已经被查尔斯遗忘的孪生生命体卡桑德拉·诺瓦以老妇人形象出现，操纵哨兵机器人在基诺沙屠杀1600万变种人，被俘后占据他的身体把学校的秘密公诸于世，并准备用新开发的Cerebra（脑波搜索仪）杀尽变种人，幸好查尔斯及时夺回身体，一个来自中国的变种人Xorn在此时用纳米技术治好了他的腿。
事后学校顺应局势，开始公开招收变种人学生；查尔斯还依靠事业有成的变种人和人类同情者的支持，建立了遍布全世界的X-Corporation（X合作社），支部位于伦敦、巴黎、香港等大都市，为当地变种人提供各种保障服务。一个流浪特工Fantomax向查尔斯兜售情报时声称相信他的总资产有三十五亿美元。
X合作社的特工进行着X战警不知情的秘密工作，向查尔斯和助手锻造者汇报；由于头号女特工普露登斯被军火商斯特林杀死，查尔斯决定雇佣魔形女。他装扮成万磁王把魔形女劫出监狱，和锻造者一起以提供反追踪保护为条件要求她为自己工作。
大事件“天启时代”是查尔斯的儿子大群试图到过去杀死父亲的对手万磁王，却误杀查尔斯而引发的。在那个世界，查尔斯的死激励万磁王成为了一代英雄。恢复现实后，查尔斯表现出了一些不为人知的阴森行为，其心中的消极面与外来的恶意结合，诞生出一个精神生命体Onslaught，操纵着他的身体实施一系列阴谋，最后把他吞噬，准备把全世界人变成一个精神统一体，实质上是消灭所有生命。
为了找到对抗Onslaught的方法，X战警去了查尔斯在苏格兰的秘密基地，在那里发现了他的文件“泽维尔规程“，里面不但记录了他了解的所有变种人，还记了杀伤他们的手段，包括X战警们，这使他们很吃惊，但后来他们并没有因此仇视教授。查尔斯也记录了对付自己的途径——一套屏蔽心灵感应的护甲，钢铁侠和黑豹协助完成了类似的装备，使英雄们得以接近Onslaught而不受其操纵。
最后神奇四侠和复仇者的大部分英雄与Onslaught同归于尽，变种人再次成为谴责对象。查尔斯生还后失去了超能力，被特工Bastion（棱堡）关押，后者是一个未来版哨兵机器人，随即策划了捉尽变种人的零容忍行动。
查尔斯在棱堡倒台后逃出监狱，却发现脑波搜索机有了自己的意志，模拟成他的样子试图把人类变成数据存储。X战警及时找到他解决了危机，查尔斯也逐步恢复了异能。天启再次出现，俘虏了查尔斯等十二个具有特殊能量的变种人帮助自己实现终极改造，但在镭射眼自杀性攻击下败走。与天启结盟的变形外星人斯克鲁尔中有一批遭到同族歧视的变异者投靠了X战警，查尔斯带他们去宇宙训练了一段时间，将他们培养成一支英雄队伍。
魔形女的已故情人Destiny（命运）记录了未来的命运日记开始显现，暴风等一批队员由于不信任查尔斯，担心他掌握日记后会像看到未来的魔形女一样疯狂，决定离开学校独立追踪日记。当X战警找到治疗Legacy病毒的方法后，统治基诺沙万磁王决定与人类开战，指挥手下绑架了查尔斯，把他绑在十字架上示众，直到镭射眼等来把他救出。
4次元穿越待续——