国民党已经料到袁世凯必将撤销国民党员谭延闽、李烈钧、柏文蔚、胡汉民四人的都督职务，孙中山主张四省都督先发制人，联合通电声明，不接受违法政府的命令，并宣布四省独立。
然而，黄兴不同意这样做，他说：“这样一来，就暴露了反袁的军事准备。”
就在国民党内部在行动上犹豫不决和思想上不能统一的时候，袁世凯已下手了。
他首先下令免去李烈钧江西都督，“即日交卸来京，听候调用”，任命副总统黎元洪兼领江西都督。
又调胡汉民为西藏宣抚使，任命陈炯明为广东都督。
第三是免去柏文蔚安徽都督职，命柏为陕甘筹边使。
李、胡、柏都是掌握一定军事力量的人，袁世凯一是为剥夺他们兵权，二是为激怒他们发兵，为其发动内战制造借口。
李、胡、柏三都督被撤职后，国民党人并未及时作出反映。
袁世凯设下的圈套落了空，深为遗憾。可是，从寂静无声中，他好像感觉到了自己力量的强大，看到了胜利的曙光。
因而，袁世凯充满了胜利的信心，增加了反革命的勇气，野心更加狂妄，手中的屠刀挥舞得更为凶狠。
为了挑起战端，袁世凯加紧调动兵力，着着进逼。
7月2日，他电令李纯第六师一部开往九江、湖口。接着命海军中将郑汝成率千余名士兵进驻上海江南制造局，命驻沪海军司令李鼎新增调军舰二艘驶进上海，贿买向瑞琮等放火烧毁长沙军械局所存万余枝步枪、300万发子弹。
9日，李纯部进抵九江南门外。
11日，他又电令李纯留驻湖北余部及第二师迅速开赴九江。
在此之后，孙中山由上海到澳门，在军舰上会晤了新任广东都督陈炯明，并商谈讨袁事宜，敦促陈炯明同意四省独立，广东也同时宣布独立。陈炯明思忖良久，还是答应下来。
7月上旬，孙中山在上海召开国民党会议，决定兴师讨袁，发动“二次革命。”
李烈钧由上海秘密返回江西湖口，发动当地驻军起义。
12日上午8时，驻沙河镇赣军林虎旅在李纯部的威逼、挑衅下奋起反击。
李烈钧立即在湖口召集会议，宣布江西独立，通电讨袁，并发布檄文如下：
民国肇造以来，凡我国民莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为，灭绝人道，而暗杀元勋；弁髦《约法》，而擅借巨款。金钱有灵，即舆论公道可收买，禄位无限，任心腹爪牙之把持。近复盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇雠，实属有负国民之委托。我国民宜亟起自卫，与天下共击之。
自此，国民党的“二次革命”开始，南北战争正式爆发。
次日，江西省议会开特别大会，选举李烈钧为江西讨袁军总司令，欧阳武为都督，宣告与北京政府脱离关系。
7月15日，江苏宣布独立。
17日，安徽宣布独立。
18日，上海、广东宣布独立。
19日，福建宣布独立。
25日，湖南宣布独立。
8月4日，重庆宣布独立。
战端开后，袁世凯12日电欧阳武曰：
黎公遣兵赴浔，决无他意，无非为防乱安民起见，断不至与执事及人民为难。李烈钧勾结异族，蓄意倡乱，不爱国家，不爱桑梓，并不爱身家名誉，殊堪痛惜。执事素明大义，热心国事，断不以私害公。务望分派妥员晓谕军民，勿因一二人权利思想，自取实害。
袁世凯企图把欧阳武分化出来。
与此同时，他火速增调汤芗铭驰赴江西前线，督率战舰与陆军协同作战。
又令湖北海军集结长江上游，随时支援江西方面。
还令李鼎新和张勋在上海、山东备战待命，也令海军部速调军舰南下，游弋长江。
这次战争与黎元洪很有关系。
当时湖北的裁军工作尚未大规模进行，兵力有八九师之多，湖北的地位有举足轻重之势。
袁世凯出兵江西，势必假道武汉。如黎不答应假道，袁定要极其慎重地考虑出兵问题。
