康熙这时虽然已明示天下开始亲理政务，但辅政领导内三院及议政王大臣会议的政治体制并未立即改变，辅臣朝班次仍在亲王之上，并继续掌握批理章疏大权，而且鳌拜的党羽这时已经形成，而且势力非常地强大，仅分据军政要职的就有：满州都统穆里玛、内秘书院大学士班布尔善、吏部尚书阿思哈、兵部尚书噶楮哈、侍郎泰必图和迈音达、一等侍卫阿南达、内秘书院学士吴格赛、山陕总督莫洛等共二十多人。更甚的是敬谨亲王兰布、安郡王兵乐、镇国公哈尔萨等人也先后依附于鳌拜。尤其是在上三旗中，鳌拜占据着绝对的优势，不仅镶黄旗全部被控制，就是正黄旗也随声附合，这时正白旗遭受到严重的打击和削弱，而宫廷宿卫则完全又由上三旗负责，康熙所面临的境况仍旧十分艰难。
正白旗辅臣苏克萨哈一向鄙视鳌拜，不甘心与其同流合污，但又见其势大，无法与之抗争，便产生了隐退之念，于皇帝亲政之后第六天，以“身婴重疾”为由，上疏要求“往守先皇帝陵寝”，并说：“如线余生得以生全，则臣仰报皇上豢育之微忱，亦可以稍尽矣。”
此疏目的有二：一则表明鳌拜专横，自己不得不隐退；二则试图以自己隐退的行动迫使鳌拜、遏必隆也相应辞职、交权。但康熙帝毕竟年轻，对苏克萨哈困难处境及其苦心并不十分了解。见他突然奏请守陵，不解所谓，遂遣米斯翰等往问。鳌拜正欲陷害苏克萨哈，便借机大做文章，矫旨指责：“兹苏克萨哈奏请守陵，如线余生得以生全。不识有何逼迫之处，在此何以不得生，守陵何以得生？朕所不解。著议政王贝勒大臣会议具奏。”然后，鳌拜又于七月十七日排斥可能持异议的大学士，操纵议政王大臣会议，颠倒黑白，给苏克萨哈编造“不欲归政”等大罪二十四款，应斩决抄家。向皇帝奏报，康熙“坚执不允所请。”鳌拜攘臂上前，强奏累日，最后仅将苏克萨哈从磔（分裂肢体的刑法）改为绞刑。至此，鳌拜专权作恶已达到令人无法容忍的地步。
冤杀苏克萨哈之后，鳌拜更加肆无忌惮。凡起坐班行，自动列于遏必隆之前；一切政事先于私家议定然后施行，又将部院启奏官员带往私门商酌；如有人自行启奏，未事先向他表白，辄加嗔怒；于皇上之前，凡事不以理进奏，多以旧时疏稿呈览，“逼勒依允”，于御前呵叱部院大臣，拦截章奏；以蒙古都统俄讷、喇哈达、宜理布等在议政处不肯附合，即裁止蒙古都统，不参加会议；而有些王府长史是其亲属，或向其靠近，便擅自允许王府长史参与议政；甚至公然抗旨，拒不执行。例如，鳌拜党羽马迩赛死后，康熙明令不准赐谥，降旨说：“有何显功，不准行。”鳌拜竟不遵行，仍赐谥。
鳌拜等人的抗旨妄行，使年轻的康熙帝进一步看清了他们结党敌政的面目，便决定针锋相对，与之斗争。一次康熙帝听政，有人援引恩诏误赦一人，便问大学士李尉，李蔚以为既已误赦，宜听之便。康熙不无所指地批评说：“宥人可听其误，若杀人亦听其误可乎？”此来表明对鳌拜抗旨冤杀苏克萨哈等人之事不会善罢甘休。另一次，朱批红本已发科抄，辅臣鳌拜又取回改批，给事中冯薄侦知，立即向皇帝报告：“本章即批红发抄，不便更改。”鳌拜闻知，欲罪冯溥。康熙不仅不罪，反而嘉奖，并责令辅臣：“此后当益加详填批发。”又一次，康熙帝与辅臣等共听读本，鳌拜闲谈，往往忽略。康熙立予严斥：“此内有关系民命者，尤不可不慎，伊等皆经行间效力，不以杀人为意，朕必慎焉。”年轻皇帝敢于弹劾权奸，使满朝正直大臣无比振奋。
康熙七年九月，内秘书院侍读熊赐履疏言：“朝政积习未除，国计隐忧可虑”，并引用宋儒程颐“天下治乱系宰相”一语，点明关键在于鳌拜其人。但康熙认为时机尚未成熟，便斥之以“妄行冒奏，以活虚名”，并声称给予处分，借以麻痹鳌拜，实际上他却悄悄地部署擒拿鳌拜的各项准备工作。
最早奏命领导善扑营执行擒拿任务的近臣索额图，乃已故首席辅政大臣索尼次子、康熙叔丈人，威望足以慑服上三旗侍卫。他原任一等侍卫，康熙七年六月，改任吏部右侍郎刚好一年，又于八月五日“自请解任，效力左右，复为一等侍卫。”
索额图以一等侍卫身份重新回到皇帝身边，意味着剪除鳌拜的时机成熟。
