随后，李焕文在全营宣布：以后官长不得打骂士兵，不得吃空额，克扣士兵粮饷，实行经济公开，深得士兵拥护。1949年9月，我军以秋风扫落叶之势，追歼南逃之敌，西南的解放指日可待。蒋介石集团不甘心失败，仍作垂死挣扎，梦想凭借云南省横断山脉负隅顽抗。云南地下党组织及“边纵”的武装斗争蓬勃发展，城市的民主运动日益高涨，这对蒋介石妄图在西南建立最后的反共基地是一个最大的障碍。为了防止后院起火，腹背受敌，蒋于8月25日由台湾赶到重庆，电召云南省主席卢汉赴渝面授机宜。
卢汉赴渝之前，布置省政府警卫营在五华山构筑工事；命特务队派出便衣到北教场附近侦察二十六军的动态及监视宪兵的活动；规定官兵一律不得外出，加强戒备，与各保安团保持联系，准备对付中央军对五华山的突然进攻。
9月8日，卢汉由重庆返回昆明。军统特务头子、保密局西南区区长徐远举、副区长周养浩也随即到达昆明，与保密局西南区副区长、滇站站长沈醉等组成“整肃”指挥部。9月10日，卢汉根据国民党中央的“整肃”令下令解散省市参议会，封闭除《中央日报》、《平民日报》以外的所有报刊，并开始逮捕进步人士。9月12日，保密局局长毛人凤亲自来昆坐镇，继续进行疯狂逮捕，企图通过逮捕审讯破坏云南地下党组织，然后，借卢汉之手杀害革命人士并进而迫使卢汉反共到底。
9月10日，李焕文得知卢汉下令进行“整肃”，立即通知吕铿、刘运宗、沈光祖、李长颐等党盟员，在组织内作好准备，应付可能出现的突然事件，并听候行动命令。
一时之间，昆明笼罩在白色恐怖之中，几天之内，被捕的民主党派、进步人士、革命群众就达480多人。
面对这突然变化的风云，省市委对卢汉赴渝回昆后的态度作了种种估计：一是与我翻脸，彻底倒向蒋介石；二是投靠人民举行起义；三是继续两面讨好应付，保存实力与我讨价还价。当时蒋介石重兵镇守云南，解放军离滇尚远，卢汉两面讨好，左右周旋的可能牲较大。但要从最坏的方面作准备，防止卢汉翻脸不认人。为此，对敌工作领导小组根据市委指示，及时向警卫营及特务队作了紧急防范部署：
1要求党盟支部及全体党盟队员，必须坚守岗位，听从组织号令，沉着应战。
2一切活动立即转入隐蔽，不到接头时间，不许接头。
3停办军士集训队，立即撤退全体歌剧队员。
4在党盟员中进行气节教育。
在工作部署上，谨防卢汉与我翻脸，必要时使用警卫营力量，乘敌在五华山召开军政首脑会议之机，实行“兵谏”，逼迫卢汉宣布起义。若卢汉西迁大理，则在行军途中相机扣留，迫其起义。
对敌工作小组亦根据上级指示调整自身组织，撤退可能暴露的吉星明，其工作由田培宽接替。田培宽所管警卫营的工作全部交王裕昆负责。
10月，局势未进一步恶化而呈现稳定的局面，为争取卢汉继续靠拢人民走起义道路，我党由防卫又转入了进攻。
对敌工作领导小组向敌军政警宪上层投递《中国人民解放军布告》，国民党军政警特人员接到信后，大为恐慌，纷纷托人联系找退路。
对敌工作领导小组在特务队建立“军盟”分支部，李富担任书记。
11月中旬，卢汉最后一批释放了“九·九整肃”中的被捕人员，局势已经明朗。在此前后，对敌工作领导小组部署做好迎接昆明解放的准备工作：
1警卫营、特务队应做好卢汉的保卫工作，加强驻地及周围的警卫，防止特务下毒手。
2上下一齐动手，掌握好部队，做好作战准备。
3汇集部队人员、武器弹药装备，军官简历及思想状况，政治倾向等材料，交组织备用。
4各连排布置专人监视政治思想反动的军官，防止其捣乱破坏。
5发动广大士兵保护好物资及文书档案。