但是，黎元洪自从张振武被杀以后就卖身投靠，成了袁世凯的帮凶。对袁消灭国民党，不但欣然同意，而且披肝沥胆，大递降表。他致电袁世凯曰：
元洪唯知服从中央。长江下游，誓死撑柱，决无瞻顾。倘渝此盟，罪在不赦也。
袁阅后笑不可抑，回电曰：
世凯若有欺天下之心，利一姓之见，亦罪在不赦。
有了黎元洪的输诚，袁世凯才能得以顺利派师南下。
7月14日，黎元洪又诬称李烈钧“称兵叛乱”，电袁发令征讨
次日，袁世凯即通令讨伐李烈钧等人。
17日，黎再电表曰：
湖口方面，亦竟潜设总统府，妄称讨袁军。是乱党反抗中央，中央征剿乱党，大局所关，决非鄂赣相争之事。元洪处军人之职，受国民之托，惟知服从命令，拥护共和，名誉生命，皆所不计。
黎元洪为虎作伥，越发助长了袁世凯的气焰。
为了表明自己发动反革命内战的“正义性”，袁世凯发布了一系列通令，把挑起内战的罪名硬扣到李烈钧等人头上。
战火引起一部分人士的严重不安。
蔡元培、汪精卫、唐绍仪为避免战祸，于19日电袁，请其辞职。
国会议员蒋智由发起一个“弭祸会”，主张和平，要求袁下台，永不再当总统。
22日，孙中山电袁曰：
为公仆者，受国民反对，犹当引退，况于国民以死相拼！杀一不辜，以得天下，犹不可为，况流天下之血，以从一己之欲！公今日舍辞职外，决无他策。……公能行此，文必力劝东南军民，易恶感为善意，不使公怀骑虎之虑。若公必欲残民以逞，善言不入，文不忍东南人民久困兵革，必以前此反对君主专制之决心，反对公之一人。义无返顾！
同时，孙中山还通电全国，强调曰：
东南人民迫不得已以武力济法律之穷，非惟其情可哀，其义亦至正……以民命为重，以国危为急，同向袁氏说以早日辞职，以息战祸。
袁世凯怎会自动退出历史舞台呢？看这些电报，他心中感到这帮书生十分迂腐，肯定不堪一击，也通电曰：
受事以来，始终以尊重人道主义及适合世界大势为主旨，苟可和平维持，决不肯轻事破裂，……决不肯再言破坏，自取覆亡，乃若有之，则亦二三不逞之徒，生性好乱，必不能得多数国民之同情。本大总统若再曲予优容，便与此辈同为亡国祸首，非惟辜负众望，实亦矛盾初衷，惟有牺牲一身，保全大局，竭我绵力，殄此云云。
7月21日，袁世凯发布了戒严令，宣告湖口、徐州等地均处戒严状态，其余地方各司令官可临时宣告戒严；北京因有“奸人匪徒混迹其中，希图扰乱”，也同时宣告戒严。
同日，袁世凯又发布两道命令，再次颠倒黑白地重申了用兵的所谓”正义性”和“必要性”。
袁世凯把自己说得鲜花一般亮丽，简直就是救世主降临。
在复蔡元培的电中，他毫不要脸地吹嘘自已，说：
叛徒倾覆共和，破坏民国，几有亡国不顾之势。鄙人有救国救民之责任，当此存亡危急、国民呼号请命之时，断不敢舍之而去，坐视乱党之荼毒生灵。至未选举以前，一日在职，一日决不放弃责任，即此所以尽职于国民及仰酬公等之厚爱也。……其他非敢所闻。
23日，袁世凯撤销了孙中山的筹办全国铁路全权，决心将反革命内战进行到底，对任何人的劝告一概不理。
江西自独立后，双方展开激战，李纯部初战败北，急调两旅增援，袁世凯令海军部调驻泊武昌之军舰四艘赶赴湖口参战。
16日，袁世凯命心腹大将段芝贵为江西宣抚使兼第一军军长，前往督剿。
25日，李纯部陆军和汤芗铭的海军从两面夹攻，讨袁军不支，湖口失陷，姑塘被袁军占领。
接着，袁军分兵三路，往攻瑞昌、南康、德安。
为鼓舞军心，袁世凯特发银币10万元作为犒赏。
8月4日，袁世凯任命李纯为江西护军使，加前敌将领吴金彪、石振声陆军中将衔，加吴鸿昌、萧安国、张敬尧少将衔，赏出力兵士银3万元。
讨袁军连连失利，德安、南康、建昌、吴城相继落入敌手。
江西都督欧阳武看到袁军势盛，讨袁军处境日劣，便由南昌撤至吉安。
