康熙帝既然已下定了决心，为防止臣下劝阻，便于九月四日以“化宣化地方行围”名义着手准备，仅带侍卫、兰旗新满洲护军、三旗亲随护军、八旗前锋、火器护军等共二千人。此外，诸色人等不得告请而行，部院官员也允从少派出，直到同月十五日大兵启程前的一两天，才透露这是一次非同寻常的“出兵”，康熙帝对大学士伊桑阿说：“此番出兵，八旗官员及兵丁人等，俱照今年出征例给两月行粮。如前已出兵，这次又往，各赏银十两。”至此，军队人数才逐步增加。十七日，大兵出发前，增发八旗前锋四百名，途中又增加宣化府骑兵和张家口步兵。十九日，康熙二次亲征启行。当晚驻昌平州，才命左都御史于成龙赴归化城办理西路军务。
在征途中，康熙帝时刻不忘招抚事宜，九月二十二日，到了怀来县城西，他差人招抚噶尔丹、丹济拉的敕书并所印蒙古文敕书三百道，送到了大将军费扬古军前，“令其颁示”。九月二十四日驻于花园后，得知丹济拉又到翁金劫掠，副都祖良壁尊谕将其击败，康熙十分高兴，借机重申招抚噶尔丹的政策，对议政大臣说：“噶尔丹似此困极，虽不进讨，亦必灭亡，今但以招抚为要，故朕谕大将军，频遣噶尔丹降人往招之。噶尔丹今虽不降，其部落既散之后，自来归顺矣”。
九月二十九日，康熙驻在喀喇巴尔哈孙又得知噶尔丹将往扎萨克图迁旧居之地博罗乌纳罕等地过冬，那里，距汛界仅有四十余日之程。他为此急令费扬古：“不必进步，至来年青草萌时，秣马以待，视噶尔丹所往，剿而除之。此际当频遣厄鲁特降人招抚为要。”为有效地贯彻招抚政策，康熙帝对降人和俘虏进行适当的安置：将陆续来降的一千五百余人编入上三旗满洲佐领，其中头人分别授职；不愿来内地者即送往费扬古军前，各给马一匹，遣回原驻地，“令彼往谕噶尔丹，言彼若来降，亦待以显荣”。十月初七日，康熙帝又驻湖鲁苏台，令将在昭莫多那里生擒的男女奴工约三千人，“皆赐银赎出，使其父子夫妇兄弟完聚”。
此外，康熙帝还认真团结寺庙喇嘛，使之宣传政府的方针，为招抚噶尔丹做出贡献。他于十月十三日至归化城，就在该地掌政扎萨克达喇嘛托音二世坐床的小召内，并将甲胃、弓矢、腰刀等随身之物留赐寺中，作为留念。还以经典、念珠赐于席力图召喇嘛席力图，“令焚修勿懈”。后来又在亲征之后的四十二年，应抚音二世及席力图两位喇嘛之请亲撰碑文，于两寺内用满、汉、蒙、藏四种文字立碑，记载亲征原因及经过、皇帝与喇嘛的友好关系以及所赐诗名等。此是后话。
康熙帝对噶尔丹实施招抚政策，把重点放在分化互解其上层人物方面。十月二十一日，他遣昭莫多之战受伤被俘的厄鲁特曼济回噶尔丹处与妻子团聚，并赍敕文给噶尔丹、丹济拉等。在敕文中写道：“今朕又亲率六师远莅于此，且各处调兵邀击。尔等妻子、马畜诸物俱已散亡，衣食已尽，势迫无归，况时渐严寒。朕不忍尔属下厄鲁特妻子相失，穷困冻饿而死，特遣谕招抚。今重复降敕，尔等若悔前愆，俯首向化，朕一体加恩抚恤，俾各得所，尔部下厄鲁特亦得妻子完聚，咸获生全……今若又不觉悟，听信匪言，则后悔莫追矣，尔其勿疑勿惧，特谕。”此外，他还特遣和硕扎萨克图亲王的长史马尼图、多罗郡王昆都伦博硕克图属臣乌勒木济、多罗郡王墨尔根济农部属阿玉什等，持谕前往噶尔丹手下重要首领丹津阿拉卜坦及丹津鄂木布等人，着重离间他们与噶尔丹之间的关系，指出：尔等“皆非倡乱之人”，令“与噶尔丹分析各居”，“著即率尔部落来降，前此依附噶尔丹之咎，朕概不介意，必待尔以富贵，尔之部落亦使各得生业，妻子完聚，从容度日”。康熙欲以归化城作为招抚据点，在十月二十三日离开该城的前一天，令留大臣，以便为了专门接待厄鲁特降人，完其失妇，给以衣食。
