《汉书·地理志》敦煌郡效谷县，颜师古注云：“桑钦说，孝武元封六年（公元前105年），济南崔不意为鱼泽尉，教［民］力田，以勤效得谷，因立为县名。”这是我们目前所知敦煌郡内建立最晚的一个县，比敦煌郡的建立晚六年。敦煌郡各县，未建县前是酒泉郡西部各都尉候官戍守的地区。换句话说，先是汉朝军队的占领区和戍守区。戍卒们战时要作战，平时兼有守卫和屯田两大任务。这样各个小防区又是一个小型军屯区，置有农都尉、护田校尉从事屯田事务的管理。先是戍卒屯田，接着发配来罪犯充实各个屯区；屯垦人数增加，耕地扩大。后来，更陆续从内地迁来移民，各屯区由单一的军屯发展为军屯之内兼有民屯。汉简中所载农令、劝农椽、农长、农亭当是农都尉以下兼管民屯的官吏。有的学者以为河西地区在西汉末建郡县前只有军屯没有民屯，其实值得重新考虑。上引桑钦说鱼泽尉崔不意“教民力田”，可见鱼泽障辖下就有“民”屯。随着民屯事业的发展，有关民间的政务必然增多，军事机构不胜其烦，便有了建县理民的需要。于是就各个军防区内军屯及民屯较发达、人户相对集中的地方建立县级政权，以理农田、水利、、徭役、赋税、商贸、盗贼、争讼、治安、民政等事。效谷县就是在鱼泽候官垦区的基础上发展而来的，大约崔不意被授任为首任效谷县令。由此可见，敦煌郡的建立是自下而上的，即先有若干候官垦区，而后在候官垦区基础上建成若干县。笔者推则，敦煌县是在部（步）广候官垦区基础上改制而成；渊泉县是广汉候官垦区基础上改制而成；冥安县是在美稷候官垦区基础上改制而成；广至县是在宜禾候官垦区基础上改制而成；效谷县是在鱼泽候官垦区基础上改制而成；龙勒县是在阳关都尉垦区基础上改制而成。县以下的亭里（汉代敦煌地区县以下仅置亭、里，未设乡），则是在各候官垦区属下的若干小片垦区基础上改建而成的。
这就意味着，敦煌地区的开发，并不是从敦煌郡的建立开始，而是从元狩二年建立酒泉郡领有敦煌之日就已经开始了。近人在论述敦煌地区的开发史时只从敦煌郡的建立开始，显然是不对的。至少应从元狩二年（公元前121年）汉军进驻敦煌算起。就是说，汉朝对敦煌地区的开发，应始于汉武帝元狩二年，距今已二千一百二十多年。从此开始，敦煌地区才结束了传说时期，步入了有可靠编年的信史年代。
到西汉平帝元始二年（公元2年），敦煌郡已有户一万一千二百，口三万八千三百三十五11，首府敦煌城已成汉朝西陲重镇。
东汉时，西域副校尉常驻敦煌，这里进一步成为沟通西域、军事政治的联络中心。公元400年，李暠的西凉政权在敦煌建立，敦煌一度成为西凉的国都。北魏和西魏时，皇族宗室东阳王元荣受任瓜州刺史，坐镇敦煌。北周及隋代，这里仍是郡治首府。唐开元、天宝年代这里设沙州都督府，河西节度使驻地亦由凉州（武威）移至敦煌，这里又成为河西抗蕃斗争的据点和堡垒。吐蕃占领时期，这里是吐蕃王国经济文化最繁荣的地区之一。吐蕃统治末期，它又成为河西、陇右广大地区逐蕃归唐的策源地和根据地。晚唐、五代以至北宋初期一百多年间，敦煌一直是归义军的首府。下至元代，敦煌是西宁王速来蛮和牙安沙父子两代的王府所在地。千余年来，政治上、军事上的重要地位，给敦煌地区带来经济上和文化上的繁荣。从敦煌遗书的零星记载来看，唐宋时代的沙州城除设有都督府（后为节度府）、州、县衙司之外，还驻扎不少军队，又有官辨、寺辨、坊巷及民间私立的各类学校，还有十多所较建大寺院、拥有数百僧尼；城内街道坊巷已知不下二十余条，开设有不少的店铺作坊。来自周边和中原西域的商队、行旅、使节、僧人络绎不绝。根据敦煌故城残存墙垣推算，郡城平面面积达八万多平方米，在西北地区是一座规模很大的城池。
