可是，在他们承认自己受贿后，却由于平时太过清廉，根本拿不出赃银，由此就得到了更加残酷的拷打，这样日复一日，左光斗已经被折磨得奄奄一息。听说左光斗被折磨得快要死了，史可法不顾自己的危险，拿了五十两银子去向狱卒苦苦哀求，只求见老师最后一面。狱卒终于被史可法的诚意感动了，想办法给史可法一个探监的机会。
史可法找到左光斗的牢房后，只见左光斗遍体鳞伤，脸已经被烧得认不清，左腿腐烂得露出骨头来。史可法见了，一阵心酸，走近前去，跪了下来，抱住左光斗的腿，不断地抽泣。左光斗虽然满脸是伤，睁不开眼，但是他从哭泣声里听出史可法来了。他举起手，用尽力气拨开眼皮，愤怒的眼光像要喷出火来。他骂着说：“蠢才！这是什么地方，你还来这里干什么？国家的事糟到这步田地。我已经完了，你还不顾死活地跑进来，万一被他们发现，将来的事靠谁干？”
可史可法还是抽泣着没完。左光斗狠狠地说：“再不走，我现在就干脆收拾了你，省得奸人动手。”说着，他真的摸起身边的镣铐，做出要砸过来的样子。史可法不敢再说话，只好忍住悲痛，从牢里退了出来。过了几天，左光斗和杨涟等终于被魏忠贤杀害。史可法花了一笔钱买通狱卒，把左光斗的尸体埋葬了。
左光斗死后，他的哥哥左光霁被株连致死，左光斗的母亲因为思念儿子，长期流泪，忧郁而死。崇祯帝即位后，惩办了魏忠贤，左光斗冤案得以昭雪平反，追赠为太子少保，谥号为“忠毅”。为表彰左光斗一生业绩，后人建“左忠毅公祠”来永远怀念他。
李自成下落之谜
明朝末年，政治腐败，经济崩溃。陕西人李自成扯起农民起义的大旗，顺应天时民心，推翻明朝统治，建立了大顺朝。可后来吴三桂带领清军入了山海关，杀进了北京城。李自成便节节败退，转战河南、陕西、湖北、湖南，最后竟莫名其妙地失踪了。人们对他的下落一直十分关心，屡屡追查，但一直至今仍是一个未能解开的谜团。
不过，综合而言流行的大致有两种：“九宫山被难说”和“夹山终老说”。
闯王李自成
关于李自成“九宫山被难”一说，《明史》、《小腆纪年》、《南疆逸史》以及同治朝的《通山县志》、嘉庆朝的《湖北通志》也都赞成此说。据清修《明史》记载：“自成走延宁、蒲圻至通城，窜于九宫山。秋九月，自成留李过守寨，自率二十骑掠食山中，为村民所困，不能脱，遂缢死。或曰村民方筑堡，见贼少，争前击之，人马俱陷泥淖中，自成脑中箭死，剥其衣，得龙衣金印，眇一目，村民乃大惊，谓为自成也。时我兵遣识自成者验尸，朽莫辨，获自成两从父伪赵侯、伪襄阳侯，及自成妻妾二人，金印一。”这一说法主要是根据阿济格向清廷的奏报和南明兵部尚书何腾蛟给唐王的奏报。阿济格在奏报中写道：“反兵逃窜至九宫山中，我军随后搜遍全山，不见李自成，李自成身边的随从共20人，被困，自缢而死。派遣一见过李自成者，前往辨认，但尸体已腐烂，不能够看清，是生是死，继续追查。”何腾蛟所写的奏报说：“在九宫山已将李自成斩首，首级不慎丢失。”但是不论是追击李自成的清军主帅，还是对李自成恨之入骨的南明王朝，当时对李自成都是生没见人，死没见尸。因此“九宫山被杀”一说便饱受质疑。
早在顺治十五年，《明史》成书以前，谷应泰做《明史纪事本末》，就有李自成“奔死湖南黔阳罗公山”的记载，加上《明史》所载前面有个“或曰”，后面有个“朽莫辨”，后世对李自成的死地就有争论了。而乾隆年间，《明史》刊行不久，湖南澧州知府何璘就曾著文反对《明史》的记载，认为那只是李自成“设疑代毙，以为缓追脱身之计”。而确认李自成遁迹佛门，老死夹山灵泉寺。他经过实地考察，询问当地老人，认为李自成在九宫山并未死去，在制造死去的假象摆脱了清军的追捕后，到达了湖南的澧州。但在从湖北至湖南澧州的过程中，大多数的部下见闯王大势已去，便纷纷另谋生路。于是到安福县境内，闯王甩开随从十余人，单独来到夹山灵泉寺削发为僧，成了夹山灵泉寺的祖师“奉天大和尚”，法号“奉天玉”，于康熙十三年（公元1674年）死于灵泉寺中。何璘断定李自成于九宫山没有被难，而在灵泉寺终老的根据有以下几个方面。