为了迫使噶尔丹归降，康熙帝除了遣使招抚实施政策攻心术之外，他还特别注意调动兵马，围困阻击。十月的中下旬，他得知噶尔丹可能从枯伦自尔齐尔窜犯哈密，立即命令孙思克及西安将军博霁分别率兵赴肃州阿南达处，探听声息，“即行剿灭”。
在康熙帝的率领指挥下，在下列方面进行了妥善的部署：争取使逃向哈密附近的噶尔旦多尔济（噶尔丹内弟）重新归附清朝，令其与哈密维部头人达尔汉白克互相配合，在滩纳秦、都尔白儿济各口“拨人小心驻防哨探”；征调二千绿旗兵，在额济纳、昆都伦等地坐哨探听，加强防守。此外，土尔扈特部阿玉奇台吉也发兵一千，准噶尔部策妄阿拉卜坦发兵一千，和硕特部额尔克巴图尔台吉亲率兵千许，“俱会集于阿尔泰以内土鲁图地方驻扎，四面设哨，如遇噶尔丹即执而杀之，如或生擒，即行解送”。以上三部加上哈密维吾尔部、噶尔旦多尔济等西北各部组成联合防线，即可从根本上遏阻噶尔丹西窜的通道。
部署完毕第二天就是十一月五日，只见康熙帝在喀林托会坐镇指挥，对这全部的安排感到非常满意。过了没有多久，就看到阿南达远方尘土飞扬，穷追百余里，在意料之中截获达赖喇嘛使臣达尔汉鄂木布、青海博硕克图济农使人阿尔达尔寨桑，以及噶尔丹使人喇克巴彭楚克格隆、噶尔丹亲侄硕孟多尔济等及男妇子女各数十人，并查获噶尔丹嘱托达赖喇嘛照其儿子塞卜腾巴尔珠尔的一封书信。根据这一线索，康熙帝令严加搜捕，不久就于哈密附近擒获噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔。
现在可好了，西北各部的联合作战已使噶尔丹处于孤立无援的困境。就这样，康熙实现了他第二次亲征的目的，他见好就收，于是取消了拟议中的宁夏之行，取道鄂尔多斯，他要回銮了。
十一月十七日，康熙帝驻扎于哲困斯台，接到了费扬古将军的奏疏，上面说噶尔丹使所属格垒古英等二十人前来投降。十一月二十五日，康熙在东斯亥见格垒古英，让他转告噶尔丹，严厉地说：“令其亲自来降，否则朕必往计”。“朕在此地行猎待尔，限七十日内还报，如过此期，朕即进兵”。在这次接见中，康熙帝有意作出还准备留在前方追剿的姿态，他想不让对方知道自己准备搬兵回朝，还要给对方一定的压力。在等到送走了格垒古英之后，便谕令班师回京了。
十二月一日，康熙在南河西界的萨尔虎拖会接见了大将费扬古，和他谈了好长时间，表彰西路兵在昭莫多会战时“以疲困之众，遇敌战胜，势如破竹，实为可嘉”。费扬古闻言不仅不居功，反而“知罪”，答道：“噶尔丹之破败，皆圣谟神武之所致，奈臣庸也。”康熙帝对此甚为满意，赐以御用弓矢等物，后又特准费扬古将军随意调遣外藩兵马，并超封一等公，以示皇上对他的厚爱，鼓励其努力进击。
康熙帝两次亲征噶尔丹，“收抚其降众，遏绝其外援”，重新部署了西北的兵力，达到了巩固西北边防的重要目的。
5．事大事小，下属发表