为了保证捉拿鳌拜行动的顺利进行，在行动之前，康熙还不露声色地将鳌拜党羽以各种名义先后派出京城，以削弱其势力。如将其亲侄侍卫苏尔马差往科尔沁办事，将其胞弟内大臣巴哈差往桑哈尔审理阿布奈之事，将其姻亲理藩院左侍郎弹克托派往苏尼特负责编定扎萨克事务，将其亲信工部尚书、都统济世派往福建巡海等。
康熙八年（1669年）五月中旬，一切安排就绪，康熙于十六日亲自向善扑营做动员部署，并当众宣布鳌拜的罪过。随即以议事为名将鳌拜宣召进宫擒拿，当时鳌拜并没有觉察这些，仍一如往常那样傲气十足地进了宫，就是两旁站立的善扑营人员也并没让他产生丝毫怀疑，因为他一直认为：年轻的康熙是无论如何也拿他没办法的，所以那些善扑营人员在他看来只不过是康熙迷恋摔跤的一种表现而已。而根本就没有想到自己将成为阶下囚。一直到众少年把自己团团围住时，方醒悟大事不妙，但太迟了。
连同鳌拜一起被捉拿的有另一辅政大臣遏必隆和一等侍卫阿南达等。康熙帝又亲自向议政诸王揭露鳌拜罪状，主要有：徇情补用官员，“通用结党，以欺朕躬”；“于朕前办事不求当理，稍有拂意之处，即将部臣叱喝”；“鳌拜在朕前理宜声气和平，乃施威振众，高声喝问”；“科道官员条奏，鳌拜屡请禁止，恐身于物议，闭塞言路”；“文武各官尽出伊门下，内外用伊奸党，大失天下之望”；“凡事在家定议，然后施行，且将部院衙门各官于启奏后常带家商议”；“依仗凶恶，弃毁国典，与伊等相好者荐拔之，不相好者陷害之”。总之，“贪聚贿赂，奸党日甚，上违君父重托，下则残害生民，种种劣迹，难以枚举。”
以康亲王杰书为代表的议政诸王，原本不满鳌拜的专横跋扈，现在见皇上已擒拿鳌拜并令其勘问议罪，所以很快就列出鳌拜欺君擅权，结党乱政等三十款大罪，以将其革职立斩；遏必隆、英部尚书阿思哈、户部尚书都统穆里玛、兄赵布太、子那摩佛、阿林、刘光、刘之源、阿南达、布达礼、济世等，分拟立绞、立斩、即行凌迟处死等，“亲生及未分家之子并妻为奴，家产籍没”；其族人有官职及在护军者，均革退，各鞭一百后披卑当差。处理意见上报康熙后，康熙又亲自鞠问鳌拜等人，并于五月二十五日历数“鳌拜结党专权，紊乱朝政”等诸般罪行之后，宣布：情罪俱真，本当依议处分，但念鳌拜累朝效力年久，且皇考曾经倚任，朕不忍加诛，姑从宽免死，革职籍没，仍行拘禁。遏必隆无结党之事，免其重罪，削去太师及后加公爵，其原有一等公，仍准留与伊子。”擒拿鳌拜，涉及权力更迭大事，人事关系甚为复杂。仅用十天，即全面宣布处理结果，表明准备工作非常充分、细致。从谕旨内容看，毫无报复之意；体现了极高的政策水平。法外施仁，区别对待：鳌拜以功免死拘禁，其兄赵布太、子那摩佛亦从宽免死拘禁；遏必隆系开国勋臣额亦都之子、和硕公主所生，因而“免其重罪”，数月之后。又“特为宽宥，仍以公爵，宿卫内廷”；罪在不赦之死党，除谕旨中所列已处死之班布尔善等七人之外，又于九月份将工部尚书都统济世及内秘书院学士吴格塞绞刑处死。处死者仅此九人，较原议大大减少。从而有效地，防止了株连，稳定了人心。凡受鳌拜迫害致死、革职、降职者均平反昭雪。已故辅政大臣苏克萨哈等人的世职爵位予以世袭，因而此案的处理颇得人心。
议处鳌拜，废除辅政大臣后，康熙帝得以收回批红之权。此后，各处奏折所批朱笔谕旨，皆出自皇帝之手，从无代书之人。康熙年老之后仍坚持这一习惯，及至右手患病不能写字，宁可用左手执笔批旨，亦“断不假手于人”。康熙还从鳌拜事件中吸取经验教训，断不许人怀挟私仇，互相陷害，故以三、四十年间，无大臣互讦之事。鉴于议政王大臣会议曾被鳌拜把持，内容多有变更，特加整顿，规定：“诸王贝勒之长央，闲散议政大臣务须慎密，勿致泄漏消息。”同时，针对当时大臣“交通在内近侍，便令人员妄行于求，或潜为援引，或畏威趋奉”等不正之风，重申：“以后如有不遵禁例，仍前于求趋奉者，定行从重治罪，决不饶恕。”
9．过目不忘，博古通今
翻开中国浩瀚的历史史册，无论哪朝哪代，只要是伟人，他们都有着敏锐的观察力和惊人的记忆力，观察力能明察秋毫，记忆力能过目不忘，历久弥新。