明朝放弃对敦煌的经营，衣冠之族，徙居塞内，其地为藏族酋长驻牧地。当地汉唐文化传统从此断传绝踪。洪武四年（1371年）宋国公冯胜略定河西。永乐二年（1404年）到正德十年（1515年虽置沙州卫，而居民主体已非汉人，其指挥使亦藏族酋长世袭。正德十年，在吐鲁番人侵逼下，其酋长、指挥使率众徙居肃州和张掖，敦煌之地尽为吐鲁番占领，吐鲁番蒙古族成为这里的主体民族。清康熙五十四年（71715年）再度经营河西。雍正三年（1725年）设沙州卫，七年（1729年），陕甘总督岳锺琪招募陕、甘、宁、青无业贫民二千四百零六户充实敦煌，垦种繁衍，敦煌才渐渐复兴。
自汉至宋，为敦煌地区发展兴盛的时期。千余年间，敦煌涌现出不少著名学者。如东汉经学张奂，书法家张芝、张昶；史学家侯瑾；名臣盖勋，曹魏时经学家周生烈；晋翻译家竺法护，书法家索靖，经学家郭瑀、宋纤；北凉算学、历法学家赵，辞赋家梁中庸；北魏史学家刘昞、阚骃，经学家索敞，旅行家释慧达；唐代史学家和文学家张太素、李荃、小学家张参；吐蕃统治时期佛学翻译家法成，晚唐及五代名僧悟真，作家张敖、张球、张永（或作张永进）、杨洞芊、历法家翟奉达，宋代历法家安彦存等，人才辈出。他们一方面作为不同时期敦煌文化的突出代表，另一方面也促进着敦煌文化的发展繁荣。
自汉至宋千余年间，敦煌地区在建筑、雕塑、绘画、锻造、医药、皮毛、纺织、酿造、制笔、制扇、造纸、印刷等技术性行业中，也出现不少能工巧匠，俯进着这些行业、技术的不断发展进步。
上述现象充分表明，敦煌地区本是具有深厚文化背景的文明沃土。在这片文明沃土上，早已在积累着敦煌学的因素。
东汉明帝时，佛教从西域传到长安。敦煌作为中国同西域交往的桥头堡，理所当然地最先接触佛教，成为我国汉民族聚居地传播佛教最早的地区。从十六国时期到北宋时期，敦煌世族豪门，世世代代大都崇信佛教；敦煌地方历代当政者，也多是热心的佛教信徒。这些掌权大员和地方社会上流人物热衷佛事活动，大建寺庙，凿窟造像，广聚僧尼，延搅高僧名流在敦煌译经写经、传道讲学、著书立说、教授子弟，使敦煌又成为佛教文化的圣地，养育出敦煌文化的骄子－－莫高窟。
敦煌地区的开发，是由汉朝军队的进驻揭开帷幕，戍卒屯垦率先进行，接着，遣犯、移民，扩大屯垦，在屯垦基础上建县置亭里及独立建郡。敦煌地区自从匈奴人北撤之后，最早到来的居民是军官及戍卒、接着又有屯犯、垦民。这些移民来自于内地的四面八方，带来了各地先进的耕作技术、作物品种、灌溉技术，工艺技巧，同时也带来了各地的方音方言，风俗习惯、饮食口味。随着丝路交通的兴盛，中亚，西亚、南亚及欧洲的商人、使节、僧侣、学者也纷纷来到敦煌，有
