敦煌学各分支学科及其下各系列项目之间，常常有关联，交叉甚至部分重合的现象，例如敦煌民俗学同敦煌风俗画及衣冠服饰画研究之间，敦煌社会史研究同艺术史研究之间，敦煌学开发利用同敦煌艺术导游，名胜古迹导游及敦煌艺术陈展设计之间，敦煌乐舞研究同敦煌词曲研究之间等等，常常互有关联，交叉甚至部分重合。这一现象，主要是由于敦煌学各部门使用的材料和所研究的问题存在某种关联，交叉或互通的缘故。仅管如此，由于敦煌学各部门研究的方向、目的、着眼的角度和所要解决的问题各有不同，所以毕竟得以分别成立各自的系列科目。
敦煌学的体系结构，是九十年来敦煌学在发展过程中逐步形成和渐趋完善的，不是由任何人所规定的。目前，敦煌学仍处在继续发展的阶段，它还可能出现新的分支学科，新的系列和新的科目。我们只能根据敦煌学发展的实际情况和既成事实加以概括归纳。正如梁启超先生所说：“凡一种学问要成为科学的，总要先有相当的发展，然后归纳所研究的成绩才成为专门。先头是很自由的发展，茫无条理，后来把过去的成绩整理，建设科学。没有一种科学不是如此成立的。”（梁启超：《中国历史研究法（补编）·史学之成立及其发展》）。下面，笔者所列的敦煌学体系结构表，就是如此归纳出来的。这里对下表特做如下两点说明：
第一，敦煌学涉及的学术面十分广泛，博大精深，非同一般，笔者的学识与耳闻目见不足以对它做巨细天遗的总搅。笔者对敦煌学体系结构的建纲标目，难免会有遗漏，有待补充完善。对于应有而遗漏的纲目，并不意味着笔者不承认它的存在，只反映笔者孤陋寡闻。
第二，笔者对敦煌学体系结构的概括，仅在于反映敦煌学发展的既成事实（可能还不足以充分反映其发展的事实），并不意味着我们企图用这个体系结构表来限制和否定敦煌学的继续发展。敦煌学体系结构的发展，是由敦煌学自身规律所决定的，而不是人们的主观意识所可限定的。
下面，对敦煌学的体系结构，列表概括如下：
敦煌学结构表
1.敦煌史地学
1.1敦煌通史
1.1.1敦煌上古史
1.1.2敦煌中古史
1.1.3敦煌近古史
1.1.4敦煌近现代史
1.2敦煌断代史
1.2.1敦煌汉魏史
1.2.2敦煌五凉史
1.2.3敦煌北朝史
1.2.4敦煌隋唐史
1.2.5敦煌吐蕃统治史
1.2.6张氏归义军史
1.2.7金山国史
1.2.8曹氏归义军史
1.2.9沙州回鹘统治史
1.2.10西夏统治史
1.2.11蒙、元统治史
1.2.12明代沙州史
1.2.13清代敦煌重建史
1.3.敦煌专史
1.3.1敦煌社会史
1.3.2敦煌文化史
1.3.3.敦煌经济史
1.3.4敦煌美术史
1.3.5敦煌教育史
1.3.6敦煌民族关系史
1.4敦煌历史地理
1.4.1敦煌历史自然地理
1.4.1.1敦煌地质地貌研究
1.4.1.2敦煌自然环境、物候变化研究
1.4.1.3敦煌自然灾害研究
1.4.2敦煌历史人文地理
1.4.2.1敦煌郡（州）、县、乡、里、坊、巷、境域区划、建置沿革研究。
1.4.2.2敦煌聚落、城、塞、坞、堡、烽、亭研究
1.4.2.3敦煌驿道交通研究
1.4.2.4敦煌河、渠、泉、泽、水利研究
1.4.2.5敦煌诸山研究
1.4.2.6敦煌名胜古迹研究
2.敦煌考古学
2.1敦煌史前考古
2.1.1史前遗址考古发掘与研究
2.1.2先民岩刻调查研究
2.2敦煌汉、唐、宋、元、明、清考古
2.2.1敦煌城塞、烽燧、城堡、聚落、驿道考古
2.2.2敦煌汉、唐、宋、元、明、清墓葬发掘与研究
2.3敦煌石窟考古
2.3.1洞窟发掘与研究
