与英军源源不断的补给相反，日军后勤保障却是雪上加霜。1944年3月5－11日，英军温盖特少将指挥第3印度师3个旅在缅北日军后方的伊洛瓦底江东岸杰沙的丛林中空降，计空降9250人。3月中旬，日军独立混成第24旅团和第2师团一部进行攻击均告失败。英军空降兵切断了日军第15军预定的汽车补给线，是导致日军英帕尔作战后勤补给困难的最大原因。原定用于加强英帕尔作战的第15、33师团一部和独立混成第24旅团、第53师团完全被空降兵吸引住。第5飞行师团原定全力支援英帕尔，现也被迫用来对付英军空降兵由于英军空降兵的突然出现，不但使英帕尔作战的日军完全失去空中支援，后勤补给也完全断绝，逐渐陷入孤军作战的绝境。
雨季很快就到来了，地面逐渐变成得泥泞难行。为了再尽最后一次努力，牟田口廉也决定变更主攻方向，向英帕尔以北迂回，企图从北面打入英帕尔。为此日军通过滑溜难行的丛林小道向前推进。6月10日，日军第33师团和配署的第15师团一部与英印第20师在丛林里迎面相撞，随即展开了激烈的战斗。日军士兵在“武士道”精神的支撑下和各级军官的督促下，忍着饥饿在连绵的阴雨中拼死战斗。6月22日，他们竟奇迹般地闯过了英印军的堵击，冲出了丛林，打到了英帕尔的边沿。日军官兵们“遥望英帕尔市街，祁祷着作战成功”。不过，此时他们已经没有力量发起攻击了。他们经过数月一系列苦战，打到了英帕尔的家门口，却发觉自己无力再迈进去，对日本人来说确实是件天大的讽刺。与英帕尔方面的战况相似，日军第31师团在科希马方向上的进攻也成了强弩之末。
随着雨季的到来，日军士兵有3万多人染上了痢疾、霍乱、流感等疾病，尤其是军队的克星——伤寒，更是猖獗。由于缺乏药品和医疗器械，只好眼巴巴地看着那些患病的士兵遭受病痛的折磨。“士兵们的皮肤常常布满溃疡和脓疮，穿着湿透了的衣服躺着任随蚂蚁去叮咬。”雨季的丛林就像是一座蒸气弥漫的绿色地狱，那些被饥饿和疾病折磨的士兵一个个瘦骨嶙峋，成千成千死去。牟田口廉也感到他应当全线撤退了。
日军的悲惨之状，据日方自己记载：“这次退却作战是日军战史上未曾有过的艰苦作战。各师团既处于艰苦环境中，而将士还由于长期苦战和补给断绝，早已疲惫不堪；众多的伤病员即使用全部兵力也不能抬着护送，而且处于第一线上的人员也大都患有疟疾、痢疾和脚气病，医药用品的补给，却毫无准备??由于道路的泥泞崩坍，车辆完全不能行动。而且时值雨季顶峰，横在我军道路上的曼尼普河、雅纳河、尼瓦河和钦敦江几条大河自不待说，所有河床干道也都泛滥，洪水奔流。至于我军渡河器材、设备、则廖廖无几，无济于事??有些部队伤病员徒步先行，行动困难的大部分选择了自杀的办法。徒步的病人，在沿途的密林中力尽倒下的、被浊流吞没下落不明的人不计其数，真是鬼哭啾啾，凄惨万状”.