些还在敦煌定居下来，成为常住居民；还有车师虏口12、吐浑归投13。这些少数民族移民又带来了西方及周边民族多种语言文字、宗教信仰、风俗习惯、技术、技艺、饮食口味。上述种种得以汇聚到敦煌，经过选择、淘汰，吸收、消化，逐渐形成以中原文化为主体、融化多种文化于一体的新型的地域文化，就是敦煌文化。敦煌文化以中原文化为主体，吸收了内地四面八方及西域、南亚文化的某些成分，因而基础深厚，含蕴宏博、性格开放，独具一帜。试举数例以明之。如：
观念意识，基本上是中原传统，但也吸收了印度佛教向往净土、救苦救世的思想，又逐渐对印度佛教进行改造，到八世纪末期，终于改造成为入世合俗的新型佛教；
敦煌婚礼，基本上属于中原“六礼”体系，但却吸收了西北民族的青庐之制、合卺于女家、男跪女不跪以及拦路闹婚的礼俗；
敦煌服饰，基本上是褒衣博带，汉式装束，但又吸收了西北民族束袖紧身的胡服及西方的翻领袍服；
敦煌歺饮，基本上是中原汉歺，但也有西北烤肉、葡萄美酒、刀叉歺具，兼用西亚、南亚出产的荜拔、良姜、胡椒、大蒜之类调味品；
敦煌语言，基本上是关中汉语，但也吸收有少量的西北民族及西域、南亚借词。借词又分音译词、义译词、音义合译词。借词如佛屠，阿阇梨，落悉无（绵羊），胡祿（箭袋），可汗，狄银、饽饦；义译词如法律（僧官，掌释门纠察之职），心镜（清净之心）；音义合译词如豆卢军，墨离军，王退浑、李突厥、突田、突税之类，丰富了敦煌语言；
其他如绘画、建筑、音乐、舞蹈、医药、文学，乃至天文、历法等等方面，都反映出以我为主、中西兼融的特点。
从清朝乾隆年代以来，在敦煌及若羌、尼雅、且末等地陆续发现不少西汉至宋元时代的古城、古墓群、烽隧、驿戍、古代居民遗址、寺院遗址、古代石窟、壁画、塑像及大量的汉文和多种古代民族文字书写的经卷、文书、简牍、帛书之类古代文物，引起知识界极大的兴趣。消息也传到了外国。清末以来，俄、德、英、法等国纷纷派遣由专家组成或有专家参加的探险团队，深入到敦煌及其周边地区进行考察。他们搜集标本、测绘拍摄、挖掘遗址，弄走了大批文物，包括石器、木雕、彩塑、壁画、刺绣、经卷、文书、简牍、帛书、幡幢、塑造模具、印刷活字、墓志铭记以及殉葬物品等等，回到西方炫耀，介绍鼓吹，引起了轰动，吸引来更多的西方盗宝者。
在攫取大批敦煌文物外流之后，西方开始了对敦煌文化宝藏的鉴赏品味，我国学者则起而进行研究探讨，从历史、文学、社会、宗教、民族、艺术、民俗等多种角度去揭示和阐释这些文物的价值意义。从宣统元年（1909年）蒋斧刊印《沙州文录》、王仁俊刊印《敦煌石室真迹录》、罗振玉刊印《敦煌石室遗书》以来，探讨研究的过程亦随之开始。数十年来，研究者渐渐增多，空气亦逐渐升温。在国外、日本、法国、英国、德国、俄国学者也对敦煌艺术、宗教及民族语文等进行研究。东西方的研究汇合成一股新的学术潮流，无以名之，即名之为敦煌学。随着研究的扩展和深入，这门新生的学科越来越显示出宏博精深的气概，广涉历史、地理、民族、社会、民俗、宗教、天文、历法、文学、戏曲、讲唱、贸易、财会、壁画、彩塑、音乐、舞蹈、医药、卫生、文字、音韵、教育、工艺、服饰、翻译、考古、印刷、等等学科，吸引着中外不同学科专家学者的瞩目，终于蔚为当代一大学术王国。