2.3.2敦煌石窟排年
2.3.3敦煌石窟内容考释
2.3.3.1壁画内容考释
2.3.3.2壁画器物图谱与考释
2.3.3.4洞窟题记考释
2.4敦煌金石简牍研究
2.4.1敦煌简牍研究
2.4.2敦煌金石铭刻研究
3.敦煌民族学
3.1敦煌羌族研究
3.2敦煌吐蕃族研究
3.3敦煌突厥、回鹘族研究
3.4敦煌沙陀族研究
3.5敦煌粟特族研究
3.6敦煌龙家族研究
3.7楼兰研究
4.敦煌宗教学
4.1敦煌佛教研究
4.1.1敦煌佛教史
4.1.2敦煌正统佛教研究
4.1.3敦煌世俗佛教研究
4.1.4敦煌佛典及佛学研究
4.1.5敦煌佛寺研究
4.1.6敦煌僧官寺职及寺院行事研究
4.1.7敦煌僧尼修持及佛事活动研究
4.1.8敦煌寺院经济研究
4.1.9敦煌僧尼社会生活研究
4.1.10敦煌佛教信仰及佛教文化研究
4.2敦煌道教研究
4.2.1敦煌道教典籍研究
4.2.2敦煌道观研究
4.2.3敦煌道教与佛教关系研究
4.3敦煌摩尼教研究
4.4敦煌景教研究
4.5敦煌祆教研究
5.敦煌艺术学
5.1敦煌艺术史
5.2敦煌艺术论
5.3敦煌壁画专题研究
5.3.1佛教画研究
5.3.2“仙道”画研究
5.3.3人物画研究
5.3.4动物画研究
5.3.5山水、屏风画研究
5.3.6衣冠服饰画研究
5.3.7图案、装饰画研究
5.3.8壁画创作、临摹技法研究
5.4、敦煌雕塑研究
5.4.1敦煌彩塑艺术研究
5.4.2敦煌彩塑制作技术研究
5.4.3敦煌彩塑临摹研究
5.4.4敦煌木、陶、石雕研究
5.5敦煌石窟建筑研究
5.5.1敦煌石窟建筑艺术研究
5.5.2敦煌界画研究
5.5.3敦煌石窟窟檐、阙、塔建筑艺术研究
5.6敦煌纸、布、绢画及漆器研究
5.7.敦煌乐舞艺术研究
5.7..1.敦煌壁画乐舞图像研究
5.7..2.敦煌壁画乐器图谱及古乐器复原制作研究
5.7..3.敦煌舞谱研究
5.7..4.敦煌乐、曲谱研究
5.7..5.敦煌古代乐舞史事研究
5.8敦煌书法艺术
5.8.1.敦煌毛笔书法研究
5.8..2.敦煌硬笔书法研究
5.9.敦煌美学研究
5.10敦煌艺术继承创新
6.敦煌民俗学
6.1衣食住行民俗研究
6.2婚嫁丧葬民俗研究
6.3岁时节令民俗研究
6.4人伦社交民俗研究
6.5饮食娱乐民俗研究
6.6信仰民俗研究
6.7境内民族民俗研究
7.敦煌语言文字学
7.1、敦煌音韵学
7.1.1敦煌韵书研究
7.1.2敦煌音系研究
7.1.3唐宋敦煌韵文格律研究
7.1.4敦煌佛经音释研究
7.2敦煌训诂学
7.2.1敦煌俗词语研究
7.2.2敦煌借词及外来语研究
7.2.3敦煌通假字研究
7.2.4敦煌字书研究
7.3敦煌新语法研究
7.4敦煌俗、异、别体字研究
7.5敦煌标点符号研究
7.6敦煌方言俗语辞典
7.7敦煌方音字典
7.8敦煌古民族文字语言研究
7.8.1佉卢文研究
7.8.2波罗谜文研究
7.8.3粟特文字、语言研究
7.8.4梵文字、语言研究
7.8.5吐蕃文字、语言研究
7.8.6突厥文、回鹘文字、语言研究
7.8.7于阗文字、语言研究
7.8.8西夏文字、语言研究
7.8.9八思巴文、蒙古文字、语言研究
7.8.10 叙利亚文字、语言研究
8.敦煌文学
8.1敦煌文学史
8.2敦煌文学概论
8.3敦煌文学专题研究
8.3.1敦煌诗赋研究
8.3.2敦煌散文研究
8.3.3敦煌童蒙文学研究
8.3.4敦煌应用文学研究
