馨可恶！赵总理何以任其乱说，说后若无事然，并不声明更正！”
后来，王治馨在顺天府府尹任内勒索1600多元，被袁世凯下令枪毙。
组织特别法庭审理宋案，一开始就遭到袁世凯的反对。
4月16日，会审公廨把应、武两犯移交上海地方检察厅接管后，程德全即提出在上海组织特别法庭，袁指使司法总长许世英出面，以与《约法》和《法院编制法》不符为理由加以阻挠。
27日，黄兴电袁世凯，力言组织之必要，请其主持公道。
袁世凯不但不同意，反而诬陷黄兴摧抑司法独立。
黄兴再电驳斥，袁世凯置之不理。
28日，赵秉钧通电全国，自辩与宋案无关，把责任全部推到洪、应身上。
29日，国民党人不顾袁、许阻挠，径行组织特别法庭，上海地方检察厅票传赵秉钧到案受审。
赵秉钧以组织特别法庭未经司法总长许可，拒绝到案。
但是，在全国强大舆论的压力中，赵不得不于5月1日再次辞职。
袁世凯安慰他说：“君功在除奸，可毋顾虑。若此辈必欲决裂者，吾将借此歼之矣。”
他叫赵继续请假，让段祺瑞代理总理。
5月3日，逃到青岛租界的洪述祖发了一个通电，声明他和应桂馨只是由于不满宋搞党派专制而欲毁其名誉，根本没有谋杀之意。他在与应联系过程中，假借了中央名义，为的是促其进行。最后反诬国民党人“欲藉此牵涉政府，挑动南北恶感，以实行其亡国灭种之政策。”
他不仅为自己的罪行辨护，而且把袁、赵开脱得一干二净。
5月6日。上海地方检察厅二次发传票，请北京地方检察厅传赵归案。
赵秉钧立即致函北京地方检察厅长，谓洪述祖通电已承认假托中央名义，足以证明他与宋案无关；他致洪、应二函均属正常公文往来，并无嫌疑，故无到厅候质之理，对传票当然可以拒绝。
袁世凯为了抵制南方组织特别法庭，又挖空心思搞了个诬陷案。
11日，一个人到京畿军政执法处前去“自首”，此人就是被袁世凯以重金收买的天津女学生周予儆。
她说现在有暗杀团在京、津组织血光党，专门从事炸毙要人、颠覆政府、引起暴动的活动，并说参议院议员谢持是血光党的财政部长。
军政执法处据此非法逮捕了谢持。
同时，该女还诬称黄兴是血光团的团长，把黄光摆到一个阴谋颠覆政府的罪犯地位。此乃袁世凯的以审判对审判的诡计。
国民党人并未就此罢手，5月22日，再次电促北京检察厅，速提赵秉钧到案受审。
31日，北京检察厅根据周予做的诬陷不实之词，认为黄兴有组织谋炸要人罪，将该案移交上海检察厅，由上海交涉使陈贻范转饬会审公廨审理。
领事团因无切实证据，原告不到沪质讯，与租界规定章程不符，将传票退回公廨。
6月11日，陈贻范征得领事团同意。会审公廨票传黄兴，黄兴立到。但终因缺乏证据，没有原告，无法开审，黄兴遂离去。
袁世凯的阴谋破产了。
双方的斗争趋于表面化。
袁世凯的御用报纸登出“伟人造反”的特大新闻，国民党报纸用“总统杀人”予以有力还击。
有的刊物万分愤怒地写道：“以堂堂民国之大总统、国务总理，而行此狠心辣手之暗杀，是古今中外所未闻，而为入神所共愤，天地所不容者。夫袁、赵之杀宋，志不仅在杀宋也，所以去平民政治与政党内阁之主张者，藉以放胆厉行专制，为变更国体之主张本也。”
这就一针见血地揭穿袁世凯的反革命阴谋诡计。
参与刺杀宋教仁的几个坏蛋最后都没有落到好下场。武士英暴死狱中已如上述。