李烈钧率部入南昌，部署作战。
8月18日，袁军进攻，李烈钧弃守南昌，败退至丰城。
袁世凯大喜，奖段芝贵一等嘉禾奖章，晋授李纯勋二位，马继增勋三位，张敬尧勋四位。其他人也有小奖。
后来，李烈钧率队与袁军激战数日，损失惨重，余部四散，李逃往日本，江西讨袁战失败。
黄兴开始反对讨袁，后虽放弃了合法斗争的幻想，但信心仍然不足。直到孙中山准备亲自去南京发动起义时，他才表示，愿意代孙一行。
7月12日，黄兴抵南京。
15日，在黄兴的要求下，江苏都督程德全宣布江苏独立。
黄兴于当日就任讨袁军总司令并通电讨袁。
次日，黄兴召集军事会议，举岑春煊为各省讨袁军大元帅。
岑春煊于19日就职，但是，几天后，他离职去上海。
程德全不赞成独立，也潜往上海。
黄兴苦叹之中，调兵遣将，防堵张勋率部南下。
16日，驻徐州讨袁军冷遥之第三师向驻韩庄袁军靳云鹏之第五师发动进攻。讨袁军初获胜利。
不久，张勋和田中玉部驰援，冷部遭数面夹击，撤至柳泉。
袁世凯立授张勋陆军上将，旋又任为江北镇抚使。
张勋大喜，督队猛攻柳泉，鏖战三曰：讨袁军退至徐州。
23日，袁世凯命心腹大将冯国璋为江淮宣抚使。
不久，徐州陷落。
袁世凯急令张勋率部由水路取道清江、扬州，进攻镇江；令冯国璋率部由津浦路南下速取临淮，进通浦口，然后二军会合处攻取南京。
28日，黄兴因讨袁军败北，只身跑到上海去了。
程德全马上宣告取消独立，委杜淮川为第一师师长并代行都督事。
江苏第一次独立宣告结束。
8月2日，冯国璋攻陷蚌埠。
由于军事上得手，袁世凯目空一切，百倍残忍，密令冯、张对取消独立的军队一律勒令缴械，将其首领枪毙；倘持械观望，以叛军论处。并令二人，不论是否取消独立，必须迅速占领南京。
冯、张督队星夜兼程前进，讨袁军抵挡不住，败退至浦口。
为迅速占领南京，袁世凯又以保留第八师建制为交换条件。诱降了第八师师长、冯国璋之婿陈之骥。
8日，何海鸣带队占领都督府，第二次宣布江苏独立，自任讨袁军总司令。
投袁之意已决的陈之骥马上包围都督府，拘捕何海鸣，召集军官开会，说：“战则取胜无望，和则可以保全。”主张接受袁的条件，和平解决，宣布取消独立。
第二次独立仅历6小时之久。
11日，陈之骥渡江迎接冯国璋进城，二十九团士兵乘机将何海鸣释放，仍举其为讨袁军总司令，第三次宣布独立，并打败第八师，占领各处险要，加强了防御。
张勋部陷镇江后于15日偷偷接近南京，强占紫金山、天堡城。
守军奋力反击，终将天堡城夺回。
张督队再攻，讨袁军给以坚决回击，战斗空前激烈，天堡城五易其手，至21日终为袁军所夺。
这时，安微都督兼讨袁军总司令柏文蔚到来，被推为江苏都督。
冯、张和刘冠雄的军舰连攻数天，均被击退。
柏文蔚因与何海鸣意见分歧从南京出走，何兼任都督。
讨袁军四路出击包围南京之敌，没有能成功。
9月1日，张勋部首先炸毁城墙入城，冯部继之，南京陷落，“二次革命”失败。
袁军立即把南京变成了人间地狱，冯部纵火焚烧了下关，烈焰冲天，数日不熄，无数人民失去栖身之所。
城内的袁军如同野兽一样恣意烧杀淫掠，家破人亡者不可胜计。
张勋的辫子军最为野蛮，把三个日本侨民也杀了。
9月3日，袁世凯特下令嘉奖，授张勋勋一位，冯国璋一等文虎章，刘冠雄勋二位，雷震春、施从滨勋三位。
在这以前，其他一些省市的讨袁军也纷纷受挫。
8月6日，安徽宣布取消独立。
8月9日，福建宣布取消独立。
8月11日，广东失陷。
8月12日，湖南宣布取消独立。
8月13日，上海讨袁军瓦解。
此次战争前后不到两个月，以袁世凯的最后胜利而告终。
二次革命失败后，孙中山、黄兴再度流亡日本。