一、根据“奉天大和尚”的法号“奉天玉”来推测。“奉天”二字古为皇帝所用，一般人不敢妄用。而李自成在起义的时候曾经称自己为“奉天倡议大元帅”。且“王”字加一点成“玉”，可见“奉天玉”，实际上隐寓了自己曾经是“奉天王”之义。二、何璘亲自见到了曾伺候过奉天玉和尚的老僧，据老僧讲，奉天玉和尚在顺治初年来到灵泉寺，说话带有陕西口音。且寺内收藏的奉天玉和尚的画像，与《明史》记载相符。三、根据当时留在澧州的起义军余部一直没有推举新的首领，何璘认为这也是由于李自成还健在的缘故。何璘认为大顺军盘据澧境六七年，没有另推一个统一指挥的首领，是李自成尚在夹山无恙的佐证。另外，何璘还在寺中见到了“奉天大和尚”的墓碑，碑上有言“不知何氏子”、“门徒已数千”。他认为所谓“不知何氏子”实际上是为李自成讳言，以防暴露身份。而“门徒已数千”实际上就是李自成残留下来的数千部下。根据这些现象之间的联系，何璘便断言，奉天大和尚就是李自成无疑，寺内奉天大和尚的舍利塔才是李自成真正的墓穴。
“夹山终老说”一出，为很多人所接受。清末民初著名学者章太炎赞同“夹山说”。据言他也到澧州进行过实地考察，还考察出李自成夹山隐居时，曾做诗百首来赞赏梅花，即《梅花百韵》，并搜集到其中的五首作为驳斥“九宫山说”的依据。此外一些出土的文物也成为“夹山说”最具权威性的证据。在澧州发现建有奉天玉和尚的墓地并有骨灰坛出土，20世纪50年代在奉天玉断碑上发现有“子门徒已数千指中兴”等句，完全是一派将领的豪言壮语。重修夹山寺时，又发现刻有《梅花百韵》诗的残版，上面残留九首诗歌；同时还发掘到“永昌通宝”铜币（永昌是李自成大顺政权的年号），刻有“永昌元年”字样的竹制扇骨、铜制熏炉等。并且奉天玉和尚墓出土的符碑上面，刻有四句四言偈语，十分接近于李自成的家乡米脂的传统随葬符碑，其中有三句和在米脂地区出土的一块符碑上的三句完全相同，这与石门的传统发葬的习俗有明显区别。另外，奉天玉和尚有一弟子，法号“野拂”，他就是李自成的侄子李过，野拂所撰的碑文为何的说法提供了有力证据。
关于“夹山终老说”似乎是李自成真正的归宿，但是此说也受到一部分人的质疑。首先他们对于何璘所说的“奉天玉”即是“奉天王”进行了分析。说“奉天”是古代帝王所用之说，反对者认为“奉”字有承、信、遵等许多意思，“奉天”取尊天或信奉上天的意思有何不可？如此解释作为一个大和尚的名字是非常正常的。而和尚以玉自名也不奇怪，用玉字取名的亦多得很，为什么非要说是王字加一点呢？所以将“奉天玉”说成是“奉天王”是非常牵强的。
其次，他们认为墓碑上“不知何氏子”是为李自成讳言，也是讲不通的。因为和尚是“出家人”，不讲姓氏，这在我国佛教史上是很常见的。许多名僧，都是不留姓氏的，如人们熟悉的苏东坡的好友佛印和尚、袁子才《随园诗话》里写的饕餮和尚、《白蛇传》金山寺里的法海和尚以及朱元璋尊敬的梵琦、忽必烈礼重的印简等大和尚，都是“不知何氏子”。所以也不能说碑文所言“不知何氏子”就是为李自成的遁迹隐姓讳言。再次，根据大顺军盘据澧境六七年没有另推一个统率的首领，是李自成在夹山无恙的佐证。反对者认为，是不是没有另推一个统率的首领，很难说。因为那是一支农民起义军的残部，即使有，也不会像起兵的时候那样有名气，为人们所周知。
此外，目前还有一种说法是：李自成兵败后，在叔父李斌和堂兄弟李自盛的掩护下，隐居在甘肃省榆中县青城镇，而且死后埋在了青城镇黄河边的龙头堡子。
兵败后的李自成到底所归何处，目前并没有统一的看法。或许多年以后根据新的发现，我们可以对这位农民起义运动史上伟大的领导人的最终结局有个明确的认识。