在不损害统治、影响威信的前提下，康熙帝往往愿意给下臣一些形式上的自由、民主，允许他们反驳皇上的谕旨，甚至将它驳回拒不执行都可以，这在当时称这种情况为“对驳”。当然，这种反驳必须有一定的条件、理由，那就是在实质上必须对国家、人民有利，对于皇帝的统治有好处，这样一来，皇上由于允许他们反驳，有时也会采纳合理的意见，这在无形中极大地提高了皇上的威望。
二十二年，康熙皇帝说过古代帝王诏旨既下，大臣们多有对驳之举。所谓的对驳，也即大臣依照实际驳回皇帝的不切实际的圣旨。虽然从另一个方面说，对驳不能成为一种制度，但它却不可忽视地标榜了一种皇帝的理政原则：惟善是从。
从康熙帝的素常品德上来看，实行对驳是有条件的，因为从个人心胸上来讲，康熙可谓是一个虚怀纳谏的皇帝。但从中国历史上看，这个美名只能属于唐太宗。原因是清王朝始终有着某种特殊的统治心理，这个心理也是一种情结，关键在于民族歧视，康熙皇帝多多少少也有这方面的问题。抛开这些不谈，康熙还是一个能在相当程度上广开言路，听纳谏劝的皇帝。
他曾说过开言路与纳谏的必要：“凡事只有一理，不可执拗。朕听政五十余年，何者不曾经历？即小事向大学士、学士、九卿问之，大臣犹执拗之可也。若为君者行执拗，则如之何？”意思是说，无论什么事情，都不可固执己见。我听政听了五十多年，什么事没经过？所以但凡小事向大臣们请教的话，他们固执一点也无多大关系。如果做皇帝的也爱固执己见，刚愎自用，那会怎么样呢？
他说的这一番话，是从个人见识与所负责任的比较上来讲的，说的是办事论事必须理智，必须严于自律，而从政治的必要性上，关于开言纳谏，康熙如此说：“内阁最为机要之地，尔等亦议政大臣，宜各抒己见，直言无隐，但求当于理，互相商酌。即小有得失，复有何妨。朕焉有因议事而加罪者乎？且人资禀不齐，不可云事事而尽知，而此不知者亦有之。”在政治问题上也同样要广开言路，让人直谈看法，纵横国事，其实说错了也并没有什么大不了的，这不是政治上的开明吗？
康熙是个言行一致的皇帝，他不仅这样说的，同样也是这样做的。从康熙朝治政风气和政治成就上看，诸多军国大事，及至平常军政要员的任免，也通常是皇帝与众臣们反复磋商的结果。当然，由于考虑欠周，经大臣们提出新的意见，康熙从而改变主张也是常有的事。就人与事这两方面而言，康熙皇帝确是一个清醒者。
朝中政治，知人用人是最为不易的事情。如五十四年陈瑸刚上任偏沆地方巡抚时，就上本启奏取消地方官员的“火耗”，指斥这种“火耗”实质是地方官员巧立名目剥削百姓的一种行为。康熙初见这奏章，就很不高兴，再加上这时有些大臣对康熙行附会、挑拨，说陈瑸的种种不是，康熙听过更为恼火，一连好几天在御门听政时都是气冲冲的，说陈殡不明世理，把事情看得太容易、太草率了，竟然口出狂言，无非是陈殡年岁已大，想借他康熙夕照沉山之时博取一点好名声而已。愈想愈气，一时发起了大脾气，要召见陈瑸，陈瑸进京之后，当面听了陈瑸的工作汇报，康熙的态度就完全不同了。他甚至对大臣们说：“朕昨召陈瑸入见，细察陈殡之举动言语，实系清官。就现在观之，下直能为人所不能为，与苦行僧无异。且陈系滨海务农之人，非世家大族，朝廷士大夫又无门生故旧。而天下之人莫不知其清。苟非真清，岂能至此？厚载尔归诚为非道；但应得之物，亦宜取为赏兵之需。身为封疆大吏，而室中萧然无一物可以与人，亦非大臣所宜。夫弟谓一介不以与人，一介不以取诸人，岂非已必无所得？不过不肯于人，到日后仍是自肥耳！陈殡亦深心服。陈殡之学问虽平常，而其才尚能办事。凡为地方官者，但能持己以正，不为非法之事，即称良吏。如陈瑸者，岂可多得？国家得此等人，实为祥瑞。允宜从优表异，以鼓清操。”