截至1949年12月9日，警卫营内共有党员6人，“民青”、“新联”、“军盟”成员157人，“武工队员”145人，全部党盟成员304人，占全营官兵的1／3；其中，正副营长3人中有党盟员2人，正副连长12人中有党盟员9人，正副指导员13人中有党盟员12人，排长18人中有盟员13人，正副班长108人中有盟队员83人，事务长6人中有盟员4人，排服务员18人中有盟员15人，连部上士18人中有盟员10人，士兵732人中有盟队员114人，政工室、军需室、军械室、副官室、书记室、医务室等六个部门中有三个部门的负责人是盟员。特务队官兵共90人，其中有党盟员39人，占全队官兵的43%强，事务长以上人员共8人，其中事务长、副指导员和两个分队长是党，盟员，班长、军需、军械上士共11人，其中盟员8人。警卫营和特务队的党盟队员，已经按照党的号令，团结全体官兵，作好充分准备，迎接昆明起义。
游击战争烽火迭起
在内战危机严重存在的形势下，中共云南省工作委员会根据中央和南方局指示精神，除了继续抓好城市斗争外，把很大的精力投入到准备农村游击战争上。1948年2月，朱家璧等人接到省工委关于要他们回来搞武装斗争的通知，率领基于队七十余人，进入以弥勒西山和路南圭山为中心的弥泸地区，点燃了云南反蒋武装斗争的烈火，开辟了云南游击战争的第一个根据地。为迎战敌人的进攻，该地区组成了游击队。5月，这支人民革命武装命名为“云南人民讨蒋自救军第一纵队”。中国共产党领导的云南人民的解放军在战火中正式宣告诞生了，云南人民的解放斗争进入了以武装斗争为主的新时期。
一纵活跃在南盘江两岸，多次打退蒋军进攻，瓦解地方武装，使滇东南人民武装斗争日趋高涨，并扩展了滇东北游击根据地。与此同时，在滇南地区，省工委于1948年初派刘宝煊和方仲伯等到元江，组织武装斗争，建立了云南人民讨蒋自救军第二纵队。二纵在滇南攻克了许多县城，歼灭了一批地主武装，队伍迅速扩大，并逼近滇中，省城为之震动。其它在滇西北，滇中地区的游击战争，也相继开展了。1949年7月，华南分局决定将滇桂黔边区所属游击队统编为中国人民解放军滇桂黔边纵队，进一步加强了党对军队的领导，军队的战斗力也增强了。
1949年8月，当人民解放大军向岭南进军的时候，云南境内的游击武装已发展到三万多人，各根据地内的自卫队，护乡团、民兵总数已超过十万人，游击战争遍布全省九十多个县，就是地处省城周围、滇池岸边的昆阳、晋宁、安宁等地，甚至昆明市郊十来公里的地方都有游击队的活动。各根据地在逐渐扩大和巩固，中共地方党委和地县人民政权，在许多地区巳先后建立起来了。以弥泸地区为例，弥泸地委及其领导下的陆良、泸西、弥勒、路南、邱北、师宗、宜良、马龙等县的县委都巳建立；泸西、师宗、陆良、弥勒、路南、邱北等县建立了人民政府，弥泸地区专员公署也已建立。地委、县委和专员公署、县人民政府建立后，围绕武装斗争这个中心，一方面积极动员青年参军参战，扩大人民武装；与此同时，又深入发动群众，努力增加生产，支援前线。另一方面，发动人民开展反地霸斗争，实行减租减息，减轻群众负担，巩固新生政权，保护工商业，恢复和繁荣城乡市场。通过武装斗争，扩大根据地；通过党委和政府的这些措施，使根据地得到巩固和发展。这样，到1949年秋末冬初，在云南已形成农村包围城市的格局，敌人已到了坐卧不安的地步，乃至有近七十人被国民党省政府委派做县长都不敢赴任，说明蒋家王朝对云南的统治已风雨飘摇，离垮台已为时不远了。
农村武装斗争的开展和扩大，得到了城市人民民主运动的大力支援。在党的号召组织下，大批的师生和工厂职工，纷纷走出课堂，离开车间，“到山那边去”，血战沙场。从昆明到游击区投身革命的师生，先后达二万多人；昆明各工厂的工人下乡参加游击队的也有数百人，兵工厂一百二十多名工人组成一个大队，开赴滇中游击区参加战斗。各行各业职工以不同方式支援武装斗争，电讯工人替游击队搞电台、修电台；化工厂的职工秘密地为游击队生产炸药；马车、汽车、火车、轮船职工秘密帮助运送地下工作人员、游击队员或武器弹药等物资。这些事都是在敌特严密监视下搞的，而却很少被敌特们发现。这说明人心所向，得人心者得天下。敌人尽管仍在疯狂挣扎，但已处于全民包围之中，前方有游击战士同它真枪实弹的拼杀，后方亦有百姓从它背后捅刀子，它极其孤立，愿替它卖命的人已极少极少，若再不改弦更张，弃暗投明的话，那等待它的就是只有死路一条!