爱玛·弗洛斯特和斯科特夫妻一起主持校务。Xorn担任了教师，但他却是个精神分裂者，自称万磁王在纽约大开杀戒，再次让查尔斯残废，并杀死了简。
Xorn被金刚狼杀死后，查尔斯和他一起运送尸体，去了基诺沙，在那里与万磁王的继承人北极星进行了一次激烈的辩论，北极星把原来的万磁王巨像改建成了他与查尔斯两人的塑像，希望他们的影响力能持续下去。
险情训练室的人工智能有了自己的意识，以机器人形象出现，准备实现自己被设定好出来却一直没能实现的任务：杀死X战警。
查尔斯承认自己很久以前就发现了人工智能的“突变”却把它囚禁起来做实验，镭射眼等感到非常不舒服。最后查尔斯退出了X战警的工作，留在基诺沙，但不久后他发现真正的万磁王还活着，于是他们找到了留在这里的其他变种人，一起重建国家。魔形女一直不甘心被控制，与斯特林（实际上已经被普露登斯精神附体并发疯）合谋刺杀查尔斯，虽然未成功，但终于摆脱了他的掌握。
万磁王的女儿旺达发疯，导致复仇者解散，被父亲接回家，但查尔斯等人都无法治愈她。眼看X战警决心杀死旺达，弟弟皮特洛教唆她修改现实，操纵了查尔斯，探知大家内心的愿望，制造了一个变种人统治地球的世界，万磁王一家成为最高统治者。
然而英雄们还是觉醒过来，向他们的家族进行抗争。绝望的旺达把一切痛苦归结于万磁王的极端理想，一句“再也不要有变种人了“，令世界恢复的同时世上绝大多数变种人失去了超能力，包括万磁王。在这个HouseofM世界里，英雄们没有找到查尔斯，只有一座他的空坟，因为他早年帮助万磁王在基诺沙建国后就被美国特工杀死；而现实恢复后，爱玛也没能在脑波搜索机上探测到查尔斯。
此时的查尔斯其实活着，而且腿再次恢复健康，但是失去了精神异能，所以脑波搜索机找不到他。他由于灰心丧气而故意没有和朋友们联系，直到镭射眼的三弟伏尔坎为了向抛弃他的人复仇而出现，查尔斯才赶来解释，承认了自己当年删除关于伏尔坎记忆的事，愤怒的镭射眼把他驱逐了。
伏尔坎前往希阿向杀母仇人——前皇帝德肯报仇，查尔斯和镭射眼的二弟Havok等人追踪伏尔坎，目睹他废黜利兰德拉，杀死其兄德肯，自立为帝，杀害亲生父亲的一系列暴行。
伏尔坎把查尔斯俘虏后扔进M'Kraan水晶等死，但他因祸得福，恢复了超能力。
查尔斯被强制送回地球，继续遭到镭射眼的指责，失去了队伍的指挥权。此时正赶上浩克世界大战，被光照会流放到宇宙的浩克回来报复，打算抓身为会员的查尔斯，重挫X战警，直到发现变种人已经遭受巨大牺牲后才离去。当一个具有变种基因的新生婴儿出世时，多股势力认为他是变种人的未来，展开了争夺战。查尔斯赞成把婴儿托付给链索，但X战警的成员Bishop因为对“变种人救世主”的怨恨，决心杀死婴儿，结果查尔斯被他的枪弹击中头部而疑似死亡。X战警在学校的基地被毁，他们撤退到旧金山。
变种人极端分子Exudos让万磁王等治愈了查尔斯，希望他能领导极端组织，但被拒绝。查尔斯因大脑损伤而失去了一部分记忆，于是孤身踏上了寻找自我的旅途，其间回忆起了童年接受米尔布博士测试的经历，发觉他是百年来一直探索变种人秘密的凶兆先生，在查尔斯、凯恩等具有变种可能性的少年基因中做手脚，预备将来复活时以他们为宿主。
在牌皇和塞巴斯蒂安·肖（也是凶兆的目标之一）的帮助下，凶兆先生的意识被消灭了。
查尔斯去旧金山访问镭射眼，由于再次对他使用幻觉，遭到了爱玛·弗罗斯特的偷袭，逼迫他面对自己曾经的错误之举，在一番争辩后，双方终于勉强和解了。
之后查尔斯和牌皇一起去了澳大利亚，在当初X战警的旧基地，找到了被机器人Danger（险情）困住的罗刹，终于说服险情放弃追杀变种人，加入X战警。
此时已是秘密入侵之后，诺曼·奥斯本建立强权统治，在查尔斯劝说Exudos时找上门来，把他囚禁在了秘密基地，与他一起的还有刚在旧金山被俘的野兽。
奥斯本策划组建了自己的一支黑暗X战警，试图把真正的X战警镇压。魔形女伪装成坐轮椅的X教授，来自平行世界的黑暗兽冒充野兽，爱玛和亚特兰蒂斯的奈莫也在其中。
但镭射眼将计就计，早已授意爱玛和奈莫作为卧底，挫败了奥斯本的计划，把当时的大多数变种人转移到海上小岛“乌托邦”。查尔斯对镭射眼心悦诚服，在他身边协助建设新的变种人家园，勉强接受了万磁王的加盟。
镭射眼虽然尊重查尔斯，让他作为顾问，但已经不再依靠他进行精神领域的工作，而是专找爱玛、灵蝶和布谷鸟等心灵感应者。失踪已久的大群被发现，带到岛上治疗期大量分化的人格。
大群暗中产生了一个貌似已故莫拉的人格，修改了现实，制造了一个人类与变种人激战的世界，查尔斯等心灵感应者都被囚禁，以防他们发觉真相，直到凯蒂·普莱德和罗刹查出实情。
4次元穿越待续——