本来是说纳谏之事，但康熙早已把话题扯到人才品行上去了。当然，康熙既能如此地去说，也在不言之中早就采纳了陈殡的主张，从而改变了自己的做法。
6．遇过先责己，勿推诿下人
民间流传着一句话“伴君如伴虎”，治家治国必然都有得与失，有喜与忧，有成功与失败，这是事情的发展规律，不可能万事顺心，没有丝毫挫折，要风得风，要雨得雨。然而，在遇到失误或失败时该如何去面对，去处理？这就是历代帝王都不好处理的事情了，他们大多都是功归于己，过则加祸于人。一旦有祸缠身，大臣倾家荡产都是寻常事，身首易处、株连九族也不是没有的。所以说，君与虎，又有什么不同呢？
然而，对此事，康熙皇帝却坚决反对，提出了“倘有失误，君臣共之”的可贵思想。这一思想是康熙长期治理国家的经验总结，也是对他个人道德修养的经验总结，对后世君主是鞭策，对后人的启迪也很深刻。
四十五年三月十日，康熙对大学士等官员说：朕观前史，如汉朝某年有灾祸发生，当朝君主即重处一宰相。这是大错特错。因为宰相是帮助国家办事的助手，倘有失误，君臣应共同负起责任才是。这位国君将过全部推给宰相，这合乎情理吗？他又说：有些国君，凡事都交给宰相去办，这是国君的不是，不能只归罪于宰相。
康熙十八年发生地震，魏相枢没有密本，因此，康熙单独诏魏面奏，魏说这是非常事件，只能重处索额图、内大臣明珠大学士才能消此实。
康熙对魏说：这都是朕本身的过错，与他们有何相干。朕断不会把自己的错误推给他人。魏相枢听后惊恐不安，不知如何回答是好。
当吴三桂叛乱的时候，大臣索额图上奏说：一开始提出迁徙吴三桂的人，可以斩首。康熙则对他说：调防吴三桂去云南是朕自己的意思，与其他人没有关系。索额图惊恐不安。康熙又接着说：在朕的一生中，何曾有过一事推给臣下负责吗？此等事朕从来不做。大臣之间展转互相参奏，这都是时代的恶习。大臣之间相互攻击，此等恶劣作风断不可久长。索额图无言对答。
康熙之所以一再地强调“若有失误，君臣共之”，其实是从多方面考虑的，他认为：君臣一心图治，天下无患不治；为政之道以君为主，大权独揽，小权则应下放分散；三是人非圣贤，谁能无过，皇上也会有错；以上诸因素，每有错误，自己也有不可推卸的责任。因此，有失也不能诿过于臣下。
康熙这一高尚道德修养的结晶——倘有失误，君臣共之的可贵思想并非从天降，或天生俱备的，而是从生活实践中得来的。
康熙从青年时代做皇帝时起对此就已有所认识，而后又随着岁月的流失，年岁的增长，阅历的扩展，使康熙帝的用人治国经验更加地丰富，对“倘有失误，君臣共之”有了更深的体会和理解。这一思想他一直保持到晚年。这是康熙时期天下大治的重要因素。
十二年三月十三日，康熙皇上来到弘德殿听讲官讲书，等到听完之后，他对讲官说：从来君臣一心图治，天下无患不治。此等光景，不易多得。朕与臣怎能不以此相互勉励呢？十月十九日他又对讲官说：人主有势力，地位崇高，要什么没有？但需要自我修养的功夫，自然不会犯错误，自能反省改错。如果任意行事，少有谨慎，没有不出问题的。朕常思考这一问题。