吾知绍之为人，志大而智小，色厉而胆薄，忌克而少威，兵多而分画不明，将骄而政令不一，土地虽广，粮食虽丰，适足以为吾奉也。
——曹操
军事，是争夺江山最直接、最有效的手段，其强在于兵之精武，其大在于帅之谋略。曹操治军严明，师威伍壮，无愧曰奇兵；曹操好研兵法，手耒释卷，机谋万端，计略百出，更善于在实践中总结经验。官渡之战、智败马超、突袭乌桓等皆成史之典范。曹操麾指，将士奋勇，霸气冲天，令敌闻风丧胆，连用兵如神的孔明都赞叹道：“孟德智计殊绝于人，其用兵也，仿佛孙吴。”
曹操喜尚兵书，阅读过能搜集到的各种兵书，摘录了其中的重要内容，另编为一本，取名为《兵法接要》。尔后，他又结合史籍，从战争与政治、经济、外交等的关系出发，全面地研究了战略战术的基本原则、官兵的素质、军队的训练、军令的制定等内容，认真地比较分析了许多著名的战例，在吸收秦汉时期大军事家白起、韩信等人运用韬略经验的基础上，结合自己的征战体会，撰写了《续孙子兵法》二卷、《兵书略要》九卷、《太公阴谋解》三卷等，连同《兵法接要》、《（孙子兵法）注》及部分军令，凡十余万言，辑成一册，取名为《新书》。他还命人将《新书》誊写出来，发给每个带兵将帅，要求他们熟读牢记、融会贯通，征战之中以之为指南。曹操勤著兵书，其数量之丰、水平之高，当时无人能够企及。可惜的是。岁月沧桑，《新书》中除《（孙子兵法）注》之外，其余今已散佚，只在少数史籍和类书里留存其名，或仅有部分片言只语。
关于曹操的《新书》，相传有这样一段故事。建安十三年益州别驾张松前往荆州襄阳，在拜会杨修时曾见到过，“宴饮之间，一看便暗诵”，其超凡的记忆力连聪慧绝世的杨修也深为惊异。就普通常识而论，洋洋十余万言的巨著岂能过目不忘？很有可能《新书》大量誊抄之日就已传人益州，张松曾花功夫牢记于心，而在杨修处做客之时只大略浏览一遍便背诵了出来。据此推想，《新书》编成不久就已在全国范围内流行，赢得了广大的读者。
曹操对古代军事理论的最大贡献，是整理和注释了孙武撰写的《孙子兵法》。
曹操在为《孙子兵法》做注时，写了一篇序言，其大意为：我听说在远古时期，弓箭刚发明就用于战争了。《论语·颜渊》中孔子说，治理国家的政事最重要的就是储备足够的粮食和拥有强大的军队。《尚书·洪范》所列八个方面的政务就有掌管军事。《周易》断言：“军队为正义而战，主冲就吉利。”《诗经·大雅·皇矣》云：当周文王得知密国侵犯阮国之时，赫然震怒，于是率军出征密国。轩辕黄帝、商汤和周武王都是凭借战争的手段来拯救社会的。《司马攘苴兵法》主张，谁若故意杀害无辜者，人们就可以杀死他。仗恃武力横行者必定身亡，只讲仁义者将会国灭，吴王夫差和徐偃王就是如此。圣人使用武力要等待时机，不得已才出动军队。
我读过许多兵书和战争史，其中孙武所著兵法极为深刻。孙武是齐国人，为吴王阖阊撰写兵法十三篇，后被任命为将军，向西攻破强大的楚国，进入郢都，向北威慑齐国、晋国。百余年后诞生的军事家孙膑，是孙武的后裔，著有《孙膑兵法》。
孙武的兵法，在论述如何周密地制订作战计划和慎重地采取军事行动方面很明确，很透彻，不容曲解。然而，人们尚未对该书做过清晰的训释，加上其文字繁多，在世间流行的已失去了原书的意旨，特地予以删定和注释。
曹操一向提倡尚武精神。他在《（鹗鸡赋）序》里写道：“NB054”鸡猛气，其斗终无负，期于必死。令人以笛为冠，象此也。”篑鸡有勇猛的气概，争斗时从不败退，直到战死。“篑冠”见于《坊记》：“赵武灵王制篑冠以表武士。”因此，曹操让官兵们用篑鸡的羽毛装饰头盔，以显出军人的威武。他规定，每年立秋以后要择日检阅兵马，“亲执金鼓以令进退”，督促全军认真操练，做到常备不懈，故曹家军官兵武艺精熟，能攻善守，作风顽强，很有战斗力。
政权的本质是军队。无论是夺取政权还是巩固政权，都离不开军队。曹操惨淡经营、奋斗终生的事业，是结束军阀割据，使天下由战乱分裂走向安宁统—的“霸王之业”。为了实现这个志向，他建立了“霸王之兵”，并始终牢固地控制着最高指挥权，使之成为名副其实的曹家军。孙武说：“夫霸王之兵，伐大国，则其众不得聚；威加于敌，则其交不得合。是故不争天下之交，不养天下之权，信己之私，威加于敌，故其城可拔，其国可隳。”曹操注：“霸王者，不结成天下诸侯之交权者也，绝天下之交，夺天下之权，以威德伸己之私。”即“霸王之兵”的作用为：按自己的意志消灭全部割据势力。这就是曹家军的历史使命。