1913年7月，应桂馨由上海一批流氓劫狱救出后躲进青岛租界。
袁世凯镇压了国民党的二次革命后。应桂馨认为时机已到，公然发出“请平反冤狱”的通电，并大摇大摆地跑到北京，要求袁世凯实践“毁宋酬勋”的诺言。
但是，这小子要价过高，袁世凯感到留着他是个败露阴谋的祸根。派入加以暗害。
应桂馨发觉，1914年1月19日乘快车去天津，车过杨村，被袁世凯所派之人刺死。
应桂馨的可悲结局，使得此时改任直隶都督的赵秉钧深切感到袁卸磨杀驴的手段太毒辣太令人寒心，因而有点愤愤不平，径自发出通电缉拿杀应的凶手，并打电话对袁世凯发牢骚说：
“如此，以后谁肯为总统做事！”
1914年2月19日，袁世凯让赵秉钧兼任了民政总长，表示对赵的信任。
但是，时隔8天，赵秉钧突然中毒，七窍流血而死。
死前，赵秉钧知道是袁世凯下的毒手，怕牵连家人，不敢声张，只以“葬身陵麓（光绪的崇陵），近先帝为嘱。”
赵秉钧是袁世凯最忠实的特务头子，搞阴谋诡计的得力助手，一生为袁世凯效尽了犬马之劳，仅仅因为发了几句牢骚即被袁暗害。这不能不令袁的众多走狗们为之一震，或多或少地感到胆颤心寒。
可笑的是，赵秉钧这个迫清帝退位的急先锋，直到临死当头，才“良心”发现，不愿作袁的忠臣，想当大清朝的“忠魂”了。
赵秉钧死后，袁世凯“痛悼”万分，立即下令照陆军上将例从优议恤，给治丧银1万元，先后派陆军上将荫昌和秘书长梁士诒前往致祭。并送去一幅祭幛，上题“怆怀良佐”四个大字；一副挽联写得十分感人，上联为“弼时盛业追皋益”，下联为“匡夏殊勋懋管萧”。
3月22日，老袁在祭文中则写道：“夺我良佐，闻噩惊召，伤逝念功，至今郁陶。”
看了如此悲痛和称颂的语句，谁会疑心到死者竟断送于关幛送联人之手呢？
洪述祖比赵秉钧等人的命运稍好些，宋案发生后，潜逃出京，一直躲在青岛租界未能归案受审。
1916年青岛发生战争，洪述祖又迁居上海租界，更名躲匿起来。
1917年4月，因与德国人在会审公廨涉讼，被宋教仁之子宋振侣访知，诉于上海检察厅，该厅向会审公廨交涉引渡，后押解北京，1918年4月初被判处绞刑。
南北战争爆发
袁世凯与“五国银行团”签署善后大借款的协议后，孙中山立刻致电五国银行团，发表了声明：“袁世凯属非法借款，中国人民绝对不予承认。”
上海六万人集会，揭露袁世凯暗杀宋教仁的政治阴谋和违法借款的行径，强烈要求袁世凯辞退大总统。
湘、赣、皖、粤四省国民党员都督谭延闿、李烈钧、柏文蔚、胡汉民联名发表通电，反对北京政府违法借款。
对此，袁世凯举行秘密会议，决定先向柏、李胡开刀，对湘、赣、皖、苏四省作战，利用京汉、津浦两线集中兵力，以鄂省为重要策略地，并以海军策应沿岸，兼防患敌军之集中。于是，袁世凯调兵遣将，部队沿京汉铁路、津浦铁路南进。当时，《上海时报》载北京专电一则曰：
袁总统令传语国民党人，现在看透孙、黄除捣乱外，别无本领。左是捣乱，右是捣乱，我受四万万人民托付之重，不能以四万万人之财产生命听人捣乱，自信政治、军事经验、外交信用，不下于人，若彼敢另行组织政府，我即举兵伐之。
袁世凯撕开脸皮，公开向国民党宣战了。
与此同时，袁世凯还指使一些人把民主党、共和党、统一党合并为进步党，以对抗国民党人。