慈禧太后强行将其亲侄女立为皇后，是为了在光绪帝身边安插心腹，以便钳制光绪皇帝，长期操纵清廷的政治大权。可光绪毕竟已经不是儿童，他对皇权的旁落不会无动于衷。这次选后妃活动与光绪帝自身的利害息息相关，慈禧太后专横跋扈，无视光绪帝本人的意愿，强行决断，给了光绪皇帝很大的刺激。也给他留下了难以忘怀的怨痕，为光绪帝与皇后终生“不睦”和围绕后、妃产生的许多恩怨纠葛埋下了种子。
光绪与皇后的婚事也应了那场预兆不祥的大火，夫妻两人生活上一辈子也不协调。光绪始终不爱隆裕。他们各闹各的犟脾气，你不迁就我，我更不迁就你，互不让步。只是当着西太后的面或在别人面前装成像个夫妻样子——那是做给别人看的，而事实上双方彼此不说话。
婚后开始亲政的光绪帝对这位皇后一点提不起情绪来，常推托政务繁忙，不愿去坤宁宫。他爱的是珍妃。珍妃不但生得美貌，而且聪明伶俐，知书识礼，善解人意。光绪既喜欢她，又同她讲得来，下朝后就去她的宫里陪伴她。只留皇后一个人孤守偌大的宫殿，难怪皇后妒恨。都是女人，为什么有人受宠而有人被冷落呢？她别无其他办法，只好到太后那里哭诉。
西太后为此也不少犯愁。清代宫廷有个传统规矩，在每年腊月二十和正月初一、初二这三天，皇后有特权必须陪伴皇帝就寝，过了这三天皇帝才能召幸其他的妃子。但是光绪和皇后即使同寝也仍不同食。据跟随西太后八年之久并在庚子年（1900年）随西太后出逃至西安的贴身宫女何荣儿回忆，有一年大年初一的晚上，慈禧晚膳后，光绪帝和皇后、妃子照例分头前来请安。这时西太后心情特别好，居然关心起皇帝和皇后的私生活来了。慈禧故意问光绪是从哪个门走过来的？光绪住养心殿，养心殿后面有个小门叫蠡斯门，也是西六宫最南边的一个小门。这回光绪是抄小道从蠡斯门到储秀宫来的。慈禧饶有兴味地耐心和他们讲解蠡斯门的掌故，还不时搬出先皇帝咸丰的教诲。原来，这本是明朝宫殿旧名，因为名字吉祥一直沿用至今。蠡斯是一种昆虫，自古以来向以蠡斯比喻子孙众多，满清宫廷沿用此名，也是为了“宜尔子孙”，盼望家族兴旺。光绪皇帝是个绝顶聪明的年轻人，一听慈禧的问话，就赶紧低垂下头去，表示知罪，并毕恭毕敬地回话说：“皇爸爸往上缅怀祖先，往下垂念子孙万代。儿子一定听从皇爸爸的训诲。”但是说归说，光绪从来也没有真正和隆裕像一对夫妻那样生活过。
为了让皇后增加点儿修养，慈禧闲来无事，便亲手教她写字。皇后本不会写书法，经慈禧指点，自己又刻意下功夫，日久也能写出点意思来，写起草书来得心应手。到后来甚至能写斗大的字，还附庸风稚地自署斋名，叫做“延春阁”。慈禧怕她寂寞，还要她陪伴一起游玩，每日在颐和园中，不是登山游湖，就是听戏打牌。
在光绪与西太后帝后两党之争中，皇后始终是站在西太后一边的，从这一点看，慈禧没有选错人。而且客观上，隆裕皇后还起到了忠实帮凶的作用。她是慈禧探听、监视皇帝行动的一个忠实耳目。虽然在她而言，这也是不得已之事，可是这件事情给光绪和她的夫妻生活造成了很大的隔阂，并且由于政治上的倾向不同，这种隔阂日益加深。到后来，因为慈禧的关系，光绪就变得非常不喜欢这位表姐了。“戊戌政变”后，光绪被囚在瀛台，身同囚犯，不准皇后、妃嫔随便接触，仅皇后准许每月初一、十五两天到瀛台看望。觐见时，有多名太监在旁边监视，皇后三言两语问安后便退出，有时光绪帝一言不发，以目送之。
那拉氏皇后在孤寂的宫廷生活中，开始找些事干来填补空虚，她学会了养蚕。先取蚕卵孵化，蚕生出后，每天喂新鲜的桑叶四五次。她特命宫中数人专职晚上喂蚕。她每天都观察蚕的生长，见蚕吐丝做茧，变成蛾飞出，便感慨万分。或许她从蚕的生长过程看到自己像蚕被束缚于茧中一样被束缚在宫中吧？丝成后，她还经常拿到慈禧太后那里共同鉴赏，慈禧也取出年幼时所制的丝来与皇后的蚕丝比较。两者同样的精美。
这种孤寂平淡的生活很快被八国联军的炮火给打破了。光绪二十六年（1900年）七月，八国联军攻入北京。那拉氏皇后随慈禧太后、光绪帝逃奔西安。在逃奔西安前夕，慈禧下令将光绪心爱的珍妃杀害，这件事的发生，隆裕皇后的进谗也是一个因素。
西逃一路风尘仆仆，好不狼狈。在西安逗留一年后，皇后随着慈禧及光绪帝、瑾妃等回到京城。慈禧身边新来了两名旗员的闺阁千金。一名德龄，一名容龄。二人随父亲裕庚出洋了好几年，能通几国文字，慈禧很是欢喜，常命她俩陪伴隆裕。这位古板的皇后也算是领略了一点欧风美雨。也正是德龄、容龄为我们留下了皇宫中的许多珍贵往事。