为了保证曹家军有充足的兵源，曹操实行了募兵制、征兵制、世兵制和军民制。孙武说：“将军之事，静以幽，正以治。”曹操注：“谓清静幽深平正。”统兵打仗之事，要沉着镇静而幽深莫测，严肃公正而治理有方。怎样做到呢？孙武说：“能愚士卒之耳目，使之无知。”要善于蒙蔽官兵们的视听，使之对于军事行动的计划毫无了解。曹操注：“愚，误也。民可与乐成，不可与虑始。”“愚”，指使官兵迷误。“民可与乐成，不可与虚始”，意为只可与百姓同享成果，不可与之共商大业，引自《商子·更法》：“愚者暗于成事，智者见于未萌；民不可与虚始，而可与乐成；……论至德者不和于俗，成大功者不谋于众。”原指商鞅对变法维新成功的自信，曹操用以作为实行愚兵政策的理论根据。类似的话孑L子也曾说过：“民可使由之，不可使知之。”百姓只能受役使，不能让他们知道为什么受役使。孙武、商鞅、孔子和曹操都是站在统治者的立场上讲话的，可见愚兵政策是愚民政策的延伸。
孙武在具体解释怎样“愚兵”时说：“易其事，革其谋，使人无识；易其居，迂其途，使人不得虑；帅与之期，如登高而去其梯；帅与之深入诸侯之地，而发其机；焚舟破釜，若驱群羊而往，驱而来，莫知所之。”改变军事部署的行动谋略，不使官兵知道为什么要改变；改变部队驻地，行军走迂回路线，使官兵无法推测行动意图；统率官兵作战，要像登高而抽去梯子一样，使之有进无退；率军深入诸侯领地，要像击发弩机射出利箭一样，使之勇往直前；要焚船砸锅，像驱赶羊群一样驱赶官兵，赶来赶去，使之不明白走向何处。曹操加注：“一其心也。”认为官兵应只懂得服从，不能有自己的独立意识，应只知道流血拼命，不能知道为谁流血拼命和为何流血拼命。于是，有血有肉有思想的官兵成了纯粹物化的人。
“愚兵”之法还有：“犯之以事，勿告以言；犯之以利，勿告以害。”驱使官兵打仗之时，不要将真实的意图告诉他们；即使要告诉，也只能说有利的方面，而不可说有哪些危害。曹操注：“勿使知害。”不要让官兵知道有危害的事，这比“勿告”还进了一层。“聚三军之众，投之于险，此谓将军之事也。…‘投之亡地然后存，陷之死地然后生。”曹操注：“必殊死战，在亡地无败者。孙膑曰：‘兵恐不投之死地也。”’认为将帅的责任就是把军队投入充满危险的境地，使官兵拼死战斗，只打胜仗，不打败仗。引用内容相同而措辞不同的孙膑的话，意在强调。
身经百战，研注《孙子兵法》的曹操岂为纸上谈兵，其谋略渊深，往往出之不意，而击中敌之要害，他在顺水推舟暂附袁绍时的那场“围魏救赵”，可谓是孙子兵法的活用和再现。
当时袁绍不仅看到曹操和黄巾军厮杀而内心高兴，而且觉得必须对曹操加以利用，使他为自己守住冀州的南大门，并透过曹操使自己的势力仲展到黄河以南，使冀、青、兖三州连成一片。所以他热心地加封曹操为东郡太守。曹操当然明白袁绍的如意算盘，但他势力比袁绍弱得多，也必须利用袁绍，至少不能违逆袁绍，否则，袁绍打董卓不行，但对付他刚开张的那点人马却是不费气力的。因此，曹操很乖巧地接受了袁绍给他的职务，做起了东郡太守，并将治所从濮阳迁到东武阳（故城在今山东莘县南），又趁机举鲍信为济北相，以为自己的羽翼。从这一举动看，曹操已有了明确的自己经营兖州、青州的意向。
到了初平三年（公元192）春，曹操屯兵顿丘（今河南清丰），突然探马来报，义军于毒之部队，正进兵东武阳，曹操也立即引兵攻击于毒西山的大本营。众将不解，为什么不回救东武阳？曹操讲出一番道理：
“从前孙膑要救援被魏军攻打的赵国，却只去攻打魏国首都。耿弁想要赶走驻守西安（在今山东淄博西北）的张蓝，却只去攻打与西安互为犄角的临淄。这两人都达到了目的。现在我先去攻于毒的大本营，于毒必然回救，东武阳的危险不就消除了吗？如他不回救，我们摧毁他的大本营，于毒照样打不下东武阳。”
于毒果然回救，东武阳之围不救自解，行至中途，又正中曹操埋伏。至此，黄河以南的黑山义军基本被曹操消灭。
同年夏天，兖州（占地相当于今豫东北、鲁中南大部，故城在今山东金乡县西北）告急，任城（故城在今山东济宁市）相郑遂被杀，兖州刺史刘岱阵亡。刘岱死后，州中无主，东郡人陈宫即对曹操说：
“今兖州没了首长，无法执行王命，请让我去州里说说话，让您来接任兖州刺史。如您得了兖州，也就有了争天下的资本了。”
这对曹操自是求之不得的事了，没有阻拦之理。陈宫到兖州，找来兖州别驾、治中等要员说：
“曹孟德有经营天下之才，如让他来做兖州牧，则一定能击垮黄巾，使兖州重归太平。”鲍信也出面劝说兖州官吏，大家赞同，曹操便不费一兵一卒得了兖州。从此，曹操自己的实力也逐渐强大起来。