英帕尔会战是第二次世界大战中的一次著名战役。西方和日本的军史学家评价这是日本历史上在陆战中遭到最惨重失败的一次战役。日军正规军在开始发动进攻时约有8万多人，结果有5.4人在战斗中死亡或失踪，并且败退回原来进攻的出发地。武器损失更为惨重，总计火炮217门只剩46门（原留在后方的）。主力第15师团一个步兵大队只有3挺机枪，仅及一个小队装备。整个师团步枪仅600支。英军阵亡1.5万人，负伤2.5万人。英帕尔战役期间，日军第15军第15、31、33师团的3名师团长均被撤换，这在日本陆军史上是前所未有的。英帕尔战役失败后不久，1944年9月到10月之间，日军大本营撤掉了牟田口的第15军司令官职务，改由片村四八中将任军司令官。河边正三也被免去了缅甸方面军司令官职务，由木村兵太郎中将接任。接着，日本南方军总司令部在自己的任免权限内，还将第15军各师团的参谋长也全部更换了，“以图全面刷新、重建全军”。
日军之所以在英帕尔惨败，原因是多方面的，但其中最重要的原因就是忽视后勤保障。日军在进攻前，片面强调“就粮于敌”的传统补给思想，对后勤保障问题不仅计划不周，而且准备不足。担任进攻任务的第15军，直到向部队下达展开命令时，原定的后勤保障计划仅完成了18%。部队出击时，只携带了3周口粮、1.5—2个基数的弹药，牵了2万余匹马、牛和象，数千只山羊。他们计划用这些牲畜驮运物资并兼作食用，估计可支持一个月，至于尔后的后勤补给，只待“打下英帕尔，坐吃丘吉尔”了。英军在战后总结这场战役时写道：“由于对后勤供应需要的估计不足，由于对英军部队战斗素质的估计过低，这就导致了日军的毁灭。”日军在战后总结这次场战役失败的教训时也承认，对后勤保障重视不够是造成这场劫难的重要原因，他们在英帕尔是打了一场“忽视后勤的无谋之战”。
的第15军，直到向部队下达展开命令时，原定的后勤保障计划仅完成了18%。部队出击时，只携带了3周口粮、1.5—2个基数的弹药，牵了2万余匹马、牛和象，数千只山羊。他们计划用这些牲畜驮运物资并兼作食用，估计可支持一个月，至于尔后的后勤补给，只待“打下英帕尔，坐吃丘吉尔”了。英军在战后总结这场战役时写道：“由于对后勤供应需要的估计不足，由于对英军部队战斗素质的估计过低，这就导致了日军的毁灭。”日军在战后总结这次场战役失败的教训时也承认，对后勤保障重视不够是造成这场劫难的重要原因，他们在英帕尔是打了一场“忽视后勤的无谋之战”。?新上任的日本驻缅甸方面军司令官木村兵太郎中将，根据南方军总司令部的指示，于1944年9月底拟出守卫缅甸的作战设想，并为各地段作战确定了代号：继续切断及妨害印中地面联络的作战称为“断作战”；对向曼德勒附近及该地以南伊洛瓦底江畔正面来攻之敌的作战称为“盘作战”；对向印度洋沿岸正面来攻之敌的作战称为“完作战”。“盘作战”和“完作战”是针对蒙巴顿的英印军队；而“断作战”是对付北缅中国远征军的.
木村防守缅甸的基本战略是坚守防御与机动防御相结合，并未强调反击作战。然而这个战略没过几天，就被方面军参谋长田中新一中将改变了。他提出的作战指导纲要是，“方面军虽采取战略持久，但在战术方面则采取积极地反复地反击”，并且规定，适时与英印军在伊洛瓦底江进行决战，“决战正面预定为曼德勒之伊洛瓦底江下游江畔或伊洛瓦底江口之三角地带”。他在请求木村批准自己的方案时虽承认：“本作战指导，万一失败，可能遭到全军覆灭的恶运，但除此之外别无良策”，强烈要求批准。
木村内心主张“无论在何种情况下，方面军必须避免陷入决战，因为动辄陷于决战，结果有耗尽战力，难达战略持久之虞”。可是，田中新一虽是参谋长，但资历不浅，原为参谋本部参谋次长，与他的军衔同样是陆军中将，所以当田中强烈请求批准自己的方案时，木村经过一番沉思权衡，还是违心批准了。战后，日本防卫厅战史研究室编纂的《缅甸作战》一书评论道：