8.3.5敦煌民族文学研究
8.3.6敦煌话本小说研究
8.3.7敦煌讲唱文学研究
8.3.7.1敦煌讲经文、押座文研究
8.3.7.2敦煌变文研究
8.3.7.3敦煌稀见讲唱、演唱文体研究
8.4敦煌曲辞研究
8.5敦煌佛教文学研究
8.6敦煌民族文学及外国文学研究
9.敦煌文献学
9.1敦煌文献概论
9.2敦煌文献（文书、简牍）性质、源流、价值意义研究
9.3敦煌文献个案研究
9.4敦煌文献鉴识与辩伪
9.5敦煌文献目录学
9.5.1敦煌文献目录学概论
9.5.2敦煌汉文文献分类目录
9.5.3敦煌民族文献分类目录
9.5.4敦煌艺术品分类目录
9.5.5敦煌文献解题目录
9.5.6敦煌艺术品解题目录
9.6敦煌学研究论著目录
9.7敦煌学资料储存检索
9.8敦煌抄本、刻本、装帧、款式及载体研究
9.9敦煌文献年代学
9.9.1敦煌文献年代学概论
9.9.2敦煌卷子定年
9.9.3敦煌文献编年
9.9.4敦煌简牍的定年与编年
9.10敦煌文献勘学
9.10.1敦煌文献校勘大例研究
9.10.2敦煌番文献类录及校释整理
9.11敦煌古籍辑录与辑佚
10.敦煌古代科学技术
10.1敦煌中医药学
10.1.1敦煌医论研究
10.1.2敦煌诊疗学研究
10.1.3敦煌脉学研究
10.1.4敦煌药物学研究
10.1.5敦煌医方研究
10.1.7敦煌针灸学研究
10.1.8敦煌气功研究
10.1.9敦煌祝由医研究
10.1.10敦煌民族医学研究
10.1.11敦煌古代医事活动研究
10.1.12敦煌医学开发应用研究
10.2敦煌天文历算研究
10.2.1敦煌天文学
10.2.2敦煌历法学
10.2.3敦煌算学
10.2.4敦煌号码法
10.2.5敦煌阴阳、占卜研究
10.3敦煌建筑研究
10.3.1敦煌军防工程（长城、烽燧、天田、土河、城堡）研究
10.3.2官衙建筑研究
10.3.3民居建筑研究
10.3.4窟龛檐廊建筑研究
10.3.5塔庙、冢墓建筑研究
10.3.6水工建筑研究
10.4敦煌古代手工业、制造业研究
10.4.1丝麻棉毛织造研究
10.4.2酿造研究
10.4.3锻铸研究
10.4.4造纸研究
10.4.5雕版印刷及活字印刷研究
10.4.6化工颜料研究
10.4.7交通工具研究
10.5敦煌农牧业研究
10.5.1敦煌农业研究
10.5.2敦煌农具研究
10.5.3敦煌畜牧业研究
10.5.4敦煌草场分布与管理
10.5.5敦煌兽医研究
10.6敦煌计量研究
10.6.1敦煌《算经》及计量制度研究
10.6.2.敦煌度量衡研究
11.敦煌文物保护科学
11.1石窟保护、加固及维修
11.2石窟塑绘保护、加固及维修
11.3、敦煌古遗址（包括长城、烽燧、城堡、窟龛、塔庙、墓室等）保护、加固及维修
11.4、易损文物（包括纸、帛文书、绘画、简牍、刺绣、衣物、古纸等）保护、加固及维修
11.5石窟环境控制与病害预治
11.6文物防腐、除害材料研究
11.7重层壁画剥离、搬迁、复原回贴技术
11.8敦煌古建筑及塑像搬迁技术
12.敦煌学学
12.1敦煌学史
12.2敦煌学评论
12.3敦煌学信息工程
12.4敦煌学普及工程
12.4.1敦煌艺术导游
12.4.2敦煌名胜古迹导游
12.4.3敦煌文化艺术陈展设计
12.5.敦煌学应用开发
12.6敦煌学人才培养
12.6.1敦煌学专业设置及课程设置
12.6.2敦煌学教材编纂
12.6.3敦煌学短期培训